BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13630.1
Length=4524
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940828 jgi|Araly1|940828|scaffold_601372.1 7075 0.0
> Ahg940828 jgi|Araly1|940828|scaffold_601372.1
Length=4310
Score = 7075 bits (3831), Expect = 0.0
Identities = 4155/4313 (96%), Gaps = 16/4313 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 136 CAGCCGC-AAAATGGCTTCGCTTGTGTATTCTCCATTCACTCTATCCACTTCTAAAGCAG 194
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 10 CAGCCGCGAAAATGGCTTCGCTTGTGTATTCTCCATTCACTCTATCCACTTCTAAAGCAG 69
Query 195 AGCATCTCTCTTCGCTCACTAACAGTACCAAACATTCTTTCCTCCGGAAGAAACACAGAT 254
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 70 AGCATCTCTCTTCGCTCTCTAACAGTACCAAACATTCTTTCCTCCGGAAGAAACACAGAT 129
Query 255 CAACCAAACCAGC-CAAATCTTTCTTCAAGGTGAAATCTGCTGTATCTGGAAACGGCCTC 313
| | |||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 130 CGTCAAAACCAGCTC-TATCCTTCTTCAAGGTGAAATCTGCGGTATCTGGAAACGGCCTC 188
Query 314 TTCACACAGACGAACCCGGAGGTCCGTCGTATAGTTCCGATCAAGAGAGACAACGTTCCG 373
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 TTCACACAGACGAACCCGGAGGTCCGGCGTATAGTTCCGATCAAGAGAGACAACGTTCCG 248
Query 374 ACGGTGAAAATCGTCTACGTCGTCCTCGAGGCTCAGTACCAGTCTTCTCTCAGTGAAGCC 433
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 249 ACGGTGAAAATCGTCTACGTTGTCCTTGAGGCTCAGTACCAGTCTTCTCTCACTGAGGCC 308
Query 434 GTGCAATCTCTCAACAAGACTTCGAGATTCGCATCCTACGAAGTGGTTGGATACTTGGTC 493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 GTGCAATCTCTCAACAAGACTTCGAGATTCGCATCCTACGAAGTGGTTGGATACTTGGTA 368
Query 494 GAGGAGCTTAGAGACAAGAACACTTACAACAACTTCTGCGAAGACCTTAAAGACGCCAAC 553
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 GAGGAGCTTCGAGACAAGAACACGTACAACAACTTCTGCGAAGACCTTAAAGACGCCAAC 428
Query 554 ATCTTCATTGGTTCTCTGATCTTCGTCGAGGAATTGGCGATTAAAGTTAAGGATGCGGTG 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 429 ATCTTCATTGGTTCTCTGATCTTCGTCGAGGAATTGGCGATCAAAGTTAAAGATGCGGTG 488
Query 614 GAGAAGGAGAGAGACAGGATGGACGCAGTTCTTGTCTTCCCTTCAATGCCTGAGGTAATG 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 GAGAAGGAGAGAGACAGGATGGACGCAGTTCTTGTCTTCCCTTCAATGCCTGAGGTAATG 548
Query 674 AGACTGAACAAGCTTGGATCTTTTAGTATGTCTCAATTGGGTCAGTCAAAGTCTCCGTTT 733
||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 AGACTTAACAAACTCGGATCTTTCAGTATGTCTCAATTGGGTCAGTCAAAGTCTCCGTTT 608
Query 734 TTCCAACTCTTCAAGAGGAAGAAACAAGGCTCTGCTGGTTTTGCCGATAGTATGTTGAAG 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 TTCCAACTCTTCAAGAGGAAGAAACAAGGCTCTGCTGGTTTTGCCGATAGTATGTTGAAG 668
Query 794 CTTGTTAGGACTTTGCCTAAGGTTTTGAAGTACTTACCTAGTGACAAGGCTCAAGATGCT 853
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 CTTGTTAGGACATTGCCTAAGGTTTTGAAGTACTTACCTAGTGACAAGGCTCAAGATGCT 728
Query 854 CGTCTCTACATCTTGAGTTTACAGTTTTGGCTTGGAGGCTCTCCTGATAATCTTCAGAAT 913
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 729 CGTCTCTACATCTTGAGTTTACAGTTTTGGCTTGGAGGGTCTCCTGATAATCTCCAGAAT 788
Query 914 TTTGTTAAGATGATTTCTGGATCTTATGTTCCGGCTTTGAAAGGTGTCAAAATCGAGTAT 973
