BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G21222.1
Length=3010
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489029 jgi|Araly1|489029|fgenesh2_kg.6__2163__AT5G21222.1 4176 0.0
Ahg489031 jgi|Araly1|489031|fgenesh2_kg.6__2165__AT5G21326.1 955 0.0
> Ahg489029 jgi|Araly1|489029|fgenesh2_kg.6__2163__AT5G21222.1
Length=2706
Score = 4176 bits (2261), Expect = 0.0
Identities = 2508/2629 (95%), Gaps = 9/2629 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 271 CCGGGACAATTCGCAGCTTGTGAAGAAGATCAAGAGGTG-AACTCTGA--GTGATGAGTG 327
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 81 CCGAGACAATTCGCAGGTTGTGAAGAAGATCAAGAGGTGAAAATCTGAGTGTGATGAGTG 140
Query 328 AGCCAAAGGTCAGGCGTTGGGTTGGCAAATATGAGGTTGGAAGATTGATCGGTGAATGTA 387
||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| | ||||||
Sbjct 141 AGCCAAAGGCCAGGCGTTGGGTTGGAAAATATGAGCTTGGAAGAATGATTGCCGAATGTT 200
Query 388 ATTTTGGGAAACTGCGGAGTGCTGTTGACACAGAGACAGGAGACCCTGTGGCTTTGATGA 447
|||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 201 CTTTTGGGAAAGTGCGGAGTGCTGTTGATACTCAGACAGGAGACCCCGTGGCTCTGATGA 260
Query 448 TCCTTGATAAAGACAAGGTTCTGAAGCATAAGATGGCTGAACAAATAAAGAGAGAAATTT 507
||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 261 TCCTTGATAAAGACAAGATTCTCAACCATAAGATGGCTGAACAAATAAAGAGAGAGATTT 320
Query 508 CTATTATGAAGCTGATCAACCATCCAAATGTAGTGCAGCTTTATGAGGTTTTGGCGAGCA 567
||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 321 CTACCATGAAGCTGATAAACCATCCTAATGTCGTGTGGCTGTATGAGGTTTTGGCGAGTA 380
Query 568 AGGCGAAGATATATATTGTCCTAGAGTTCATCAGTGGTGGAAAGCTTTTTGACAAG-ATT 626
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 381 AGATGAAGATATATATTGTCCTAGAGTTCATCAGTGGTGGAGAGCTTTTTGAC-AGAATT 439
Query 627 AAAAATGATGGGCGCATGAATGAAGACGAAGCACAGAGATATTTCCAGCAGCTTATCAAT 686
||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 AAAAATGATGGACGCATGAAAGAAGAGGAAGCACGGAGATATTTCCAGCAGCTTATCAAT 499
Query 687 GCAGTTGATTACTGCCACAGCAGGGGAGTGTACCACAGAGACTTAAAGCCAGAAAATTTG 746
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 500 GCAGTTGATTACTGCCACAGCAGGGGATTGTACCACAGAGACTTAAAGCCGGAAAATTTG 559
Query 747 CTTCTTGATGCGCAAGAGAATTTGAAAGTCGCTGAATTTGGATTGATTGCCTTGTCCCAA 806
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 560 CTTCTTGATGTGCAAGAGAATTTGAAAGTCTCTGACTTTGGATTGAGTGCCTTGTCCCGA 619
Query 807 CAAGCCGGGGGAGATGGCCTTCGTCACACTGCATGTGGAAATCCAGATTATGCTGCTCCT 866
|||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 620 CAAGTCGGGGGTGATGGCCTTCATCACACTGCATGTGGAAATCCAAATTATGCTGCTCCT 679
