BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15450.1
Length=3186
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941029 jgi|Araly1|941029|scaffold_601573.1 4846 0.0
> Ahg941029 jgi|Araly1|941029|scaffold_601573.1
Length=2959
Score = 4846 bits (2624), Expect = 0.0
Identities = 2851/2962 (96%), Gaps = 10/2962 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 73 GTTCTTAAATT-TCCGAGCTAATGGCGACGGCTACGACGACTGCTACGGCGGCGTTTAGT 131
||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 GTT-TTTAATTCTCCGAGCTAATGGCGACGGCTACGACGACTGCTACGGCTGCGTTTAGT 59
Query 132 GGTGTAGTCAGTGTAGGAACGGAGACTCGAAGGATTTATTCGTTTTCTCATCTTCAACCT 191
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GGTGTAGTCAGCGTAGGAACGAAGACTCGAAGGATTTCTACGTTTTCTCATCTTCAACCT 119
Query 192 TCTGCGGCTTTTCCGGCGAAGCCTAGTTCCTTCAAATC-TCTCAAATTAAAGCAGAGCGC 250
|||| |||||||||||||||||| | |||||||||| | ||| ||||| |||||||||||
Sbjct 120 TCTGTGGCTTTTCCGGCGAAGCCCAATTCCTTCAAA-CTTCTGAAATTTAAGCAGAGCGC 178
Query 251 GAGGCTCACACGGCGGCTTGATCATCGGCCGTTCGTTGTCCGATGTGAAGCTTCTTCTTC 310
||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 179 GAGGCTCACACGGCGGCTTGAGCATCGGCCATTCATTGTCCGATGTGAAGCTTCTTCCTC 238
Query 311 TAATGGAAGGCTTACACAGCAAGAATTCACAGAAATGGCGTGGCAATCGATAGTTTCGTC 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 239 TAATGGAAGGCTTACACAGCAAGAATTCACAGAAATGGCGTGGCAATCGATAGTTTCTTC 298
Query 371 ACCAGATGTTGCAAAAGAGAATAAGCAACAGATTGTGGAGACAGAGCATCTAATGAAAGC 430
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ACCAGATGTTGCGAAGGAGAATAAGCAACAGATTGTGGAGACAGAGCATCTAATGAAAGC 358
Query 431 TCTTTTGGAGCAGAAGAATGGTTTAGCTCGTAGGATTTTCTCTAAGATCGGTGTGGATAA 490
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCTTTTGGAGCAGAAGAATGGTTTAGCTCGCAGGATTTTCTCTAAGATCGGTGTGGATAA 418
Query 491 CACAAAGGTTCTAGAAGCAACAGAGAAGTTCATTCAACGCCAACCAAAGGTGTATGGAGA 550
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 419 CACTAAGGTTCTAGAAGCAACTGAGAAGTTCATTCAACGCCAGCCAAAGGTGTATGGAGA 478
Query 551 TGCTGCTGGTTCGATGTTGGGGCGTGATTTGGAAGCTCTGTTCCAGAGAGCAAGACAGTT 610
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TGCTGCTGGGTCGATGTTGGGGCGTGATTTGGAAGCTCTGTTCCAGAGAGCAAGACAGTT 538
Query 611 TAAGAAAGATTTAAAG-GACTCTTATGTGTCAGTGGAGCATTTGGTTCTTGCTTTTGCTG 669
|||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TAAGAAAGATTT-AGGAGACTCTTATGTGTCAGTGGAGCATTTGGTTCTTGCTTTTGCTG 597
Query 670 ATGATAAGCGGTTTGGGAAACAGTTGTTTAAGGATTTTCAGATATCAGAGAGGAGCTTGA 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 598 ATGATAAGCGGTTTGGGAAACAGTTGTTTAAGGATTTTCAGATATCAGAGAAGACCTTGA 657
