BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20280.1
Length=3569
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488935 jgi|Araly1|488935|fgenesh2_kg.6__2069__AT5G20280.1 5548 0.0
> Ahg488935 jgi|Araly1|488935|fgenesh2_kg.6__2069__AT5G20280.1
Length=3541
Score = 5548 bits (3004), Expect = 0.0
Identities = 3357/3526 (95%), Gaps = 30/3526 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 TTCGTCACTAACCCCACCAC-CACACTCCAGCTGAGT-CCTTTGTCGTCTATCAAACCAG 63
||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 2 TTCGTGACTAACCCCACCACACACAGTCCAGCAGAGTCCCTTTGTCGTCTATCAAA--AT 59
Query 64 AAAAAGGGTACGAGATTCAATCATCTCCAATCCCAAAATTCCACTTCTGTCCACAAAACA 123
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CAAAA-GGTACGAGATTCAATCATCTCCAATCCCAAAACTCCACTTCTGTCCACAAAAC- 117
Query 124 CAAAGCGA-TTCTCGATCTTTGATCGTCCCACCAGATGGCCGGGAACGATTGGGTAAACA 182
||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 118 CAAAG-TACTTCTCGATCTTCGATCGTCCCACCAGATGGCCGGGAACGACTGGGTAAACA 176
Query 183 GTTACTTAGAGGCGATTCTCGACGTCGGTCAGGGTCTTGACGATGCTCGCTCTTCTCCAT 242
||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 177 GTTACTTGGAGGCGATTCTCGACGTTGGCCAGGGACTTGACGATGCTCGCTCTTCGCCAT 236
Query 243 CACTTCTTCTTAGGGAGAGAGGTCGATTCACTCCCAGCCGTTACTTTGTTGAGGAAGTTA 302
| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 237 CGCTTCTTCTCAGGGAGAGAGGTCGATTCACTCCAAGCCGTTACTTTGTTGAGGAAGTCA 296
Query 303 TCACTGGTTACGATGAGACTGATCTTCATAGATCCTGGGTTAAGGCTGTTGCTACGAGGA 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TCACTGGTTACGATGAGACTGATCTTCATAGATCCTGGGTTAAGGCTGTTGCTACGAGGA 356
Query 363 GTCCACAAGAGAGGAACACGAGGTTAGAGAATATGTGTTGGAGGATCTGGAATCTTGCTC 422
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 357 GTCCACAGGAGAGGAACACGAGATTAGAGAATATGTGTTGGAGGATCTGGAATCTCGCTC 416
Query 423 GTCAAAAGAAGCAGCATGAGGAAAAAGAAGCACAGAGGCTGGCTAAGCGCAGGCTTGAAC 482
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 417 GTCAAAAGAAGCAGCATGAAGAAAAAGAAGCACAGAGGCTGGCTAAGCGCCGGCTTGAAC 476
Query 483 GTGAGAAAGGTCGCAGAGAGGCAACAGCTGATATGTCTGAGGAGTTTTCAGAGGGAGAAA 542
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 477 GTGAGAAAGGTCGCAGTGAGGCAACAGCTGATATGTCTGAGGAGTTTTCTGAGGGAGAGA 536
Query 543 AAGGAGATATCATCAGTGATATATCTACTCATGGTGAAAGCACCAAACCAAGGTTGCCCA 602
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 AAGGAGATATTATCAGTGATATCTCAACTCATGGTGAAAGCACCAAACCAAGGTTGCCCA 596
Query 603 GAATTAATTCTGCTGAGTCCATGGAGTTATGGGCTAGCCAACAGAAGGGAAATAAGCTCT 662
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 GAATTAATTCTGCTGACTCCATGGAGTTATGGGCAAGCCAACAGAAGGGAAATAAGCTCT 656
Query 663 ATCTTGTTTTGATTAGTCTTCATGGTCTCATACGTGGTGAAAACATGGAGCTCGGCCGCG 722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 657 ATCTTGTTTTGATTAGTCTTCATGGTCTCATACGTGGTGAAAACATGGAGCTTGGTCGCG 716
Query 723 ACTCTGACACCGGTGGACAGGTTAAATATGTTGTGGAACTTGCACGTGCACTGGGTTCAA 782
| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 717 ATTCTGATACCGGTGGCCAGGTTAAGTATGTTGTGGAACTTGCACGTGCATTGGGTTCAA 776
Query 783 TGCCAGGAGTTTATAGGGTTGACTTGCTTACTAGACAAGTGTCTTCACCAGATGTTGACT 842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 777 TGCCAGGAGTTTATAGGGTTGACTTGCTTACTAGACAAGTGTCTTCCCCAGATGTTGACT 836
