BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G08570.1
Length=1819
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487699 jgi|Araly1|487699|fgenesh2_kg.6__833__AT5G08570.1 2872 0.0
Ahg951177 jgi|Araly1|951177|scaffold_803064.1 1690 0.0
> Ahg487699 jgi|Araly1|487699|fgenesh2_kg.6__833__AT5G08570.1
Length=1781
Score = 2872 bits (1555), Expect = 0.0
Identities = 1716/1790 (96%), Gaps = 25/1790 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 29 TTTACTCCAAAACCCAGAGTCCATCACACAAGTCCAAGCCCGAAAACAAGGGTTCTTGCT 88
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTACTCCAAAACCCAGAGT-CAT-ACACAAGTCCAAGCCAAAAAACAAGGGTTCTTGCT 58
Query 89 CCGACACGACAACAAATCCAGATTTTGAGC---TTAG--G-GAAACTTGAGAAGGAGaaa 142
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||| || | | ||| |
Sbjct 59 CCGACACGACAACAAATCCAGATTCTGAGCTTTTTAGAAGAGAAA-TT--GTA-GAG--A 112
Query 143 aaaaTGTCGAACATAGACATAGAAGGGATCTTGAAGGAGCTACCTAATGATGGGAGGATC 202
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 113 AAAATGTCGAACATAGACATAGAAGGGATATTGAAGGAGCTACCTAATGATGGCAGGATC 172
Query 203 CCAAAGACGAAGATAGTTTGCACATTAGGACCAGCTTCTCGCACTGTTTCCATGATCGAA 262
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 173 CCAAAGACGAAGATAGTTTGCACTTTAGGACCAGCTTCTCGGACTGTTTCCATGATCGAA 232
Query 263 AAGCTTTTGAAAGCCGGTATGAATGTGGCTCGCTTCAACTTCTCACATGGAAGCCATGAA 322
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 233 AAGCTTTTGAAAGCCGGTATGAATGTCGCTCGCTTCAACTTCTCACATGGAAGCCATGAA 292
Query 323 TACCATCAAGAGACACTCGACAACCTCCGCTCTGCTATGCATAATACCGGCATTCTCGCT 382
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 TACCATCAAGAGACACTCGACAACCTCCGCACCGCTATGCATAATACCGGCATTCTCGCT 352
Query 383 GCTGTCATGCTTGATACTAAGGGGCCTGAGATTCGTACTGGTTTCTTGAAAGATGGGAAC 442
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 GCTGTCATGCTTGATACTAAGGGACCTGAGATTCGTACTGGTTTCTTGAAAGATGGGAAC 412
Query 443 CCTATACAACTGAAGGAAGGTCAAGAGATTACTATAACCACTGATTATGACATTCAA-GG 501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 413 CCTATACAACTGAAGGAAGGTCAAGAGATTACTATAACCACTGATTATGACATT-AAGGG 471
Query 502 AGACGAATCAACGATATCCATGAGCTATAAAAAGCTGCCTTTGGATGTGAAGCCCGGAAA 561
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AGACGAGTCAACGATATCCATGAGCTATAAAAAGCTGCCTTTGGATGTGAAGCCCGGAAA 531
Query 562 CACCATACTCTGTGCAGATGGAAGCATAAGTCTAGCTGTCTTGTCATGTGATCCTGAGTC 621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 CACCATACTCTGTGCAGATGGAAGCATAAGTCTAGCTGTCTTGTCATGTGATCCTGAGTC 591
Query 622 TGGAACTGTTAGGTGCCGGTGTGAAAACTCGGCGATGCTTGGTGAAAGAAAGAATGTGAA 681
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 TGGAACGGTTAGGTGCCGGTGTGAAAACTCGGCGATGCTTGGTGAAAGAAAGAATGTGAA 651
Query 682 TCTTCCTGGCGTTGTTGTTGATCTTCCCACTTTGACAGATAAGGATATTGAAGATATTCT 741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TCTTCCTGGCGTTGTTGTTGATCTTCCCACTTTGACAGATAAGGATATTGAAGATATTCT 711
Query 742 CGGTTGGGGTGTTCCGAACAGCATTGATATGATTGCTCTTTCGTTTGTCCGTAAAGGTTC 801
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 CGGTTGGGGTGTTCCGAACAGCATCGATATGATTGCTCTTTCGTTTGTCCGTAAAGGTTC 771
Query 802 GGATCTTGTTAATGTCCGCAAGGTTCTTGGATCTCATGCTAAAAGCATAATGCTCATGTC 861
