BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G25630.2
Length=2036
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489422 jgi|Araly1|489422|fgenesh2_kg.6__2556__AT5G25630.1 1421 0.0
> Ahg489422 jgi|Araly1|489422|fgenesh2_kg.6__2556__AT5G25630.1
Length=1878
Score = 1421 bits (769), Expect = 0.0
Identities = 903/965 (94%), Gaps = 20/965 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 190 TTTTCCGACAAAACATGGAAGATGTTAATCAGGAGAAGAAGAAAGTACCTCCAATGTCTG 249
|||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1 TTTTCCGACAAAACATGGGAGATG-T--TGAGGAGAAGAAGAAAGTACTTCCTATGTCTG 57
Query 250 AACCAGAAAGATCCACACCGATTAAGACTACAGGAGGACAGTATCGTTTCTGCAAGTCAT 309
||||||||||||||||||| | | | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 58 AACCAGAAAGATCCACACCCA-T-----T--------A-AGTATCGTTTCTGCAAGTCAT 102
Query 310 GTGTTGAAGGAAGTAGTTGCAGGACAGTGAGGTCAAGAACCAAGCTTATGAACGTTTTGA 369
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 103 GTGGTGAAGGAAGTAGTTGTAGGACAGTGAGGTCAAGAACGAAGCTTATGAACGTTTTGA 162
Query 370 TAGAACGTGGAAGACCTCACGAGGCTCAAACTGTTTTCAAAACATTGGCAGAGACGGGAC 429
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 163 TAGAACGTGGACGGCCTCACGAGGCTCAAACTGTTTTCAAAACATTGGCAGAGACGGGTC 222
Query 430 ATAGACCGTCTTTGATCAGTTACACAACTCTTTTAGCTGCAATGACGGTTCAGAAACAGT 489
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 223 ATAGGCCGTCTTTGATCAGTTACACAACTCTTTTAGCTGCAATGACGGTTCAGAAGCAGT 282
Query 490 ATGGTTCCATAAGCTCTATAGTCTCTGAGGTGGAACAGAGCGGAACCAAA-CTTGATTCT 548
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| | ||||||
Sbjct 283 ATGGTTCCATAAGCTCTATAGTCTCTGAAGTGGAACAGAGCGGGA-CAAAGCCTGATTCC 341
Query 549 ATATTCTTCAATGCTGTTATTAACGCTTTCTCTGAGTCCGGTAACATGGAAGATGCGGTG 608
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 ATCTTCTTCAATGCTGTAATTAACGCTTTCTCTGAGTCCGGTAACATGGAAGATGCGGTG 401
Query 609 CAAGCTCTGTTGAAAATGAAAGAACTTGGTCTAAATCCGACTACGAGTACTTACAACACT 668
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 402 CAGGCTCTGTTGAAAATGAAAGAACTTGGTCTAAATCCAACTACGAGTACTTACAACACT 461
Query 669 TTGATTAAAGGGTATGGGATTGCAGGTAAGCCTGAGAGATCATCTGAGTTACTGGATCTT 728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 462 TTGATTAAAGGGTATGGGATTGCAGGTAAGCCTGAGAGATCATCTGCGTTACTGGATCTT 521
Query 729 ATGTTGGAAGAGGGCAACGTCGATGTTGGACCGAATATAAGGACGTTTAATGTGTTGGTG 788
|||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 522 ATGTTGGAGGAGAGCAACGTCGATGTTAGACCGAATGTAAGGACGTTTAATGTGCTGGTG 581
Query 789 CAAGCCTGGTGCAAGAAGAAGAAGGTGGAGGAGGCGTGGGAAGTGGTGAAGAAGATGGAG 848
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 582 CAAGCCTGGTGCAAGAAAAAGAAGGTGGAGGAGGCGTGGGAAGTGGTGAATAAGATGGAA 641
Query 849 GAGTGTGGAGTTAGGCCGGATACGGTGACTTATAACACGATTGCAACTTGTTATGTGCAG 908
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 GAGTGTGGAGTTAGGCCGGATACAGTGACTTATAACACGATTGCAACTTGTTATGTGCAG 701
Query 909 AAAGGAGAGACCGTGAGAGCTGAGAGTGAGGTGGTTGAGAAGATGGTTATGAAGGAGAAG 968
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 AAAGGAGAGACTGTGAGAGCTGAGAGTGAGGTGGTTGAGAAGATGGTTATGAAGGAGAAG 761
Query 969 GCGAAACCGAACGGAAGAACGTGTGGGATTGTTGTGGGAGGGTATTGCAGAGAAGGGAGA 1028
|| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 GCTAAACCAAACGGAAGGACTTGTGGGATAGTTGTGGGAGGGTATTGCAGAGAAGGGAGA 821