Query 843 ATAGTTATGGTGAACCTACGGAAATGCTGACTCCTAGAGATTCTGAAGATTTCTCGGATG 902
|||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 837 ATAGTTATGGCGAACCGACAGAAATGCTGACTCCTAGAGATTCTGAAGATTTCTCGGACG 896
Query 903 AGATGGGGGAGAGTAGCGGTGCTTATATTGTGAGGATACCATTTGGTCCAAAGGACAAGT 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AGATGGGGGAGAGTAGCGGTGCTTATATTGTGAGGATACCATTTGGTCCAAAGGACAAGT 956
Query 963 ATATTCCAAAAGAACTTCTATGGCCTCACATTCCGGAATTTGTTGATGGTGCTATGAGCC 1022
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 957 ATATTCCAAAAGAACTTCTATGGCCTCACATTGCTGAATTCGTTGATGGTGCTATGAACC 1016
Query 1023 ACATCATGCAAATGTCAAATGTTCTCGGCGAGCAAGTTGGTGTTGGGAAGCCTATTTGGC 1082
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ACATCATGCAAATGTCAAATGTTCTTGGTGAGCAAGTTGGTGTTGGGAAGCCTATTTGGC 1076
Query 1083 CTTCTGCCATCCATGGACACTATGCTGATGCTGGTGATGCCACTGCCCTGCTGTCGGGTG 1142
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||
Sbjct 1077 CTGCTGCCATCCATGGACACTATGCTGATGCTGGTGATGCCACTGCTTTACTGTCTGGTG 1136
Query 1143 CACTAAATGTGCCTATGCTCCTTACTGGTCACTCACTCGGGAGAGATAAATTGGAGCAGC 1202
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||
Sbjct 1137 CACTAAATGTGCCTATGCTCCTTACTGGCCACTCACTTGGTCGAGATAAATTAGAGCAGC 1196
Query 1203 TTTTGAGACAAGGCCGCCTTTCAAAAGAAGAAATAAATTCAACGTACAAGATTATGCGTC 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1197 TTTTGAGACAAGGCCGCCTTTCAAAAGAAGAAATAAATTCAACTTACAAGATTATGCGTC 1256
Query 1263 GGATAGAGGGTGAGGAATTATCTCTTGATGTTTCTGAAATGGTAATAACTAGCACTCGAC 1322
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GAATAGAGGGTGAGGAATTATCTCTTGATGTTTCTGAAATGGTAATAACTAGCACTCGAC 1316
Query 1323 AGGAGATTGATGAGCAATGGAGACTGTATGATGGATTTGACCCCATATTGGAGCGCAAAT 1382
||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AGGAGATCGATGAGCAATGGAGATTGTATGATGGTTTTGACCCCATATTGGAGCGCAAAT 1376
Query 1383 TGAGAGCCAGAATCAAGCGGAATGTGAGCTGCTATGGACGGTTCATGCCTCGCATGGTTA 1442
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TGCGAGCCAGAATCAAGCGGAATGTGAGCTGCTATGGGCGGTTCATGCCTCGCATGGTTA 1436
Query 1443 AAATTCCACCTGGGATGGAGTTCAATCATATTGTCCCACATGGTGGTGATATGGAAGACA 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AAATTCCACCTGGGATGGAGTTCAATCATATTGTCCCACATGGTGGTGATATGGAAGACA 1496
Query 1503 CAGATGGGAACGAGGAACATCCAACTTCTCCAGATCCACCAATATGGGCTGAGATAATGC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAGATGGGAACGAGGAACATCCAACTTCTCCAGATCCACCAATATGGGCTGAGATAATGC 1556
Query 1563 GTTTCTTTTCGAATTCCCGAAAGCCTATGATACTTGCCCTTGCGAGGCCTGACCCAAAAA 1622
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1557 GTTTCTTTTCGAATTCTCGAAAGCCTATGATACTTGCCCTTGCGAGGCCCGACCCAAAAA 1616
Query 1623 AGAACATCACGACGTTAGTGAAGGCCTTTGGAGAATGTCGTCCACTGAGAGAGCTTGCTA 1682
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AGAACATCACGACGTTAGTGAAGGCATTTGGAGAATGTCGTCCACTGAGAGAGCTTGCTA 1676
Query 1683 ACCTGGCACTTATTATGGGCAACCGAGATGGGATTGATGAAATGTCGAGCACAAGTTCTT 1742
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1677 ACCTGGCACTTATTATGGGTAACAGAGATGGGATTGATGAAATGTCGAGCACGAGTTCTT 1736
