BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G13950.3 Length=3114 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg488220 jgi|Araly1|488220|fgenesh2_kg.6__1354__AT5G13950.1 3483 0.0 > Ahg488220 jgi|Araly1|488220|fgenesh2_kg.6__1354__AT5G13950.1 Length=3177 Score = 3483 bits (1886), Expect = 0.0 Identities = 2112/2222 (95%), Gaps = 12/2222 (1%) Strand=Plus/Plus Query 903 GAGATCAAGAGGGGGCAATGCACAAGTGAACGGTAGCTGCCAGGGTCTGACTGCTGCCTC 962 ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| || |||||||| Sbjct 775 GAGATCAAGAGGGGGCAATGCACAAGTAAATGGTAGCTGCCAGGATCTAACAGCTGCCTC 834 Query 963 GGGGTCGAGTTCCTGGAATGAAGATGATAAACCAGACAGTAGTGATAATATGATTTCTCC 1022 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 835 GGGGTCGAGTTCCTGGAATGCAGATGATAAACCAGACAGTAGTGATAATAAGATTTCTTC 894 Query 1023 TGTTGTGAGGTGTGGAGAGGTTCAGAGAAGGTCCAAGCGCTCTGGTTTAGAGAAAGAAAA 1082 |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 895 TGTTGTAAGGAGTGGAGAGGTTCAGAGAAGGCCCAAGAACTCTGGTTTAGAGAAAGAAAA 954 Query 1083 AACTCAAAATAATGGTGTAAACGTGGGTGGAAAAGTTAGAAAGAAGAACGTGTTGCCGAA 1142 | |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 955 ATCTCAAACTAATGGTGTCAACGTGGGCGGAAAAGTTAGAAAGAAGGATGTGTTGCCGAA 1014 Query 1143 AGATAGCATTCAGCAAACTGATGGTGCTAAATACATGTCCTATCTTAAGATAAGCAAGAA 1202 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 AGATAGCATTCAGCAAACTGATGGTGCTAAATACATGTCCTATCTTAAGATAAGCAAGAA 1074 Query 1203 GCAGCATCAAATTGTCACAAGCATGAAGCAGTCTGGTAAAAGCATTCAGTCGAGAGCACT 1262 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 GCAGCATCAAATTGTCACAAGCATGAAGCAGTCTGGTAAAAGCATTCAGTCGAGAGCACT 1134 Query 1263 TAATCGAATCTTCGGTAACATCGATAGTTTAGATGTTCAACCATACGGAGTTTTTGTGGA 1322 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| Sbjct 1135 TAATCGAATCTTGGGTAACATCGATAGTTTAGATGTTCAGCCATACGGAGTGTTCGTGGA 1194 Query 1323 AGAAGAACAGAAGAAACTGAACGCTCACTGGCTGCATCTTGTTAAAGATCTTCCTGCAGC 1382 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 AGAAGAACAGAAGAAACTGAACGCTCACTGGCTGCATCTTGTTAAAGATCTTCCTGCAGC 1254 Query 1383 ATATGCAATATGGAAAAGGCTACAGTTACAGAAACGAGATATAATCAGCTCTATGGGAAG 1442 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 ATATGCAATATGGAAAAAGCTACAGTTACAGAAACGAGATATAATCAGCTCTATGGGAAG 1314 Query 1443 GGAACTGAAGGAAAAATGCAATCTGTGGATGGAGGATAAACAACAACAGTATGCTGCAGA 1502 ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1315 AGAACTGAAGGACAAACGCAATCCGTGGATGGAGGATAAACAACAACAGTATGCTGCAGA 1374 Query 1503 AAACCCTCTGCAGAAGCATGATGTTCAATACAATAATGGAGAAAGTTTGAATCCTAATCA 1562 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1375 AAACCCCCTGCAGAAGCATGATGTTCAATACAATAATCGAGAAAGTTTGAATCCTAATCA 1434 Query 1563 GAGTGGTGATATGGCACCAGATGGTGAAGATTCTGGAATTTTCAGTCAAATTTCTGGCAA 