BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12200.1
Length=1852
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488062 jgi|Araly1|488062|fgenesh2_kg.6__1196__AT5G12200.1 2763 0.0
> Ahg488062 jgi|Araly1|488062|fgenesh2_kg.6__1196__AT5G12200.1
Length=1773
Score = 2763 bits (1496), Expect = 0.0
Identities = 1688/1779 (95%), Gaps = 20/1779 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATTGATCGGCCAATAACAAAAAGAGAATGGAAACAATGATAGGAA---GCTGAATCAAG 57
||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 AATTGATCGGCCAATAA-ACAGAGAGAATGGAAACAATGATAGGAAGCTGCTGAATCAAG 59
Query 58 CAAGA--CTCGCGAGAAGCTGAATCATCAATGGCTCTGGATGCATTCTTCTTCATCGTCT 115
||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 60 CAAGACTCTCACGAGAAGCTTCTTCATCAATGGCGCTGGATGCAATCTTCTTCATCGTCT 119
Query 116 CTCTATTTCTTCTGTTTCCGTCACCATCCG-CGTCAGAATCCACTACTCAGTTTTGTAGT 174
||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CTCTATTCCTTCTGTTTCCGTCACCTTCCGTC-TCAGATTCCACTACTCAGTTTTGTAGT 178
Query 175 GCAGGGAGAGAGAATGGTGTGGGATCTTGTGGGGTTTCATCGACGAGGATTTTGATTAAA 234
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 179 GCAGGGGGAGAGTATGGTGTGGGATCTTGTGGGGTTTCATCGACGAGGATTTTGATCAAA 238
Query 235 GGAGGTACTGTTGTCAATGCACACCATCAAGAACTTGCTGATGTTTATGTGGAAAATGGT 294
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 239 GGAGGTACAGTTGTGAACGCACACCATCAAGAACTTGCTGATGTTTATGTGGAAGATGGA 298
Query 295 ATTATTGTCGCTGTGCAGCCAAACATTAAGGTTGGGGATGAAGTCACTGTCCTCGATGCT 354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 299 ATTATTGTCGCTGTGCAGCCAAACATTAAGGTTGGGGATGAAGTCACTGTACTCGATGCT 358
Query 355 ACTGGAAAGTTTGTCATGCCAGGAGGAATTGACCCCCACACGCACCTCGCCATGGAATTT 414
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 359 ACTGGAAAGTTTGTTATGCCAGGAGGAATTGACCCCCACACGCACCTCGCCATGGAGTTT 418
Query 415 ATGGGTACCGAGACTATTGATGATTTCTTCAGTGGTCAGGCAGCGGCATTAGCTGGTGGA 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 419 ATGGGTACCGAGACTATTGATGATTTCTTCAGTGGCCAGGCAGCAGCATTAGCTGGTGGA 478
Query 475 ACAACTATGCATATAGACTTTGTTATACCTGTCAATGGGAATCTGGTGGCTGGTTTTGAA 534
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 479 ACAACTATGCATATAGACTTTGTTATACCTGTCAATGGGAATCTTGTGGCTGGTTTTGAA 538
Query 535 GCCTATGAAAACAAATCTAGAGAATCTTGTATGGATTACGGTTTTCATATGGCAATCACA 594
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GCCTATGAAAACAAATCCAGAGAATCTTGTATGGATTATGGTTTTCATATGGCAATCACA 598
Query 595 AAGTGGGATGAAGGTGTTTCCAGGGACATGGAGATGTTGGTCAAGGAAAAGGGTATCAAC 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAGTGGGATGAAGGTGTTTCCAGGGACATGGAGATATTGGTCAAGGAAAAGGGTATCAAC 658
Query 655 TCTTTCAAGTTTTTCCTAGCGTATAAAGGATCTCTTATGGTAACTGATGACCTACTCCTA 714
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 659 TCTTTCAAGTTTTTCCTAGCATATAAAGGATCTCTTATGGTCACTGATGACCTCCTCCTG 718
Query 715 GAAGGACTTAAAAGATGCAAATCCCTCGGTGCCTTGGCCATGGTTCATGCTGAAAATGGA 774
||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GAAGGCCTCAAACGATGCAAATCCCTCGGTGCCTTGGCGATGGTTCATGCTGAAAATGGA 778
Query 775 GATGCAGTATTCGAAGGACAGAAAAGAATGATTGAACTGGGCATTACAGGTCCAGAGGGT 834
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GATGCTGTGTTCGAAGGACAGAAAAGAATGATTGAACTGGGCATTACAGGTCCAGAGGGT 838
