BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G02810.1
Length=2831
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939656 jgi|Araly1|939656|scaffold_600200.1 3482 0.0
> Ahg939656 jgi|Araly1|939656|scaffold_600200.1
Length=2247
Score = 3482 bits (1885), Expect = 0.0
Identities = 2131/2247 (95%), Gaps = 28/2247 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 244 CGAAGCAGAGTTGGTGTGATGAATGCTAATGAGGA--GGG-GGAGGGTTCACGTTACCCA 300
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 6 CGAAGCAGAGTTGGTGTGATGAATGTTAACGAGGAGGGGGAGGAGGGTTCACGTTACCCA 65
Query 301 ATCACTGATCGAAAGACCGGAGAGACGAAATTCGATAGGGTTGAGAGTCGGACAGAGAAG 360
||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 ATCGCTGATCGAAAAACCGGAGACACGAAATTCGATAGGGTTGAGAGTCGGACAGAGAAG 125
Query 361 CATAGTGAAGAAGAGAAAACT-AATGGAATTACTATGGATGTGAGAAATGGGAGTTCA-G 418
||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 126 CATAGTGAAGAAGAG-AAAGTCAATGGAATCACTATGGATGTGAGAAATGGGAGTTCAGG 184
Query 419 -G-TGG---A----C---T-G----CAAATTCCATTGTCGCAACAAACAGCGGCAACTGT 461
| ||| | | | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 AGCTGGACAAGGCTCAGGTGGACCTCAAATTCCGTTGTCGCAACAAACAGCGGCAACTGT 244
Query 462 CTGTTGGGAAAGGTTTCTTCATGTGAGAACCATTAGAGTTCTGCTTGTCGAAAATGACGA 521
||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 245 CTGTTGGGAAAGGTTTCTTCATGTGCGTACAATTAGAGTTCTGCTTGTGGAAAATGATGA 304
Query 522 CTGCACTCGTTATATCGTTACTGCACTTCTTCGCAATTGTAGCTATGAAGTTGTTGAGGC 581
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 CTGCACTCGTTATATTGTTACTGCACTTCTTCGCAATTGTAGCTATGAAGTTGTTGAGGC 364
Query 582 GTCAAATGGGATACAAGCTTGGAAGGTGTTAGAAGATCTAAACAATCATATTGATATTGT 641
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 TTCAAATGGGATACAAGCTTGGAAGGTGTTAGAAGATCTAAACAATCATATTGATATTGT 424
Query 642 GCTAACAGAGGTGATCATGCCTTACTTATCTGGTATCGGTCTCTTGTGCAAGATTTTGAA 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 425 GCTAACAGAGGTGATCATGCCTTACTTATCTGGTATCGGTCTCTTGAGCAAGATTTTGAG 484
Query 702 CCACAAATCTCGTCGGAACATCCCTGTCATCATGATGTCATCTCATGACTCAATGGGGCT 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 CCACAAATCTCGTCGGAACATCCCTGTCATCATGATGTCATCTCATGACTCAATGGGGCT 544
Query 762 GGTCTTTAAGTGCTTATCGAAAGGAGCTGTTGACTTTCTTGTTAAGCCAATAAGAAAAAA 821
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 GGTCTTTAAGTGCTTATCGAAAGGAGCAGTTGACTTTCTTGTTAAGCCAATAAGAAAAAA 604
Query 822 TGAGCTTAAGATCCTTTGGCAGCATGTTTGGAGAAGATGCCAAAGTTCTAGTGGTAGTGG 881
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 605 CGAGCTTAAGATCCTTTGGCAGCATGTTTGGAGAAGATGCCAAAGTTCTAGCGGTAGTGG 664
Query 882 AAGTGAGAGCGGAACGCATCAAACTCAAAAGTCTGTGAAATCGAAA-AGTATTAAAAAAT 940
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||