Query 730 AATCTGCAATTGAATCCATTAGAGGGAAACAATCAGTCATTGACCAAGATCCGGAAGGCA 789
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AATCCGCAATTGAATCCATTAGAGGGAAACAATCAGTCATTGACCAAGATCCGGAAGGCA 717
Query 790 AGTATGAGGCGTTGGAGAAGTATGGAAAAGACTTGACAGCAATGGCAAGAGAGGGAAAAC 849
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 718 AGTATGAGGCATTGGAGAAGTATGGAAAAGATTTGACAGCAATGGCAAGAGAAGGAAAAC 777
Query 850 TAGATCCTGTGATAGGTAGAGATGACGAGATCCGAAGATGCATTCAGATTCTCTCAAGGA 909
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TCGATCCTGTGATTGGTAGAGATGACGAAATCCGTAGATGCATTCAGATTCTCTCAAGGA 837
Query 910 GAACAAAGAACAACCCTGTGTTGATCGGTGAACCAGGTGTTGGTAAAACTGCAATTTCAG 969
|||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 838 GAACGAAGAACAACCCCGTGTTGATTGGTGAACCAGGTGTTGGTAAAACCGCAATTTCAG 897
Query 970 AAGGACTTGCTCAGAGGATTGTGCAAGGAGATGTACCTCAAGCATTGATGAACAGAAAGT 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AAGGACTTGCTCAGAGGATTGTGCAAGGAGATGTACCTCAAGCATTGATGAACAGAAAGT 957
Query 1030 TGATATCTCTTGATATGGGTGCTCTCATTGCTGGAGCAAAGTATCGGGGAGAATTCGAAG 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TGATATCTCTTGATATGGGTGCTCTCATTGCTGGAGCAAAGTATCGGGGAGAATTCGAAG 1017
Query 1090 ACAGACTAAAAGCTGTGCTTAAGGAAGTCACAGACTCAGAAGGCCAAATCATTTTGTTCA 1149
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ATAGACTAAAGGCTGTACTTAAGGAAGTCACAGACTCAGAAGGCCAAATCATTTTGTTCA 1077
Query 1150 TCGATGAGATCCATACAGTTGTTGGTGCAGGTGCGACTAATGGGGCCATGGATGCTGGTA 1209
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TCGATGAGATCCACACAGTTGTTGGTGCAGGTGCGACTAATGGGGCCATGGATGCTGGTA 1137
Query 1210 ATCTGCTGAAACCGATGCTGGGCCGAGGCGAGTTACGTTGTATCGGTGCAACCACGCTTG 1269
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1138 ATCTGCTGAAACCGATGCTGGGTCGAGGCGAGTTACGTTGTATCGGTGCAACAACGCTTG 1197
Query 1270 ATGAATATAGGAAATACATAGAGAAAGATCCAGCCTTGGAGCGTAGGTTTCAACAGGTTT 1329
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ATGAATACAGGAAATACATAGAGAAAGATCCAGCCTTGGAACGTAGGTTTCAACAGGTTT 1257
Query 1330 ATGTTGATCAACCTACGGTTGAAGACACGATTTCTATTCTCCGTGGTTTGCGGGAAAGGT 1389
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 ATGTCGATCAACCTACGGTTGAAGACACGATTTCGATTCTCCGTGGTTTGCGGGAAAGGT 1317
Query 1390 ATGAACTACATCATGGAGTTCGCATCTCAGATAGTGCTCTAGTGGAAGCTGCTATCCTCT 1449
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATGAACTTCATCATGGAGTTCGCATCTCAGATAGTGCTCTAGTGGAAGCTGCTATCCTCT 1377
Query 1450 CAGACCGTTACATCAGTGGCCGGTTTCTACCCGATAAAGCAATTGACTTGGTCGATGAAG 1509
| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CGGACCGTTACATCAGCGGCAGGTTTCTACCCGATAAAGCAATTGACTTGGTCGATGAAG 1437