1622 ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1435 GAGTGGTGATATGGCACAAGATGATGAAGATTCTGGAATTTTCAGTCAAATTTCTGGCAA 1494 Query 1623 GAATCACTCCCCTTCAAAGGATTCTTCGTCTTATGGTGACCAAATCACAGATTCAGGTCG 1682 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1495 GAATCACTCCCCTGCAAAGGATTCTTCGTCTTATGGTGACCAAATCACAGATTCAGGTCG 1554 Query 1683 CTGCTTGCTAGTTGGTACACACTCCTCACAGGTTTCATCACCAGATTGTGGAAATAACAT 1742 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1555 CTGCTTGCTAGTTGGCACACACTCCTCACAGGTTTCATCACCAGATTGTGGCAATAACAT 1614 Query 1743 CAATCACGAGGATAGAGAAGAGAAACAATATTCTTCTCCTTGTTCTCCCAGCAGGTGTCA 1802 ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 CAATCTGGAGGATAGAGAAGAGAAACAATATTCGTCTCCTTGTTCTCCCAGCAGGTGTCA 1674 Query 1803 CAGCTTTAACCGAACAGATGTTGAAGTAAATAATTATTCCAGCTCTATACAAGGTCAGTC 1862 || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1675 TGGCCTTAACCGAACAGATGTTGAGGTAAATGATTATTCCAGCTCTATTCAAGGTCAGTC 1734 Query 1863 TCTCCCACAGGCTTCATTTCCTAATGAGCCCCATGCTTCAGATCTCGAAGATGCAGATCA 1922 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1735 TCTCCCACAGGCTTCATTTCCTAATGAGCCCCGCGCTTCAAATCTCGAAGATGCAGATCA 1794 Query 1923 TGTAGGCAAGCACTGTGCACCAGAACTAGAGAATGCTTCGTTAGACGAGAGGATTCCGTG 1982 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1795 TGTAGGCAAGCACTGTGCACCAGAACTAGAAAATGCTTCGTTAGACGAGAGGATTCCTTT 1854 Query 1983 TATTGCTACAAGCCTTGGAGAAGGGTCGCAGTTTTGTTCTGGTGGAGATGTGTGGCAGCC 2042 ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1855 TATTGCTGCAAGCCATGGAGAAGGGTCGCAGTTTTGTTCTGGTGGAGATGTGTGGCAGCC 1914 Query 2043 AGTGGGAGGGATTAGGCAGTCCTACATTAGCCGTCAAGCTTACACCCCCAGTGGTGGATT 2102 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 AGTGGGAGGGATTAGGCAGTCCTACATTAGCCGTCAAGCTTACACCCCCAGTGGTGGATT 1974 Query 2103 GTCAATCATACACCATCCTGAAGGTGATGAAGTAGCTAAAAACTGTTTCATAGACCTGGA 2162 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 GTCAATCATACACCATCCTGAAGGTGATGAAGTAGGTAAAAACTGTTTCATAGACCTGGA 2034 Query 2163 ATCGAACATGCCTGAAGAAGTTGATAGGAGGAAGATGTTGCAGCGAAATGCAAACAACAG 2222 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 2035 ATCGAACATGCCTGGAGAAGTTGATAGGAGGAAGATGTCACAGCGAAAAGCAAACAACAG 2094 Query 2223 TTTTGGTTCTTTCCCTAACAACAACCAAAATGAAATACTACAGTCTTTGTTTAATGGCCA 2282 |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2095 TTTTGGTTCTATCCCTAACAACGATCAAAATGAACTACTACAGTCTTTGTTTAATGGCCA 2154 Query 2283 GGGTATGGTATCTCGCACCACTGAGCAGCTTCATCCTCTTCTCAAAGTCCCACTTAACGA 2342 || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2155 TGGCGTGGCATCTCGCACCACTGAGCAGCTTCATTCTCTTCTCAAAGTCCCGCTTAACGA 2214 Query 2343 GGAGCATAAACAAATTATGGGCATTGGTTTTCAGCAGGAAGGAAACAACAATATGATGGT 2402 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| Sbjct 