BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G21930.1 Length=2826 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg941687 jgi|Araly1|941687|scaffold_602231.1 4346 0.0 > Ahg941687 jgi|Araly1|941687|scaffold_602231.1 Length=2707 Score = 4346 bits (2353), Expect = 0.0 Identities = 2569/2673 (96%), Gaps = 16/2673 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGAGCAATCTTCTCCGATTTCCTCTTCCTCCGCCATCGAGTCTTCATATTCGTCCA 60 ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 24 ATGGCGACCAATCTTCTCCGATGTCCTCTTCCTCCGCCGTCGAGTCTTCATATTCGTCCA 83 Query 61 AGTAAG-T--T---C--C----TCGTGAACCGATGCTTTCCAAGACTGCGCCGTTCTCGT 108 |||||| | | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 84 AGTAAGTTCCTCGACGTCAAATTCGTGAACCGATGCTTTCCAAGACAGCGCCGTTCTCGT 143 Query 109 ATCCGGCGGCACTGTTC-GCGACCtttttttttAGTATCAAACTCGGTCGAGATAAGTAC 167 ||||||||||||||||| | |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 144 ATCCGGCGGCACTGTTCAAC-ACCTGGTTTATTGGTATCAAACTCGGTCGAGATAAGTAC 202 Query 168 TCAATCATTTGAATCTACTGAATCTTCAATCGAATCTGTGAAATCCATTACGAGCGACAC 227 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 203 TCAATCGTTTGAATCTACGGAATCTTCAATCGAATCTGCAAAATCTGTTACGAGCGACAC 262 Query 228 GCCTATTCTCCTCGATGTGAGTGGGATGATGTGTGGTGGCTGCGTCGCCCGAGTTAAATC 287 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 263 CCCTATTCTCCTCGAAGTGAGTGGGATGATGTGTGGTGGCTGCGTCGCCCGGGTTAAATC 322 Query 288 GGTTTTGATGTCTGATGATCGAGTCGCGTCTGCTGTGGTTAACATGCTGACTGAAACCGC 347 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 323 GGTTTTGATGTCTGATGACCGAGTCGCGTCTGCTGTGGTTAACATGCTGACTGAAACAGC 382 Query 348 GGCTGTGAAGTTTAAACCGGAGGTTGAGGTGACGGCGGATACGGCAGAGAGTTTAGCTAA 407 ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 383 GGCGGTGAAGCTTAAACCGGAGGTTGAGGTGACGGCGGATGCGGCGGAGAGTTTAGCTAA 442 Query 408 GAGATTGACAGAGAGTGGTTTTGAGGCTAAGAGGAGAGTCTCGGGTATGGGAGTGGCGGA 467 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 443 GAGATTGACAGAGAGTGGTTTTGAGGCTAAGAGGAGAGTCTCGGGGATGGGAGTGGCGGA 502 Query 468 GAATGTGAAGAAGTGGAAGGAGATGGTAAGTAAGAAAGAGGACTTGCTTGTTAAGAGCAG 527 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 503 GAATGTGAAGAAGTGGAAGGAGATGGTGAGTAAGAAAGAGGACTTGCTTGTTAAGAGCAG 562 Query 528 GAACCGTGTGGCGTTTGCGTGGACATTGGTGGCTCTGTGTTGCGGGTCTCACACTTCGCA 587 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 563 GAACCGTGTGGCGTTTGCGTGGACATTGGTGGCTCTGTGTTGCGGGTCTCACACTTCGCA 622 Query 588 TATTCTTCATTCCTTGGGAATTCACATTGCTCATGGAGGGATTTGGGATTTGCTACACAA 647 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 623 TATTCTTCATTCCTTGGGAATTCATATTGCTCATGGAGGGATTTGGGATTTGCTACACAA 682 Query 648 CTCTTACGTGAAAGGTGGTTTGGCCGTTGGAGCTTTGTTGGGACCAGGAAGAGAATTGCT 707 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 683 CTCTTACGTGAAAGGTGGTTTGGCAGTTGGAGCTTTGTTGGGACCAGGAAGAGATTTGCT 742 Query 708 GTTTGATGGCATAAAAGCTTTCGGGAAAAGATCACCTAATATGAACTCGTTAGTTGGATT 767 ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 743 GTTTGATGGCATAAAGGCTTTTGGGAAAAGATCACCTAATATGAACTCGTTAGTTGGATT 802 Query 768 GGGATCCATGGCTGCATTTTCCATCAGTTTGATCTCACTAGTTAATCCAGAACTGGAGTG 827 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 803 GGGATCTATGGCTGCATTTTCCATCAGTTTGATCTCACTAGTTAATCCAGAACTGGAGTG 862 Query 828 GGATGCTTCCTTCTTCGATGAACCGGTCATGCTGCTTGGCTTTGTGCTCCTTGGTCGTTC 887 ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 863 GGATGCTTCCTTCTTTGAGGAACCGGTCATGCTGCTTGGCTTTGTGCTCCTTGGTCGTTC 922 Query 888 TTTGGAAGAAAGAGCAAAGCTTCAAGCATCTACCGATATGAATGAACTATTGTCACTCAT 947 |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 923 TTTGGAAGAAAGAGCAAAGCTTAAAGCATCTAGCGATATGAATGAACTATTGTCACTCAT 982 Query 948 CTCCACTCAATCAAGACTTGTGATTACTTCATCAGACAATAACACCCCAG-TGGATTCTG 1006 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||| Sbjct 983 CTCCACTCAGTCAAGACTTGTGATTACTTCATCTGACAATAACACCGCAGCT-GATTCTG 1041 Query 1007 TACTTTCCTCTGATTCAATTTGCATCAATGTGTCAGTTGATGATATCCGAGTTGGAGACT 1066 ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1042 TACTTTCCTCTGATTCAATTTGCATCAATGTCTCTGTTGATGATATCCGAGTTGGAGACT 1101 Query 1067 CGCTATTGGTTTTGCCTGGTGAGACATTTCCTGTCGATGGGAGTGTCCTAGCTGGAAGAA 1126 |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1102 CGCTGTTGGTTTTGCCTGGTGAAACATTTCCTGTCGATGGGAGTGTCCTAGCTGGAAGAA 1161 Query 1127 GTGTTGTAGATGAATCTATGCTGACAGGAGAGTCACTTCCGGTGTTTAAAGAAGAAGGCT 1186 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1162 GTGTTGTGGATGAATCTATGCTGACAGGAGAGTCACTTCCCGTGTTTAAAGAAGAAGGCT 1221 Query 1187 GCTCAGTTTCAGCGGGAACAATTAACTGGGATGGCCCTCTACGGATCAAAGCTTCTTCTA 1246 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1222 GCTCAGTTTCAGCGGGAACAATAAACTGGGATGGCCCTCTACGGATCAAAGCTTCTTCCA 1281 Query 1247 CTGGTTCCAACTCAACGATATCTAAAATTGTCAGAATGGTTGAGGATGCACAAGGTAATG 1306 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1282 CTGGTTCCAACTCGACGATATCTAAAATTGTCAGAATGGTTGAGGATGCACAAGGTAATG 1341 Query 1307 CAGCTCCTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCTGGACCCTTCGTCTATACTATAATGT 1366 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1342 CAGCTCCTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCTGGACCCTTCGTCTATACTATAATGT 1401 Query 1367 CTTTATCTGCAATGACGTTTGCCTTCTGGTATTATGTCGGTTCACACATATTCCCAGATG 1426 ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 1402 CTTTATCTGCAGTGACGTTTGCCTTCTGGTATTACGTTGGTTCACACATATTCCCAGATG 1461 Query 1427 TTTTACTCAATGATATTGCTGGACCTGATGGAGATGCTTTGGCCTTAAGCTTAAAACTGG 1486 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 1462 TTTTACTCAATGATATTGCTGGACCTGATGGAGATGCTCTGGCCTTAAGCCTAAAACTGG 1521 Query 1487 CTGTGGATGTCTTGGTAGTTTCCTGCCCCTGTGCACTGGGCCTTGCAACACCAACTGCCA 1546 | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1522 CCGTGGATGTCTTGGTAGTTTCCTGTCCCTGTGCGCTGGGCCTTGCAACACCAACTGCCA 1581 Query 1547 TATTAATTGGCACCTCTCTTGGAGCAAAGCGGGGATATCTTATCAGAGGAGGAGATGTTT 1606 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1582 TATTAATTGGCACCTCTCTTGGAGCAAAGCGGGGATATCTTATCAGAGGAGGAGATGTCT 1641 Query 1607 TAGAACGTCTGGCATCCATAGATTGTGTGGCTTTAGACAAGACAGGTACTCTTACTGAAG 1666 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1642 TAGAACGTCTGGCTTCCATAGATTGTGTGGCTTTAGACAAGACAGGAACTCTTACTGAAG 1701 Query 1667 GAAGACCTGTCGTCTCTGGTGTTGCTTCTCTAGGATACGAAGAACAAGAAGTTCTTAAAA 1726 |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1702 GAAGACCTGTCGTCGCTGGTGTTGCTTCTCTAAGATACGAAGAACAAGAAGTTCTTAAAG 1761 Query 1727 TGGCTGCTGCGGTGGAGAAGACAGCAACACACCCAATAGCAAAGGCTATTGTAAACGAGG 1786 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1762 TGGCTGCTGCGGTGGAGAAGACAGCAACACACCCAATAGCAAAGGCTATTGTAAACGAGG 1821 Query 1787 CTGAATCTCTGAATTTGAAAACTCCAGAAACAAGAGGCCAATTGACAGAACCAGGCTTTG 