BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20420.1
Length=3914
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg351139 jgi|Araly1|351139|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001732 5786 0.0
> Ahg351139 jgi|Araly1|351139|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001732
Length=3783
Score = 5786 bits (3133), Expect = 0.0
Identities = 3579/3796 (94%), Gaps = 23/3796 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 129 ATGAAGAAAAGAGGTTTCTACAATTTGAAGCATCCATTTGATCCATGTCCTTTCGAGTTC 188
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1 ATGAAGAAGAGAGGTTTCTACAATTTGAAGCATCCATTTGATCCATGCCCTTTTGAGTTC 60
Query 189 TTCTGCTCGGGTACATGGAAGCCTGTGGAATACATGAGGATCGAAGATGGAATGATGACA 248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCTGCTCGGGTACATGGAAGCCTGTGGAATACATGAGGATCGAAGATGGAATGATGACA 120
Query 249 ATACGTCTGTTAGAGAATGGTTATGTGTTGGAAGATATCCGTCCTTTCCAAAGGCTTCGT 308
|||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 ATACGTCTGTTACAGAACGGTTATGTGTTGGAGGATATCCGTCCCTTCCAAAGGCTTCGT 180
Query 309 CTCAGATCAAGAAAAGCGGCTTTGAGCGACTGTATCTGTTTCCTTCGGCCTGATATCGAT 368
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 CTCAGATCAAGAAAAGCGGCTTTGAGTGACTGTATCTGTTTCCTTCGCCCTGATATCGAT 240
Query 369 GTTTGTGTTCTCTATCGTATCCACGAGGATGACTTGGAACCGGTTTGGGTGGATGCGAGG 428
|| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 GTCTGTGTTCTCTATCGTCTCCATGAGGATGACTTGGAACCGGTTTGGGTCGATGCGAGG 300
Query 429 ATTGTTTCTATAGAGAGGAAGCCTCATGAGTCTGAATGCTCTTGCAAGATCAATGTTAGA 488
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 301 ATTGTTTCTATAGAGAGGAAGCCTCATGATTCTGAATGCTCTTGCAAGATCAGTGTTAGA 360
Query 489 ATTTACATTGACCAAGGCTGCATTGGCTCGGAGAAACAGAGAATCAATAGAGATTCCGTG 548
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 361 ATTTACATTGACCAAGGCTGCATTGGGTCGGAGAAACAGAGAATCAATAAAGATGCCGTG 420
Query 549 GTTATCGGTCTAAACCAAATCTCCATTCTCCAAAAGTTTTACAAGGAACAAAGTACTGAT 608
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTTATCGGTCTAAACCAAATCTCTATTCTCCAGAAGTTCTACAAGGAACAAAGTACTGAT 480
Query 609 CAGTTCTACAGATGGAGATTCTCTGAGGACTGCACTTCCTTGATGAAAACAAGACTGTCT 668
||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 481 CAGTTTTACAGGTGGAAATTCTCTGAGGACTGCACTTCCTTGATGAAAACGAGACTGTCG 540
Query 669 TTGGGAAAGTTCTTGCCGGATCTTTCGTGGTTGACTGTTACCTCAACTT-TGAAAAGCAT 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||
Sbjct 541 TTGGGAAAGTTCTTGCCGGATCTTTCGTGGTTGACTGTTACTTCAA-TTCTGAAAAGCAT 599
Query 728 TGTGTTTCAAATAAGAACAGTGCAAACCAAGATGGTTTATCAGATTGTAACAGATGAAGA 787
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 600 TGTGTTTCACATAAGAACAGTGCAAACCAAGATGATTTATCAGATTGTAGCAGAT---GA 656
Query 788 AGGCTCTAGCAGTACGTTGAGTTCGATGAATATTACTTTGGAAGACGGTGTTTCGTTATC 847
