BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G35970.1 Length=3332 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg493645 jgi|Araly1|493645|fgenesh2_kg.7__3078__AT5G35970.1 4974 0.0 > Ahg493645 jgi|Araly1|493645|fgenesh2_kg.7__3078__AT5G35970.1 Length=3335 Score = 4974 bits (2693), Expect = 0.0 Identities = 3163/3373 (94%), Gaps = 99/3373 (3%) Strand=Plus/Plus Query 16 aaacaaaaataaaaaTATTTCTGAGAACCTCAAGTTTAATTTTGCGGCTTAGATTTAAAT 75 ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AAATAAAAATAAAAATATTTCTGAGAGCCTCAAGTTTAATTTTGCGGCTTAGATTTAAAT 60 Query 76 TCGTCTCTCAAACTCAAATATCTGAAAAAACCTTTCTCCAATA-TATAAATAAG-TTACA 133 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | || || Sbjct 61 TCGTCTCTCAAACTCAAATATCTGAAAAAACTTTTCTCCAATAATATAAATA-GCTTCCA 119 Query 134 CGAGACTTTCAATTTCTCTGTATATTTTCCTTTTGATTCCCAGAAAATGTCACTAGATTC 193 | ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 120 CTAGATTTTCGATTTCTCTGTGTATTTTCCTTTCGATTCCCAGAAAATGTCACTAGCTTC 179 Query 194 CACTTTCTAGCTTGCGTTTTCTCGGGAATCTGAAGTTTCCTTTTGTGTTGAATCGCTGGG 253 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| Sbjct 180 TGCTTTCTAGCTTGCGTTTTCTCGGGAATCTGAAG---------GTA---AATTTCTGGA 227 Query 254 AAAAATCTGATGGAAGCAGCTTCAAGTTTTTTGTGTAGAAGTATTCGGATTCCGTCGACT 313 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 228 AAAAATCTGATGGAAGCAGCTTCAAGTTTCTTGTGTAGAAGTATTCGGATTCCGTCGACT 287 Query 314 ACTACGGCGACGGCGGCGTTCACGTTCACTCGACCGC-CGTTAAACTACGTTTGTGT--T 370 || ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | || | || ||||||||||| | Sbjct 288 ACAACGGCGACGGCGGCGTTTACGTTTACTAGACC-CTCGGTGAATTACGTTTGTGTGGT 346 Query 371 ----G-T-----------CGGAGTTCGTGTTTTCCCGACGCGGAAGGTCTTTTGCAGCGG 414 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 347 CTCCGATAAGAGAGATGGCGGAGTTCGTGTTTTCCCGACGCGGAAGGTCTTTTGCAGCGG 406 Query 415 CGTTAATGGCGG--CT----CCAGTGTTACTAAGAAGAAGCCACGAAGGAAAAGTAACGT 468 |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 407 CGTTAATGGCGGTTCTAGTTCCAGTGCTACTAAGAAGAAGCCTCGAAGGAAAAGTAATGT 466 Query 469 TTCCGATAAACTTAGGTTTAAGAAAA-TTGAGAAGAGGAACGATAATACTGAATCTGAGA 527 ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 467 TTCCGATAAACTTAGGTCTAA-AAAAGTTGAGAAGAGGAACGATAATACTGAATCTGTGA 525 Query 528 GTTTAAGT-GT----T-GTTG---AGGA----ACCGA--A-GA--A----C-GA----T- 559 |||||||| || | |||| |||| | || | || | | || | Sbjct 526 GTTTAAGTAGTGAAATTGTTGTTGAGGAGGTTAAGGAGGAAGATGAGAAACCGAAGAGTG 585 Query 560 A-AA-GAATTGAGTCTTCGAGCTTTGAATCAAAATGGTGATCCATTAGGGCGGAGAGATT 617 | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586 ATAAAGAATTGAGTCTTCGTGCTTTGAATCAAAATGGTGATCCATTAGGGCGGAGAGATT 645 Query 618 TAGGGAGGAACGTAGTGAAGTGGATTAGTCAGGCGATGAAAGCGATGGCTTCGGATTTTG 677 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 646 TAGGGAGGAATGTAGTGAAGTGGATTAGTCAGGCGATGAAGGCGATGGCTTCGGATTTCG 705 Query 678 C-AACTGCGGAGGTTCAGGGGGAGTTTTCGGAGTTGAGGCAGAACGTCGGATCTGGTTTG 736 | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 706 CTAA-TGCGGAGGTTCAGGGGGAGTTTTCGGAGTTGAGGCAGAACGTGGGATCTGGTTTG 764 Query 737 