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 772 GGATCTTGTTAATGTCCGGAAGGTTCTTGGATCTCATGCTAAAAGCATAATGCTGATGTC 831
Query 862 AAAGGTTGAGAACCAGGAAGGTGTGATTAACTTTGATGAGATCTTGCGTGAAACAGATGC 921
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 AAAGGTTGAGAACCAGGAAGGAGTGATTAACTTTGATGAGATCTTGCGTGAAACAGATGC 891
Query 922 GTTCATGGTTGCCCGTGGTGATCTCGGGATGGAGATTCCGATAGAGAAGATCTTCTTGGC 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GTTCATGGTTGCCCGTGGTGATCTCGGGATGGAGATTCCAATAGAGAAGATCTTCTTGGC 951
Query 982 TCAAAAGTTGATGATCTACAAGTGTAACCTTGCGGGTAAACCGGTGGTCACAGCCACTCA 1041
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 952 GCAAAAGTTGATGATCTACAAGTGTAACCTTGCTGGTAAACCGGTGGTCACAGCTACTCA 1011
Query 1042 GATGCTGGAGTCAATGATCAAATCACCTCGGCCAACCCGAGCTGAAGCCACAGATGTTGC 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GATGCTGGAGTCAATGATCAAATCACCTCGGCCAACCCGAGCTGAAGCCACAGATGTTGC 1071
Query 1102 AAATGCTGTTCTTGATGGTACTGACTGTGTGATGCTTAGCGGTGAGAGTGCAGCAGGAGC 1161
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 AAATGCTGTTCTTGATGGCACTGACTGTGTGATGCTTAGCGGTGAGAGTGCAGCAGGAGC 1131
Query 1162 TTATCCGGAAATAGCTGTGAAAGTCATGGCTAAGATCTGCATTGAAGCCGAATCCTCGCT 1221
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TTATCCTGAAATAGCTGTGAAAGTCATGGCAAAGATCTGCATTGAAGCCGAATCCTCGCT 1191
Query 1222 TGATTACAACACAATCTTTAAAGAGATGATCCGAGCAACTCCACTTCCAATGAGCCCACT 1281
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1192 TGATTATAACACAATCTTCAAAGAGATGATCCGAGCAACTCCGCTTCCAATGAGCCCACT 1251
Query 1282 CGAGAGTCTTGCATCATCCGCTGTACGGACTGCTAACAAAGCGAGGGCAAAACTCATCAT 1341
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1252 CGAGAGTCTTGCGTCATCCGCTGTACGGACTGCTAACAAAGCGAGGGCGAAACTCATCAT 1311
Query 1342 TGTGTTGACACGTGGAGGTTCAACTGCTAATCTCGTGGCTAAATACAGACCGGCTGTTCC 1401
|||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TGTGTTGACACGTGGAGGTTCAACCGCTAACCTTGTGGCTAAATACAGACCGGCTGTTCC 1371
Query 1402 GATTCTGTCAGTGGTTGTCCCGGTTATGACCACTGATTCCTTTGACTGGTCTTGTAGTGA 1461
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1372 GATTCTGTCAGTGGTTGTCCCGGTCATGACCACTGATTCCTTTGACTGGGCTTGTAGTGA 1431
Query 1462 CGAGTCACCTGCAAGGCATAGTCTGATATACAGAGGTCTAATCCCTATGTTGGCTGAAGG 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 CGAGTCACCTGCAAGGCATAGTCTGATATACAGAGGTCTAATCCCTATGTTGGCTGAAGG 1491
Query 1522 ATCTGCAAAGGCAACAGATAGTGAAGCCACCGAAGTTATCATTGAAGCTGCTCTGAAGTC 1581
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ATCTGCAAAGGCAACAGACAGTGAAGCCACGGAAGTTATCATTGAAGCTGCTCTGAAGTC 1551
Query 1582 GGCTACTCAGAGAGGACTGTGCAACCGTGGTGATGCAATCGTGGCGCTGCACCGTATTGG 1641
|||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||
Sbjct 1552 GGCTACACAAAGAGGACTGTGCAACCATGGTGATGCAGTCGTGGCACTACACCGTATTGG 1611
Query 1642 AGCTGCCTCAGTTATTAAGATCTGTGTGGTTAAGTGAGATTACAGACTTCTTTCAATACC 1701
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1612 AGCTGCCTCAGTTATTAAGATCTGTGTGGTAAAGTGAGATTTCAGACTTCTTTCAATACC 1671
Query 1702 TCAAATCTTGG------AT--T-GTTGGTAATCGTAACTGAGATTTTGCTTTGTAGCATG 1752