Query 867 GAGGTTCTTAATGATCAAGGCTATGATGGGGCAAAGGCAGACTTGTGGTCCTGTGGAGTG 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 GAGGTTCTTAATGATCAAGGCTATGATGGGGCAAAGGCAGACTTGTGGTCCTGTGGAGTG 739
Query 927 ATACTCTTTGTACTACTTGCTGGGTATTTGCCTTTCGAGGATTCTAGTCTCACGACGCTG 986
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 740 ATACTCTTTGTACTACTTTCTGGGTATTTGCCTTTCGAGGATTCTAGTCTCACGACTCTG 799
Query 987 TACAAAAAGATCTCATCTGCTGATTTTAGTTGTCCTCCTTGGCTCTCTTCTGGTGTTAAG 1046
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 800 TACAAAAAGATCTCATCTGCTGATTTCAGTTGTCCTCCTTGGCTCTCTTCTGGTGCTAAG 859
Query 1047 AATTTGATCGTCCGAATCTTGGATCCAAACCCTATGACTCGTATAACAATTCCAGAGATT 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 AATTTGATCGTCCGAATCTTGGATCCAAACCCTATGACTCGTATAACAATTCCAGAGATT 919
Query 1107 TTGGAAGATGTGTGGTTCAAGAAAGATTACAAGCCAGCTGTATTTGAAGAGAAGAAAGAA 1166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 TTGGAAGATGTGTGGTTCAAGAAAGATTACAAGCCAGCTGTATTTGAAGAGAAGAAAGAA 979
Query 1167 GCAAATTTGGCTGATGTGGAAGCTGTTTTCAAAGATTCTGAAGAAGGGAGAGTGCAACTG 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 GCAAATTTGGCTGATGTGGAAGCTGTTTTCAAAGATTCTGAAGAAGGGAGAGTGCAACTG 1039
Query 1227 AGGTCATTTCCTTGTGTGATATGTTCAGGTGGTACTACTTGTGGTGATGTTCGTTCAAGG 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1040 AGGTCATTTCCTTGTGTGATATGTTCAGGTGGTACTACTTGTGGGGATGTTCGTTCAAGG 1099
Query 1287 ACCAAACTGATGAACGGCTTGATAGAAAGAGGGAGGCCTCAAGAAGCTCATTCCATTTTC 1346
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 ACCAAACTGATGAACGGCTTGATAGAACGAGGGAGACCTCAAGAAGCTCATTCCATTTTC 1159
Query 1347 AACACACTTATTGAGGAAGGCCACAAGCCAAGCCTCATCACATACACCACGCTTGTAACT 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 AACACACTTATTGAGGAAGGCCACAAGCCAAGCATCATCACATACACCACGCTTGTAACT 1219
Query 1407 GCATTGACCCGTCAAAAGCACTTCCACTCTCTCCTCTCCCTCATCTCCAAAGTCGAGAAA 1466
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 GCATTAACCCGTCAAAAGCACTTCCACTCTCTCCTCTCCCTCATCTCCAAAGTCGAGAAA 1279
Query 1467 AACGGCCTTAAACCTGACACCATTCTCTTCAACGCCATCATCAACGCCTCTTCCGAGTCT 1526
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 AACGGCCTCAAACCCGACACCATTCTCTTCAACGCCATCATCAACGCCTCTTCCGAGTCT 1339
Query 1527 GGAAATCTCGATCAAGCAATGAAGAT-TTTCGAAAAAATGAAGGAAAGTGGATGTAAACC 1585
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GGAAATCTCGATCAAGCAATGAAGATATTT-GAAAAAATGAAGGAAAGTGGATGTAAACC 1398
Query 1586 CACAGCAAGTACATTTAATACTCTCATCAAAGGATATGGCAAAATTGGTAAGCTGGAGGA 1645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1399 CACAGCAAGTACATTTAATACTCTCATCAAAGGATATGGTAAAATTGGTAAGCTAGAGGA 1458