Query 1743 CTGTTCTCCTTTCTGTTCTGAAGCTAATTGACAAGTATGATCTCTACGGTCAAGTTGCGT 1802
|||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CTGTCCTTCTATCTGTTCTAAAGCTAATTGACAAGTATGATCTCTACGGTCAAGTTGCGT 1796
Query 1803 ACCCTAAACATCACAAACAATCAGATGTTCCAGACATATATCGCCTAGCTGCAAAGTCAA 1862
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1797 ACCCTAAACATCACAAACAGTCAGATGTTCCAGACATATATCGCCTTGCTGCAAAGTCAA 1856
Query 1863 AGGGTGTTTTCATCAATCCAGCTATCATTGAACCATTTGGACTTAC-TCTAATTGAGGCT 1921
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1857 AGGGTGTTTTCATCAATCCAGCTATCATTGAACCATTTGGACTTACAT-TAATTGAGGCT 1915
Query 1922 GCAGCTCATGGTTTACCTATGGTTGCTACAAAAAATGGTGGTCCTGTAGATATTCACCGG 1981
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1916 GCTGCTCATGGTTTACCTATGGTTGCTACAAAAAATGGTGGTCCTGTAGATATACACCGG 1975
Query 1982 GTCCTGGATAATGGCCTTCTTGTGGATCCTCATGATCAGCAGTCTATTTCTGAAGCTCTT 2041
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1976 GTCCTGGACAATGGTCTTCTTGTGGATCCTCATGATCAGCAATCTATTTCTGAAGCTCTT 2035
Query 2042 CTTAAGCTTGTTGCTGATAAGCACCTATGGGCAAAGTGTCGGCAAAACGGGTTGAAGAAC 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CTTAAGCTTGTTGCTGATAAGCACCTATGGGCAAAGTGTCGGCAAAACGGGTTGAAGAAC 2095
Query 2102 ATTCACCAATTCTCTTGGCCAGAGCACTGCAAAACTTATCTATCTCGCATAACCAGCTTC 2161
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 ATTCACCAATTTTCTTGGCCAGAGCACTGCAAAACTTATCTATCTCGCATAACCAGCTTC 2155
Query 2162 AAACCAAGACATCCACAGTGGCAAAGTGATGATGGCGGTGATAATTCAGAACCCGAGTCA 2221
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 AAACCAAGACATCCGCAGTGGCAAAGTGATGATGGCGGTGATAATTCAGAACCCGAGTCA 2215
Query 2222 CCTAGTGATTCTTTGAGGGATATACAGGATATATCCTTGAACTTAAAGTTTTCATTTGAT 2281
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CCTAGTGATTCTTTGAGAGATATACAGGATATATCCTTGAACTTAAAGTTTTCATTTGAT 2275
Query 2282 GGAAGTGGGA-ATGATAATTACATGAACCAAGAAGGGAGCTCCATGGATAGGAAGAGCAA 2340
|||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2276 GGAAGTGG-ATACGATAATTACATGAACCAAGAAGCGAGCTCCATGGACAGGAAGAGCAA 2334
Query 2341 AATCGAAGCTGCTGTCCAAAATTGGTCTAAAGGCAAAGATAGCCGCAAAATGGGATCACT 2400
|||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2335 AATCGAAGCTGCCGTTCAAAATTGGTCTAAAGGAAAAGATAGCCGCAAAATGGGTTCCCT 2394
Query 2401 GGAGAGGTCAGAGGTTAACTCTGGAAAATTCCCAGCAGTGCGGAGAAGGAAGTTTATTGT 2460
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 AGAGAAGTCAGAGGTTAACTCTGGAAAATTCCCAGCGGTGCGGAGAAGGAAGTTTATTGT 2454
Query 2461 TGTTATTGCTCTTGATTTTGATGGGGAAGAAGACACGCTAGAGGCTACAAAAAGAATTCT 2520
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 TGTTATTGCTCTTGATTTTGATGGGGAACAAGACACGCTAGAGGCTACAAAAAGAATTCT 2514
Query 2521 TGATGCGGTTGAAAAGGAAAGAGCAGAAGGATCTGTTGGGTTCATACTGTCGACATCTCT 2580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 AGATGCGGTTGAAAAGGAAAGAGCAGAAGGATCTGTTGGTTTCATACTGTCGACATCTCT 2574
Query 2581 AACGATCTCTGAGGTACAATCTTTCTTGGTGTCAGGAGGCTTAAACCCGAATGATTTCGA 2640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 AACGATCTCTGAGGTACAATCTTTCTTGGTGTCAGGGGGCTTAAACCCGAATGATTTCGA 2634
Query 2641 CGCTTTCATATGTAACAGCGGAAGTGATCTCCACTACACATCCCTCAACAACGAAGACGG 2700