Sbjct 665 AAGCGAGAGCGGAACGCATCAAACTCAAAAGTCTGTGAAATC-AAAGAGTATTAGAAAAT 723
Query 941 CTGATCAAGATTCAGGAAGCAGTGATGAGAATGAAAATGGGAGCATTGGCCTGAATGCTA 1000
||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 CTGATCACGATTCGGGAAGCAGTGGTGAGAATGAAAATGGGAGCATTGGCCTGAATGCTA 783
Query 1001 GTGATGGAAGTAGTGATGGGAGTGGCGCTCAGAGCTCTTGGACGAAAAAAGCTGTGGATG 1060
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 784 GTGATGGAAGTAGTGATGGGAGTGGCGCTCAGAGCTCTTGGACGAAAAAAGCTGGGGAGG 843
Query 1061 TTGATGACAGTCCACGAGCGGTATCTCTATGGGACCGAGTTGATAGCACTTGCGCCCAAG 1120
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 844 TTGATGACAGTCCACGAGCGGTATCTCTATGGGATCGAGTCGATAGTACTTGCGCCCAAG 903
Query 1121 TGGTACATTCTAACCCTGAGTTTCCAAGTAATCAGTTGGTTGCACCACCTGCTGAGAAGG 1180
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 TGGTACATTCTAACCCTGAGTTCCCAAGTAATCAGTTGGTTGCACCACCTGCTGAGAAGG 963
Query 1181 AGACTCAAGAACATGATGATAAATTTGAAGATGTCACAATGGGTAGAGACTTGGAGATTA 1240
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 AGACTCAAGAACAGGATGATAAATTTGAAGATGTCACAATGGGTAGAGACTTGGAGATTA 1023
Query 1241 GCATTCGTAGAAACTGTGATCTGGCCCTGGAGCCAAAAGATGAACCCCTATCTAAAACTA 1300
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 GCATTCGTAGAAATTGTGATCTGGCACTGGAGCCAAAAGATGAACCCCTATCTAAAACTA 1083
Query 1301 CTGGCATTATGAGACAGGATAATTCGTTTGAAAAGAGCTCTAGTAAATGGAAAATGAAAG 1360
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 CTGGCATTATGAGACAGGATAATTCATTTGAAAAGAGCTCTAGTAAATGGAAAATGAAAG 1143
Query 1361 TTGGAAAAGGACCATTGGACCTCAGTAGCGAAAGTCCTTCAAGTAAACAAATGCATGAAG 1420
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 TTGGAAAAGGACCAGTGGACCTCAGCAGCGAAAGTCCTTCAAGTAAACAAATGCATGAAG 1203
Query 1421 ATGGAGGCTCGAGTTTCAAAGCTATGTCTAGCCACCTTCAAGATAACAGAGAACCTGAGG 1480
||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1204 ATGGAGGCTCGGGTTTTAAAGCCATGTCTAGCCACCTTCAAGATAACAGAGAACCCGAAT 1263
Query 1481 CGCCTAACACTCACTTGAAAACTTTAGATACAAATGAAGCTTCTGTTAAAATTTCTGAAG 1540
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||
Sbjct 1264 CGCTTAACACTCACTTGAAAACTTTAGATTCAAATGAAACTTCTGTCAAAAATTCCGAAG 1323
Query 1541 AGCTAATGCACGTGGAACATAGTTCAAAGAGGCATAGAGGAACTAAAGATGATGGGACAC 1600
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 AGCTAATTCACATGGAACATAGTTCAAAGAGGCATAGAGGAACTAAAGATGATGGGACAC 1383
Query 1601 TAGTTAGGGATGATCGGAATGTGCTGAGGCGTTCAGAGGGCTCAGCTTTCTCAAGGTATA 1660
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 TAGTTAGGGATGACCGGAATGTGCTGAGGCGTTCAGAGGGCTCAGCTTTCTCAAGGTATA 1443
Query 1661 ATCCAGCCTCAAATGCCAATAAGATTTCTGGTGGGAACTTAGGAAGCACTTCGCTTCAGG 1720
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1444 ATCCAGCCTCAAATGCCAATAAGCTTTCTGGCGGGAACTTAGGAAGCAATTCGCTTCATG 1503
