BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G37020.1
Length=2840
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493698 jgi|Araly1|493698|fgenesh2_kg.7__3131__AT5G37020.1 4397 0.0
> Ahg493698 jgi|Araly1|493698|fgenesh2_kg.7__3131__AT5G37020.1
Length=2752
Score = 4397 bits (2381), Expect = 0.0
Identities = 2605/2708 (96%), Gaps = 35/2708 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 122 ACATGAAGCTGTCAACATCTGGATTGGGTCAACAGGGTCATGAAGGAGAGAAGTGTCTGA 181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 72 ACATGAAGCTGTCAACATCTGGATTGGGTCAACAGGGTCATGAAGGAGAGAAGTGTCTGA 131
Query 182 ATTCTGAGCTATGGCATGCTTGTGCTGGACCATTAGTCTCTCTTCCATCATCTGGTAGTC 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 132 ATTCTGAGCTATGGCATGCTTGTGCTGGACCATTAGTCTCTCTTCCATCATCTGGTAGTC 191
Query 242 GAGTTGTTTACTTTCCACAGGGTCACAGTGAACAGGTAGCTGCTACAACTAATAAGGAAG 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 GAGTTGTTTACTTTCCACAGGGTCACAGTGAACAGGTAGCTGCTACAACTAATAAGGAAG 251
Query 302 TTGATGGTCACATACCCAATTACCCAAGCCTACCACCACAATTGATATGCCAGCTCCATA 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 252 TTGATGGTCACATACCCAATTACCCAAGCCTACCACCACAATTGATATGCCAGCTCCATA 311
Query 362 ATGTTACAATGCATGCAGATGTTGAGACGGATGAAGTCTATGCTCAAATGACACTTCAAC 421
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 312 ATGTTACAATGCATGCAGATGTCGAGACGGATGAAGTCTATGCTCAAATGACACTTCAAC 371
Query 422 CATTGACACCGGAGGAGCAGAAGGAAACATTTGTACCGATTGAGTTGGGGATACCGAGTA 481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 372 CATTGACACCGGAGGAGCAGAAGGAAACATTTGTACCGATTGAGTTGGGGATCCCGAGCA 431
Query 482 AGCAACCTAGTAATTATTTTTGTAAGACTCTCACAGCTAGTGATACCAGTACACATGGAG 541
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 432 AGCAACCTAGTAATTATTTCTGTAAGACTCTCACAGCTAGTGATACTAGTACACATGGAG 491
Query 542 GGTTTTCTGTTCCTAGACGTGCTGCTGAGAAAGTGTTTCCTCCATTGGATTACACACTGC 601
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 492 GGTTTTCTGTTCCTAGACGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCTTTGGATTACACACTGC 551
Query 602 AGCCACCAGCTCAAGAACTGATTGCAAGGGATCTCCATGATGTTGAATGGAAGTTTAGGC 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 AGCCACCAGCTCAAGAACTGATTGCAAGGGATCTCCATGATGTTGAATGGAAGTTTAGGC 611
Query 662 ATATCTTTCGGGGACAGCCCAAACGGCATCTCCTAACTACTGGATGGAGTGTCTTTGTCA 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 ATATCTTTCGGGGACAGCCCAAACGGCATCTCCTAACTACTGGATGGAGTGTCTTTGTCA 671
Query 722 GTGCCAAGCGACTAGTAGCTGGAGATTCTGTCATTTTCATCAGGAATGAAAAGAATCAAC 781
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 GTGCTAAGCGACTAGTAGCTGGAGATTCTGTCATTTTCATCAGGAATGAAAAGAATCAAC 731
Query 782 TCTTTTTGGGAATTCGTCATGCCACTCGGCCGCAGACTATTGTACCATCATCTGTTTTAT 841
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 TCTTTTTGGGAATTCGTCATGCCACTCGGCCACAGACTATTGTACCATCATCTGTTTTAT 791
Query 842 CTAGTGATAGCATGCATATTGGACTCCTTGCTGCTGCTGCACATGCTTCTGCAACTAATA 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 792 CTAGTGATAGCATGCATATTGGACTCCTTGCTGCTGCTGCACATGCTTCTGCAACTAATA 851
Query 902 GCTGTTTCACTGTTTTCTTTCATCCAAGGGCTAGCCAATCTGAGTTTGTGATACAACTTT 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 GCTGTTTCACTGTTTTCTTTCATCCAAGGGCTAGCCAATCTGAGTTTGTGATACAACTTT 911
Query 962 CCAAGTACATTAAAGCCGTTTTTCACACGCGTATTTCAGTTGGGATGCGCTTTCGCATGC 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 CCAAGTACATTAAAGCCGTTTTTCACACGCGTATTTCAGTTGGGATGCGCTTTCGCATGC 971