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 AGGCTCTAGCTGTACGTTGAGTTCGATGAATATAACTGTGGAAGACGGTGTTTCGTTATC 716
Query 848 AAAAGTGGTTAAGTTTAATCCGGCAGATATATTGGATGATTCTCAAGATCTTGAAATAAA 907
|||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 717 AAAAGTTGTTCAGTTTAATCCTGCAGATATATTGGATGATTCTCAAGATCCTGAAATAAA 776
Query 908 GCAAGAAACCGATTATTATCAAGAAGAAGATGAGGTAGTGGAACTACGTAGGTCCAAAAG 967
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 777 GCAAGAAACCGATTATTTTCAAGAAGCAGATGAGGTAGTGGAACTACGTCGGTCCAAAAG 836
Query 968 AAGAAACGTGAGACCGGATATCTACACCGGATGTGATTATGAGCCAGATACAATTGACGG 1027
|||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 837 AAGAAATGTGAGACCGGATAGATTTACCGGATGTGATTATCAGTTAGATACAAATGACGG 896
Query 1028 TTGGGTGCGGATGATGCCGTACCAGTTTGGAAAATGTGCTGTTAATGTTGAGAGTGATGA 1087
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 897 GTGGGTGCGGATGATGCCGTACCAGATTGGAAAATGGGCTGTTAGTGTGGAGAGTGATGA 956
Query 1088 AGACGAGGACGATAACAATGAGGATGGTGATACTAATGATGATTTGTATATACCATTATC 1147
||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 957 CGACGAGGACGATAGCAATGATGCTGGTGATACTAATGATGATATGTATGTACCATTATC 1016
Query 1148 GCGTTTATTCATCAAGAAAAAGAAAACTAATTCTCGAGAAGCGAAACCGAAAAGT-CGAA 1206
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |
Sbjct 1017 GCATTTATTCATCAAGAAAAAGATAACTAATTCTCGAGAAGCGATACCGAAAAGTATG-A 1075
Query 1207 AAGGCGAGATCGTTGTGATAGACAAGAGGAGAGTACATGGATTTGGTAGAAAAGAGAGGA 1266
|||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1076 AAGGCGGGATTGTTTTGGTAGACAAGAGGAGAGTACATGGATTTGTTAGAAAAGAGAGGA 1135
Query 1267 AATCCGAGCTTTCGGTTATTCCTTTCACTCCGGTGTTTGAGCCTATACCGTTGGAACAGT 1326
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 AATCCGAGCTTTCGGTTATTCCTTTCACTCCAGTATTTGAGCCTATACCGTTGGAACAGT 1195
Query 1327 TTGGTCTTAATGCTAACAGTTTTGGTGGGGGTGGTAGTTTCTCAAGAAGCCAGTACTTTG 1386
||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTGGTCTTAATGCTAACTGTTTGGGTGGGGGTGGCAGTTTTTCAAGAAGCCAGTACTTTG 1255
Query 1387 ATGAGACTGAAAAGTATCGAAGTAAAGGCAT-GAAATACGGGAAGAAAATGACGGAAATG 1445
|||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1256 ATGAGATTGAAAAGTATCGAAGTAAA-TCCTCGAAATACGGGAAGAAAATGACAGAAATG 1314
Query 1446 GAAGAGATGATGGAAGCTGATCTATGTTGGAAAGGTCCTAACCAGGTGAAGTCGTTTCAA 1505
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||
Sbjct 1315 GAAGAGATGATGGAATCTGATCTATGTTGGAAAGGTCCTAACTACGTGAAGTCGGTTCAA 1374
Query 1506 AAACGAACATCCCGATCTTCGCGGTCAGTTGCTCCAAAAACAGAGGATTCTGATGAACCA 1565
||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1375 AAACGAACACCCCGACCTTCGCGGTCATTTGCTCCAAAAACAGAGGATTCCGATGAACCA 1434
Query 1566 CGGGTCTATAAGAAAGTAACATTGAGTGCAGGTGCATATAACAAGCTGATAGATACATAC 1625