ACGTTTGTGATTCAAGCTCAACCGTATCTCAATGCTATTCCCATGCCATTAGGTTCTGAA 796 |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 765 ACGTTTGTGATTCAGGCTCAGCCGTATCTCAATGCCATTCCTATGCCATTAGGTTCTGAA 824 Query 797 GTCATTTGTTTGAAGGCTTGTACTCATTATCCTACCTTGTTCGATCATTTCCAGAGAGAG 856 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 825 GTCATTTGTTTGAAGGCTTGCACTCATTATCCTACCTTGTTCGATCATTTCCAGAGAGAG 884 Query 857 TTGCGTGATGTTCTTCAAGACCTGGAGCGGAAGAATATAATGGAGAGTTGGAAGGAGTCT 916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || Sbjct 885 TTGCGTGATGTTCTTCAAGACCTGGAGCGGAAGAATATAATGGAGAATTGGAAGGAGACT 944 Query 917 GAGTCTTGGAAGCTGCTCAAGGAGATTGCAAATTCAGCTCAGCATCGGGAGGTTGCTCGC 976 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 945 GAGTCTTGGAAGCTGCTCAAGGAGATAGCAAATTCAGCTCAGCATCGGGAGGTTGCTCGC 1004 Query 977 AAAGCTGCTCAAGCTAAGCCTGTTCAAGGAG-TTTTGGGGATGGACTCAGAGAAGGTGAA 1035 |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1005 AAAGCTGCTCAAGCAAAGCCTGTTCAAGGAGGTTTTGGG-ATGGACTCAGAGAAGGTGAA 1063 Query 1036 GGCTATACAGGAAAGGATTGATGAGTTCACCAGCCAGATGTCGCAGTTACTTCAAGTGGA 1095 ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1064 GGCTATACAGGCAAGGATTGATGAATTCACCAGCCAGATGTCACAGTTACTTCAAGTGGA 1123 Query 1096 ACGAGATACAGAACTGGAAGTTACACAGGAAGAACTAGATGTTGTTCCTACTCCAGATGA 1155 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| Sbjct 1124 ACGAGATACAGAACTGGAAGTTACACAGGAAGAACTTGATGTTATCCCTACTCCAGATGA 1183 Query 1156 GAGCTCTGATTCCTCAAAACCGATTGAGTTCTTGGTTAGGCATGGTGATGCTCCACAGGA 1215 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1184 GAGCTCTGATTCTTCAAAACCGATTGAGTTCTTGGTTAGGCACGGTGATGCTCCACAGGA 1243 Query 1216 ACTTTGTGATACAATTTGCAATTTGTATGCAGTTAGTACCTCCACAGGGCTCGGAGGTAT 1275 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 1244 ACTTTGTGATACAATTTGCAATTTGTATGCAGTTAGTACCTCCACAGTGCTTGGAGGTAT 1303 Query 1276 GCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGAAACCACCGTCTTCCTCCTACTACACTTTCCCC 1335 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1304 GCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGAAACCACCGTCTTCCTCCTACTACACTTTCCCC 1363 Query 1336 TGGTGACATGGTTTGCATAAGAGTTTGTGACAGTAGGGGTGCTGGGGCAACTGCCTGTAC 1395 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1364 TGGTGACATGGTTTGCATAAGGGTTTGTGACAGTAGGGGTGCTGGAGCAACTGCCTGTAC 1423 Query 1396 GCAGGGCTTTGTTCACAACCTTGGAGAAGATGGGTGTAGCATTGGTGTGGCTCTAGAATC 1455 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1424 GCAGGGCTTTGTTCACAACCTTGGAGAAGATGGGTGTAGCATTGGTGTGGCTCTAGAATC 1483 Query 1456 TCGTCATGGAGATCCTACTTTTTCCAAGCTCTTTGGAAAGAGTGTGAGAATTGATCGTAT 1515 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1484 TCGTCATGGAGATCCTACTTTTTCCAAGCTCTTTGGAAAGAGTGTGAGAATTGATCGTAT 1543 Query 1516 TCATGGGTTGGCCGATGCCCTTACTTACGAGCGTAACTGCGAAGCCCTAATGCTTCTGCA 1575 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1544 TCATGGGTTGGCCGATGCCCTAACTTACGAGCGTAACTGCGAAGCCCTAATGCTTCTGCA 1603 Query 1576 GAAGAATGGTCTGCAGAAGAAAAATCCATCAATATCTGTTGTGGCGACTTTATTTGGGGA 1635 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1604 