Query 1022 TCTTCGAGACAGAAGAGTCGAGTGTCCGCAGGTACATGGGTACTATAACTGGTATTAGTG 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 972 TCTTCGAGACAGAAGAGTCGAGTGTCCGCAGGTACATGGGTACTATAACTGGTATCAGTG 1031
Query 1082 ATCTAGATTCTGTTCGTTGGCCAAACTCTCATTGGCGATCTGTGAAGGTTGGTTGGGATG 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1032 ATCTAGATTCTGTTCGTTGGCCAAACTCTCATTGGCGGTCTGTCAAGGTTGGTTGGGATG 1091
Query 1142 AATCGACTGCAGGGGAGAGACAGCCAAGGGTTTCTTTATGGGAGATTGAGCCTCTGACTA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1092 AATCGACTGCAGGGGAGAGACAGCCAAGGGTTTCTTTATGGGAGATTGAGCCTCTTACTA 1151
Query 1202 CCTTTCCTATGTATCCATCTCTTTTTCCTCTCAGACTAAAACGTCCATGGCATGCTGGCA 1261
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 CCTTTCCTATGTATCCATCTCTGTTTCCTCTCAGACTAAAACGTCCATGGCATGCTGGCA 1211
Query 1262 CATCATCTTTGCCTGATGGAAGGGGTGATTTGGGAAGTGGTCTAACATGGCTAAGAGGG- 1320
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1212 CATCATCATTGCCTGATGGAAGGGGTGATTTAGGAAGTGGTCTAACATGGCTAAG-GGGA 1270
Query 1321 GGAGGTGGAGAGCAGCAAGGTTTGCTTCCTCTAAATTATCCATCTGTTGGTTTGTTTCCA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 GGAGGTGGAGAGCAGCAAGGTTTGCTTCCTCTAAATTATCCATCTGTTGGTTTGTTTCCA 1330
Query 1381 TGGATGCAACAAAGGCTGGATCTCAGTCAAATGGGGACTGATAATAATCAGCAATACCAA 1440
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 TGGATGCAACAAAGGCTGGATCTCACTCAAATGGGGACTGATAATAATCAGCAATACCAA 1390
Query 1441 GCAATGTTAGCTGCTGGGTTGCAGAACATCGGCGGTGGAGATCCTTTAAGACAGCAGTTT 1500
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1391 GCAATGTTAGCTGCTGGATTGCAGAACATCGGCGGTGGAGATCCTCTAAGACAGCAGTTT 1450
Query 1501 GTACAGCTGCAAGAGCCTCACCACCAATATCTTCAACAATCAGCTTCCCATAATTCTGAT 1560
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 GTCCAGCTGCAAGAGCCTCACCAACAATATCTTCAACAGTCAGCTTCCCATAATTCTGAT 1510
Query 1561 TTGATGCTTCAGCAGCAACAGCAGCAACAAGCGTCACGCCATCTCATGCATGCTCAAACA 1620
||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 TTGATGCTTCAGCAGCAGCAGCATCAACAAGCG-C--GCCATCTCATGCATGCTCAAACC 1567
Query 1621 CAGATTATGAGTGAGAATCTTCCGCAGCAGAATATGCGACAAGAAGTTAGTAACCAACCA 1680
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 CAGATTATGAGTGAGAATCTTTCGCAGCAGAATATGCGACAAGAAGTTAGTAACCAACCA 1627
Query 1681 GCTGGACAGCAGCAACAGCTACAGCAACCGGACCAAAATGCATATCTTAATGCTTTCAAA 1740
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 GCTGGACAGCAGCA---GCTACAGCAACCGGACCAAAATGCATATCTTAATGCTTTCAAA 1684
Query 1741 ATGCAAAATGGCCATCTTCAACAGTGGCAGCAGCAATCAGAGATGCCATCTCCCTCGTTC 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||
Sbjct 1685 ATGCAAAATGGCCATCTTCAACAGTGGCAGCAT---TCGGAGATGCCGTCACCCTCATTC 1741
Query 1801 ATGAAGTCAGATTTTACTGACTCAAGCAACAAATTTGCAACAACTGCTAGTCCGGCTTCT 1860
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 ATGAAGTCAGATTTTCCTGACTCAAGCAACAAATTTGCAACAACTGCTAGTCCGGCTTCT 1801
Query 1861 GGAGATGGCA--A-TCTTTTGAATTTTTCTATAACCGGTCAGTCTGTACTCCCTGAGCAG 1917
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1802 GGAGATGGCAGCAATCTTTTGAATTTTTCTATAACCGGTCAGTCTGTACTGCCTGAGCAG 1861
Query 1918 TTAACAACAGAGGGCTGGTCTCCAAAAGCATCCAACACTTTTTCTGAACCGTTGTCACTT 1977
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 TTAACAACAGAAGGTTGGTCTCCAAAAGCATCCAACACTTTTTCTGAACCGTTGTCACTT 1921
Query 1978 CCACAAGCCTATCCTGGGAAGAGTCTTGCTCTAGAACCCGGAAATCCGCAGAATCCCTCT 2037
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | || |||
Sbjct 1922 CCACAAGCCTATCCTGGGAAAAGTCTTGCTCTAGAACCTGGAAATCC-C----TC--TCT 1974