Query 1510 CGGCAGCCAAATTGAAAATGGAAATCACTTCGAAACCTACAGCTCTTGACGAGCTTGACC 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CGGCAGCCAAATTGAAAATGGAAATCACTTCGAAACCGACAGCTCTTGACGAGCTTGACC 1497
Query 1570 GTTCGGTAATAAAGCTTGAAATGGAGAGGCTTTCACTTACCAATGATACAGACAAAGCTT 1629
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GTTCGGTGATAAAGCTTGAAATGGAGAGGCTTTCACTCACCAATGATACAGACAAAGCTT 1557
Query 1630 CTAGAGAGAGATTGAATCGAATTGAAACTGAGTTAGTGCTATTAAAGGAGAAACAAGCTG 1689
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1558 CTAGAGAGAGATTGAATCGAATTGAAGCAGAGTTAGTGTTATTAAAGGAGAAGCAAGCTG 1617
Query 1690 AGTTAACTGAACAGTGGGAGCACGAGAGGTCTGTTATGTCCCGTCTTCAGTCGATTAAAG 1749
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AATTAACCGAACAGTGGGAGCACGAGAGGTCTGTTATGTCCCGTCTTCAGTCGATTAAAG 1677
Query 1750 AGGAGATTGATCGAGTAAACCTCGAGATCCAGCAGGCGGAACGTGAATACGATCTCAACC 1809
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1678 AGGAGATTGATCGAGTAAACGTCGAGATCCAGCAGGCGGAACGTGAATACGATCTTAACC 1737
Query 1810 GTGCAGCTGAGCTCAAATACGGAAGCTTAAACTCATTGCAGCGACAGCTTAATGAAGCAG 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 GTGCAGCTGAGCTCAAATACGGAAGCTTAAACTCATTGCAGCGACAGCTTAATGAAGCAG 1797
Query 1870 AGAAAGAGCTGAACGAGTACTTAAGCTCTGGGAAATCTATGTTCAGAGAAGAGGTTTTGG 1929
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AGACAGAGCTGAACGAGTACTTAAGCTCCGGGAAATCTATGTTCAGAGAAGAGGTTTTGG 1857
Query 1930 GTAGCGATATCGCCGAGATTGTGAGTAAATGGACTGGAATCCCGGTATCAAAACTTCAAC 1989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1858 GTAGCGATATCGCCGAGATTGTGAGTAAATGGACTGGTATCCCGGTATCGAAGCTTCAAC 1917
Query 1990 AGTCTGAACGAGATAAGCTTCTACATTTGGAAGAAGAATTGCATAAAAGAGTAGTCGGTC 2049
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1918 AGTCTGAAAGAGATAAACTTCTACATTTGGAAGAAGAATTGCATAAAAGGGTAGTCGGTC 1977
Query 2050 AAAACCCAGCAGTGACTGCGGTAGCTGAAGCAATCCAACGATCAAGAGCTGGTCTTTCGG 2109
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1978 AAAACCCAGCAGTGACTGCGGTAGCTGAAGCAATTCAACGATCAAGGGCTGGTCTTTCGG 2037
Query 2110 ATCCAGGCCGTCCTATAGCTAGTTTCATGTTTATGGGACCAACTGGTGTTGGTAAAACAG 2169
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2038 ATCCAGGCCGTCCAATAGCTAGTTTCATGTTTATGGGACCAACTGGTGTGGGTAAAACAG 2097
Query 2170 AGCTAGCCAAAGCACTTGCTTCTTATATGTTCAACACTGAAGAAGCTTTAGTGAGAATTG 2229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2098 AGCTAGCCAAAGCACTTGCTTCTTATATGTTCAACACAGAAGAAGCTTTAGTCAGAATTG 2157
Query 2230 ACATGAGTGAATACATGGAGAAGCATGCGGTGTCTAGGCTCATTGGAGCTCCACCTGGAT 2289
|||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 ACATGAGTGAGTACATGGAGAAGCATGCTGTCTCTAGGCTCATTGGAGCTCCACCTGGAT 2217
