BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G10690.1 Length=1912 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg940537 jgi|Araly1|940537|scaffold_601081.1 2778 0.0 > Ahg940537 jgi|Araly1|940537|scaffold_601081.1 Length=1769 Score = 2778 bits (1504), Expect = 0.0 Identities = 1691/1780 (95%), Gaps = 17/1780 (1%) Strand=Plus/Plus Query 100 AGCTTCTGGTCTCCTTGAAGATGAATCGGATTTCAGCTATTTCTACTCTTGTCACTCCTC 159 ||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| | ||| Sbjct 1 AGCCTCCGGTTTCTTTGAAGATGTATCGGATTTCAGCTACTTCTAATCTTGT--C-CCT- 56 Query 160 TCCCTCTTCTTCCGTCGTGCTCCTTTGTTCCGACACGACGGTGTTATCCTCGCAGAGCTA 219 | || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 57 T---TC--CTTCCGTCGTCCTCCTTCGTTCCGACACGACGGTGTTATCCTCGCAGAGCTA 111 Query 220 CTCCTTATTCCAGGCGAATCAATCTCAAGCCTCTCACTTCTCGCATTGTTCTCCTCACGC 279 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 112 CTCCTTACTCCAGGCGTATCAATCTCAAGCCTCTCACCTCTCGCATTGTTCTCCTCACGC 171 Query 280 GCCGTCGTCAGCTTGGTCAGATCGTGGAGGAGGTAGAAGCCGCTAAGAAACGGTATGGGA 339 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 172 GCCGTCGTCAGCTTGGTCAGATCGTGGAGGAGGTGGAAGCAGCTAAGAAACGGTATGGGA 231 Query 340 GGCTCAACACAATTGTGATGAACTCAGTTCTCGAAGCTTGCGTTCACTGTGGAAATATTG 399 |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 232 GGCTTAACACAATTGTGATGAACTCAGTTCTAGAAGCTTGCGTTCACTGTGGAAATATCG 291 Query 400 ATTTGGCTCTTCGGATGTTCCATGAGATGGCGGAACCTGGTGGAATTGGAGTCGACTCTA 459 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 292 ATTTGGCTCTTCGGATGTTTCATGAGATGGCGGAACCTGGTGGGATTGGAGTCGACTCTA 351 Query 460 TTAGTTACGCTACTATCTTGAAGGGATTGGGTAAGGCTCGGAGGATTGATGAAGCGTTCC 519 |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 352 TTAGTTACGCCACTATCTTGAAGGGATTGGGGAAGGCTCGGAGGATTGACGAAGCGTTCC 411 Query 520 AAATGCTGGAGACTATAGAGTATGGAACTGCTGCTGGGACTCCCAAATTGTCATCATCTC 579 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| Sbjct 412 AAATGCTGGAGTCTATAGAGCATGGAACTGCTGCTGGGAATCCTAAGTTGTCATCATCTC 471 Query 580 TTATCTATGGTCTGCTTGACGCTCTTATCAATGCTGGAGATTTACGTCGTGCCAATGGTC 639 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 472 TTATCTATGGTCTGCTTGACGCTCTTATCAATGCTGGAGATTTACGTCGTGCCAATGGTC 531 Query 640 TGCTTGCACGATATGATATTTTGCTTCTAGATCATGGTACTCCGTCAGTTCTTATCTATA 699 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| Sbjct 532 TGCTTGCACGATATGATATTTTGCTTCTAGATCATGGCACCCCGTCAGTTCTCATCTATA 591 Query 700 ACTTGCTGATGAAGGGCTATGTCAACTCAGAATCTCCGCAAGCTGCAATAAATTTGCTGG 759 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 592 ACTTGTTGATGAAGGGCTATGTCAACTCAGAATCTCCGCAAGCTGCAATAAATTTGCTGG 651 Query 760 ATGAAATGTTACGCCTTAGATTGGAGCCAGATAGGTTGACCTACAATACTTTGATCCATG 819 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 652 ATGAAATGTTACGCCTTAGATTGGAGCCTGATAGGTTGACTTACAATACTTTGATCCATG 711 Query 820 CCTGCATTAAGTGTGGCGACT-TGGATGCGGCTATGAAGTTTTTCAATGATATGAAGGAG 878 ||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 712 CCTGCATCAAGTGTGGCGA-TATGGATGTGGCTATGAAGTTTTTCAAGGAAATGAAGGAG 770 Query 879 AAAGCAGAGGAATATTACGACGATTTTCTTCAGCCAGATGTTGTAACCTACACCACTTTG 938 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 771 AAAGCAGAGGAATATTATGACGATTTTCTTCAGCCAGATGTTGTAACATACACCACTTTG 830 Query 939 GTGAAGGGGTTTGGGGATGCAACGGATCTGTTATCACTGCAGGAAAtttttttGGAAATG 998 