BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20950.1
Length=2284
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489005 jgi|Araly1|489005|fgenesh2_kg.6__2139__AT5G20950.1 3310 0.0
> Ahg489005 jgi|Araly1|489005|fgenesh2_kg.6__2139__AT5G20950.1
Length=2144
Score = 3310 bits (1792), Expect = 0.0
Identities = 2017/2124 (95%), Gaps = 22/2124 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 AGAGAGAGTAGCACGAAGAAGCAGCAGCAGCAGCACACTTCTCAAGA----TCTCTCTCT 71
|||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1 AGAGAGAGTAGCAC---GTAG-A--AGCAGCAGCACACTTCTCAAAATCTCTCTCTCTCT 54
Query 72 GTCTTTGTCATCACCACTCTATCGTCTACTAGAGGGAAGAGATCATCATTCTACAGTTTC 131
||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || | |||||||||||||
Sbjct 55 CTCTTTGTCATCACCACTCTCTCGTCTACTAGA--G-AG-GA-GA-GATTCTACAGTTTC 108
Query 132 AAGAAGATACCATTTCCAAGACTTGAAACTGTGGAAGAAGCAAAAATGGGGACTTTGAGT 191
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 109 AAGAAGATACCATTCCCAAGACTTGGAACTGTGGAAGAAG-AAAAATGGGGACTCTGAGT 167
Query 192 AAGGTGCTATGTCTCATGCTGCTTTGCTGTATCGTGGCTGCTGCTGAGGGTACTTTGAAG 251
|||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 AAGGTGCTATGTCTTGTGCTGCTGTGTTGTGTCGTGGCTGCTGCTGAGGGTACTTTGAAG 227
Query 252 TACAAGGACCCAAAGCAGCCTTTGGGTGCAAGAATCAGAGATTTGATGAACCGTATGACT 311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 228 TACAAGGACCCAAAGCAGCCTTTGGGTGCAAGAATCAGGGATTTGATGAACCGCATGACT 287
Query 312 CTACAAGAGAAGATTGGTCAGATGGTTCAGATCGAACGCAGCGTCGCTACACCTGAAGTC 371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 288 CTACAAGAGAAGATTGGTCAGATGGTTCAGATCGAACGCAGCGTCGCTACTCCTGAAGTC 347
Query 372 ATGAAGAAATACTTCATTGGGAGTGTTTTGAGTGGTGGAGGAAGTGTGCCCTCGGAAAAA 431
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 ATGAAGAAATACTTCATCGGGAGTGTGTTGAGTGGTGGAGGAAGTGTGCCCTCGGAAAAA 407
Query 432 GCTACTCCTGAAACTTGGGTGAACATGGTCAATGAGATTCAAAAGGCGTCTCTTTCGACC 491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 408 GCTACTCCTGAAACTTGGGTGAACATGGTCAATGAGATTCAAAAGGCGTCTCTTTCCACC 467
Query 492 CGCCTTGGGATCCCTATGATCTACGGGATTGATGCTGTTCACGGTCACAACAATGTGTAT 551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 CGCCTTGGGATCCCTATGATCTACGGGATTGATGCTGTTCACGGTCACAACAATGTGTAT 527
Query 552 GGCGCCACCATTTTCCCGCACAATGTAGGCCTTGGAGTCACCAGGGATCCTAACCTTGTT 611
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 528 GGTGCCACCATTTTCCCGCACAATGTAGGCCTTGGAGTCACCAGGGATCCTAACCTTCTT 587
Query 612 AAGAGGATTGGGGCAGCAACCGCGCTTGAAGTCAGAGCGACTGGAATCCCATATGCCTTT 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 AAGAGGATTGGGGCAGCAACCGCGCTTGAAGTCAGAGCGACTGGAATCCCATATGCCTTT 647
Query 672 GCCCCGTGTATTGCAGTTTGTAGGGATCCAAGATGGGGAAGATGCTACGAGAGCTACAGC 731
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 GCTCCTTGTATTGCAGTTTGTAGGGATCCAAGATGGGGAAGATGCTACGAGAGCTACAGT 707
Query 732 GAGGATTATAGAATTGTCCAA-CAGATGACTGAGATTATACCCGGTTTGCAAGGCGACCT 790
|| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 708 GAAGATTATAGAATTGTC-AAGCAGATGACTGAAATTATACCCGGTTTGCAAGGTGACCT 766
Query 791 TCCTACCAAGCGAAAGGGTGTTCCCTTTGTTGGTGGAAAGACAAAAGTTGCAGCTTGTGC 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 TCCTACCAAGCGAAAGGGTGTTCCCTTTGTTGGTGGAAAGACAAAAGTTGCAGCTTGTGC 826
Query 851 AAAGCATTTTGTTGGAGATGGAGGTACAGTGAGAGGAATTGATGAGAACAACACAGTGAT 910
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 827 TAAGCATTTTGTTGGAGATGGAGGTACAGTGAGAGGTATTGATGAGAACAACACGGTGAT 886
Query 911 TGACTCGAAGGGCCTGTTCGGAATTCACATGCCTGGATATTACAATGCTGTAAACAAGGG 970
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TGACTCGAAGGGGCTGTTTGGAATTCACATGCCTGGATATTACAATGCTGTAAACAAGGG 946
Query 971 TGTTGCAACAATAATGGTGTCTTACTCTGCCTGGAACGGTTTGAGAATGCATGCTAACAA 1030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TGTTGCAACAATAATGGTGTCTTACTCTGCCTGGAATGGTTTGAGAATGCATGCTAACAA 1006
Query 1031 GGAACTTGTCACGGGTTTCCTCAAGAACAAGTTGAAGTTCAGGGGTTTTGTCATCTCTGA 1090
