BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G17530.3
Length=2019
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941263 jgi|Araly1|941263|scaffold_601807.1 2933 0.0
> Ahg941263 jgi|Araly1|941263|scaffold_601807.1
Length=1786
Score = 2933 bits (1588), Expect = 0.0
Identities = 1721/1787 (96%), Gaps = 2/1787 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 201 AAAGAGAACCTGACCTGTTCATGTCTACTTTACTTCCCTGTCCAAGAGAGAAGATGGCAT 260
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | |||| || |||
Sbjct 1 AAAGAGAACCTGACCCATTCATGTCTGCTTTACTTCCCTGTTCAAGCGGGAAGCTGACAT 60
Query 261 TTAACCTCAACTCTTCCATGCGTGCCCACACTTTGTCTAAATACCAGTTTGTTCTTTCAA 320
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 TGAACCTCAACTCTTCCATGCGTGCCCACTCTTTGTCTAAATACCAGACTGTTCTTTCAA 120
Query 321 AGCAAAGAACTTTTTACTGCAATGCTACTTCGTCAAGTGCTACTGTGCCATCTCTTGACA 380
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCAAAGAACTTTTTACTGCAATGCTGCTTCGTCAAGTGTTACTGTGCCATCTCTTGACA 180
Query 381 AAAATGATTTTCTGAAGCTCCAAAACGGCAGTGATATTCGGGGTGTAGCGGTCACTGGGG 440
||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 AAACTGATTTTCTAAAGCTCCAAAACGGCAGCGATATTCGGGGTGTAGCGGTCCCTGGGG 240
Query 441 TTGAGGGGGAACCTGTAAGCCTTCCTGAACCAGTGACTGAAGCCATAGCTGCTGCTTTTG 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGAGGGGGAACCTGTAAGCCTTCCTGAACCAGTGACTGAAGCCATAGCTGCTGCTTTTG 300
Query 501 GGCAATGGCTGTTACACAAGAAGAAGGCTGAATCCCGGCGTTTGAGAGTATCTGTTGGCC 560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 301 GGCAATGGCTGTTACACAAGAAGAAGGCTGAATCCCGGCGTTTGAGAGTATCGGTTGGCC 360
Query 561 ATGACTCTCGCATCTCTGCACAAACTTTGCTGGAGGCGGTTTCTCGAGGTCTTGGTGTTT 620
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGACTCTCGCATATCTGCACAAACCTTGCTGGAGGCGGTTTCTCGAGGTCTTGGTGTTT 420
Query 621 CTGGATTAGATGTTGTTCAGTTTGGATTAGCATCAACACCAGCAATGTTTAATAGCACAT 680
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTGGATTAGATGTTGTTCAGTTCGGGTTAGCATCAACACCAGCAATGTTTAATAGCACAT 480
Query 681 TGACTGAAGATGAGTCATTCTTGTGCCCAGCTGATGGGGCTATTATGATAACAGCAAGCC 740
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 TGACTGATGATGAGTCATTCTTGTGCCCAGCTGATGGGGCTATCATGATAACAGCAAGCC 540
Query 741 ATCTTCCTTACAACAGGAACGGTTTCAAGTTCTTTACCAGTGATGGAGGACTTGGGAAGG 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 541 ATCTTCCTTACAACAGGAACGGTTTCAAGTTCTTTACCAGTGATGGAGGGCTTGGGAAGG 600
Query 801 TTGATATCAAGAACATTTTGGAGCGAGCTGCAGATATTTACAAGAAGCTTTCTGATGAAA 860
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 601 TTGATATCAAAAACATTTTGGAACGAGCTGCAGATATTTACAAGAACCTTTCTGATGAAA 660
Query 861 ATTTGAGGAAATCACAAAGAGAAAGTTCTTCTATTACAAAGGTTGACTACATGTCAGTAT 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTTGAGGAAATCACAAAGAGAAAGTTCTTCTATTACAAAGGTTGACTACATGTCAGTAT 720
Query 921 ACACCTCTGGTCTTGTAAAGGCAGTCCGGAAAGCAGCAGGAGATTTGGAGAAGCCTCTAG 980
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 721 ACACCTCTGGTCTTGTAAAGGCAGTTCGGAAAGCAGCAGGAGATTTAGAGAAGCCTCTAG 780
Query 981 AGGGATTTCATATAGTTGTTGATGCTGGAAATGGAGCTGGAGGATTTTTTGCTGCCAAGG 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGGATTTCATATAGTTGTTGATGCTGGAAATGGAGCTGGAGGATTTTTTGCTGCCAAGG 840
