BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G03650.1
Length=2609
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939752 jgi|Araly1|939752|scaffold_600296.1 3520 0.0
> Ahg939752 jgi|Araly1|939752|scaffold_600296.1
Length=2491
Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0
Identities = 2052/2124 (97%), Gaps = 4/2124 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 337 TCAAGGAGAGAGGGGTGAAACCAAGAATAGTTCCCCCACC-GGGTGATGGCAAGAAAATT 395
||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 370 TCAAGGAGAGAGGAGTGAGACCAAGAGTAGTTCCCCCACCTGGG-GATGGGAAGAAAATA 428
Query 396 TATGAGATAGACCCCATGTTACGAACTTACAACAATCATCTTGATTACCGTTATGGACAG 455
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 TATGAGATAGACCCCATGTTACGAAGTTACAGCAATCATCTTGATTACCGTTATGGACAG 488
Query 456 TATAAAAGATTGCGTGAGGAAATAGACAAGTATGAGGGTGGTCTTGAGGCATTCTCTCGT 515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 489 TATAAAAGATTGCGTGAGGAAATAGACAAGTATGAGGGTGGTCTGGAGGCATTTTCTCGT 548
Query 516 GGCTATGAAAAGTTAGGATTTTCGCGCAGTGATGCCGGTATAACTTATAGAGAGTGGGCG 575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 549 GGCTATGAAAAGTTAGGATTTTCGCGCAGTGATGCCGGTATAACATATAGAGAGTGGGCG 608
Query 576 CCTGGAGCTAAGGCTGCATCACTTATCGGAGATTTCAACAACTGGAATTCTAATGCAGAT 635
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 CCTGGAGCTAAGGCTGCATCACTTATTGGAGATTTCAACAACTGGAATTCTAATGCAGAT 668
Query 636 ATCATGACTCGGAATGAATTTGGTGTTTGGGAGATCTTTTTGCCCAACAACACTGATGGT 695
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 ATCATGACTCGGAATGAATTTGGTGTTTGGGAGATTTTTTTGCCCAACAACACTGATGGT 728
Query 696 TCGCCTGCAATTCCTCATGGCTCACGTGTAAAGATTCGTATGGATACTCCATCTGGCATT 755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 729 TCGCCTGCAATTCCTCATGGCTCACGTGTAAAGATTCGTATGGATACTCCGTCTGGCATT 788
Query 756 AAAGACTCAATTCCTGCTTGGATCAAGTTCTCGGTGCAAGCTCCAGGTGAAATCCCATTC 815
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 AAAGACTCAATTCCTGCTTGGATCAAATTCTCCGTGCAAGCTCCAGGTGAAATCCCATTC 848
Query 816 AATGGCATATACTATGATCCTCCAGAAGAGGAGAAGTATGTATTCAAACATCCTCAACCA 875
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 AATGGCATATACTATGATCCTCCAGAAGAGGAGAAATATGTATTCAAACATCCTCAACCA 908
Query 876 AAGAGACCTAAGTCGCTAAGGATTTATGAAGCACATGTTGGCATGAGTAGCACGGAACCA 935
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 AAGAGACCTAAGTCGCTGAGGATTTATGAAGCACATGTTGGCATGAGTAGCACGGAACCA 968
Query 936 ATGGTCAATACGTATGCTAACTTTAGAGATGATGTTCTTCCCCGCATCAAAAAGCTTGGA 995
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 969 ATGGTCAATACTTATGCTAACTTTAGAGATGATGTTCTTCCACGCATCAAAAGGCTTGGC 1028
Query 996 TATAATGCTGTTCAAATTATGGCCATACAAGAACATTCATATTATGCCAGCTTTGGGTAC 1055
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 TATAATGCGGTTCAAATCATGGCTATACAAGAACATTCATATTATGCCAGCTTTGGGTAC 1088
Query 1056 CATGTCACAAACTTTTTTGCCCCAAGCAGTCGCTGTGGGACCCCAGAGGAACTAAAATCA 1115
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 CATGTCACAAACTTTTTTGCCCCAAGCAGTCGTTGTGGGACCCCAGAGGAACTAAAATCT 1148
Query 1116 CTGATAGATAGAGCTCACGAGTTAGGCCTGGTAGTTCTGATGGATATCGTTCATAGCCAT 1175