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 TTCGTTAAGATGATTTCCGGATCTTATGTTCCGGCGTTGAAAGGTGTCAAAATCGAGTAT 848
Query 974 TCGGATCCGGTTTTGTTCTTGGATACTGGAATTTGGCATCCACTTGCTCCAACCATGTAC 1033
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 849 TCGGATCCGGTTTTGTTCTTGGACACTGGAATTTGGCATCCACTTGCTCCCACCATGTAC 908
Query 1034 GATGATGTGAAGGAGTACTGGAACTGGTATGACACTAGAAGGGACACCAATGACTCACTC 1093
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 GATGATGTGAAGGAATACTGGAACTGGTATGACACGAGAAGGGACACCAATGACTCACTC 968
Query 1094 AAGAGGAAAGATGCAACGGTTGTCGGTTTAGTCTTGCAGAGGAGTCACATTGTGACTGGT 1153
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 AAGAGGAAAGATGCAACGGTTGTTGGTTTGGTCTTGCAGAGGAGTCACATTGTGACTGGT 1028
Query 1154 GATGATAGTCACTATGTGGCTGTTATCATGGAGCTTGAGGCTAGAGGTGCTAAGGTCGTT 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1029 GATGATAGTCACTATGTGGCTGTTATCATGGAGCTTGAGGCTAGAGGCGCTAAGGTTGTT 1088
Query 1214 CCTATATTCGCAGGAGGGTTGGATTTCTCTGGTCCAGTAGAGAAATATTTCGTAGACCCG 1273
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1089 CCTATATTCGCAGGAGGATTGGATTTCTCTGGTCCAGTTGAGAAATATTTCGTAGATCCG 1148
Query 1274 GTGTCGAAACAGCCCATCGTAAACTCTGCTGTCTCCTTGACTGGTTTTGCTCTTGTTGGT 1333
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 1149 GTGTCCAAACAGCCCATCATAAACTCTGCTGTCTCCTTGACCGGCTTTGCTCTAGTTGGT 1208
Query 1334 GGACCTGCAAGGCAGGATCATCCCAGGGCTATCGAAGCCCTGAAAAAGCTCGATGTTCCT 1393
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1209 GGACCTGCAAGGCAGGATCATCCGAGGGCTATCGAAGCCCTGAAGAAGCTCGATGTTCCT 1268
Query 1394 TACCTTGTGGCAGTACCACTGGTGTTCCAGACGACAGAGGAATGGCTAAACAGCACACTT 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 TACCTTGTGGCAGTACCACTGGTGTTCCAGACGACAGAGGAATGGCTAAACAGCACACTT 1328
Query 1454 GGTCTGCATCCCATCCAGGTGGCTCTGCAGGTTGCCCTCCCTGAGCTTGATGGAGCGATG 1513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1329 GGTCTGCATCCCATCCAGGTGGCTCTGCAGGTTGCCCTCCCTGAGCTTGATGGAGCCATG 1388
Query 1514 GAGCCAATCGTTTTCGCTGGTCGTGACCCTAGAACAGGGAAGTCACATGCTCTCCACAAG 1573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 GAGCCAATCGTTTTCGCTGGTCGTGACCCTAGAACAGGGAAGTCACATGCTCTCCACAAA 1448
Query 1574 AGAGTGGAGCAACTCTGCATCAGAGCGATTCGATGGGGTGAGCTCAAAAGAAAAACTAAG 1633
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AGAGTTGAGCAACTCTGCATCAGGGCGATTCGATGGGGTGAGCTCAAAAGAAAAACTAAG 1508
Query 1634 GCAGAGAAGAAGCTGGCAATCACTGTTTTCAGTTTCCCACCTGATAAAGGTAATGTAGGG 1693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 GCAGAGAAGAAGCTGGCAATCACTGTTTTCAGTTTCCCACCTGATAAAGGTAATGTAGGG 1568
Query 1694 ACTGCAGCTTACCTCAATGTGTTTGCTTCCATCTTCTCGGTGTTAAGAGACCTCAAGAGA 1753
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1569 ACTGCAGCTTACCTCAACGTGTTTGCTTCCATCTTCTCGGTCCTAAAAGACCTCAAGAGA 1628
Query 1754 GATGGCTACAATGTTGAAGGCCTTCCTGAGAATGCAGAGACTCTTATTGAAGAAATCATT 1813
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 GATGGCTACAATGTTGAGGGCCTTCCTGAGAATGCAGAGACTCTTATTGAAGAAATCATT 1688
Query 1814 CATGACAAGGAGGCTCAGTTCAGCAGCCCTAACCTCAATGTAGCTTACAAAATGGGAGTC 1873