Query 1646 ATCATCAAGACTCCTGGATATGATGTTACGGGATGAGATGCTCCAACCAAATGACAGAAC 1705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 ATCATCAAGACTCCTGGATATGATGTTACGGGATGAGATGCTCCAACCAAATGACAGAAC 1518
Query 1706 ATGTAACATACTTGTCCAGGCTTGGTGTAACCAGAGGAAGATTGAAGAAGCATGGAACAT 1765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 ATGTAACATACTTGTCCAGGCTTGGTGTAACCAGAGGAAGATTGAAGAAGCATGGAACAT 1578
Query 1766 TGTATATAAGATGCAATCTTATGGGGTAAAACCTGATGTAGTTACGTTTAACACATTGGC 1825
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 1579 TGTATATAAGATGCAATCTTTTGGGGTAAAACCTGATGCAGTCACTTTTAACACATTGGC 1638
Query 1826 AAAAGCGTATGCGCGGATCGGGTCAACATGTACAGCTGAGGATATGATCATACCAAGGAT 1885
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 AAGAGCGTATTCGCGGATCGGGTCAACATGTACAGCTGAGGATATGATCATACCAAGGAT 1698
Query 1886 GTTACACAATAAAGTTAAACCGAATGTACGTACCTGCGGTACCATTGTGAATGGCTACTG 1945
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1699 GTTACACAACAAAGTTAAACCGAATGTACGTACCTGTGGTACCATTGTAAATGGCTACTG 1758
Query 1946 TGAAGAGGGCAAGATGGAAGAAGCTTTGAGGTTTTTCTATAGAATGAAGGAACTTGGAGT 2005
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 TGAAGAGGGAAAGATGGAAGAAGCTTTGAGGTTTTTCTATAGAATGAAGGAACTTGGAGT 1818
Query 2006 TCATCCTAATCTGTTTGTTTTTAACTCTCTAATCAAAGGCTTCCTTAACATCAACGACAT 2065
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1819 TCATCCAAATCTGTTTGTTTTTAACTCTCTAATCAAAGGCTTTCTTAACATAAACGACAT 1878
Query 2066 GGATGGAGTTGGTGAGGTGGTGGATCTGATGGAAGAATTTGGAGTAAAACCTGATGTGGT 2125
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 GGATGGAGTTGGTGAGGTGGTGGATCTGATGGAAGACTTCGGAGTAAAACCTGATGTGGT 1938
Query 2126 AACGTTTAGCACTCTAATGAATGCATGGAGTTCTGTAGGAGATATGAAAAGATGCGAAGA 2185
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 AACGTTTAGCACTCTAATGAATGCATGGAGCTCTGTAGGAGATATGAAAAGATGCGAAGA 1998
Query 2186 GATCTATACAGATATGTTGGAAGGAGGAATAGATCCTGATATTCATGCATTTAGTATCCT 2245
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GATCTATAGAGATATGTTGGAAGGAGGAATAGATCCCGACATTCATGCATTTAGTATCCT 2058
Query 2246 TGCCAAAGGGTATGCTCGAGCTGGGGAGCCCGAAAAAGCGGAGCAAATCTTGAATCAGAT 2305
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 TGCCAAAGGGTATGCTCGAGCTGGAGAGCCCGAAAAGGCGGAGCAAATCTTGAATCAGAT 2118
Query 2306 GAGAAAATTTGGTGTTCGCCCAAATGTAGTGATCTACACACAGATCATAAGCGGTTGGTG 2365
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 GAGAAAATTCGGCGTTCGCCCAAATGTAGTGATCTACACACAGATCATAAGCGGTTGGTG 2178
Query 2366 CAGTGCTGGTGAAATGAAGAAAGCGATGCAGGTATATAAGAAAATGTGTGGAATCGTTGG 2425
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||
Sbjct 2179 CAGCGCAGGTGAAATGAAGAAAGCGATGCAGGTATATAACAAAATGCGTGGAAGCATTGG 2238