||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1672 TCAAATCTTGGCTCCTGATGATTGTTGGTAATCGTAACTGAGAGTTTGCTTTGTAGTATG 1731
Query 1753 AAATAAAGAAAACAGGTCACAATAGTTCCTGAAACTCTGTTACTTTTAAG 1802
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1732 AAATAATGAAAACAGGTCACAATAGTTCCTGGAACTCTGTTACTTTTAAG 1781
> Ahg951177 jgi|Araly1|951177|scaffold_803064.1
Length=1573
Score = 1690 bits (915), Expect = 0.0
Identities = 1338/1545 (87%), Gaps = 18/1545 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 143 aaaaTGTCGAACATAGACATAGAAGGGATCTTGAAGGAGCTACCTAATGATGGGAGGATC 202
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 18 AAAATGTCAAACATAGACATAGAAGGGATATTGAAGGAGCTACCTAATGATGGGAGGA-C 76
Query 203 -CCAAAGACGAAGATAGTTTGCACATTAGGACCAGCTTCTCGCACTGTTTCCATGATCGA 261
|| ||||| ||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||| ||||||| ||
Sbjct 77 TCCTAAGACTAAGATCGTTTGTACTTTAGGTCCTGCGTCTCGGTCTGTGACCATGATTGA 136
Query 262 AAAGCTTTTGAAAGCCGGTATGAATGTGGCTCGCTTCAACTTCTCACATGGAAGCCATGA 321
|||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 137 GAAGCTTCTAAAAGCCGGCATGAATGTTGCTCGATTCAATTTCTCTCATGGAAGCCATGA 196
Query 322 ATACCATCAAGAGACACTCGACAACCTCCGCTCTGCTATGCATAATACCGGCATTCTCGC 381
|||||||| ||||| || ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 197 GTACCATCAGGAGACTCTTGACAATCTCCGCACCGCTATGCAGAATACCGGCATTCTCGC 256
Query 382 TGCTGTCATGCTTGATACTAAGGGGCCTGAGATTCGTACTGGTTTCTTGAAAGATGGGAA 441
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 257 TGCTGTTATGCTTGATACAAAGGGGCCTGAGATTCGTACCGGTTTCTTGAAAGATGGGAA 316
Query 442 CCCTATACAACTGAAGGAAGGTCAAGAGATTACTATAACCACTGATTATGACATTCAA-G 500
|||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||| |||| |
Sbjct 317 CCCTATACAACTAAAGGAAGGTCAGGAGATCACAATCACCACTGATTATGACA-TCAAGG 375
Query 501 GAGACGA-ATCAACGATATCCATGAGCTATAAAAAGCTGCCTTTGGATGTGAAGCCCGGA 559
| || || | |||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 376 GCGATGAGA-AAACGATTTCCATGAGCTACAAAAAGCTTCCAGTGGATGTGAAGCCCGGC 434
Query 560 AACACCATACTCTGTGCAGATGGAAGCATAAGTCTAGCTGTCTTGTCATGTGATCCTGAG 619
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 435 AATACCATTCTATGTGCAGATGGAAGCATAAGTCTTGCTGTCGTGTCATGTGATCCAAAG 494
Query 620 TCTGGAACTGTTAGGTGCCGGTGTGAAAACT-CGGCGATGCTTGGTGAAAGAAAGAATGT 678
||||| ||||||| || || |||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 495 TCTGGGACTGTTATATGTCGATGTGAAAA-TACAGCGATGCTAGGTGAAAGAAAGAATGT 553
Query 679 GAATCTTCCTGGCGTTGTTGTTGATCTTCCCACTTTGACAGATAAGGATATTGAAGATAT 738
|||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| | ||||||||
Sbjct 554 GAATCTTCCTGGTGTTGTTGTTGATCTCCCCACATTGACTGACAAGGATGTAGAAGATAT 613
Query 739 TCTCGGTTGGGGTGTTCCGAACAGCATTGATATGATTGCTCTTTCGTTTGTCCGTAAAGG 798
||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 614 TCTTAAATGGGGTGTTCCAAACAACATCGATATGATTGCTCTTTCGTTTGTTCGCAAAGG 673
Query 799 TTCGGATCTTGTTAATGTCCGCAAGGTTCTTGGATCTCATGCTAAAAGCATAATGCTCAT 858
||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |||| || |||||| | ||
Sbjct 674 TTCAGATCTTGTTAATGTCCGGAAAGTACTTGGATCACATTCTAAGAGTATAATGTTGAT 733
Query 859 GTCAAAGGTTGAGAACCAGGAAGGTGTGATTAACTTT-GATGAGATCTTGCGTGAAACAG 917