2215 GGAGCATAAACAAATTATGGGCATTGGTTTTCAGCAGGAAGGAAGCAACAATCTGATGGT 2274 Query 2403 GGGCAATCAATTTTCTGGTCAGTTCCAGGATCAGATTCCTGCATCTCATGCATTTCCCCA 2462 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| Sbjct 2275 GGGCAATCAATTTTCTGGTCAGTTCCAGGATCAGATTCCTGTATCTCATGCACTGCCCCA 2334 Query 2463 GGACCAGCAGAGACAGGTTGACGCCTTTGGCCAAGGAAGCATGTCAGACAACATTTAC-- 2520 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2335 GGACCAGCAGAGACAGGTTGACGCTTTTGGCCAAGGAAGTATGTCAGACAACATTTACTG 2394 Query 2521 C---G----TGGATTCTTGATGCAGCGGCCAGACTGGAACCCCAATTGTACTCAGATAGG 2573 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2395 CAATGGACGTGGATTCTTGATGCAGCGGCCAGACTGGAACCCCAATTGTACTCAGGTAGG 2454 Query 2574 AGTTACCGCACAGCCCCTGTTGAGCACCGGGCCTTTGTTAAATCAGAATTGGCAATTTAG 2633 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2455 AGTTACCACACAGCCCCTGTTGAGCACCGGGCCTTTGTTAAATCAGAATTGGCAATTTAG 2514 Query 2634 GAGCATGTGGGCAAACACAAACGGTGTCGGATGTACAAGCCAAGGCAGTCAAACCGGGAC 2693 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2515 GAGCATGTGGGCAAACACAAACGGTGTCGGATGTACAAACCAAGGCAGTCAAACCGGGAC 2574 Query 2694 CGAGAGAGATCCGAGCCTTCTCAGAGTTGCTAATAACGCAGAGCAAATAATTCATAGGGG 2753 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 2575 TGAGAGAGATCTGAGCCTTCTCAGAGTTGCTAATAACGCGGAGCAGATAATTCATAGGGG 2634 Query 2754 AAGTAGTTCAGATCAAAGCTTATTCTCTGTTCTCTCTCAATGCAGTCAACTGCGCCCATC 2813 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || Sbjct 2635 AAGTAGTTCAGATCAAAGCTTATTCTCTGTTCTCTCTCAATGCAGTCAATTGCGCCGTTC 2694 Query 2814 CAGATCTGCTTTCGAGCCAGAAAGTTCAAGTCATCAAATGGTTGCGTCTGGTAACTACGG 2873 |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2695 CAGATCTGATTTCGAGCCAGAAAGTTCGAGTCATCAAATGGTTGCATCTGGTAACTACGG 2754 Query 2874 AATGCTGATGGGGGGAGGT--T-CAACTCAAGTAAGCAGCAATTTGGTTCAGCCTGCGAA 2930 |||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2755 AATGATGATGGGGGGAGGAGGTACAACTCAGGTAAGCAGCAATTTGGTTCAGCCTGCGAA 2814 Query 2931 CCCGCTTGATTACTTGAGCGGTAGCAACCCTACAACATCTTTGATGCCAGATGATGTAGT 2990 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 2815 CCCGCTTGATTACTTGAGCGGTAGCAACCCTACAACATCCTTGATGCCAGACGATGTAGC 2874 Query 2991 GTGGATGAACCAGAGCCGCCAGAACTCTGGTCTCCATGACCCACTAGGCAAGTTGTATCC 3050 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2875 GTGGATGAACCAGAGCCATCAGAACTCTGGTCTCCATGACCCACTAGGCAAGCTGTATCC 2934 Query 3051 AAGGTCATGGAATCCGTAACCATGTTTCTAAAGTTTTGTGTTGCAGAAGCATCTGGTCAT 3110 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2935 AAGGTCATGGAATCCGTAACCATGTTTCTGAAGTTTTGTGTTGCAAAAGCATCTGGTCAT 2994 Query 3111 CT 3112 || Sbjct 2995 CT 2996 Score = 1199 bits (649), Expect = 0.0 Identities = 735/777 (95%), Gaps = 4/777 (1%) Strand=Plus/Plus Query 84 