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 GGAACTTGTCACGGGCTTCCTCAAGAACAAGTTGAAGTTCAGGGGTTTTGTCATCTCTGA 1066
Query 1091 TTGGCAGGGGATTGATAGGATCACGACTCCTCCTCATCTTAACTATTCATACTCTGTTTA 1150
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1067 TTGGCAGGGGATTGATAGGATCACAACTCCTCCGCATCTTAACTATTCATACTCTGTATA 1126
Query 1151 CGCGGGAATCAGTGCTGGAATTGACATGATTATGGTTCCGTACAACTACACTGAGTTCAT 1210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1127 CGCGGGAATCAGTGCTGGAATTGACATGATTATGGTTCCGTACAACTACACCGAGTTCAT 1186
Query 1211 AGACGAAATCAGCAGTCAGATACAGAAAAAGCTTATTCCGATTAGCAGGATCGATGACGC 1270
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1187 AGACGAAATCAACAGTCAGATACAGAAAAAGCTTATTCCGATAAGCAGGATTGATGACGC 1246
Query 1271 CCTGAAGAGAATCTTAAGGGTCAAATTCACAATGGGACTCTTTGAGGAACCACTGGCTGA 1330
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 CGTGAAGAGAATCTTAAGGGTCAAATTCACAATGGGACTCTTTGAGGAACCACTGGCTGA 1306
Query 1331 TCTCAGCTTTGCCAACCAGCTTGGTAGCAAGGAACATAGGGAACTAGCTCGTGAAGCCGT 1390
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1307 TCTCAGCTTTGCCAATCAGCTTGGTAGTAAGGAACACAGGGAACTTGCTCGTGAAGCCGT 1366
Query 1391 GAGGAAGTCTCTGGTGCTGCTCAAGAATGGTAAGACAGGTGCTAAACCTCTGCTTCCTCT 1450
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 GAGGAAGTCTCTAGTGCTGCTCAAGAATGGTAAGACAGGTGCTAAACCTCTGCTTCCTCT 1426
Query 1451 GCCTAAGAAATCAGGGAAGATCCTTGTCGCGGGAGCACATGCTGATAACTTGGGATATCA 1510
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 TCCTAAGAAAACAGGGAAGATCCTTGTCGCGGGAACACACGCTGATAACTTGGGATATCA 1486
Query 1511 ATGTGGTGGCTGGACCATCACCTGGCAAGGCCTTAATGGCAACGACCATACCGTTGGTAC 1570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1487 ATGTGGTGGCTGGACCATCACCTGGCAAGGCCTTAACGGCAACGACCACACCGTTGGTAC 1546
Query 1571 AACAATCCTAGCGGCTGTGAAGAATACAGTGGCTCCTACCACACAAGTCGTCTACAGCCA 1630
||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1547 AACAATCCTCGCAGCTGTGAAAAATACAGTGGCTCCGACCACACAAGTCGTCTACAACCA 1606
Query 1631 AAACCCCGATGCGAACTTTGTGAAGTCGGGTAAATTTGACTATGCCATTGTGGTAGTCGG 1690
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1607 AAACCCCGATGCAAACTTTGTGAAGTCGGGTAAATTTGACTATGCCATTGTGGTTGTTGG 1666
Query 1691 GGAGCCACCTTATGCTGAAATGTTTGGGGACACCACGAACCTGACCATAAGTGATCCTGG 1750
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1667 CGAGCCGCCTTATGCTGAAATGTTTGGGGACACCACGAACCTGACCATAAGTGCTCCTGG 1726
Query 1751 TCCGAGCATAATAGGAAACGTGTGCGGATCAGTGAAATGTGTGGTGGTTGTGGTCTCTGG 1810
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1727 TCCAAGCACAATAGGAAACGTGTGCGGATCAGTGAAGTGTGTGGTGGTCGTGGTATCTGG 1786
Query 1811 CCGTCCCGTGGTGATTCAGCCTTATGTTTCGACCATTGACGCTCTCGTGGCGGCTTGGCT 1870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1787 CCGTCCCGTGGTGATTCAGCCTTATGTTTCGACCATTGACGCCCTCGTCGCGGCTTGGCT 1846
Query 1871 TCCGGGAACAGAAGGTCAAGGAGTGGCTGATGCTCTGTTTGGTGATTACGGGTTCACAGG 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1847 TCCGGGAACAGAAGGTCAAGGAGTGGCTGATGCTCTGTTTGGTGATTACGGGTTCACCGG 1906
Query 1931 AAAGTTGGCCCGGACGTGGTTTAAGTCGGTGAAGCAGCTACCGATGAATGTTGGAGATCG 1990
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1907 AAAGTTGGCTCGGACATGGTTTAAGTCGGTGAAGCAGCTACCGATGAACGTTGGCGATCT 1966
Query 1991 GCATTACGACCCATTGTACCCATTCGGTTTCGGGTTGACCACAAAACCATACAAAATGTA 2050
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 GCATTACGACCCGTTGTACCCATTCGGTTTCGGGTTGACCACAAAACCATACAAAATGTA 2026
Query 2051 GACTCCCTTTTAGTTATTCGGCAAGG-AGAGGACA-ATATTAAGGGACAAAACGAAATAA 2108
||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2027 GACTCACTTTTAATTATTCGGCAAGGGAGAGGA-AGATATTAAGGGACCCAACGAAATAA 2085
Query 2109 CTTCGATGCACAATTTTGTGGGTT 2132
|| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 TTTAGATGCACAATTTTGTGGGTT 2109
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86007773210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5