|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 TTGATAGATAGAGCTCATGAGTTAGGCCTGGTCGTTCTGATGGATATCGTTCATAGCCAT 1208
Query 1176 GCTTCAAAAAACACATTGGATGGACTGAACATGTTTGATGGAACTGATGCTCACTATTTT 1235
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209 GCTTCAAAAAACACATTGGATGGGCTGAACATGTTTGATGGAACTGATGCTCACTATTTT 1268
Query 1236 CACTCTGGACCTCGGGGATACCATTGGATGTGGGATTCACGACTTTTCAATTATGGGAGC 1295
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 CACTCTGGGCCTCGGGGTTACCATTGGATGTGGGACTCACGACTTTTCAATTATGGGAGC 1328
Query 1296 TGGGAAGTATTACGATATCTCCTTTCAAATGCACGGTGGTGGCTAGAAGAATACAAGTTT 1355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 TGGGAAGTATTACGATATCTCCTTTCAAATGCACGGTGGTGGCTAGAAGAATACAAGTTT 1388
Query 1356 GATGGATTTAGATTTGATGGTGTAACCTCAATGATGTATACTCATCATGGACTCTCGGTT 1415
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1389 GATGGATTTAGGTTTGATGGTGTAACCTCAATGATGTATACTCATCATGGGCTCTCGGTT 1448
Query 1416 GGATTTACTGGGAACTACACCGAATACTTTGGATTGGAAACTGATGTGGATGCTGTGAAT 1475
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 GGATTTACTGGGAATTACACCGAGTACTTTGGATTGGAAACTGATGTGGATGCTGTGAAT 1508
Query 1476 TATCTCATGCTGGTTAATGATATGATTCATGGGCTCTACCCTGAAGCGATTACCGTTGGT 1535
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1509 TATCTCATGCTGGTAAATGATATGATTCATGGGCTATACCCTGAAGCGATTACAGTTGGT 1568
Query 1536 GAAGATGTTAGTGGTATGCCAACATTCTGTATTCCTGTCCAAGATGGTGGCGTTGGATTT 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 GAAGATGTTAGTGGTATGCCAACATTCTGTATTCCTGTCCAAGATGGTGGCGTTGGATTT 1628
Query 1596 GACTACCGTTTACACATGGCCATAGCTGATAAGTGGATAGAAATGCTCAAGAAGAGAGAT 1655
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1629 GACTACCGTCTACACATGGCCATAGCTGATAAGTGGATAGAAATTCTCAAGAAGAGAGAT 1688
Query 1656 GAAGACTGGCAAATGGGCGACATCATTTACACACTTACCAACAGAAGGTGGTCAGAGAAG 1715
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 GAAGACTGGCAAATGGGTGATATCATTTACACACTTACCAACAGAAGGTGGTCAGAGAAG 1748
Query 1716 TGTATCT-CTTATGCTGAAAGTCACGATCAAGCTCTTGTTGGTGATAAAACAATTGCCTT 1774
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1749 TGTAT-TGCTTATGCTGAAAGTCACGATCAAGCTCTTGTTGGTGATAAAACAATTGCCTT 1807
Query 1775 CTGGTTAATGGACAAGGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACTCCTCT 1834
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1808 CTGGTTAATGGACAAGGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACACCTCT 1867
Query 1835 TATCGATAGAGGAATAGCTTTGCACAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAGGCGG 1894
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 TATCGATAGAGGAATAGCTTTGCATAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAGGCGG 1927
Query 1895 TGAAGGTTACTTAAATTTTATGGGAAACGAATTCGGACATCCAGAATGGATTGATTTTCC 1954
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1928 AGAAGGATACTTAAATTTTATGGGAAACGAATTCGGACATCCAGAATGGATCGATTTTCC 1987
Query 1955 CAGAGGCGAGCAGCGTCTTTCTGATGGTAGCGTGATTCCTGGCAACAATTTCAGTTATGA 2014
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1988 CAGAGGCGAGCAGCGTCTTTCTGATGGGAGCGTGATTCCTGGCAACAATTTTAGTTATGA 2047