tcttctcttctcttctctGCGGTCG--TCTTGTCTCCAGATAGAAACAAAAGATTGGATA 141 ||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 TCTTCTCTTCTCTTCTCTGCGGTCGTTTTTTGTGT-CAGATAG-AACAAAAGATTGGATA 58 Query 142 TTTCAGACACAATCGATCAAAGAATAAACTATTCGTCGCTCTCTTCTCAATCAGCCGTAA 201 |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 59 CTTCAGACACAATCGATCACCGAATTAACTATTCGCCGCTCTCTTCTCAATCAGCCGTAA 118 Query 202 AAAATGGCAGCTGATCAGAGGAGAAAGCGGATGAACAGTGCCAATGTTATTGGTACCAGT 261 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| Sbjct 119 AAAATGGCAGCTGATCAGAGGAGAAAGCGGATGAACAGTGCAAATGTTATTGGTTTCAGT 178 Query 262 TCTCGGGAGCATTACAGAGCAAAAAGGAAAAAGAATGCTTCACCAGATGGTGCTTTGCGT 321 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TCTCGGGAGCATTACAGAGCAAAAAGGAAAAAGATTGGTTCACCAGATGGTGCTTTGCGT 238 Query 322 TCCGGTGATCACATCACTCTTGAATGGGATCGCAACCGAAGTAAAGTAGTCTCTAAGAAG 381 |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 239 TCCGGTGATCACATCAGTCTTGAATGGGACCGCAACCGAAGTAAAGTAGTCTCTAAGAGG 298 Query 382 GAACAAGTTGGTCTAAGTTTTAGGCATCTTCGTGAATTTGTTGATGTCGTTCCTCCTAGG 441 || |||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 299 GAGCAAGTTGGCCTTAGTTGGAGACATCTTCGTGAATTTGTTGATGTTGTTCCTCCTAGG 358 Query 442 CGTAATGTCTTGGCACAAGTATGCCCTGTCCCGCATGAAACTTTCCAGTTGGAAAATCTG 501 || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 CGGAATGTCTTGGCACAAGTCTGCCCTGTCCCGCATGAAACTTTCCAGTTGGAAAATCTG 418 Query 502 TCGGAGGTGCTTTCTAATGAGGTTTGGCGATCTTGTCTGTCTGATGGTGAAAGAAATTAT 561 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 419 TCAGAGGTGCTTTCTAATGAGGTTTGGCGTTCTTGTCTATCTGATGGTGAAAGGAATTAT 478 Query 562 CTGCGGCAATTTCTCCCTGAGGGAGTTGATGTGGAGCAAGTTGTACAAGCATTGCTTGAT 621 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 CTGCGGCAATTTCTCCCTGAGGGAGTTGATGTGGAGCAAGTTGTACAAGCATTGCTTGAT 538 Query 622 GGCGAGAATTTTCATTTTGGAAATCCTTCTCTTGATTGGGGAACAGCTGTCTGCTCCGGT 681 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 539 GGGGAGAATTTTCATTTTGGAAATCCTTCTCTTGATTGGGGAACAGCTGTCTGCTCCAGC 598 Query 682 AAAGCTCATCCAGATCAAATCGTTTCACGGGAGGAATGCCTGAGGGCTGATAAAAGGAGA 741 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 AAAGCTCATCCAGATCAAATCGTTTCTTGGGAGGAACGCCTGAGGGCTGATAAAAGGAGA 658 Query 742 TATTACTCGAATTTAGAGAAATATCATCAAGATATTATAGATTATTTGCAGACATTGAAG 801 || |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 TACTACTCGGATTTAGAGAAATACCATCATGATATTATAGATTATTTGCAGACATTGAAG 718 Query 802 GAGAAATGGGAAAGCTGCAAAGATCCAGAGAAGGATATTGTCAAAATGATGTGGGGG 858 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 GAGAAATGGGAAAGCTGCAAAGATCCAGAGAAGGATATTGTCAAAATGATGTGGGGG 775 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 117622676560 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5