BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G13650.2 Length=2432 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg940830 jgi|Araly1|940830|scaffold_601374.1 3522 0.0 > Ahg940830 jgi|Araly1|940830|scaffold_601374.1 Length=2068 Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0 Identities = 2019/2073 (97%), Gaps = 7/2073 (0%) Strand=Plus/Plus Query 54 TCGCGGCGGAGAAAATTGAAATGGAGCTCAGCTTGAGCACTTCCTCCGCTTCTCCTGCGG 113 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TCGCGGCGGAGAGAATTGAAATGGAGCTCAGCTTGAGCACTTCCTCCGCTTCTCCTGCGG 60 Query 114 TTTTGAGGAGACAAGCTTCTCCTCTGCTTCACAAGCAGCAAGTGCTCGGCGTCAGCTTTG 173 ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTTTGAGGAGACAAGCTTCTCCTCTCCTTTACAAGCAACAAGTGCTCGGCGTCAGCTTTG 120 Query 174 CTTCCGCGCTCAAACCTGGAGGAGGAGCTCTTCGATTTCCTTCCCGCCGTCCGCTTCCTC 233 |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CTTCCGCGCTTAAACCAAGAGGAGGAGCTCTTCGATTTCCTTCCCGCCGTCCGCTTCCTC 180 Query 234 GTCCCATCACTTGCTCCGCCTCTCCATCAACTGCCGAACCAGCCTCCGTAGAGGTGAAGA 293 |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 181 GTCCCATCTCTTGCTCCGCCTCTCCATCAACCGCCGAACCTTCCTCC---GAGGTGAAGA 237 Query 294 AGAAGCAGTTGGATAGGAGGGATAACGTGAGGAATATCGCAATCGTTGCACATGTTGATC 353 |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 238 AGAAGCAGTTGGATAGGAGGAATGACGTGAGGAATATAGCAATCGTAGCACATGTTGATC 297 Query 354 ATGGCAAAACTACTTTGGTTGATTCTATGCTTAGGCAAGCTAAGGTTTTCCGAGATAACC 413 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 298 ATGGCAAAACTACTTTGGTTGATTCTATGCTTAGGCAAGCTAAGGTTTTCCGAGATAACC 357 Query 414 AAGTCATGCAAGAGAGGATCATGGACTCAAATGACCTTGAGCGTGAAAGAGGAATCACTA 473 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 AAGTCATGCAAGAGAGGATCATGGACTCAAATGACCTTGAGCGTGAAAGAGGAATCACTA 417 Query 474 TTCTTAGCAAAAATACCTCCATCACTTACAAAAACACTAAAGTAAATATTATAGATACTC 533 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 418 TACTTAGCAAAAATACCTCCATCACTTACAAAAACACTAAAGTAAATATTATTGATACTC 477 Query 534 CTGGCCATTCTGACTTTGGGGGTGAAGTGGAGCGTGTCTTGAACATGGTTGATGGAGTGC 593 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 CTGGCCATTCTGACTTTGGGGGTGAAGTGGAGCGTGTCTTGAACATGGTTGATGGAGTGC 537 Query 594 TTCTTGTGGTGGACTCTGTTGAGGGACCAATGCCCCAGACAAGGTTTGTTTTAAAGAAGG 653 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 TTCTTGTGGTGGACTCTGTTGAGGGACCAATGCCCCAGACAAGGTTTGTTTTAAAGAAGG 597 Query 654 CTCTTGAGTTTGGACATGCAGTGGTCGTGGTCGTAAACAAGATTGACAGGCCTTCTGCTC 713 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 CTCTTGAGTTTGGACATGCAGTTGTCGTGGTCGTTAACAAGATTGACAGGCCTTCTGCTC 657 Query 714 GTCCTGAATTTGTTGTCAATTCCACTTTTGAACTATTTATTGAACTAAATGCAACAGATG 773 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 658 GTCCTGAATTTGTTGTCAATTCCACATTTGAACTATTTATTGAACTAAATGCTACAGATG 717 Query 774 AACAGTGTGATTTCCAAGCGATATATGCTAGTGGGATTAAAGGAAAGGCGGGGCTTTCTC 833 ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 AACAGTGTGATTTCCAAGCAATATATGCTAGCGGGATTAAAGGAAAGGCGGGGCTTTCTC 777 Query 834 CGGATGACCTTGCAGAAGACCTGGGACCCCTGTTCGAAGCTATAATCAGATGCGTACCTG 893 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 778 CGGATGACCTTGCAGAAGACCTGGGACCCCTATTCGAAGCCATAATCAGATGTGTACCTG 837 Query 894 GGCCAAATATTGAAAAAGATGGTGCACTTCAGATGCTTGCCACAAATATTGAGTATGATG 953 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 GGCCAAATATTGAAAAAGACGGTGCACTTCAGATGCTTGCCACAAATATTGAGTATGATG 897 Query 954 AGCATAAAGGACGCATTGCTATTGGACGACTACACGCAGGGGTACTGCGCAAAGGAATGG 1013 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 AGCATAAAGGACGCATTGCTATTGGACGACTGCACGCAGGGGTACTGCGCAAAGGAATGG 957 Query 1014 ATGTCAGGGTGTGCACTTCTGAAGATTCCTGTAGATTTGCAAGAGTTAGTGAGCTTTTTG 1073 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 ATGTCAGGGTGTGCACTTCTGAAGATTCCTGTAGATTTGCAAGAGTTAGTGAGCTTTTTG 1017 Query 1074 TATATGAGAAATTCTACAGAGTACCTACTGATTCAGTGGAAGCTGGAGATATTTGCGCTG 1133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 