BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G08650.1 Length=2300 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg487706 jgi|Araly1|487706|fgenesh2_kg.6__840__AT5G08650.1 3596 0.0 > Ahg487706 jgi|Araly1|487706|fgenesh2_kg.6__840__AT5G08650.1 Length=2178 Score = 3596 bits (1947), Expect = 0.0 Identities = 2117/2196 (96%), Gaps = 24/2196 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 CTCTCAAAACAGTAGAGAGAGGTGTAGAGAGCTTAGACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 60 ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CTCTCAAAACAGT----AGAGGTGTAGAGA-CTTACACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 55 Query 61 CTATGGACTTATCTTCTCCTCCAACGTTTTTCTTATCCGGAACTTCTACA------TCTT 114 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 56 CTATGGACTTA---TCTCCTCCAACGTTCTTCTTATCCGGAACTTCTACATCTTCTTCTT 112 Query 115 CCCCATCTCTCCGTCGTCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTAATC 174 |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 113 CCCCTTCTGTCCGTCGCCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTTATC 172 Query 175 GGAAGTTACAGATACTTTGCCAAGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGCGGTCTCTCTG 234 | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 173 GTAAGTTACAGATACTTTGCCAGGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGTGGTCTCTCTG 232 Query 235 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCAATTT 294 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 233 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCGATTT 292 Query 295 CGAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 354 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 293 CAAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 352 Query 355 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 353 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 412 Query 415 ATAACATGGACTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 474 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 413 ATAACATGGATTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 472 Query 475 GTTATGTTTATGAAGATACACCGTTTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 534 |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 473 GTTATGTTTATGAAGATACACCATATTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 532 Query 535 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTGG 594 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 533 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTCG 592 Query 595 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 654 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 593 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 652 Query 655 ACCTCGAAATTATTCCCGTTTTAAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGCCAGAGAAAG 714 |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 653 ACCTCGAAATTATTCCTGTTTTGAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGTCAGAGAAAG 712 Query 715 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGTTCGG 774 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 713 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGCTCAG 772 Query 775 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCTGCAC 834 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 773 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCGGCAC 832 Query 835 CTCTCGATACTGCAGGAAAGCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 894 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 833 CTCTCGATACTGCAGGAAATCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 892 Query 895 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGAGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 954 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 893 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGTGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 952 Query 955 tttttttCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTTGCGGATGAAGTCGGAGTTCTATCTCCAA 1014 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 953 TTTTTTTCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTCGCGGATGAAGTTGGAGTTCTATCTCCAA 1012 Query 1015 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1074 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1013 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1072 Query 1075 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1073 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1132 Query 1135 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTCTGTGGTCTTTTTCCAGTTG 1194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1133 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTTTGTGGCCTTTTTCCAGTTG 1192 Query 1195 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1254 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1193 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1252 Query 1255 CATTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCGAGTGCCATGGGATTTGGCTTTAGATGCGGGTTTT 1314 || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1253 CACTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCAAGTGCCATGGGTTTTGGCTTTAGATGCGGTTTTT 1312 Query 1315 TGGGTCTTCTCCACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1374 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1313 TGGGTCTTCTACACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1372 Query 1375 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1373 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1432 Query 1435 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1494 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1433 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1492 Query 1495 ACGTTAAGATTGAACTGCTCACACCAAAAGACTATATTGGTGCGCTTATGGAGCTCGCTC 1554 | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 1493 ATGTTAAGATTGAGCTGCTTACACCAAAAGACTATATCGGTGCGCTTATGGAGCTCGCCC 1552 Query 1555 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATAGCTGAGAACAGAGCTTCAATCC 1614 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1553 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATTGCTGAGAACAGAGCTTCGATCC 1612 Query 1615 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGTGATTTCTTTGACCAATTGAAGTCGAGAA 1674 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1613 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGAGATTTCTTTGATCAATTGAAGTCGAGAA 1672 Query 1675 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCCGTTATTGGGTACAGGGAAAGTGATCTGATAA 1734 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1673 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCAGTTATTGGGTACAGGGAAAGCGATCTGATAA 1732 Query 1735 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGGG 1794 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1733 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGAG 1792 Query 1795 ATAAGGCATATTCCGTTGGGAGAGCTTTGACTCAGAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1854 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1793 ATAAGGCATATTCTGTTGGGAGAGCTTTGACTCAAAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1852 Query 1855 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1914 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1853 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1912 Query 1915 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1974 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1913 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1972 Query 1975 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2034 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1973 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2032 Query 2035 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCCGTTCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2094 ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2033 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCGGTCCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2092 Query 2095 TTGTGGGTTTCTCCACTGAGTCACTCAAGATTCACTACATCATATTTTATTTTATCATTT 2154 ||||||||||||||||| | | ||| | |||| || |||||| |||| |||| || Sbjct 2093 TTGTGGGTTTCTCCACTT--T---T-AAG-T-CACT-CAA-ATATTTCATTTGATCACTT 2142 Query 2155 TGTAATATTCTGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2190 |||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2143 TGTAATGTTATGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2178 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 86617217130 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5