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 CGCTTTCATATGCAACAGCGGAAGTGATCTCCACTACACATCCCTCAACAACGAAGACGG 2694
Query 2701 TCCTTTTGTCGTAGACTTT-TACTACCACTCCCACATAGAATATAGGTGGGGCGGTGAAG 2759
||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2695 TCCTTTTGTTGTTGA-TTTCTACTACCACTCCCACATAGAATATCGGTGGGGCGGTGAAG 2753
Query 2760 GGCTGAGGAAGACTTTGATCCGTTGGGCATCTTCGCTTAACGAGAAAAAGGCTGACAATG 2819
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 GGCTGAGGAAGACTTTGATCCGTTGGGCATCTTCACTTAACGAGAAAAAGGCTGACAATG 2813
Query 2820 ACGAGCAGATTGTCACTCTTGCTGAGCATCTTTCAACTGACTACTGCTACACATTTACAG 2879
|||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 ACGAGCAGATAGTCACCCTTGCTGAACATCTTTCAACTGACTACTGCTACACATTTACAG 2873
Query 2880 TCAAAAAGCCTGCAGCGGTACCTCCAGTAAGAGAGCTTAGGAAGCTGCTGAGAATCCAGG 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2874 TCAAAAAGCCTGCAGCGGTACCTCCAGTAAGAGAGCTCCGGAAGCTGCTGAGAATCCAGG 2933
Query 2940 CTTTACGTTGCCATGTCGTTTATAGTCAGAATGGCACCCGAATAAACGTCATACCGGTGC 2999
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2934 CTTTGCGTTGTCATGTAGTTTATAGTCAGAATGGCACCCGAATAAATGTCATACCGGTGC 2993
Query 3000 TGGCTTCTCGTATACAAGCTCTGAGGTATTTGTTCGTCCGGTGGGGAATTGACATGGCGA 3059
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 TGGCTTCTCGTATACAAGCCCTGAGGTATTTGTTCGTTCGGTGGGGAATTGACATGGCGA 3053
Query 3060 AAATGGCGGTATTTGTGGGGGAATCAGGTGATACTGATTACGAAGGATTGCTTGGTGGGC 3119
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3054 AAATGGCGGTATTTGTGGGCGAATCAGGTGACACTGATTACGAAGGATTGCTCGGAGGGC 3113
Query 3120 TTCACAAGAGCGTTGTTCTAAAGGGAGTGTCGTGCAGTGCATGC------TTGCACGCTA 3173
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||| |
Sbjct 3114 TTCACAAGAGTGTTGTTCTAAAGGGAGTGTCTTGCAGCGCAAGCAACGCCTTGCACGCAA 3173
Query 3174 ACCGGAGCTATCCTCTCACCGACGTGATCTCCTTTGAGAGCAACAACGTGGTTCACGCAT 3233
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3174 ACCGGAGCTATCCTCTCACCGACGTGATCTCCTTGGAGAGCAGCAACGTGGTTCACGCAC 3233
Query 3234 CACCAGATTCGGATGTTCGTGATGCCCTGAAGAAATTAGAGCTTCTCAAGGACTGAAACC 3293
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234 CGCCAGATTCGGATGTTCGTGATGCCCTGAAGAAACTAGAGCTTCTCAAGGACTGAAACC 3293
Query 3294 TAAAATAA-AA--CGATCACATCTCCAGTCATCAATGGGTTGGTACCAAATGCGAACTAT 3350
|||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3294 TAAAATAATAAGGCGATCATATCTACAGTCATCAATGG-TTGGTACCAAATGCCAACTAT 3352
Query 3351 CTTTTTCATATT-GACCACATGGTTTGGTTTGTTTTATTACTTCGTCGTACATAAGCTGC 3409
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3353 CTTTTTCATATTTGACCACATGGTTTGGTTTGTTT-ATTACTTCGTCGTACATAAGCTGC 3411
Query 3410 CGGAAATACCTAACTCTTCATATGGTTGTCTCTTTGACACCTACCGGATTTTACTTCATT 3469
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 3412 CGGAAATACCTAACTCTTCATATGGTTGTCTTTTTGACACCCACCGGATTTTACTTAATT 3471
Query 3470 TATGCAAAGTAT--T-GTAATAATAAAAAGAAAAAGAGGATATTCC 3512
| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3472 TGTGCAA-GTATAATTGTAATAATAAAAAGAAAAAGAGAATATTCC 3516
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134799923566
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5