Query 1029 GTGAGAGATGGTTTGAGGTTTGTGCGGAGAATGAAGGAAATGAGAGTGGAAGCGAATCTT 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 822 GTGAGAGATGGTTTGAGGTTTGTGCGGAGAATGAAGGAAATGAGAGTTGAAGCGAACCTC 881
Query 1089 GTGGTCTTCAATTCTTTGATCAATGGCTTTGTTGAAGTCATGGACCGTGATGGTATCGAT 1148
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 GTGGTCTTCAATTCCTTGATAAATGGCTTTGTTGAAGTCATGGACCGTGATGGTATCGAT 941
Query 1149 GAGGT 1153
|||||
Sbjct 942 GAGGT 946
Score = 1341 bits (726), Expect = 0.0
Identities = 763/781 (98%), Gaps = 2/781 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1225 AGGTTCTTACCTTGATGAAGGAGTGTAACGTGAAGGCAGATGTAATCACGTACAGTACTG 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 AGGTTCTTACCTTGATGAAGGAGTGTAACGTGAAGGCAGATGTAATCACGTACAGTACTG 1002
Query 1285 TGATGAACGCTTGGAGCTCAGCTGGATACATGGAGAAAGCTGCACAAGTGTTTAAAGAAA 1344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 TGATGAACGCTTGGAGCTCAGCTGGATACATGGAGAAAGCTGCACAAGTGTTTAAAGAAA 1062
Query 1345 TGGTTAAAGCAGGAGTCAAACCAGACGCTCACGCGTACAGCATTTTAGCTAAAGGGTACG 1404
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1063 TGGTTAAAGCAGGAGTCAAACCAGACGCTCACGCTTACAGCATTTTAGCGAAAGGGTACG 1122
Query 1405 TTAGAGCAAAAGAGCCAAAGAAAGCAGAGGAGCTTCTTGAGACATTGATAGTTGAATCCA 1464
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 TTAGAGCAAAAGAGCCAAAGAAAGCTGAGGAGCTTCTTGAGACATTGATAGTTGAATCCA 1182
Query 1465 GGCCTAACGTTGTGATCTTCACCACTGTGATTAGCGGGTGGTGTAGCAATGGAAGTATGG 1524
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1183 GGCCTAACGTTGTGATCTTCACCACGGTGATCAGCGGGTGGTGTAGCAGTGGAAGTATGG 1242
Query 1525 ATGATGCAATGAGGGTTTTCAACAAGATGTGCAAGTTCGGGGTTTCGCCAAATATAAAGA 1584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 ATGATGCAATGAGGGTTTTCAACAAGATGTGCAAGTTCGGGGTTTCGCCAAATATAAAGA 1302
Query 1585 CGTTTGAGAC-TCTGATGTGGGGTTACCTAGAGGTGAAGCAACCATGGAAAGCAGAAGAA 1643
|||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 CGTTTGAGACGT-TGATGTGGGGATACCTAGAGGTGAAGCAACCATGGAAAGCAGAAGAG 1361
Query 1644 GTTTTGCAGATGATGAGAGGATGTGGTGTAAAGCCTGAGAATTCTACCTTCTTGCTGTTA 1703
|||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1362 GTTTTGCAGATGATGAGAGGGTTTGGTGTGAAGCCTGAGAATTCCACCTTCTTGCTGTTA 1421
Query 1704 GCAGAAGCTTGGCGTGTCGCGGGACTCACTGATGAGTCGAACAAAGCTATCAATGCATTG 1763
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1422 GCAGAAGCTTGGCGTGTCGCGGGACTCACTGATGAGTCGAACAAGGCTATCAATGCATTG 1481
Query 1764 AAATGTAAAGACATAGAGATCGCAAAGTTAGAGAAGCTGTACCAAAAACAGTCCTCTGGT 1823
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 AAATGTAAGGACATAGAGATCGCAAAGTTAGAGAAGCTGTACCAAAAACAGTCCTCTGGT 1541
Query 1824 AGTAGTTTTAACCTATTGCAGATTCCAGTCGGGAAACGGGAGCTTCCAACCGCAAAAGCG 1883
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 AGTAGTTTTAATCTATTGCAGATTCCAGTCGGGAAACGGGAGCTTCCAACCGCAAAAGCG 1601
Query 1884 ATGAATCTTTCTGCTTGTAAACTCGGAGCTCGAGTGCCAATCATATGCCAGAAGCAGTCC 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 ATGAATCTTTCTGCTTGTAAACTCGGAGCTCGAGTGCCAATCATATGCCAGAAGCAGTCC 1661
Query 1944 CAAGCACAGTTTGGGATCAGTGGACAGTTTGTACATTCTTGTACAGTGTTCTTGAGCTGA 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1662 CAAGCACAGTTTGGGATCAGTGGACAGTTTGTACATTCTTGTACAGTGTTCTTGAACTGA 1721
Query 2004 A 2004
|
Sbjct 1722 A 1722
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76561392450
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5