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1435 CGGGTCTATAAGAAAGTAACATTGAGTGCAGGTGCATATAACAAGCTGATAGATTCATAC 1494
Query 1626 ATGAACAACATTGAGTCCACAATTGCAGCCAAGGACGAGCCTACCAGTGTTGTTGACCAG 1685
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1495 ATGAACAACATTGAGTCCACAATTTCAGCCAAGGACGAGCCTACCAATGTTGTTGACCAG 1554
Query 1686 TGGGAGGAGTTAAAGAAGACGAATTTCGCATTTAAACTGCATGGGGATATGGAA-AAGAA 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1555 TGGGAGGAGTTAAAGAAGACGAATTTCGCATTTAAACTGCATAGGGATATGGAACAA-AA 1613
Query 1745 CTTGAGTGAGGATGGTGAGGGAGAGACTTCAGAGAACGAAATGTTATGGAGAGAAATGGA 1804
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 CTTAAGTGAGGATGGTGAGGGAGAGACTTCAGAGAACGAAATGTTATGGAGAGAAATGGA 1673
Query 1805 ACTATGCTTGGCTTCTTCTTACATTCTCGATGACAACGAGGTAAGAGTGGATAACGAGGC 1864
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1674 ACTCTGCTTGGCTTCTTCTTACATACTCGATGACAACGAGGCAAGAGTGGACAACGAGGC 1733
Query 1865 TTTCGAAAAGGCGAGAAGTGGTTGTGAGCACGATTATAGGCTGGAGGAAGAAATCGGGAT 1924
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1734 TTTAGAAAAGGCGAGAAGTGGTTGTGAACACGATTATAAGCTGGACGAAGAAATCGGGAT 1793
Query 1925 GTGTTGCAGGTTATGTGGTCATGTAGGAAGTGAGATAAAAGATGTATCTGCACCATTTGC 1984
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 GTGTTGCAGGTTATGTGGTCATGTAGGAACTGAGATAAAAGATGTATCTGCACCATTTGC 1853
Query 1985 AGAACATAAGAAATGGACCATAGAGACTAAGCATATCGAAGAAGATGACATAAAGACTAA 2044
|||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 AGAACATAAGAAATGGACAATGGACACTAAGCAGCTCGAAGAAGATGACATAAAGACTAA 1913
Query 2045 GTTGAGCCACAAAGAAGCCCAGACTAAAGATTTCTCTATGAT-AAGTGATTCTTCAG-AA 2102
||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| | ||
Sbjct 1914 GTTGAGCCACAAAGAAGGCGAGACTGAAGATTTCACTATG-TCAAGTGATTCTTC-GAAA 1971
Query 2103 ATGCTTGCGGCTGAAGAAAGTGACAACGTTTGGGCATTAATACCTAAGCTTAAGAGAAAA 2162
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1972 ATGCTTGCCGCTGAAGAAAGTGAAAACGTTTGGGCATTAATACCTCAGCTTAAGAGAAAA 2031
Query 2163 CTACATGTGCATCAACGAAGAGCTTTCGAGTTTCTCTGGAGAAATGTAGCAGGATCTGTG 2222
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2032 CTACATATGCATCAACGAAGAGCTTTTGAGTTTCTCTGGAGAAATCTAGCAGGATCTGTG 2091
Query 2223 GAACCCTCGCTTATGGATCCCACTTCAGGTAACATAGGTGGTTGTGTGATCTCTCATTCA 2282
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GAACCCTCGCTTATGGATCCCACTTCAGATAACATAGGTGGTTGTGTGATCTCTCATTCT 2151
Query 2283 CCTGGAGCTGGTAAAACATTCCTAATCATTGCTTTCCTCACTAGCTACTTGAAGCTATTT 2342
|| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CCAGGAGCTGGTAAAACTTTCCTAATAATCGCTTTCCTCACTAGCTACTTGAAGCTATTT 2211
Query 2343 CCCGGGAAAAGACCTTTGGTTCTTGCTCCTAAAACAACTTTGTACACATGGTACAAGGAG 2402