Query 2290 ATGTTGGTTACGAAGAAGGAGGACAGTTAACAGAAACGGTTAGAAGAAGGCCTTATTCGG 2349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 ATGTTGGTTACGAAGAAGGAGGACAGTTAACAGAAACGGTTAGAAGAAGGCCTTATTCGG 2277
Query 2350 TCATTCTATTTGATGAGATTGAGAAAGCTCATGGAGATGTCTTCAATGTGTTTCTCCAAA 2409
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 TCATCCTCTTTGATGAGATTGAGAAAGCTCATGGAGATGTCTTCAATGTGTTTCTCCAAA 2337
Query 2410 TCTTGGACGATGGGCGAGTCACAGATTCTCAAGGACGTACAGTGAGTTTCACCAATACCG 2469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TCTTGGACGATGGGCGAGTCACAGATTCTCAAGGACGTACTGTGAGTTTCACCAATACCG 2397
Query 2470 TCATTATTATGACCTCAAATGTTGGTTCGCAGTTTATTCTGAACAACACAGATGATGATG 2529
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TCATTATTATGACTTCAAATGTTGGTTCGCAGTTTATTCTGAACAACACAGATGATGATG 2457
Query 2530 CTAATGAGCTCTCTTATGAAACGATTAAAGAGAGAGTGATGAATGCTGCAAGGTCAATCT 2589
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2458 CTAATGAGCTCGCTTATGAAACGATTAAAGAGAGAGTGATGAATGCTGCAAGATCAATCT 2517
Query 2590 TTCGTCCTGAATTCATGAATAGGGTTGATGAGTATATAGTTTTCAAACCTCTTGACCGCG 2649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2518 TTCGTCCTGAATTCATGAATAGGGTTGATGAGTATATAGTTTTCCAACCTCTTGACCGCG 2577
Query 2650 AGCAGATCAACCGCATTGTCCGGTTACAGCTGGCACGTGTGCAGAAGCGAATTGCAGACA 2709
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 AGCAGATCAACCGCATTGTTCGGTTACAGCTGGCACGTGTGCAGAAGCGAATTGCAGACA 2637
Query 2710 GGAAAATGAAGATAAACATCACGGATGCAGCAGTCGATCTTCTTGGAAGCCTAGGGTATG 2769
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2638 GGAAAATGAAGATAAACATCACAGATGCAGCAGTCGAACTTCTCGGAAGCCTAGGGTATG 2697
Query 2770 ATCCAAACTATGGAGCTAGACCTGTTAAGCGTGTGATACAGCAAAACATTGAGAATGAGC 2829
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 ATCCAAACTATGGAGCTAGACCTGTTAAGCGCGTAATACAGCAAAACATTGAGAATGAGC 2757
Query 2830 TTGCTAAGGGTATCTTGAGAGGAGATTTCAAGGAGGAAGATGGCATTTTGATCGATACCG 2889
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 TCGCTAAAGGTATCTTGAGAGGAGATTTCAAGGAGGAGGATGGCATTTTGATCGATACCG 2817
Query 2890 AGGTCACAGCGTTCTCCAATGGCCAGTTACCTCAGCAAAAGCTCACATTCAAGAAGATTG 2949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 AGGTCACAGCGTTCTCCAATGGCCAGTTACCTCAGCAAAAGCTCACATTCAAGAAGATTG 2877
Query 2950 AGTCAGAAACAGCAGATGCTGAACAAGAAGAAGCAG---CTTTCTCAAAATAGAGTAGTT 3006
|||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2878 AGTCAGAAACGGCAGATGCTGAACAAGAAGAAGAAGAAGCTTTCTCAAAACAGAGCAGTT 2937
Query 3007 GAAAA-TGCAACCTTTTGGAGC 3027
||||| || |||||||||||||
Sbjct 2938 GAAAAATGAAACCTTTTGGAGC 2959
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120365174200
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5