GAAGAATGGTCTGCAGAAGAAAAATCCATCAATATCTGTTGTGGCGACTTTATTTGGGGA 1663 Query 1636 TGGTGAAGATATAACATGGCTGGAGCAAAATGATTATGTAGACTGGAGTGAAGCGGAGTT 1695 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1664 TGGGGAAGATATAACATGGCTGGAGCAAAATGATTATGTAGACTGGAGTGAAGCAGAGTT 1723 Query 1696 GAGTGATGAGCCAGTGAGTAAGTTATTTGATTCTTCCCAAAGGAGAGCCATAGCTCTTGG 1755 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1724 GAGTGATGAGCCAGTGAGTAAGTTATTTGATTCTTCCCAAAGGAGAGCCATAGCTCTTGG 1783 Query 1756 AGTAAACaaaaaaaGACCTGTTATGATAGTCCAAGGACCTCCTGGCACGGGAAAGACTGG 1815 ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1784 AGTAAACAAAAAAAGACCTGTAATGATAGTTCAAGGACCTCCTGGCACAGGAAAGACTGG 1843 Query 1816 AATGCTTAAGGAGGTCATTACCCTGGCTGTTCAACAGGGGGAAAGAGTACTTGTAACAGC 1875 |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1844 AATGCTTAAGGAGGTCATTACCCTTGCTGTTCAGCAGGGGGAAAGAGTACTTGTAACAGC 1903 Query 1876 GCCTACTAATGCAGCTGTTGATAACATGGTCGAGAAGCTCTTGCATCTTGGACTAAACAT 1935 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1904 GCCTACTAATGCAGCAGTTGATAATATGGTCGAGAAGCTCTTGCATCTTGGACTAAACAT 1963 Query 1936 TGTCCGAGTAGGAAATCCCGCTAGAATATCATCTGCTGTTGCTTCAAAGTCTTTGGGGGA 1995 |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1964 TGTCCGAGTAGGAAATCCTGCAAGAATATCATCCGCTGTTGCTTCAAAGTCTTTGGGGGA 2023 Query 1996 AATTGTGAACTCTAAGCTTGCAAGCTTCCGAGCAGAATTGGAAAGGAAGAAGTCAGATTT 2055 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2024 AATTGTGAACTCTAAGCTTGCAAGCTTCCGAGCAGAGTTGGAAAGGAAGAAGTCAGATTT 2083 Query 2056 AAGAAAAGATCTTCGGCAATGCCTGAGGGATGATGTTCTTGCAGCTGGCATTCGGCAGCT 2115 ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2084 AAGAAAAGACCTTCGGCAATGCATGAGGGATGATGTTCTTGCAGCTGGCATTCGGCAGCT 2143 Query 2116 CTTGAAACAGCTTGGAAAGACGTTGAAGAAGAAGGAAAAAGAGACTGTGAAGGAAATACT 2175 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | Sbjct 2144 CTTGAAACAGCTTGGAAAGACGTTGAAGAAGAAAGAAAAGGAGACCGTGAAGGAAATATT 2203 Query 2176 ATCAAATGCACAGGTTGTTTTTGCCACTAACATTGGAGCAGCTGATCCTTTGATTAGGAG 2235 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2204 ATCAAATGCACAGGTTGTTTTTGCCACTAACATTGGAGCAGCTGATCCTTTGATTAGGAG 2263 Query 2236 GTTAGAAACATTTGATTTGGTTGTTATAGATGAAGCTGGTCAGTCTATCGAGCCTTCATG 2295 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2264 GCTAGAAACATTTGATTTGGTTGTTATAGATGAAGCTGGTCAGTCTATCGAGCCTTCATG 2323 Query 2296 CTGGATCCCAATATTGCAAGGGAAACGTTGTATTCTTTCCGGTGATCCATGCCAATTAGC 2355 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2324 CTGGATCCCAATATTGCAAGGGAAACGTTGTATTCTTTCCGGTGATCCATGCCAATTAGC 2383 Query 2356 ACCAGTTGTTCTATCACGTAAAGCTTTAGAAGGTGGACTTGGTGTATCCTTACTGGAAAG 2415 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2384 ACCTGTTGTTCTATCACGTAAAGCTTTAGAAGGTGGGCTTGGTGTATCCTTACTGGAAAG 2443 Query 2416 AGCTGCATCTTTACATGATGGAGTTCTTGCGACAAAATTAACAACTCAGTATCGTATGAA 2475 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2444 AGCTGCATCTTTACATGATGGAGTTCTTGCGACAAAACTAACAACTCAGTATCGTATGAA 2503 Query 2476 CGATGTAATCGCTGGTTGGGCATCAAAGGAGATGTATGGTGGATGGTTGAAATCTGCTCC 2535 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2504 