Query 1041 TGCTTGAGCCTTTAGGAGCAATTACTTCTGGCAGTCAATTTCTGGAACCAGATGGTATGT 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGCTTGAGCCTTTAGGAGCAATTACTTCTGGCAGTCAATTTCTGGAACCAGATGGTATGT 900
Query 1101 TCCCAAATCATATCCCTAATCCGGAAGATAAGGCGGCAATGGAAGCTATAACCAAGGCTG 1160
| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTCCAAATCACATCCCTAATCCGGAAGATAAGTCGGCAATGGAAGCTATAACCAAGGCTG 960
Query 1161 TTCTTGATAATAAGGCTGATTTGGGTATCATCTTTGATACTGATGTTGATAGGTCTGCTG 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTCTTGATAATAAGGCTGATTTGGGTATCATCTTTGATACTGATGTTGATAGGTCTGCTG 1020
Query 1221 CTGTGGATTCATCTGGCCGTGAATTCAACCGTAATCGTCTTATTGCCTTGCTATCAGCCA 1280
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1021 CTGTGGATTCAACTGGCCGTGAGTTCAACCGTAATCGTCTTATTGCCTTGCTTTCAGCCA 1080
Query 1281 TTGTTCTAGAGGAACACCCTGGCACAACTATAGTTACGGATAGTGTCACTTCGGACGGTC 1340
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |
Sbjct 1081 TTGTTCTAGAGGAACACCCTGGCACAACTATTGTTACAGACAGCGTCACTTCGGACGGCC 1140
Query 1341 TGACCTCATTTATTGAGAAGAAGCTTGGCGGAAAGCATCACAGGTTCAAAAGAGGTTACA 1400
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TGACCTCATTTATTGAAAAGAAGCTTGGCGGAAAGCATCACAGGTTCAAAAGAGGTTACA 1200
Query 1401 AGAATGTCATTGACGAAGCTATTCGCTTGAACTCGGTTGGGGAAGAATCACATCTGGCTA 1460
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGAATGTCATTGATGAAGCTATTCGCTTGAACTCGGTTGGAGAAGAATCACATCTGGCTA 1260
Query 1461 TAGAAACCAGTGGTCATGGAGCTCTAAAGGAAAACCATTGGCTCGACGATGGGGCCTATC 1520
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1261 TAGAAACCAGTGGTCATGGAGCTCTAAAAGAAAACCATTGGCTTGACGATGGGGCGTATC 1320
Query 1521 TCATGGTAAAAATCCTGAACAAACTAGCTGCGGCCCGAGCTGCTGGTCAAGGGAGTGGCA 1580
|||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCATGGTAAAAATCTTGAATAAACTGGCTGCGGCCCGAGCTGCTGGTCAAGGGAGTGGCA 1380
Query 1581 GCAAAGTTTTAACAGATCTTGTTGAAGGTCTGGAAGAGCCCAAAGTGGCTTTAGAACTGA 1640
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GCAAAGTTTTAACAGATCTTGTTGAAGGTCTGGAGGAGCCCAAAGTGGCTTTAGAACTGA 1440
Query 1641 GGCTTAAAATCGACAAGAATCAC-CCTGACCTTGAAGGAAGTGATTTCCGGGAGTATGGA 1699
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GGCTTAAAATCGACAAGAATCACTCC-GACCTTGAAGGAAGTGATTTCCGGGAGTATGGA 1499
Query 1700 GAGAAGGTCCTGCAACACGTGTCGAACTCAATAGAAACAAATCCAAATCTTATAATAGCT 1759
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1500 GAGAAGGTCCTGCAACACGTTTCAAACTCAATAGAAACAAATCCAAATCTTAAAAGAGCT 1559
Query 1760 CCAGTTAACTACGAAGGGATCCGCGTTTCGGGCTTTGGTGGATGGTTTCTTCTCAGACTT 1819
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1560 CCAGTTAACTATGAAGGGATCCGCGTTTCGGGCTTTGGTGGATGGTTTCTTCTTAGACTT 1619
Query 1820 TCTCTCCATGATCCTGTTCTTCCCCTTAACATCGAGGCACAGAGTGAGGATGATGCTGTG 1879
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCTCTCCACGATCCTGTTCTTCCCCTTAACATCGAGGCGCAGAGTGAGGATGATGCTGTG 1679
Query 1880 AAATTAGGCCTTGTGGTTGCTACGACAGTGAAGGAGTTCAATGCTTTGGACACCTGTGCC 1939
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1680 AAGTTAGGCCTTGTGGTTGCTACGGCAGTGAAGGAATTCAATGCTTTGGACACCTCTGCC 1739
Query 1940 TTGTCCAACCTCACTCACTCCTCCTAAGATTGGCATGGAACAATGTA 1986
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TTGTCCAACCTCACTCACTCCTCCTAAGATTGGCATGGAACAATGTA 1786
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75913858285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5