BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35840.1
Length=3704
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493637 jgi|Araly1|493637|fgenesh2_kg.7__3070__AT5G35840.1 5376 0.0
> Ahg493637 jgi|Araly1|493637|fgenesh2_kg.7__3070__AT5G35840.1
Length=3629
Score = 5376 bits (2911), Expect = 0.0
Identities = 3367/3583 (94%), Gaps = 48/3583 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TCTTCTTCCCCCTTCCTCTCTCAGCTTCTC-TC-C-CACCACTAAGGAGGAACGTTCCAA 61
|||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1 TCTTCTTCCCCCTTCCTCTCTCAGCTTCTCTTCTCACACCACTACTAAGGAACATTCCAA 60
Query 62 AGATCC-CTTTCTCAGAGAATTCCCAGAAAAATCTTCAA-CAATTGAAACCCTAATGGAG 119
|||||| || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| || ||||||||||| |||
Sbjct 61 AGATCCTCTCTCTCAGAGAATTCGCAGCAAAATCTCCAAGAAAACGAAACCCTAAT-GAG 119
Query 120 -AATCATTCGGATCCTTGAATCCTTTGGTTTGTCTCTCACCTCCATTTCTGAAATTTCAT 178
| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |
Sbjct 120 TACTCAATCGGATCCTTGAATCCTTTGGTTTG----T---CTCCATTTCTG-AA----A- 166
Query 179 TGCTTTGTGATTCTTCTGCAGATTCGTTTTGAAGAGAAGAAAGAAATGTCATCGAACACT 238
| | || || | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 167 -----T-T--TT-TT-T----ATTCGTTTTGAAGAGAAGAAA-ATATGTCATCGAACACT 211
Query 239 TCACGAAGCTGTTCTACTAGATCTAGACAAAACTCTCGAGTTTCTTCACAAGTTCTCGTC 298
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 TCACGAAGCTGTTCTACTAGATCTAGAAAAAACTCTCGAGTTTCTTCACAAGTTCTCGTC 271
Query 299 GACGCAAAGCTACACGGAAACTTCGAAGAATCTGAGCGTTTATTTGACTATTCAGCTTCA 358
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 GACGCAAAGCTACACACAAACTTCGAAGAATCTGAGCGTTTATTTGACTATTCAGCTTCA 331
Query 359 ATAAACTTGAACATGCCAAG---TTCTTCCTGTGAGATTCCTTCTTCAGCTGTCTCAACG 415
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 ATAAACTTGAACATGCCAAGTTCTTCTTCCTGTGAAATTCCTTCTTCAGCTGTCTCAACT 391
Query 416 TACTTACAGAAGATTCAGAGAGGGATGTTGATTCAACCCTTT-GGTTGTTTAATCGTTGT 474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 392 TACTTACAGAAGATTCAGAGAGGGATGTTGATTCAA-CCTTTCGGTTGTTTAATCGTTGT 450
Query 475 TGATGAGAAAAACCTTAAAGTCATTGCCTTTAGTGAAAACACTCAAGAGATGTTGGGTTT 534
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 TGATGAAAAAAAACTTAAAGTCATTGCCTTTAGTGAAAACACTCAAGAGATGTTGGGTTT 510
Query 535 GATTCCACATACAGTACCAAGTATGGAGCAGCGTGAAGCTTTGACTATAGGAACTGATGT 594
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 511 GACTCCACACACAGTACCAAGTATGGAGCAGCGTGAAGCTTTGAGTATAGGAACTGATGT 570
Query 595 GAAATCATTGTTTCTGTCTCCAGGTTGTTCTGCTTTGGAGAAAGCTGTTGACTTTGGTGA 654
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 GAAGTCATTGTTTCAGTCTCCAGGTTGTTCTGCTTTGCAGAAAGCTGTTGACTTTGGTGA 630
Query 655 GATTAGTATTTTGAATCCTATCACGCTTCATTGTAGGTCTTCAAGTAAGCCTTTTTATGC 714
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 GATTAGTATTTTGAATCCGATTACGCTTCATTGTAGGTCTTCAAGTAAGCCTTTTTATGC 690
Query 715 GATTCTGCATCGGATTGAGGAAGGTCTTGTTATAGATTTGGAGCCTGTGAGTCCTGATGA 774
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 691 GATTTTGCATCGGATTGAGGAAGGTCTTGTTATAGATTTGGAGCCTGTTAGTCCGGATGA 750
Query 775 GGTGCCTGTGACTGCTGCCGGGGCTTTAAGATCGTATAAGCTTGCGGCGAAATCGATTTC 834
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 GGTGCCTGTGACTGCTGCTGGGGCTTTGAGATCGTATAAGCTTGCGGCGAAATCGATTTC 810