Query 835 CATGCTCTTTCAAGGCCTCCTGTGCTCGAGGGAGAGGCCACTGCTAGAGCAATTCGTTTG 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 839 CATGCTCTTTCAAGGCCTCCTGTGCTCGAGGGAGAAGCCACTGCTCGAGCAATTCGTTTG 898
Query 895 GCTCGTTTTATTAACACGCCTCTCTATGTTGTTCATGTGATGAGTGTTGATGCAATGGAC 954
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GCTCGTTTTGTTAACACGCCTCTCTATGTTGTTCATGTGATGAGTGTTGATGCAATGGAC 958
Query 955 GAGATTGCTAAAGCTCGAAAATCAGGACAGAAGGTTATTGGAGAGCCTGTTGTGTCTGGA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GAGATTGCTAAAGCTCGAAAATCAGGACAGAAGGTTATTGGAGAGCCTGTTGTGTCTGGA 1018
Query 1015 TTAATCCTTGATGATCATTGGCTTTGGGATCCTGACTTCACAATTGCGTCCAAGTATGTC 1074
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TTAATCCTTGATGACCATTGGCTTTGGGATCCTGACTTCACAATTGCGTCCAAGTATGTC 1078
Query 1075 ATGAGTCCACCTATCAGACCAGTAGGACATGGGAAAGCCCTACAAGATGCCCTTTCCACA 1134
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATGAGTCCACCAATCAGACCAGTAGGACATGGGAAAGCTCTACAAGATGCCCTTTCCACA 1138
Query 1135 GGAATCCTTCAGCTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTA 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGAATCCTTCAGCTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTA 1198
Query 1195 GGACTTGATGATTTCCGCAGAATACCTAATGGTGTTAATGGCCTTGAGGAACGGATGCAC 1254
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1199 GGACTTGATGATTTCCGCAAAATACCTAATGGTGTTAATGGCCTTGAAGAACGGATGCAC 1258
Query 1255 TTGATATGGGACACGATGGTGGAGTCTGGCCAACTCTCAGCTACTGATTATGTTCGAATA 1314
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CTGATATGGGACACGATGGTGGGGTCTGGCCAAATCTCAGCTACTGATTATGTTCGAATA 1318
Query 1315 ACCAGCACTGAGTGTGCTAGAATTTTCAACATATATCCACGGAAAGGAGCTATCCTTGCT 1374
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ACCAGCACGGAATGTGCTAGAATTTTCAACATATATCCACGGAAAGGAGCTATCCTTGCT 1378
Query 1375 GGCTCGGATGCAGATATTATCATATTGAATCCAAACTCAAGCTACGAGATTAGCTCAAAG 1434
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGCTCGGATGCAGACATTATTATATTGAATCCAAACTCAAGCTACGAGATTAGCTCAAAG 1438
Query 1435 TCTCATCATTCAAGATCAGACACAAACGTCTACGAGGGCAGAAGAGGAAAGGGAAAAGTT 1494
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TCTCATCATTCAAGATCCGACACAAACGTCTACGAGGGCAGAAGAGGAAAGGGAAAAGTT 1498
Query 1495 GAAGTGACAATAGCAGGAGGACGAATTGTGTGGGAAAACGAGGAACTTAAAGTTGTTCCA 1554
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1499 GATGTGACAATAGCAGGAGGACGAATAGTGTGGGAAAATGAGGAGCTTAAAGTTGTTCCA 1558
Query 1555 AGAAGTGGCAAGTATATAGAGATGCCTCCTTTCAGTTACCTTTTCGATGGTATTGAGAAA 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1559 GGAAGTGGCAAGTATATAGAGATGCCTCCTTTCAGTTACCTTTTCGATGGGATTGAGAAA 1618
Query 1615 TCAGATGCTAATTATCTATCTTCTCTTCGAGCTCCAGTTAAGCGTGTCAGAACTGAAGCT 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCAGATGCTAATTATCTATCTTCTCTTCGAGCTCCTGTTAAGCGTGTCAGAACTGAAGCT 1678
Query 1675 ACGTAAA-GTGCAGGTATCT--ATCT-GCATATCGTGATTCTGTAAGAACAATTGTACAT 1730
|| |||| |||||||||||| || | | |||| || | || | | |||||||||||
Sbjct 1679 ACATAAAAGTGCAGGTATCTGCATATAGAATATTTTG-TACTTT--GTCCAATTGTACAT 1735
Query 1731 AA--TT-TGTATTAAAA-GTATTGAAAGAGCGATTATGA 1765
|| || |||||||||| | ||||||||||||||| |||
Sbjct 1736 AACATTCTGTATTAAAAAG-ATTGAAAGAGCGATTGTGA 1773
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69552787370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5