Query 2038 CTTTTCGGTGTTGATCCCGACTCTGGACTCTTCCTCCCCAGTACGGTTCCCCGCTTTGCT 2097
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1975 -TTTT-GGTGTTGATCCCGACTCTGGACTCTTCCTCCCCAGTACCGTTCCTCGCTTTGCT 2032
Query 2098 TCTTCATCAGGAGATGCTGAAGCTTCCCCTATGTCACTAACAGATTCAGGATTTCAGAAT 2157
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TCCTCATCAGGAGACGCTGAAGCTTCCCCTATGTCACTAACAGATTCAGGATTTCAGAAT 2092
Query 2158 TCCTTATATAGCTGCATGCAAGACACAACTCATGAGTTATTGCATGGAGCTGGACAGATT 2217
||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TCCTTATTTGGCTGCATGCAAGACAC---TCATGAGTTATTGCATGGAGCTGGACAGATT 2149
Query 2218 AACTCGTCCAACCAAACCAAGAACTTTGTAAAGGTTTATAAATCTGGTTCGGTTGGGCGT 2277
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 AACCCGTCCACCCAAACCAAGAACTTTGTAAAGGTTTATAAATCTGGTTCGGTTGGGCGT 2209
Query 2278 TCATTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTACCACGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGGAAGATG 2337
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TCACTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTACCATGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGGAAGATG 2269
Query 2338 TTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCCCCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTATTCGTT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 TTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCCCCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTATTCGTT 2329
Query 2398 GACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGGTGATGACCCATGGGAGTCATTTGTGAATAAC 2457
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 GACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGGCGATGACCCGTGGGAGTCATTTGTGAATAAC 2389
Query 2458 GTTTGGTACATAAAGATACTATCACCAGAAGATGTGCATCAAATGGGAGATCATGGAGAA 2517
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2390 GTTTGGTACATAAAGATACTATCGCCGGAAGATGTGCAGCAAATGGGAGATCATGGCGAA 2449
Query 2518 GGCAGTGGTGGGTTATTCCCGCAAAACCCGACCCATCTCTAGAAGCTGCTTCGGTGTTAG 2577
||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2450 GGCAGTGGTGGGTCATTCCCGCAAAACCCAACCCATCTCTAGAAGCTGCTTCAGTGT-AG 2508
Query 2578 -TC-TC-ATCATGCTACAACGCGGGAGCCCTTTGTTTCCCATTTGAAGTCGTTTCCACTC 2634
|| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||| | |||||||
Sbjct 2509 ATCCTATATCCTGCTACATTGCGGGAGCC-TTTGTTTTCG-TTTGAAGACACTTCCACTG 2566
Query 2635 ATCTTTATATGCCATTCGTTCGCATCTCTCTCGTTTTGACGTTTTTAGAAAGAAACATAA 2694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 ATCTTTATATGCCATTCGTTCGCATCTCTCTCGTTTTGACGTTTTTAGAAAGAAACATAA 2626
Query 2695 TCATATTTGTGA-GTATGGGTCCTGAAACTTTAGGACGTACTTTAGCTTGTATTAGACAG 2753
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 TCATATTTGTGAAGTATGGGTCCTGAAACTTTAGGGCGTACTTTAGCTTGTATTAGACAG 2686
Query 2754 ACACTCTCGTCATAAACATAAGAACCTTTATGTAGCTGTCTCAGGGTAACTAAACTTTTC 2813
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2687 ACACTCTCGTCATAAACATAAGAACCTTTAT-TAGTTGTCTCAGG-TAACTAAACTTTTC 2744
Query 2814 TAGTATTT 2821
||||||||
Sbjct 2745 TAGTATTT 2752
Score = 102 bits (55), Expect = 1e-20
Identities = 55/55 (100%), Gaps = 0/55 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGTACTTCCGGAGCTAAAGAGTTATAGCTACTGTAGTAGCTGGAAGTGAAGAA 55
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGTACTTCCGGAGCTAAAGAGTTATAGCTACTGTAGTAGCTGGAAGTGAAGAA 55
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107185949430
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5