1846 | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1822 CAGAATCTCTGAATCTGAAAACTCCAGAAACAAGAGGCCAACTGACAGAACCAGGCTTTG 1881 Query 1847 GTACTTTGGCAGAAATAGACGGACGTTTTGTTGCAGTGGGTTCACTTGAGTGGGTTTCTG 1906 |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1882 GTACTTTGGCAGAAGTAGATGGACGTTTAGTTGCAGTGGGTTCACTTGAGTGGGTTTCTG 1941 Query 1907 ATCGTTTCCTCAAAAAGAACGACTCCTCGGACATGGTGAAGCTGGAAAGTTTATTGGATC 1966 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1942 ATCGTTTCCTCAAAAAGAACGACTCCTCAGACATGGTGAAGCTGGAAAGTTTTTTGGATC 2001 Query 1967 ATAAATTATCAAACACATCATCAACGTCTAGATACTCAAAGACTGTTGTTTACGTTGGCC 2026 ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| Sbjct 2002 ATAAATTATCAAACACATCATCAACGTCTAGGTATTCGAAGACTGTTGTTTACGTTGGCC 2061 Query 2027 GTGAAGGAGAAGGGATCATTGGTGCTATTGCAATATCCGATTGCTTACGCCAAGATGCTG 2086 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2062 GTGAAGGAGAAGGGATTATTGGTGCTATTGCAATATCCGATTGCTTACGCCAAGATGCTG 2121 Query 2087 AATTTACTGTAGCCAGGCTGCAGGAGAAGGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGACA 2146 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2122 AATTTACTGTAGCCAGACTGCAGGAGAAGGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGACA 2181 Query 2147 GGGAAGGGGCAGTGGCAACTGTGGCAAAGAATGTGGGGATTAAGAGTGAATCAACCAATT 2206 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2182 GGGAAGGGGCAGTGGCAACTGTGGCAAAGAATGTGGGGATTGAGAGTGAATCAACCAATT 2241 Query 2207 ATTCCTTGTCTCCTGAAAAGAAATTTGAGTTTATATCTAATCTTCAATCCTCTGGACATC 2266 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2242 ATTCCTTGTCTCCGGAAAAGAAATTTGAGTTTATAACTAATCTTCAATCCTCTGGACATC 2301 Query 2267 GTGTTGCTATGGTGGGTGATGGCATAAACGATGCTCCCTCGTTGGCTCAAGCTGATGTTG 2326 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2302 GTGTTGCTATGGTTGGTGATGGCATAAACGATGCTCCCTCGTTGGCTCAAGCTGATGTTG 2361 Query 2327 GAATAGCTCTAAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCAAATGCAGCATCAGTCATAC 2386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2362 GAATAGCTCTAAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCAAATGCAGCATCAGTCATAC 2421 Query 2387 TTGTCCGCAACAAACTTTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCAACTATGT 2446 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2422 TTGTCCGCAACAAACTTTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCAACTATGT 2481 Query 2447 CGAAAGTATATCAGAATCTAGCGTGGGCAATTGCGTATAATGTCATCTCAATCCCTATAG 2506 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2482 CGAAAGTATATCAGAATCTAGCATGGGCAATTGCGTATAATGTCATCTCAATCCCTATAG 2541 Query 2507 CTGCAGGTGTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCGTTATCTGGTGGAC 2566 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 2542 CTGCAGGTGTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCCTTATCCGGTGGAC 2601 Query 2567 TAATGGCATTGAGCTCGATCTTTGTCGTTTCAAATTCATTACTTCTGCAGCTCCATAAGT 2626 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 2602 TAATGGCATTGAGCTCGATCTTCGTCGTTTCAAATTCATTACTTCTCCAGCTCCATAAAT 2661 Query 2627 CTGAAACAAGTAAAAATAGCTTGTGATCGGCTC 2659 ||||||||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 2662 CTGAAACAAGTGGAAACAGCTTGTGATCGGCTC 2694 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 106652686000 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5