Query 835 GAGGTTGCAGGCATTGCCTAGTGGGAATATGTTGTTGTTGTGTGATGCTTTGGTTAAGGA 894
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 GAGATTGCAGGCATTGCCTGGTGGGAATATGTTGTTGCTGTGTGATGCTTTGGTTAAGGA 870
Query 895 AGTTAGTGAATTAACTGGTTATGATAGGGTGATGGTGTATAAGTTCCATGAGGATGGGCA 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 871 AGTTAGTGAATTAACTGGTTATGATAGGGTGATGGTGTATAAGTTCCATGAAGATGGGCA 930
Query 955 TGGGGAAGTGATTGCTGAATGCTGCCGGGAAGATATGGAACCTTATCTTGGGTTGCATTA 1014
||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 TGGGGAAGTGATTGCTGAATGCTGCAGGGATGATTTGGAACCTTATCTTGGGTTGCATTA 990
Query 1015 CTCCGCTACTGATATACCGCAAGCTTCGAGATTTCTGTTTATGAGAAACAAGGTTAGGAT 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 CTCCGCTACTGATATACCGCAAGCTTCGAGATTTCTCTTTATGAGAAACAAGGTTAGGAT 1050
Query 1075 GATTTGTGATTGTTCAGCGGTTCCGGTTAAAGTCGTTCAAGATAAGAGTCTCTCACAGCC 1134
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 GATTTGTGATTGTTCAGCGGTTCCAGTTAAAGTAGTTCAAGATAAGAGTCTCTCACAGCC 1110
Query 1135 AATAAGTCTTTCTGGATCTACTTTGAGAGCTCCTCATGGTTGTCACGCACAGTATATGAG 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1111 GATAAGTCTTTCTGGATCTACTTTGAGAGCTCCTCATGGTTGTCATGCACAGTATATGAG 1170
Query 1195 TAATATGGGATCAGTGGCGTCTCTTGTCATGTCTGTAACTATCAATGGTAGTGATAGTGA 1254
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 1171 TAATATGGGATCAGTGGCGTCTCTTGTTATGTCTGTAACAATTAATGGTAGCGATAGTGA 1230
Query 1255 TGAGATGAACAGAGATTTACAGACTGGCAGACACTTATGGGGCTTGGTGGTTTGTCATCA 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 TGAGATGAACAGAGATTTACAGACTGGCAGACACTTATGGGGCTTGGTGGTTTGTCATCA 1290
Query 1315 CGCAAGTCCTAGATTTGTTCCGTTTCCATTACGATATGCTTGTGAATTCTTGACTCAAGT 1374
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1291 CGCAAGTCCTAGGTTCGTGCCGTTTCCATTACGATATGCTTGTGAGTTCTTGACTCAAGT 1350
Query 1375 ATTTGGCGTGCAGATCAACAAAGAAGCGGAATCAGCTGTTCTGTTGAAAGAGAAGCGTAT 1434
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1351 ATTTGGCGTGCAGGTCAACAAAGAAGCGGAATCAGCTGTTCTGTTGAAAGAAAAGCGTAT 1410
Query 1435 TTTGCAAACTCAGAGTGTGCTATGTGACATGCTTTTCCGCAATGCACCAATAGGTATAGT 1494
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 TTTGCAAACTCAAAGTGTGCTATGTGACATGCTTTTTCGCAATGCACCAATAGGTATAGT 1470
Query 1495 CACTCAATCACCAAATATAATGGATCTTGTTAAATGTGATGGAGCAG-CATTATATTACA 1553
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||
Sbjct 1471 CACTCAGTCACCAAATATAATGGATCTTGTTAAATGTGATGGAGCAGCCCTT-TATTACA 1529
Query 1554 GAGACAACCTCTGGTCTCTAGGAGTTACTCCCACAGAGACACAAATTAGAGATCTAATTG 1613
|||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1530 GAGAGAAGCTCTGGTCTCTAGGGGTTACTCCTACTGAGACACAAATTAGAGATCTAATCG 1589
Query 1614 ACTGGGTTCTCAAAAGTCATGGAGGAAACACTGGCTTTACCACTGAAAGTCTAATGGAGT 1673
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 ATTGGGTTCTCAAAAGTCATGGAGGAAACACTGGCTTTACCACTGAAAGTCTAATGGAGT 1649
Query 1674 CTGGCTATCCGGATGCTTCTGTTCTTGGGGAGTCAATATGTGGAATGGCTGCCGTATATA 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1650 CTGGCTATCCGGATGCTTCTGTTCTTGGGGAGTCAATCTGTGGAATGGCTGCTGTACATA 1709
Query 1734 TTTCCGAAAAAGATTTCCTTTTCTGGTTCCGGTCTAGCACTGCAAAACAGATCAAGTGGG 1793
| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1710 TAACCGATAAAGATTTCCTTTTCTGGTTTCGGTCTGGCACTGCAAAACAGATCCAGTGGG 1769
Query 1794 GTGGTGCAAGACACGATCCTAATGACAGAGATGGTAAGAGAATGCATCCTAGATCCTCAT 1853
||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1770 GTGGTGCAAGACATGATCCTAACGACAGGGATGGTAAGAGGATGCATCCTAGATCCTCAT 1829
Query 1854 TCAAGGCTTTTATGGAAATAGTCAGGTGGAAAAGTGTGCCCTGGGATGACATGGAAATGG 1913
||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 TCAAGGCATTTATGGAAATTGTTAGGTGGAAAAGTATGCCCTGGGATGACATGGAAATGG 1889
Query 1914 ATGCAATTAATTCTCTGCAGCTAATAATAAAAGGCTCATTGCAAGAGGAGCATTCAAAGA 1973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1890 ATGCAATTAATTCTCTGCAGCTAATAATAAAAGGCTCATTGCAAGATGAGCATTCAAAAA 1949
Query 1974 CTGTTGTGGATGTCCCACTTGTGGATAATAGGGTTCAGAAGGTAGATGAATTGTGTGTTA 2033
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 CTGTTGTGAATGTCCCGTTTGTGGATAATAGGGTTCAGAAGGTAGATGAATTGTGTGTTA 2009
Query 2034 TCGTGAATGAAATGGTGCGGTTGATTGATACAGCAGCTGTTCCCATCTTTGCGGTTGATG 2093
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2010 TCGTGAATGAAATGGTGCGCTTGATTGATACAGCAGCTGTTCCGATCTTTGCTGTTGATG 2069
Query 2094 CCTCTGGTGTTATAAATGGTTGGAATTCTAAAGCGGCTGAGGTAACAGGATTGGCAGTTG 2153
| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2070 CTTCTGGTGTTATAAACGGTTGGAATACTAAAGCGGCTGAGGTATCTGGATTGGCAGTTG 2129
Query 2154 AACAAGCAATAGGCAAACCTGTATCAGATCTCGTTGAGGACGATTCTGTAGAAACCGTGA 2213
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2130 AACAAGCAATAGGCAAACCTGTATCAGATCTCGTTGAGGACGATTCTGCAGAAACCGTAA 2189
Query 2214 AGAACATGTTAGCCTTGGCTCTCGAAGGTAGTGAAGAACGTGGTGCTGAGATCAGGATCA 2273
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2190 AGAACATGTTAGCATTGGCTCTCGAAGGTAGTGAAGAACGTGGTGCTGCGATCAGGATCA 2249
Query 2274 GAGCATTTGGTCCTAAAAGGAAAAGCAGTCCGGTTGAGTTAGTTGTCAACACTTGTTGTA 2333
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2250 GAGCATTTGGTCCTAAAAGGAAAAGCAGTCCGATTGAGTTAGTTGTCAACACTTGCTGTA 2309
Query 2334 GCAGAGATATGACGAATAATGTTCTTGGTGTATGCTTCATTGGACAAGATGTTACAGGCC 2393
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2310 GCAGAGATAGGACGAATAATGTTCTTGGTGTATGCTTTATTGGACAAGATATTACAGGCC 2369
Query 2394 AGAAAACGCTTACTGAAAACTATAGCCGCGTGAAAGGAGATTATGCCCGAATCATGTGGA 2453
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 AGAAAACGCTTATTGAAAACTATAGCCGCGTGCAAGGAGATTATGCCCGAATCATGTGGA 2429
Query 2454 GCCCTTCCACACTCATTCCACCAATTTTTATAACCAATGAAAATGGGGTATGCTCAGAGT 2513
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2430 GCCCGTCCACACTCATTCCACCAATTTTTATGACCAATGAAAATGGGTTATGCTCAGAGT 2489
Query 2514 GGAACAACGCAATGCAGAAGCTCTCTGGGATAAAGAGAGAAGAAGTTGTCAATAAAATTC 2573
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2490 GGAACAATGCAATGCAGAAGCTCTCTGGGATAAAGAGAGAAGAAGTTGTCAATAAAATGC 2549
Query 2574 TTCTCGGGGAGGTTTTTACCACAGATGATTATGGTTGCTGCCTTAAAGACCATGACACTT 2633
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2550 TTCTCGGTGAGGTTTTTACCTCAGATGATTATGGTTGCCGCCTGAAAGACCATGACACTT 2609
Query 2634 TAACGAAGCTGAGAATAGGTTTCAATGCTGTGATTTCTGGCCAAAAGAACATAGAGAAGC 2693
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2610 TAACTAAGCTGCGAATAGGTTTCAATGCTGTGATTTCTGGGCAGAAGAACATAGAGAAGC 2669