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 CATGACAAGGAGGCTCAGTTCAGCAGTCCTAATCTCAATGTAGCTTACAAAATGGGAGTC 1748
Query 1874 CGTGAGTACCAAGACCTCACTCCTTATGCAAATGCCCTGGAAGAAAACTGGGGGAAACCT 1933
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1749 CGCGAGTACCAAGACCTCACTCCTTATGCAAATGCCCTGGAAGAAAACTGGGGAAAACCT 1808
Query 1934 CCGGGGAACCTTAACTCAGATGGAGAGAACCTTCTTGTCTATGGAAAAGCGTACGGTAAT 1993
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1809 CCGGGGAACCTTAACTCAGATGGAGAGAATCTTCTTGTCTATGGAAAAGAGTACGGTAAT 1868
Query 1994 GTTTTCATCGGAGTGCAACCAACATTTGGGTATGAAGGTGATCCCATGAGGCTGCTTTTC 2053
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 GTTTTCATCGGAGTCCAACCGACATTTGGGTATGAAGGTGATCCCATGAGGCTGCTTTTC 1928
Query 2054 TCCAAGTCAGCAAGTCCTCATCACGGTTTTGCTGCTTACTACTCTTATGTAGAAAAGATC 2113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1929 TCCAAGTCAGCAAGTCCTCATCACGGTTTTGCTGCTTACTACTCTTACGTAGAAAAGATC 1988
Query 2114 TTCAAAGCTGATGCTGTTCTTCATTTTGGAACACATGGTTCTCTCGAGTTTATGCCCGGG 2173
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1989 TTCAAAGCTGATGCTGTCCTTCATTTTGGAACACATGGTTCACTCGAGTTTATGCCAGGG 2048
Query 2174 AAGCAAGTGGGAATGAGTGATGCTTGTTTTCCCGACAGTCTTATCGGGAACATTCCCAAT 2233
||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2049 AAGCAAGTGGGAATGAGCGACGCTTGCTTTCCAGACAGTCTTATCGGTAACATTCCCAAT 2108
Query 2234 GTCTACTATTATGCAGCTAACAATCCCTCTGAAGCTACCATTGCAAAGAGGAGAAGTTAT 2293
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2109 GTGTACTACTACGCAGCTAACAATCCCTCTGAAGCTACCATCGCAAAGAGGAGAAGTTAC 2168
Query 2294 GCCAACACCATCAGTTATTTGACTCCTCCAGCTGAGAATGCTGGTCTATACAAAGGGCTG 2353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2169 GCCAACACCATCAGTTATTTGACTCCTCCAGCTGAGAATGCTGGTCTATACAAAGGGCTG 2228
Query 2354 AAGCAGTTGAGTGAGCTGATATCGTCCTATCAGTCTCTGAAGGACACGGGGAGAGGTCCA 2413
||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229 AAGCAGTTGAGCGAGCTGATATCGTCGTACCAGTCTCTGAAGGACACGGGGAGAGGTCCA 2288
Query 2414 CAGATCGTCAGTTCCATCATCAGCACAGCTAAGCAATGTAATCTTGATAAGGATGTGGAT 2473
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289 CAGATTGTCAGTTCCATCATCAGCACAGCTAAGCAATGTAATCTTGATAAGGATGTGGAC 2348
Query 2474 CTTCCAGATGAAGGCTTGGAGTTGTCACCTAAAGACAGAGATTCTGTGGTTGGGAAAGTT 2533
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2349 CTTCCAGATGAAGGGGCGGAGTTGTCACCTAATGACAGGGATTCTGTGGTTGGAAAAGTG 2408
Query 2534 TATTCCAAGATTATGGAGATTGAATCAAGGCTTTTGCCGTGCGGGCTTCACGTCATTGGA 2593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2409 TATTCCAAGATTATGGAGATTGAATCAAGGCTTTTGCCGTGCGGGCTTCACGTCATTGGA 2468
Query 2594 GAGCCTCCATCCGCCATGGAAGCTGTGGCCACACTGGTCAACATTGCTGCTCTAGATCGT 2653
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2469 GAGCCTCCATCCGCCATGGAAGCTGTAGCCACACTGGTCAACATTGCTGCTCTAGATCGC 2528
Query 2654 CCGGAGGATGAGATTTCAGCTCTTCCTTCTATATTAGCTGAGTGTGTTGGAAGGGAGATA 2713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2529 CCGGAGGATGAGATTTCAGCTCTTCCTTCTATATTAGCTGAGTGTGTTGGAAGGGAGATA 2588