Query 2426 TTTATCGCCTAACTTGACTACTTACGAGACTCTTATATGGGGATTTGGGGAAGCGAAGCA 2485
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2239 TTTATCGCCTAACTTGACTACTTACGAGACTCTTATATGGGGATTTGGGGAAGCTAAGCA 2298
Query 2486 GCCATGGAAAGCAGAAGAGCTTCTGAAAGACATGGAAGGGAAGAATGTTGTTCCCACAAG 2545
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 GCCATGGAAAGCGGAAGAGCTTCTGAAAGAAATGGAAGAGAAGAATGTTGTTCCCACAAG 2358
Query 2546 GAAAACTATGCAACTCATAGCTGATGGATGGAAATCTATTGGTGTCTCTAATAGTAATGA 2605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 GAAAACTATGCAACTCATAGCTGATGGATGGAAATCTATTGGTGTCTCTAATAGTAATGA 2418
Query 2606 TGCCAATACATTGGGCTCTTCCTTCTCAACTTCCTCTAAACTCAATATCCCAAATAATAT 2665
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2419 TGCCAATACATTGGGATCTTCCTTCTCAACTTCCTCCAAACTCAACATCCCAAATAACAT 2478
Query 2666 CGCCTCGTCGAGAAGTCCATTGTTCTT-AAAAGGAATGCCTGAAAAACCAAAGCTATGTA 2724
||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 CGCCTCGTCGAAAAGTCCATTGTT-TTCAAAAGGAATGCCTGAAAAACCAAAGCTATGTA 2537
Query 2725 TCAAGTCTCAGTTTGGTTTGAGGCAGACTCTTTTGGTGGTGTTGTGCAGAGACCAGATTG 2784
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 TCAAGTCTCAGTTTGGTTTGAGGCAGAGTGTTTTGGTGGTGTTGTGCAGAGACCAGATTG 2597
Query 2785 GGGAAGCCGGGAGATTTTGTAAGTTCATGTAGAATTTGTTTTGCTGTAGAGATGGAGCTA 2844
||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2598 GGGAAGCTGGGAGATTTTGCAAGTTCATGTAGACTTTGTTTTGCTTTATAGATGGAGCTA 2657
Query 2845 AATTAAAGGGTAAGAAAAGCTGATCAAAGATTGGTGTCGATCGATTTTT 2893
|||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2658 AATTTAAGGGTAAGAAAGGCTAACCAAAGATTGGTGTCGATCGTTTTTT 2706
> Ahg489031 jgi|Araly1|489031|fgenesh2_kg.6__2165__AT5G21326.1
Length=1613
Score = 955 bits (517), Expect = 0.0
Identities = 778/904 (86%), Gaps = 18/904 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 316 GAGTGATGAGT-GAGCCAAAGG-TCAGGCGTTGGGTTGGCAAA-TATGAGGTTGGAAGAT 372
||||||||| | | |||||||| ||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||| |
Sbjct 107 GAGTGATGAATCG-GCCAAAGGTTCA-GCGTCGTGTTGG-AAAGTATGAGGTTGGAAAAA 163
Query 373 TGATCGGTGAATGTAATTTTGGGAAACTGCGGAGTGCTGTTGACACAGAGACAGGAGACC 432
| | || || | | ||||| ||| | ||| |||||||| | || ||||| ||||| |
Sbjct 164 CGCTTGGACAAGGCACTTTTGCCAAAGTTCGGTGTGCTGTTAATACTGAGACTGGAGAAC 223
Query 433 CTGTGGCTTTGATGATCCTTGATAAAGACAAGGTTCTGAAGCATAAGATGGCTGAACAAA 492
||||||| | | ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 224 GTGTGGCTCTCAAAATCCTTGATAAGGAGAAGGTTCTCAAGCATAAGATGGCTGAACTGA 283
Query 493 TAAAGAGAGAAATTTCTATTATGAAGCTGATCAACCATCCAAATGTAGTGCAGCTTTATG 552