Query 1721 ATAATAATAGTCAGGATCTTATAAAAAAGACTGAAGCAGCATATGATTGTCACTCGAACA 1780
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1504 ATAATAATAGCCAGGATCTTATAAAAAAGACTGAAGCTGCATGTGATTGTCACTCAAACA 1563
Query 1781 TGAATGAGAGTCTCCCCCATAATCATCGCTCACATGTCGGTAGCAATAACTTTGATATGA 1840
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 TGAATGAGAGTCTCCCCAATAATCACCGCTCACATGTCGGTAGCAATAACTTTGATATGA 1623
Query 1841 GTTCCACGACTGAGAACAACGCTTTCACAAAACCAGGAGCTCCAAAAGTAAGCTCAGCAG 1900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 GTTCCACGACTGAGAACAACGCTTTCACAAAACCAGGAGCTCCAAAAGTAAGCTCAGCAG 1683
Query 1901 GATCTTCATCAGTGAAGCATTCATCGTTTCAGCCTTTACCCTGTGATCATCATAATAATC 1960
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1684 GATCTTCATCAGTCAAGCATTCATCGTTTCAGCCTTTACCATGTGATCATCATAATAATC 1743
Query 1961 ATGCCTCCTATAACCTTGTCCATGTCGCTGAGAGGAAGAAGCTACCGCCACAATGTGGAT 2020
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1744 ATGCCTCCTATAATCTTGTCCATGTCGCTGAGAGGAAG---CTACCGCCACAATGTGGAT 1800
Query 2021 CCTCAAATGTGTACAACGAAACGATTGAAGGTAACAACAACACAGTGAATTACAGTGTGA 2080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CCTCAAATGTGTACAACGAAACGATTGAAGGTAACAACAACACAGTGAATTACAGTGTGA 1860
Query 2081 ATGGAAGTGTATCAGGTAGTGGTCATGGAAGTAATGGGCCATATGGAAGCAGTAACGGTA 2140
|||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1861 ATGGTAGTGTATCAGGTAGTGGTCATGGGAGCAATGGGCCATATGGAAGCAGCAATGGTA 1920
Query 2141 TGAATGCTGGAGGAATGAATATGGGAAGTGATAATGGTGCTGGCAAAAATGGAAATGGCG 2200
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1921 TGAATACTGGAGGAATGAATATGGGAAGTGATAACGGTGCTGGCAAAAATGGAAATGGTG 1980
Query 2201 ATGGTAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGTAGCGGAAACTTGGCGGATGAAAATAAGATCT 2260
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 ATGGTAGTGGAAGCGGAAGCGGAAGTGGTAGCGGAAACTTGGCGGATGAAAATAAGATCT 2040
Query 2261 CTCAAAGGGAAGCTGCTTTGACAAAGTTCCGTCAGAAGAGAAAAGAGAGGTGCTTCCGAA 2320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2041 CTCAAAGGGAAGCTGCTTTGACAAAGTTCCGTCAGAAGAGAAAAGAAAGGTGCTTCAGAA 2100
Query 2321 AGAAGGTACGATACCAAAGCCGGAAAAAACTAGCAGAACAACGCCCTCGAGTGCGAGGCC 2380
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||
Sbjct 2101 AGAAGGTACGATACCAAAGCCGGAAAAAACTAGCGGAACAACGACCTCGTGTCCGTGGCC 2160
Query 2381 AATTTGTGCGTAAAACAGCCGCTGCAACTGATGATAACGACATAAAAAACATTGAGGATA 2440
|||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2161 AATTCGTCCGTAAAATAGCCGCTGCAACGGATGATAACGACATAAAAAACATTGAGGAAA 2220
Query 2441 GCTAACGGAAAATCAACAAAACCCACT 2467
|||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2221 GCTAACGGAAAATCTACAAAACCAACT 2247
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106843137225
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5