Query 2015 CAAATGCCGCCGCAGATTTGATCTTGGGGATGCAGATTATCTCAGATACCGCGGACTACA 2074
||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2048 CAAATGCAGACGAAGATTTGATCTTGGGGATGCAGACTATCTCAGATACCGCGGACTGCA 2107
Query 2075 AGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGTTTTATGACTTCGGAGCA 2134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2108 AGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGTTTTATGACTTCTGAGCA 2167
Query 2135 CCAATTCATATCACGAAAAGACGAAGCAGATAGAGTAATCGTATTCGAAAGAGGTGATCT 2194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2168 CCAATTCATATCACGAAAAGACGAAGCAGATAGAGTAATCGTATTCGAAAGAGATGATCT 2227
Query 2195 CGTCTTTGTCTTTAACTTTCACTGGACCAGCAGCTACTTTGATTACCGCATTGGTTGCTC 2254
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2228 CGTCTTTGTCTTTAACTTCCACTGGACCAGCAGCTACTTCGATTACCGCATTGGTTGCTC 2287
Query 2255 CAAGCCTGGAAAATATAAGATCGTATTGGACTCGGACGATCCTCTCTTTGGTGGATTCAA 2314
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2288 CAAGCCTGGGAAATATAAGATCGTATTGGACTCAGACGATCCTCTGTTTGGTGGATTCAA 2347
Query 2315 TAGGCTCGATCGCAAGGCAGAGTACTTCACTTATGATGGCTTATACGACGAACGACCCTG 2374
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2348 TAGGCTCGATCGCAAGGCAGAGTATTTCACATATGATGGCTTATACGACGGACGACCCAG 2407
Query 2375 CTCCTTCATGGTCTATGCACCGTGTAGAACCGCCGTGGTTTATGCTTTAGCAAACCACGA 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2408 CTCCTTCATGGTCTATGCACCGTGTAGAACCGCCGTGGTTTATGCTTTAGCAAACCACGA 2467
Query 2435 TTAGAACTTTCAGACTTTGGATCC 2458
|||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2468 TTAGGACTTTCAGACTTTGGATCC 2491
Score = 444 bits (240), Expect = 2e-123
Identities = 304/332 (92%), Gaps = 15/332 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TCACCGGCGGCGAGAGGATATGGTGGTGATTCACGGAGTGTCTCTTACTCCACGCTTCAC 61
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3 TCACCGGCGGCGAG-GGATATGGTGGTGATTCACGGAGTGTCTGTTACTCCACGCTTCAC 61
Query 62 TCTTCCTTCTCGACCTCTCAACACTGGCTTTAATGCCGGCAATTCCACCCTCTCTTTCTT 121
|||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||
Sbjct 62 TCTTCCTTGTCGACCTCTCAACACTAGCTTTAAT---GGCAATTCCAGCCTCTCCTTCTT 118
Query 122 CTTCAAAAAGCACCCTCTCTCTCGGAAGATCTTTGCTGGGAAACAATCTGCGGAGTTTGA 181
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 CCTCAAAAAGCACCCTCTCTCTCGGAAGATCTTTGCTGGGAAACAATCTGCGGAGTTTGA 178
Query 182 TTCTTCGTCACAAGCTATCTCTGCTTCTGAGAAAGTCTTAGTACCTGATAATCTTGATGA 241
|||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TTCTTCTTCACAAGCTATCGCTGCGTCTGAGAAAGTCTTAGTACCTGATAATCTTGATGA 238
Query 242 TGATCCCAG-AGGTTTTTCACA-GA--------TATTTGATCTAGAAAGTCAAACAATGG 291
||||||||| || ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TGATCCCAGCAG-TTTTTCACAAGAACCACAGATATTTAATCTAGAAAGTCAAACAATGG 297
Query 292 AATATACTGAGGCAGTAAGAACAGAAGACCAA 323
|| | ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 298 AAGAGACTGAGGCATTAAGAACAGAAGACCAA 329
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98387102835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5