BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G25757.1
Length=1859
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489426 jgi|Araly1|489426|fgenesh2_kg.6__2560__AT5G25754.1 2453 0.0
Ahg319240 jgi|Araly1|319240|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002256 2311 0.0
Ahg942271 jgi|Araly1|942271|scaffold_602815.1 675 0.0
> Ahg489426 jgi|Araly1|489426|fgenesh2_kg.6__2560__AT5G25754.1
Length=1784
Score = 2453 bits (1328), Expect = 0.0
Identities = 1526/1620 (94%), Gaps = 19/1620 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 GGGAGAGTGGGTACGACCCAAATATGGTGCCGGATTCGGTGAAGTCGTTCGT-GTCACAC 143
||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||
Sbjct 166 GGGAGAGCGGGTACGACCCAAATATAGTGGCGGATTCGGTGAAATCGTTCGTGGT-ACAC 224
Query 144 ATGTACAGACACATAAGGGATAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 203
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 ATGTACAGACACATAAGGGAGAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 284
Query 204 TTCCAGAGCATATCGGAGCGTCTGTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATT 263
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 285 TTCCAGAGCATATCGGAACGTCTGTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCTATA 344
Query 264 GCTCCTTACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 323
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 GCTCCATACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 404
Query 324 CATTTGTATGCGAGGTTGTCTCCGACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 383
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 405 CATTTGTATGCGAGGTTATCTCCTACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 464
Query 384 TGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGG 443
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 465 TGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTACCGAACCAGTGG 524
Query 444 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCA 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 525 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCA 584
Query 504 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGGAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGG 563
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 585 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGCAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGG 644
Query 564 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAG 623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 645 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAA 704
Query 624 ATCCTTGAGCATGACAAGGATGGCCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTC 680
|| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 705 ATTCTTGAGCATGACAAGCATGGCCTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTAC 764
Query 681 AGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 740
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 AGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 824
Query 741 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 884
Query 801 ACTCAGCCAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTAT 860
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 885 ACTCAGCAAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGATGCCATATTGCTACCATCTATCACTAT 944
Query 861 GGATTTGCCACCCTTATGTTGCGGAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGAT 919
|||||||||| |||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 945 GGATTTGCCAACCTTATGTTGCG-ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGAT 1003
Query 920 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATT 979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1004 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAACT 1063
Query 980 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1039
|||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1064 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1123
Query 1040 AACTAAACTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1099
| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 ACCTAAACTCGTTGACGACTCTGTCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1183
Query 1100 GATGAGGATGCTGAGGTCTGACGACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTA 1159
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1184 GATGAGGATGCTGAGGTATGACGATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTA 1243
Query 1160 CGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1219
||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCC-C-C-ACCATGTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1300
Query 1220 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCA 1279
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1301 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCA 1360
Query 1280 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGACTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1339
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGAACATTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1420
Query 1340 GCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1399
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 GCTCGCAAACTGCATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1480
Query 1400 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1540
Query 1460 CTTCATCAACAACGACATGATCTACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1519
|| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 CTACATCAACAATGACATGATCTACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1600
Query 1520 TTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCAAGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAA 1579
|||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 TTTCCTCTTGCGACAGATTGCCAAGCTGGACGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAA 1660
Query 1580 GCTGGAATGACGACTTTTCTGTGTTACACCTAATTATCAATGCCCAATCTGATATGATGC 1639
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1661 ACTGGAATGAGGACTTTTCTGTGTTACACCTA-TCATCAATGCCCAATCTGATATGCT-C 1718
Query 1640 TTTCTCTTATAAACCATAAGTTTACCTGGAGCCAAACACTTTTTGAGTAA-CTGTCTTCA 1698
| || || |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1719 T--CT-TT-TAAACCCTAAATTTACTTGGAGCCAAACACTTTT-GAG-AAGCTGTCTTCA 1772
> Ahg319240 jgi|Araly1|319240|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002256
Length=1482
Score = 2311 bits (1251), Expect = 0.0
Identities = 1410/1487 (95%), Gaps = 10/1487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 108 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAGTCGTTCGT-GTCACACATGTACAGACACATAAGGGATAA 166
|||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTTGTGGT-ACACATGTACAGACACATAAGGGATAA 59
Query 167 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAGCGTCT 226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 60 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAACGTCT 119
Query 227 GTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATTGCTCCTTACGTAGACAACGACCA 286
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 120 GTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCCATAGCTCCATACGTAGACAACGACCA 179
Query 287 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGTTGTCTCC 346
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 180 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGCTATCTCC 239
Query 347 GACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTT 406
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 TACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGATAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTT 299
Query 407 GCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 466
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCATGGGGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 359
Query 467 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 526