CGATGTAATCTCTGGTTGGGCATCAAAGGAGATGTATGGTGGATGGTTGAAATCTGCTCC 2563 Query 2536 AAGTGTGGCCTCTCATCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGGCTACTTGGATAACGCA 2595 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || Sbjct 2564 AAGTGTGGCCTCTCATCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGCCTACTTGGATGACACA 2623 Query 2596 ATGCCCACTGGTTCTGCTTGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTATCCGTGGGCTGCGA 2655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2624 ATGCCCACTGGTTCTGCTTGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTATCAATGGGCTGCGA 2683 Query 2656 GGAGCGT-TTGGATCCAGCTGGCACAGGCTCATTATACAATGAAGGAGAAGCAGATATTG 2714 ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2684 GGAGCGTCTTG-ATCCAGCTGGTACAGGCTCATTATACAATGAAGGAGAAGCAGATATTG 2742 Query 2715 TGGTTAATCACGTCATTTCTTTGATATACGCAGGTGTTAGTCCAATGGCTATTGCTGTTC 2774 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2743 TGGTTAATCACGTCATATCTTTGATATATGCAGGTGTTAGTCCAATGGCTATTGCTGTTC 2802 Query 2775 AATCCCCATATGTTGCTCAGGTTCAACTTCTCAGAGAAAGGCTGGATGATTTTCCAGTGG 2834 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2803 AATCCCCATATGTTGCTCAGGTTCAACTTCTCAGAGAAAGGCTGGATGATTTTCCAGTAT 2862 Query 2835 CTGATGGAGTTGAGGTCGCAACCATTGACAGCTTTCAAGGGCGGGAGGCTGATGCAGTGA 2894 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2863 CTGATGGAGTTGAGGTCGCAACCATTGACAGCTTTCAAGGGCGGGAGGCTGATGCAGTGA 2922 Query 2895 TCATCTCAATGGTACGGTCAAACAACCTAGGTGCAGTGGGATTCCTAGGGGATAGCAGAC 2954 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2923 TCATCTCAATGGTACGGTCAAACAACCTAGGTGCAGTGGGATTCCTAGGGGATAGCAGAC 2982 Query 2955 GGATGAATGTAGCCATTACAAGAGCCCGGAAGCACGTGGCAGTGGTATGTGACAGCTCCA 3014 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 2983 GGATGAACGTAGCCATAACAAGAGCCCGGAAGCACGTGGCAGTGGTATGCGATAGCTCCA 3042 Query 3015 CAATCTGCCACAACACGTTCCTAGCAAGACTGTTGCGCCACATACGCTATTTCGGGAGAG 3074 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 3043 CAATCTGCCACAACACGTTCCTTGCAAGACTGTTGCGTCACATACGCTATTTCGGGAGAG 3102 Query 3075 TTAAGCATGCAGACCCTGGTAGCTTGGGAGGGTCAGGACTAGGCTTGGACCCAATGTTGC 3134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3103 TAAAGCATGCAGACCCTGGTAGCTTGGGAGGGTCAGGACTAGGCTTGGACCCAATGTTGC 3162 Query 3135 CCTACCTTGGTTAAAACCGTTGTAAGTACTACAAAAACCAGAACCTTCTGCTTActctct 3194 | |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| Sbjct 3163 CTTACCCAGGCTAAAACCGCTGTAAGTACTACAAAAACCATAATCTTCTTCTTACTCTC- 3221 Query 3195 ccctctctctctatctctcCCGCTGAAAGAAACAGTTTCCATAGCAAATTGTCGTTGTAC 3254 || ||||| | | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3222 CC-TCTCT-------------G-T-AA-GAAACAGTTTCCATAGCGAATTGTCGTTGTAC 3264 Query 3255 AGAACAATTGTTACCACAGAAAATAGTCTCTGTATATGATGACAATATATAATTCATGTA 3314 |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||| Sbjct 3265 AGAAAAATTGTTACCACAGAAAATAGCCTCTGTATATGATGACAAGATA-A-TTCATGTA 3322 Query 3315 TATTTTTACAATT 3327 ||||||||||||| Sbjct 3323 TATTTTTACAATT 3335 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 125780278765 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5