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CCCGGGAAAAGACCCTTGGTTCTTGCTCCTAAAACAACTTTGTACACATGGTACAAGGAG 2271
Query 2403 TTCATCAAATGGGAGATCCCAGTTCCGGTTCATTTGATCCACGGTCGAAGAACCTATTGT 2462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2272 TTCATCAAATGGGAGATCCCAGTTCCGGTTCATTTGATCCACGGTCGAAGAACCTACTGT 2331
Query 2463 ACCTTCAAACAGAACAAAACGGTTCAGTTCAATGGAGTTCCTAAACCGAGCCGAGATGTT 2522
|||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2332 ACCTTCAAGCAGAACAGCACAATTCAGTTCAATGGAGTTCCGAAACCGAGCCAAGATGTT 2391
Query 2523 ATGCATGTTCTTGATTGCCTAGAAAAAATACAGAAATGGCATGCTCATCCGAGTGTTCTT 2582
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2392 ATGCATGTTCTTGATTGCTTAGAAAAGATACAGAAATGGCACGCGCATCCGAGTGTTCTT 2451
Query 2583 GTAATGGGTTACACCTCGTTTAC-GACTTTGATGAGGGAAGACTCGAAGTTTGCTCACCG 2641
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2452 GTAATGGGTTACACCTCGTTT-CTGACTTTGATGAGGGAAGACTCGAAGTTTGCTTATCG 2510
Query 2642 GAAA-TACATGGCTAAAGTGCTAAGAGAGAGTCCCGGGCTTCTTGTTCTTGATGAAGGGC 2700
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2511 -AAAGTACATGGCTAAAGTGCTAAGAGAGAGTCCTGGGCTTCTTGTTCTTGATGAAGGAC 2569
Query 2701 ATAACCCGAGGAGTACCAAGTCAAGACTACGTAAGGCCTTGATGAAAGTTGGTACTGACT 2760
||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 ATAACCCAAGGAGTACCAAGTCGCGATTACGCAAGGCCTTGATGAAAGTTGGTACTGACT 2629
Query 2761 TAAGAATACTTCTTTCGGGTACTTTGTTTCAGAACAACTTTTGCGAGTACTTCAACACGC 2820
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2630 TAAGGATACTTCTTTCGGGTACTTTGTTTCAGAACAACTTCTGCGAGTACTTCAACACGC 2689
Query 2821 TATGTTTGGCTAGACCAAAGTTTATTCATGAGGTTCTAATGGAGTTAGATCAGAAATTCA 2880
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 TGTGTTTGGCTAGACCAAAGTTTATTCATGAGGTTCTAATGGAGTTAGATCAGAAATTCA 2749
Query 2881 AGACCAATCACGGTGTGAATAAGGCGCCTCACTTGCTCGAGAATAGAGCTCGTAAATTAT 2940
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2750 AGACCAATCAAAGTGTAAATAAGGCGCCTCACTTGCTCGAGAATAGAGCTCGTAAATTCT 2809
Query 2941 TCCTCGATATAATTGCCAAGAAGATTGATGCAAGCGTGGGAGATGAACGCCTTCAAGGTC 3000
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810 TCATCGATATAATTGCCAAGAAGATTGATGCAGGCGTGGGAGATGAACGCCTTCAAGGTC 2869
Query 3001 TCAATATGTTGAAGAATATGACTAATGGTTTCATTGATAACTATGAAGGGAGTGGAAGTG 3060
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 TCAATATGTTGAAGAACATGACTAATAGTTTCATTGATAACTATGAAGGGAGTGGAAGTG 2929
Query 3061 GAAGTGGTGATGCTCTTCCAGGTCTACAGATCTATACATTAGTGATGAACTCGACGGATA 3120
||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2930 GAAGTGGCGATGCTCTTCCCGGTCTACAAATCTATACACTAGTGATGAACTCGACGGATA 2989
Query 3121 TACAGCATAAGATACTCACGAAACTTCAGGATGTAATAAAGACGTACTTT-GGGTATCCA 3179
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||
Sbjct 2990 TACAGCATAAGATACTCACAAAACTTCAGGATGTAATAAAGACTTA-TTTCGGGTATCCA 3048