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 419
Query 527 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 586
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 479
Query 587 CTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAGATCCTTGAGCATGACAAGGATGG 646
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||
Sbjct 480 CTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAAATTCTTGAGCAGGACAAGCATGG 539
Query 647 CCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTCAGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAA 703
|||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||
Sbjct 540 ACTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTACAGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAA 599
Query 704 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 659
Query 764 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCCAGGTGTTTACACCAG 823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 660 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCAAGGTGTTTACACCAG 719
Query 824 TGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTATGGATTTGCCACCCTTATGTTGCG 883
||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 720 TGTCATTGGATGCCATATCGCTACCATCTATCACTATGGATTTGCCAACCTTATGTTGCG 779
Query 884 GAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 942
| | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 -ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 838
Query 943 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 1002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 898
Query 1003 ACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAACTCGTTGACGAGTCTG 1062
| || || |||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 899 ATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAACCTAATCTCGTTGACGACTCTG 958
Query 1063 TCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTCTGACG 1122
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 959 TCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTATGACG 1018
Query 1123 ACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1182
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTATGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1078
Query 1183 CTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1242
||||| | | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CTTCC-C-C-ACCATGTTTAGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1135
Query 1243 TTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1302
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1195
Query 1303 CTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1362
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CATTCCTAAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1255
Query 1363 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATTCAGTTGATT 1422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1256 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATGCAGTTGATT 1315
Query 1423 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTTCATCAACAACGACATGATCT 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1316 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAATGACATGATCT 1375
Query 1483 ACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCA 1542
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 ACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGACAGATTGCCA 1435
Query 1543 AGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAAGCTGGAATGA 1589
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1436 AGCTTGAAGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAAACTGGAATGA 1482
> Ahg942271 jgi|Araly1|942271|scaffold_602815.1
Length=1040
Score = 675 bits (365), Expect = 0.0
Identities = 434/467 (93%), Gaps = 5/467 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 631 AGCATGACAAGGATGGCCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTCAGCGGTG 687
||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 256 AGCATGACAAGCATGGCCTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTACAGCGGTG 315
Query 688 GCAGCAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACT 747
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 GAAGTAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACT 375
Query 748 GCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGC 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 GCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGC 435
Query 808 CAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTATGGATTTG 867
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 436 AAGGTCTTTACACCAGTGTCATTGGATGCCATATCGCTACCATCTATCAATATGGATTTG 495
Query 868 CCACCCTTATGTTGCGGAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGATTCTCCTC 926
||| |||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 496 CCAACCTTATGTTGCG-ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGATTCTCCTC 554
Query 927 TACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAG 986
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 TACATTTTCAAGACTAACCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAG 614
Query 987 AAGAATGAGCAGATGTACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAA 1046
||||||||||||||||| || || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 AAGAATGAGCAGATGTATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAA 674
Query 1047 CTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGA 1093
||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 675 CTCGTTGACGATTCTGCCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGA 721
Score = 394 bits (213), Expect = 1e-108
Identities = 250/266 (94%), Gaps = 9/266 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 292 TCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGTTGTCTCCGACGT 351
|||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1 TCTGTCTTCTATACCGTGAGATGT-G----G----TTGTATGCGAGGTTATCTCCTACGT 51
Query 352 TGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTTGCACG 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 52 TGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTTGCACG 111
Query 412 GCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCT 471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 GCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCT 171
Query 472 ACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGAGGAGA 531
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 172 ACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGCAGGAGA 231
Query 532 TTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAG 557
||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 232 TTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAG 257
Score = 235 bits (127), Expect = 8e-61
Identities = 218/256 (85%), Gaps = 29/256 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 1125 GAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCT 1184
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAGGCCTTTGGTATTTTTGATGAGCTCTTCTCTTATGCATCCCCCAAGTTTATCACCCCT 779
Query 1185 TCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGCTT 1244
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 780 TCCG---CACCAAGTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAG--T---T---G---- 824
Query 1245 CAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGAC- 1303
| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 825 -A----A-GATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCGGCAGCTGTTGTCGGGAGTGCGGACA 878
Query 1304 ------TTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGA 1357
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 879 CGGACATTTC-TGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACTTGGA 937
Query 1358 AGTTGATGAGCCCACT 1373
||| ||||||||||||
Sbjct 938 AGTCGATGAGCCCACT 953
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69819419085
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5