Query 2694 TTTTATTTGGCTTTTACCATCGTGATGGTAGCTTCATCGAGGCATTGCTTTCTGCAAACA 2753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||
Sbjct 2670 TTTTATTTGGCTTTTACCATCGTGATGGTAGCTTCATCGAGGCTTTACTTTCTTCAAACA 2729
Query 2754 AAAGGACTGATATTGAGGGAAAGGTTACCGGGGTTTTATGCTTTTTGCAAGTACCTAGTC 2813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2730 AAAGGACTGATATTGAGGGAAAGGTTACCGGGGTTTTATGCTTTTTGCAAGTACCTAGTC 2789
Query 2814 CAGAACTCCAATATGCTCTACAGGTTCAGCAAATATCAGAGCATGCAATTGCCTGTGCCC 2873
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | || |||||||||
Sbjct 2790 CAGAACTCCAATATGCTCTACAGGTTCAGCAAGTATCCGAGCAGGTGATCGCCTGTGCCT 2849
Query 2874 TCAACAAATTGGCATATCTCCGCCATGAAGTGAAGGACCC-CGAAAAGGCAATATCCTTC 2932
||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||| | || ||||||| || |||
Sbjct 2850 TCAACAAATTGGCATATTTCCGCCAAGAAGCAAAGAACCCAC-AACAGGCAATTTCTTTC 2908
Query 2933 CTTCAAGATTTGCTCCATTCATCTGGATTAAGTGAAGACCAAAAGCGGCTCCTGAGGACA 2992
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2909 CTTCAAGATTTGCTACATTCATCTGGATTAAGTGAAGATCAAAAGCAGCTCTTGAGGACA 2968
Query 2993 AGCGTTTTATGCAGGGAGCAGTTAGCCAAAGTCATAAGCGACTCAGACATAGAGGGAATC 3052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2969 AGCGTTTTATGCAGGGAGCAGTTAGCCAAAGTCATAAGCGACTCAGACATAGACGGAATC 3028
Query 3053 GAAGAAGGCTATGTGGAACTGGATTGCAGCGAATTCGGCCT-GCAGGAATCCCTGGAAGC 3111
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 3029 GAAGAAGGCTATGTGGAACTGGATTGCAGCGAATTTAACCTTG-AGGAATCCCTGGAAGC 3087
Query 3112 AGTTGTAAAACAAGTGATGGAGCTGAGCATAGAACGTAAAGTACAAATCAGCTGCGATTA 3171
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 3088 AGTTGTAAAACAAGTGATGGAGCTGAGCATAGAACGTAAAGTGCAGATCATCTGCGATTA 3147
Query 3172 TCCTCAAGAAGTTTCATCAATGAGATTGTATGGAGACAACTTAAGGCTTCAGCAAATCCT 3231
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3148 TCCTCAAGAAGTTTCGTCAATGAGACTGTATGGAGACAACCTAAGGCTTCAGCAAATCCT 3207
Query 3232 TTCAGAGACACTATTAAGCAGCATACGCTTCACGCCTGCATTGAGAGGATTGTGTGTCTC 3291
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3208 CTCAGAGACACTCTTAAGCAGCATACGCTTCACGCCTGCATTGAAAGGATTGTGTGTCTC 3267
Query 3292 ATTCAAGGTAATTGCACGGATAGAAGCTATAGGAAAAAGAATGAAAAGAGTCGAACTTGA 3351
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||
Sbjct 3268 ATTCAAGGTAATTGCACGGATAGAAGCTATAGGGAAAATAATGAAAAGAGTCGAGCTAGA 3327
Query 3352 GTTCAGGATAATACACCCGGCACCAGGACTGCCTGAGGATCTGGTAAGAGAGATGTTTCA 3411
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3328 GTTCAGGATAATACACCCGGCACCGGGACTGCCTGAGGATCTGGTAAGAGAGATGTTCCA 3387
Query 3412 GCCTTTGAG-AAAGGGAACATCAAGGGAAGGTTTGGGATTACACATTACCCAGAAGCTGG 3470
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3388 GCCTTTGAGGAAAGG-AACATCAAGGGAAGGTTTGGGATTACACATCACCCAGAAGCTGG 3446
Query 3471 TGAAACTCATGGAGAGAGGAACATTGAGATACCTCAGAGAGTCTGAAATGTCAGCCTTTG 3530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3447 TGAAACTCATGGAGAGAGGAACATTGAGATACCTCAGAGAGTCTGAAATGTCAGCCTTTG 3506
Query 3531 TGATCCTCACAGAATTTCCCTTGATTTGAAGCTGAAGACCTGT 3573
||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||| |||
Sbjct 3507 TGATCGTCTCAGAATTTCCCTTGATTTGAATCAGAAGACGTGT 3549
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139937695921
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5