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 831 GTGAAGGGGTTTGGGGATGCAAAGGATCTGTTATCACTGCAGGAAATATTTTTGGAAATG 890 Query 999 AAATTGTGTGAGAACGTGTTCATTGACCGAACTGCATTTACAGCAGTAGTTGATGCCATG 1058 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 891 AAATTGTGTGATAACGTGTTCATTGACCGAACTGCATTTACAGCAGTAGTTGATGCTATG 950 Query 1059 CTGAAGTGTGGTTCAACAAGCGGGGCCCTTTGTGTATTTGGTGAGATATTGAAGAGAAGT 1118 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 951 CTGAAGTGTGGTTCAACAAGCGGGGCCCTTTGTGTATTTGGTGAGATATTGAAGAGAAGT 1010 Query 1119 GGAGCTAATGAAGTCTTGCGACCAAAGCCTCACTTGTACCTGTCTATGATGCGTGCGTTT 1178 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1011 GGAGCTAACGAAGTCTTGCGACCAAAGCCTCACTTGTACCTGTCTATGATGCGTGCTTTT 1070 Query 1179 GCTGTCCAAGGGGATTATGGAATGGTTAGAAATCTGTATCTTCGCTTATGGCCGGATTCT 1238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1071 GCTGTCCAAGGGGATTATGGAATGGTTAGAAATCTGTATCTTCGCTTATGGCCGGATTCT 1130 Query 1239 TCAGGATCAATCTCCAAGGCGGTTCAACAAGAAGCTGATAATCTCCTGATGGAAGCAGCT 1298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1131 TCAGGATCAATCTCCAAGGCGGTTCAACAAGAAGCTGATAATCTCCTGATGGAAGCAGCT 1190 Query 1299 CTCAATGATGGCCAGCTCGATGAGGCCCTAGGGATTCTTTTAAGTATCGTGAGAAGGTGG 1358 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| Sbjct 1191 CTCAATGCTGGCCAGCTCGATGAGGCCCTAGGGATTCTTTCAAGTATCGTTAGAAGGTGG 1250 Query 1359 AAGACAATACCTTGGACGACTAGTGGAGGCATGGCTGCTGTCCGCCTAGAAACATTGTTG 1418 ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| |||||||| Sbjct 1251 AAGGCAATACCTTGGACGACTAGTGGAGGC-TG-CTG-T--CCGCCTAGAAGCATTGTTG 1305 Query 1419 GGGTTTTCCAAGTCTATATTGCGTCCACATCTACTTAGTAAGGTGATACCAAGTGAACCA 1478 ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1306 GGGTTTTCCAA-TCTATATTGCGCCCGCATCTACTTAGTAAGGTGATACCAAGTGAACCA 1364 Query 1479 ATAGAAAGCATTATGATTCGATTTGAAGCCACTCGGCCACTGCTAGGCACTCTGCAGTTG 1538 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1365 ATAGAAAACATTATGATTCGATTTGAAGCCACTCAGCCACTGCTAGGCACTCTGCAGTTG 1424 Query 1539 AAGAATGTGGCCATGCGGTTTTTCAAGGAGCAAGTTGTACCAATTGTAGACGACAGGGGA 1598 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1425 AAGAATGTGGTCATGCGGTTTTTCAAGGAGCAAGTTGTACCAATTGTAGACGACTGGGGA 1484 Query 1599 AGCTGCATAGGCCTTTTGCATCGGGAGGATTGCAATAACCTTGATGCGCCATTGGTCTCA 1658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1485 AGCTGCATAGGCCTTTTGCATCGGGAGGATTGCAACAATCTTGATGCGCCATTGGTCTCA 1544 Query 1659 ATGATGAGAAGCCCGCCCACATGTGTGAGTACAACAACATCGATTGGTCGTGTGGTAGAT 1718 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1545 ATGATGAGAAGCCCGCCCACATGTGTGAATACAACAACATCGATTGGTCGTGTCGTGGAT 1604 Query 1719 CTAGTTTTGGAAAAGAAGCTTAAGATGGTTATAGTTGTTCACTGCGGGAATTTTAGTGGG 1778 || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| Sbjct 1605 CTGGTTTTGGAAAAGAAACTTAAGATGGTTATAGTTGTTCATTGCGGAAATCTTAGTGGG 1664 Query 1779 AGCGGTTATAGCTCAAAGGCAGTAGGAGCTTTTACAAGAGCACAATTGTATCGGCTATTT 1838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1665 GGTGGTTATAGCTCAAAGGCAGTAGGAGCTTTTACAAGAGCACAATTGTATCGGCTATTT 1724 Query 1839 GAATCAGAACAAAAGCTGCTTTAGTGAATGTAAGTAATAT 1878 || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1725 GAGCCAGAACAACAGCTGCTTTAGTAAATGTAAGTAATAT 1764 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 71838202070 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5