Query 3180 CTTGAGGTCGAGCTTCAGATAACATTAGCAGCTATACATCCGTGGTTGGTCACAAGCTCA 3239
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 3049 CTCGAGGTCGAGCTTCAGATAACATTGGCAGCTATACATCCTTGGTTGGTCACGAGCTCA 3108
Query 3240 AACTGTTGCACAAAATTCTTCAACCCGCAAGAACTTTCCGAGATCGGAAAACTCAAGCAC 3299
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3109 AACTGTTGCAAAAAATTCTTCAACCCGCAAGAACTTTTAGAGATCGAAAAACTCAAGCAC 3168
Query 3300 GACGCAAAGAAAGGATCTAAAGTCATGTTTGTGTTAAACCTTATTTTCCGAGTGGTCAAG 3359
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 3169 GATGCAAAGAAAGGATCTAAAGTCATGTTTGTGCTAAACCTTGTCTACCGAGTGGTCAAG 3228
Query 3360 AGGGAGAAGATCTTGATCTTTTGCCACAACATTGCGCCAATCCGTATGTTTACCGAACTG 3419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3229 AGGGAGAAGATCTTGATCTTTTGCCACAACATTGCGCCAATCCGTATGTTTACCGAACTG 3288
Query 3420 TTTGAGAACATTTTCAGGTGGCAAAGAGGCAGAGAGATCTTGACCTTAACCGGTGATCTT 3479
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3289 TTTGAGAATGTTTTCAGGTGGCAAAGAGGCAGAGAGATCTTGACCTTAACCGGTGATCTT 3348
Query 3480 GAGCTGTTTGAAAGAGGTC-GAGTGATAGACAAATTCGAAGAACCTGGAAACCCATCCCG 3538
|| ||||| || ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3349 GAACTGTTCGAGAGAGG-CAGAGTGATAGACAAATTTGAAGAACCTGGAAACCCATCCCG 3407
Query 3539 AGTCCTCCTGGCCTCGATCACAGCTTGCGCAGAAGGGATTAGTCTGACCGCTGCTTCACG 3598
|||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3408 AGTCTTACTGGCCTCAATCACAGCTTGCGCAGAAGGGATTAGTCTAACCGCTGCTTCACG 3467
Query 3599 GGTCATCATGCTCGACTCAGAATGGAACCCTTCTAAGACAAAGCAAGCTATAGCTCGTGC 3658
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3468 GGTCATCATGCTCGACTCGGAATGGAACCCTTCAAAGACAAAGCAAGCCATAGCTCGTGC 3527
Query 3659 ATTCAGACCGGGACAGCAGAAAGTTGTTTACGTTTATCAGCTCTTGTCCAGAGGAACATT 3718
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3528 ATTCAGACCGGGACAGCAGAAAGTTGTTTATGTTTATCAGCTCTTGTCCAGAGGAACATT 3587
Query 3719 AGAGGAAGACAAGTACAGGAGGACAACATGGAAAGAGTGGGTCTCGTGTATGATATTCAG 3778
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3588 AGAGGAAGATAAGTACAGGAGGACAACATGGAAAGAGTGGGTCTCGAGTATGATATTCAG 3647
Query 3779 TGAGGAGTTTGTTGCGGATCCATCTCTGTGGCAAGCTGAGAAGATTGAAGATGATATTCT 3838
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 3648 TGAGGAGTTTGTTGCGGATCCATCTCTATGGCAAGCTGAGAAGATTGAAGACGATGTTCT 3707
Query 3839 TAGAGAGATCGTTGGAGAAGATAAAGTTAAATCTTTCCATATGATCATGAAGAATGAGAA 3898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3708 TAGAGAGATCGTTGGAGAAGATAAAGTTAAATCTTTCCATATGATCATGAAGAATGAGAA 3767
Query 3899 GGCTTCAACAGGGTAA 3914
||||||||||||||||
Sbjct 3768 GGCTTCAACAGGGTAA 3783
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147929786251
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5