||| ||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 284 TAAGGAGAGAAATTTGTACTATGAAGCTAATAAACCATCCAAATGTAGTGCGGCTGTATG 343
Query 553 AGGTTTTGGCGAGCAAGGCGAAGATATATATTGTCCTAGAGTTC-ATCAGTGGTGGAAAG 611
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||
Sbjct 344 AGGTTTTGGCGAGCAAGACTAAGATATATATTGTCCTAGAGTTCGGT-ACTGGTGGAGAG 402
Query 612 CTTTTTGACAAGATTAAAAATGATGGGCGCATGAATGAAGACGAA-GCACAGAGATATTT 670
||||||||||| ||| | | ||||||||| |||| ||||| ||| |||| || ||||||
Sbjct 403 CTTTTTGACAAAATTGTACACGATGGGCGCTTGAAAGAAGA-GAACGCACGGAAATATTT 461
Query 671 CCAGCAGCTTATCAATGCAGTTGATTACTGCCACAGCAGGGGAGTGTACCACAGAGACTT 730
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 462 TCAGCAGCTTATCAATGCAGTTGATTACTGCCATAGCAGGGGAGTGTACCACCGGGACTT 521
Query 731 AAAGCCAGAAAATTTGCTTCTTGATGCGCAA-GAGAATTTGAAAGTCGCTGAATTTGGAT 789
|||||| ||||| |||||||| ||||| ||| || ||| |||||||| |||| |||||||
Sbjct 522 AAAGCCGGAAAACTTGCTTCTAGATGCTCAAGGA-AATCTGAAAGTCTCTGATTTTGGAT 580
Query 790 TGATTGCCTTGTCCCAACAAGCCGGGGGAGATGGCCTTCGTCACACTGCATGTGGAAATC 849
||| ||| ||||||| ||||| | |||| ||||| |||| |||||||||||| |||| ||
Sbjct 581 TGAGTGCGTTGTCCCGACAAGTCAGGGGTGATGGTCTTCTTCACACTGCATGCGGAACTC 640
Query 850 CAGATTATGCTGCTCCTGAGGTTCTTAATGATCAAGGCTATGATGGGGCAAAGGCAGACT 909
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||
Sbjct 641 CAAACTATGCTGCTCCTGAGGTTCTTAATGATCAAGGTTATGACGGGGCAACCGCAGACT 700
Query 910 TGTGGTCCTGTGGAGTGATACTCTTTGTACTACTTGCTGGGTATTTGCCTTTCGAGGATT 969
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 701 TGTGGTCCTGTGGAGTGATACTGTTTGTACTACTTGCTGGCTACTTGCCTTTCGAGGATT 760
Query 970 CTAGTCTCACGACGCTGTACAAAAAGAT-CTCATCTGCTG-ATTTTAGTTGTCCTCCTTG 1027
||| ||||| ||||||||| |||||||| | | ||| || |||||| ||||||||||||
Sbjct 761 CTAATCTCATGACGCTGTATAAAAAGATAAT-AGCTGGTGAATTTTA-TTGTCCTCCTTG 818
Query 1028 GCTCTCTTCTGGTGTTAAGAATTTGATCGTCCGAATCTTGGATCCAAACCCTATGACTCG 1087
||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 GCTCTCTCCTGGTGCTAAGAACTTGATTGTCCGAATCTTGGATCCAAACCCTATGACTCG 878
Query 1088 TATAACAATTCCAGAGATTTTGGAAGATGTGTGGTTCAAGAAAGATTACAAGCCAGCTGT 1147
||| |||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 879 TATCACAATTCCTGAGGTTCTGGAAGATGCGTGGTTCAAGAAAAATTACAAGCCAGCTGT 938
Query 1148 ATTT-GAAGAGAAGAAAGAAGCAAATTTGGCTGATGTGGAAGCTGTTTTCAAAGATTCTG 1206
||| || |||||| ||||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 939 -TTTCGAGGAGAAGGAAGAAGCCAACTTGGATGATGTGGACGCTGTTTTTAAAGATTCAG 997
Query 1207 AAGA 1210
||||
Sbjct 998 AAGA 1001
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113661291080
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5