Query 2714 GAGGATGTTTACAGAGGAAGCGACAAGGGTATCTTGAGCGATGTAGAGCTTCTCAAAGAG 2773
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589 GAGGATGTTTACAGAGGAAGTGACAAGGGTATCTTGAGCGATGTAGAGCTTCTCAAAGAG 2648
Query 2774 ATCACTGATGCCTCACGTGGCGCTGTTTCCGCCTTTGTGGAAAAAACAACAAATAGCAAA 2833
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2649 ATCACTGATGCCTCGCGTGGCGCGGTTTCCGCCTTTGTGGAAAAAACAACAAATAGCAAA 2708
Query 2834 GGACAGGTGGTGGATGTGTCTGACAAGCTTACCTCGCTTCTTGGGTTTGGAATCAATGAG 2893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2709 GGACAGGTGGTGGATGTGTCTGACAAGCTTACCTCGCTTCTCGGGTTTGGAATCAATGAG 2768
Query 2894 CCATGGGTTGAGTATTTGTCCAACACCAAGTTCTACAGGGCGAACAGAGATAAGCTCAGA 2953
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2769 CCATGGGTTGAGTATTTGTCCAACACCAAGTTTTACCGGGCGAACAGAGATAAGCTCAGA 2828
Query 2954 ACAGTGTTTGGTTTCCTTGGAGAGTGCCTGAAGTTGGTGGTCATGGACAACGAACTAGGG 3013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2829 ACAGTGTTTGGTTTCCTTGGAGAGTGCCTGAAGTTGGTGGTCATGGACAACGAACTAGGG 2888
Query 3014 AGTCTAATGCAAGCTTTGGAAGGCAAGTACGTCGAGCCTGGCCCCGGAGGTGATCCCATC 3073
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2889 AGTCTAATGCAAGCTTTGGAAGGGAAGTACGTTGAGCCAGGACCCGGAGGTGATCCCATC 2948
Query 3074 AGAAACCCAAAGGTCTTACCAACCGGTAAAAACATCCATGCCTTAGATCCTCAGGCTATT 3133
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2949 AGAAACCCCAAGGTCTTACCAACCGGTAAAAACATTCATGCCTTAGATCCTCAGGCTATT 3008
Query 3134 CCCACAACAGCAGCAATGGCAAGTGCCAAGATTGTGGTTGAGAGGTTGGTAGAGAGACAG 3193
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3009 CCCACAACAGCAGCAATGGCTAGTGCCAAGATTGTGGTCGAGAGGTTGGTAGAGAGACAG 3068
Query 3194 AAGCTCGAAAACGAAGGGAAATATCCCGAGACAATCGCGCTTGTTCTTTGGGGAACTGAC 3253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 3069 AAGCTCGAAAACGAAGGGAAATATCCCGAGACAATCGCCCTTGTTCTCTGGGGAACTGAC 3128
Query 3254 AACATCAAAACATATGGGGAGTCTCTTGGGCAGGTTCTTTGGATGATTGGTGTGAGACCA 3313
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3129 AACATCAAGACATATGGGGAGTCTCTTGGGCAGGTTCTTTGGATGATTGGTGTGAGACCA 3188
Query 3314 ATTGCTGATACTTTTGGAAGAGTGAACCGTGTCGAGCCTGTGAGCTTAGAAGAACTAGGA 3373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3189 ATTGCTGATACTTTTGGAAGAGTGAACCGTGTCGAGCCTGTGAGCTTAGAAGAACTAGGA 3248
Query 3374 AGGCCGAGGATCGATGTAGTTGTTAACTGCTCAGGGGTCTTCCGTGATCTCTTTATCAAC 3433
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3249 AGGCCAAGGATCGATGTAGTTGTTAACTGCTCAGGGGTGTTCCGTGATCTCTTTATCAAT 3308
Query 3434 CAGATGAACCTTCTTGACCGAGCTATCAAGATGGTGGCGGAGCTAGATGAGCCTGTAGAG 3493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3309 CAGATGAACCTTCTTGACCGAGCTATCAAGATGGTGGCTGAGCTAGATGAGCCTGTAGAG 3368
Query 3494 CAAAATTTTGTAAGGAAACACGCGTTGGAACAAGCAGAGGCGCTTGGCATTGATATTAGA 3553
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3369 CAAAACTTTGTGAGAAAACACGCGTTGGAACAAGCAGAGGCGCTTGGCATTGATATTAGA 3428
Query 3554 GAGGCAGCGACAAGAGTTTTCTCAAACGCTTCAGGGTCATACTCAGCCAACATCAGTCTT 3613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3429 GAGGCAGCGACAAGAGTTTTCTCAAACGCTTCAGGGTCATACTCAGCAAACATCAGTCTT 3488