||| |||||||||||||||||||| ||| | || ||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 734 GTCGAAGGTTGAGAACCAGGAAGGAGTGCTGAA-TTTCGATGAGATCTTGCGTGAAACTG 792
Query 918 ATGCGTTCATGGTTGCCCGTGGTGATCTCGGGATGGAGATTCCGATAGAGAAGATCTTCT 977
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 793 ATGCATTCATGGTTGCCCGTGGTGATCTCGGGATGGAGATTCCGATAGAGAAGATTTTCT 852
Query 978 TGGCTCAAAAGTTGATGATCTACAAGTGTAACCTTGCGGGTAAACCGGTGGTCACAGCCA 1037
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 853 TGGCTCAAAAGATGATGATCTACAAGTGTAACCTTGCGGGTAAACCAGTGGTCACAGCCA 912
Query 1038 CTCAGATGCTGGAGTCAATGATCAAATCACCTCGGCCAACCCGAGCTGAAGCCACAGATG 1097
|||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 913 CTCAAATGCTCGAGTCTATGATCAAATCACCACGGCCAACACGAGCTGAAGCCACAGATG 972
Query 1098 TTGCAAATGCTGTTCTTGATGGTACTGACTGTGTGATGCTTAGCGGTGAGAGTGCAGCAG 1157
| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||
Sbjct 973 TAGCAAACGCAGTTCTCGATGGCACTGACTGTGTGATGCTCAGCGGAGAAAGTGCTGCAG 1032
Query 1158 GAGCTTATCCGGAAATAGCTGTGAAAGTCA-TGGCTAAGATCTGCATTGAAGCCGAATCC 1216
||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||| || || |||||
Sbjct 1033 GAGCTTACCCGGAAATAGCAGTGAAAA-CAATGGCTAAAATCTGCATCGAGGCGGAATCA 1091
Query 1217 TCGCTTGATTACAACACAATCTTTAAAGAGATGATCCGAGCAACTCCACTTCCAATGAGC 1276
|||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1092 TCGCTTGACTACAACACAATCTTCAAGGAAATGATTAGAGCAACTCCGCTTCCAATGAGC 1151
Query 1277 CCACTCGAGAGTCTTGCATCATCCGCTGTACGGACTGCTAACAAAGCGAGGGCAAAACTC 1336
|||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| | || ||||||
Sbjct 1152 ACACTTGAGAGTCTTGCATCATCAGCTGTACGAACTGCAAACAAAGCCAAAGCCAAACTC 1211
Query 1337 ATCATTGTGTTGACACGTGGAGGTTCAACTGCTAATCTCGTGGCTAAATACAGACCGGCT 1396
||||| |||||||| || |||||| |||| ||||| || |||||||| || |||||||||
Sbjct 1212 ATCATCGTGTTGACCCGAGGAGGTACAACAGCTAAACTGGTGGCTAAGTATAGACCGGCT 1271
Query 1397 GTTCCGATTCTGTCAGTGGTTGTCCCGGT-TATGACCA-CTGATTCCTTTGACTGGTCTT 1454
||||| ||||| || |||||||| ||||| | | |||| | ||| ||||| ||||| ||
Sbjct 1272 GTTCCAATTCTATCGGTGGTTGTTCCGGTCT-TCACCAGC-GATACCTTTAACTGGAGTT 1329
Query 1455 GTAGTGACGAGTCACCTGCAAGGCATAGTCTGATATACAGAGGTCTAATCCCTATGTTGG 1514
| || || |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || || | ||||
Sbjct 1330 GCAGCGATGAGTCACCGGCAAGGCATAGTTTGATATATAGAGGTCTGATTCCGGTTTTGG 1389
Query 1515 CTGAAGGATCTGCAAAGGCAACAGATAGTGAAGCCACCGAAGTTATCATTGAAG-CTGCT 1573
||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||| || ||||| | |||||
Sbjct 1390 GTGAAGGATCTGCAAAAGCAACTGATAGTGAATCTACAGAAGAGATTATTGA-GTCTGCT 1448
Query 1574 CTGAAGTCGGCTACTCAGAGAGGACTGTGCAACCGTGGTGATGCAATCGTGGCGCTGCAC 1633
||||||| || || ||| ||||||||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||
Sbjct 1449 TTGAAGTCAGCGACAGAGAAAGGACTGTGTAACCATGGTGATGCTGTGGTGGCTCTGCAC 1508
Query 1634 CGTATTGGAGCTGCCTCAGTTATTAAGATCTGTGTGGTTAAGTGA 1678
|||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1509 CGTATTGGAGCTGCTTCGGTTATCAAGATCTGTGTGGTGAAGTGA 1553
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68295809285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5