BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G35207.1 Length=753 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475660 jgi|Araly1|475660|fgenesh2_kg.2__790__AT5G35207.1 1127 0.0 Ahg473402 jgi|Araly1|473402|fgenesh2_kg.1__3356__AT5G35207.1 1125 0.0 > Ahg475660 jgi|Araly1|475660|fgenesh2_kg.2__790__AT5G35207.1 Length=710 Score = 1127 bits (610), Expect = 0.0 Identities = 678/710 (95%), Gaps = 8/710 (1%) Strand=Plus/Plus Query 43 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGTCGTTGC 102 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 60 Query 103 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACTATAT 162 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 61 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCATTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACGATAT 120 Query 163 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180 Query 223 GAAATACGTAGTCAACGAGAA-GACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 281 ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 240 Query 282 TCCTAAATGGTTTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 341 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300 Query 342 ATTTGCTATAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTTGGAGTTTTGCA 401 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 360 Query 402 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTAGAAA 461 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 361 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATT-GAAA 419 Query 462 -TATTATGCGAGCATATATAATACTTCACAATATGATAGTAGAAGACGAACGAGATGGGT 520 |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 420 ATATTATGCGAGCATGTATCATACTGCACAATATGATAGTAGAGGACGAACGAGATGGGT 479 Query 521 ACACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCATCTCTTCACAAGTAG 580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | Sbjct 480 ATACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAACCAGCTCTTCACAAGTGG 539 Query 581 ATTTCACCTATGCTATAGATAT----GCCTCCAAATCTCGGTAATATGATGGCCATTAGA 636 ||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 540 ATTTCACTTATGCTAGAGATATATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGA 599 Query 637 GCCCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTT-GTTGAACATGTA 695 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 600 GCCCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTA 659 Query 696 TGAAAACATTATTATCATAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTAttttttt 745 || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 TGGCAACATTATTACCAGAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTATTTTTTT 709 > Ahg473402 jgi|Araly1|473402|fgenesh2_kg.1__3356__AT5G35207.1 Length=706 Score = 1125 bits (609), Expect = 0.0 Identities = 674/706 (95%), Gaps = 2/706 (0%) Strand=Plus/Plus Query 43 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGTCGTTGC 102 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 1 TTGGAAAGGAAAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAATAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 60 Query 103 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACTATAT 162 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 61 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACTTTAAACGATAT 120 Query 163 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180 Query 223 GAAATACGTAGTCAACGAGAA-GACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 281 ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACCTCACATATGGAATTTA 240 Query 282 TCCTAAATGGTTTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 341 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300 Query 342 ATTTGCTATAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTTGGAGTTTTGCA 401 |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAACTTGTCGTAAAGATGTTGAACGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 360 Query 402 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTAGAAA 461 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 361 AGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTTAAAATTGGAAA 420 Query 462 TATTATGCGAGCATATATAATACTTCACAATATGATAGTAGAAGACGAACGAGATGGGTA 521 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 421 TATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAACGAGATGGGTA 480 Query 522 CACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCATCTCTTCACAAGTAGA 581 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || Sbjct 481 TACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCAGCTCTTCACAAGTGGA 540 Query 582 TTTCACCTATGCTATAGATATGCCTCCAAATCTCGGTAATATGATGGCCATTAGAGCCCG 641 |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 541 TTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGAGCCCG 600 Query 642 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTT-GTTGAACATGTATGAAA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 601 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTATGGCA 660 Query 701 ACATTATTATCATAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTAtttttttt 746 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 ACATTATTACCAGAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTATTTTTTTT 706 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 27753483576 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5