Query 3614 GCTGTTGAAAACTCGTCATGGAACGATGAGAAACAGCTTCAGGACATGTACTTGAGCCGC 3673
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3489 GCTGTTGAAAACTCTTCATGGAACGATGAGAAACAGCTTCAGGACATGTACTTGAGCCGC 3548
Query 3674 AAATCGTTTGCGTTTGATAGTGATGCTCCTGGAGCAGGAATGGCTGAGAAGAAGCAGGTC 3733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3549 AAATCGTTTGCGTTTGATAGTGATGCTCCTGGAGCAGGAATGGCTGAGAAGAAGCAGGTC 3608
Query 3734 TTTGAGATGGCTCTTAGCACTGCAGAAGTCACCTTCCAGAACCTGGATTCTTCAGAGATT 3793
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3609 TTTGAGATGGCTCTTAGCACTGCAGAAGTCACCTTCCAGAACCTAGATTCTTCAGAGATT 3668
Query 3794 TCTTTGACTGATGTGAGCCACTACTTCGATTCTGACCCTACAAATCTAGTTCAGAGTTTG 3853
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3669 TCCTTGACTGATGTGAGCCACTACTTCGACTCTGACCCGACAAATCTAGTTCAGAGTTTG 3728
Query 3854 AGGAAGGATAAGAAGAAACCAAGCTCTTACATTGCTGACACTACAACTGCAAACGCGCAG 3913
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 3729 AGGAAGGATAAGAAGAAACCGAGCTCTTACATTGCTGATACAACAACTGCAAACGCACAG 3788
Query 3914 GTGAGGACACTATCTGAGACAGTGAGGCTGGACGCAAGAACAAAGCTGCTGAATCCAAAG 3973
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3789 GTGAGGACTCTATCTGAGACAGTGAGGCTGGACGCAAGAACGAAGCTGCTGAATCCAAAG 3848
Query 3974 TGGTACGAAGGAATGATGTCAAGTGGATATGAAGGAGTTCGTGAGATAGAGAAGAGACTG 4033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 TGGTACGAAGGAATGATGTCAAGTGGATATGAAGGAGTTCGTGAGATAGAGAAGAGACTG 3908
Query 4034 TCCAACACTGTGGGATGGAGTGCAACGTCAGGTCAAGTAGACAATTGGGTCTACGAGGAG 4093
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3909 TCAAACACTGTGGGATGGAGTGCAACGTCCGGTCAAGTAGACAATTGGGTGTACGAGGAG 3968
Query 4094 GCCAACTCAACTTTCATCCAAGACGAGGAGATGCTGAACCGTCTCATGAACACCAATCCC 4153
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3969 GCCAACTCAACTTTCATCCAAGATGAGGAGATGCTTAACCGTCTCATGAACACCAATCCC 4028
Query 4154 AACTCCTTCAGGAAAATGCTTCAGACTTTCTTGGAGGCCAATGGTCGTGGCTACTGGGAC 4213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4029 AACTCCTTCAGGAAAATGCTTCAGACTTTCTTGGAGGCCAATGGTCGCGGCTACTGGGAT 4088
Query 4214 ACTTCCGCTGAAAACATAGAGAAGCTCAAGGAATTGTACTCGCAGGTGGAAGACAAGATC 4273
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4089 ACTTCCGCTGAAAACATCGAGAAGCTCAAGGAATTGTACTCGCAGGTGGAAGACAAGATC 4148
Query 4274 GAAGGGATCGATCGATAAACAATGGGATATAAGCCTTTCTTCTTGTAAATGAACTTAAAA 4333
|||||||| ||| ||||||| | | | |||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 4149 GAAGGGATTGATAGATAAAC--T---A-A---GCCTATCTTCTTGTAAATGAACTCAAA- 4198
Query 4334 CTTTATTTTT--GTGTATTACAGTATTCTACCAAACGACATCATCTCTCTGTGAATAAGA 4391
|||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4199 CTTTATTTTTTTGTGTATTACAGTATCCTACCAA-CGACATTATCTCTCTGTGAATAAGA 4257
Query 4392 GAATGTTTTGGCTGACATTTTCTGACTTTATATGAATGTTGTGGAGCTTCTTC 4444
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 4258 GAATGTTTTGGCTGACATTTTCTGACTTTATATGAATGTTGTGGCGTTTCTTC 4310
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171144905781
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5