TATATGAGAAATTCTACAGAGTACCTACTGATTCAGTGGAAGCTGGAGATATTTGCGCTG 1077 Query 1134 TATGTGGCATAGACAACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGC 1193 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 TATGTGGCATAGACAACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGC 1137 Query 1194 CTCTACCTACAATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTAAACACCT 1253 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 CTCTACCTACAATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTAAACACCT 1197 Query 1254 CTCCATTTTCTGGTCGTGAGGGGAAGTATGTAACAAGCAGGAACTTACGAGATCGTTTAA 1313 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1198 CTCCATTTTCTGGTCGTGAGGGGAAGTATGTAACGAGCAGGAACTTACGAGATCGCTTAA 1257 Query 1314 ACCGTGAACTTGAAAGAAATCTAGCTATGAAAGTGGAAGATGGTGAGACAGCAGACACAT 1373 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 ACCGTGAACTTGAGAGAAATCTAGCTATGAAAGTGGAAGATGGTGAGACAGCAGACACAT 1317 Query 1374 TCATTGTTAGTGGGCGTGGTACATTACACATTACCATCCTGATAGAAAACATGCGAAGAG 1433 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 TCATTGTTAGTGGGCGTGGTACATTACACATTACCATCCTGATAGAAAACATGCGAAGAG 1377 Query 1434 AAGGATATGAATTTATGGTTGGCCCCCCGAAAGTTATCAACAAAAGGGTTAACGATAAAT 1493 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1378 AAGGATATGAATTTATGGTTGGCCCCCCGAAAGTTATCAATAAAAGGGTTAACGACAAAT 1437 Query 1494 TGCTGGAGCCATATGAGATAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGGCTCACATGGGGCCTGTTG 1553 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 TGCTGGAGCCATATGAGATAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGGCTCACATGGGGCCTGTTG 1497 Query 1554 TTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGGTCGGAAG 1613 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1498 TTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGATCGGAAG 1557 Query 1614 GAACAACCTTTCTGCGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAACGCAA 1673 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 GAACAACCTTTCTACGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAACGCAA 1617 Query 1674 TTTTAACAGCTTCTCGCGGGACAGCTATCCTTAACACTGTATTTGACAGTTATGGACCTT 1733 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 TCTTAACAGCTTCTCGCGGGACAGCTATCCTTAACACTGTATTTGACAGTTATGGACCTT 1677 Query 1734 GGGCCGGTGATATTAGCACCCGCGATCTAGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACAT 1793 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 GGGCCGGTGATATTAGCACTCGCGATCTGGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACAT 1737 Query 1794 CAACATCATATGCCCTGGCGAGTGCGCAGGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTTCTGGAG 1853 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1738 CAACATCATATGCTCTGGCGAGTGCGCAGGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTTCAGGAG 1797 Query 1854 TGGATGTATACAAAGGTCAGATAGTTGGGATCCACCAGAGACCCGGCGACTTGGGTCTTA 1913 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1798 TGGATGTATACAAAGGTCAGATAGTTGGGATCCATCAGAGACCCGGGGACTTGGGTCTTA 1857 Query 1914 ATATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATAAGATCCAACAAAGATGTAACAGTGATTC 1973 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 ATATATGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATAAGGTCCAACAAAGATGTAACAGTGATTC 1917 Query 1974 TTGACACTCCCTTAACATATAGTCTGGACGACTGCATCGAATACATTGAAGAGGATGAGT 2033 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 TTGACACTCCCTTGACATATAGTCTGGACGACTGCATCGAATACATTGAAGAGGATGAGT 1977 Query 2034 TGGTGGAGGTTACACCTTCTAGTATTAGGATGTGCAAGAATC-AGAAAATGGCAAAGAAA 2092 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 1978 TGGTGGAGGTTACACCTTCAAGTATAAGGATGTGCAAGAATCCA-AAAATGGCAAAGAAA 2036 Query 2093 GGCAGGCAGTAAAACCCATTTTTGCAAGCTGGG 2125 |||||||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 2037 GGCAGGCAGTAAAACCCATTTT-GCA-GCTGGG 2067 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 91645129470 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5