BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G39040.1 Length=2198 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg494081 jgi|Araly1|494081|fgenesh2_kg.7__3514__AT5G39040.1 3295 0.0 > Ahg494081 jgi|Araly1|494081|fgenesh2_kg.7__3514__AT5G39040.1 Length=2100 Score = 3295 bits (1784), Expect = 0.0 Identities = 1933/2005 (96%), Gaps = 10/2005 (0%) Strand=Plus/Plus Query 45 AAACCCAAAACAAAAGTTGAGAAC-TTTTCA---TATTTCAGATGGGCAACAAGAAACTG 100 |||||||||||||||||||||| | |||| | | ||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 1 AAACCCAAAACAAAAGTTGAGACCTTTTTTATTTTCTTTGAGATGGGTAACAAGAAACTG 60 Query 101 TTGACTGGTGGGTCAAGCAAAACTCATGGTA---GTGGTAGTAGCTACAGAGATCCTCTG 157 |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTGACTGGTGGGTCAAGCAAAACTTATGGTAGTGGTGGTAGTAGCTACAGAGATCCTCTG 120 Query 158 TTGCAGAATCAGGAGGATAAACCGAAAGCGAATGGAAGCGAGAATGGTTTGAATGATCTT 217 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 121 TTGCAGAATC---AGGATAAACCGAAAGCGAATGGAAGCGAAAATGGTTCAAATGATCTT 177 Query 218 GAGCATGGTGTAGTTGAGGCGGCAAATGTTGGATTTGGCAGAGTCTTTGCGTTGGCAAAG 277 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 GAGCATGGTGTTGTTGAGGCAGCAAATGTTGGATTTGGCAGAGTCTTTGCGTTGGCAAAG 237 Query 278 CCCGATGCGGGAAAGCTAGTGATTGGTACCATTGCTTTGTTGATAGGTTCAACAACTAAT 337 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 238 CCCGATGCGGGAAAGCTAGTGATTGGTACCATTGCTTTGTTGATAGGTTCAACAACTAAT 297 Query 338 CTCCTTGTTCCAAAGTTTGGTGGGATGATTATAGACATTGTATCCAGAGATGTCAAGACG 397 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 298 CTCCTTGTTCCAAAGTTTGGTGGGATGATTATAGACATTGTATCCAGAGATGTCAAGATG 357 Query 398 CCTGAGCAGCAAACGGAATCCTTGATTGCTGTTAGAAACGCCGTAGTAATCATTTTGCTT 457 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| Sbjct 358 CCTGAGCAGCAAACAGAATCCTTGATTGCTGTTAGAAATGCCGTTGTAGTCATTTTGCTT 417 Query 458 ATCGTTGTAATCGGATCGATATGCACGGCTTTGCGAGCGTGGCTATTTAATTCTGCCAGT 517 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 418 ATCGTTGTAATTGGATCGATATGCACGGCTTTGCGAGCGTGGCTATTTAACTCTGCCAGC 477 Query 518 GAAAGAGTTGTGGCTCGACTGAGAAAGGATTTGTTCAGACACCTAATGCATCAGGAAATA 577 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 478 GAAAGAGTTGTGGCTCGACTGAGAAAGGATTTGTTCAAACACCTAATGCATCAGGAAATA 537 Query 578 GCATTTTATGATGTCACAAAAACCGGAGAACTCTTAAGTAGATTATCCGAAGACACCCAG 637 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 GCATTTTATGATGTCACAAAAACCGGAGAACTCTTAAGTAGATTATCCGAAGACACCCAG 597 Query 638 ATCATAAAAAACGCTGCTACTACAAATCTTTCTGAAGCTCTTCGTAACGTAACAACTGCG 697 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 ATCATAAAAAACGCTGCTACGACAAATCTTTCTGAAGCTCTTCGTAACGTAACAACTGCG 657 Query 698 CTTATAGGAGTTGGTTTCATGTTTACATCATCTTGGAAATTAACATTGTTGGCGTTAGTA 757 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 658 CTTATTGGAGTTGGTTTCATGTTTACATCATCTTGGAAATTAACATTGTTGGCGCTAGTA 717 Query 758 GTAGTTCCGGTAATTTCAGTTGCTGTGAAACAGTTTGGTCGCTATCTACGTGAACTTTCA 817 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| Sbjct 718 GTAGTTCCGGTAATTTCAGTTGCTGTGAAACAGTTCGGACGCTATCTGCGTGAACTTTCA 777 Query 818 CACACAACTCAAGCTGCAGCTGCTGTTGCTGCATCAATTGCTGAGGAATCTTTTGGTGCA 877 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 CACACAACTCAAGCTGCAGCTGCTGTTGCTGCATCAATTGCTGAGGAATCTTTTGGTGCA 837 Query 878 GTCCGAACTGTTAGATCGTTTGCGAAAGAAAGCTATATGGTATCACAATATTCCAAGAAA 937 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 ATCCGAACTGTTAGATCTTTTGCGAAAGAAAGCTATATGGTATCACAATATTCCAAGAAA 897 Query 938 GTCGATGAGACTCTGAAGCTAGGACTCAAACAAGCTGTACTTGTCGGGTTGTTCTTCGGA 997 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 898 GTTGATGAGACTCTGAAGCTAGGACTCAAACAAGCTGTACTTGTCGGATTGTTCTTCGGT 957 Query 998 GGACTAAACGCAGCTTTCACATTATCTGTTATTACGGTTGTTAGTTATGGAGCATACTTA 1057 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 GGACTAAACGCAGCTTTCACATTATCTGTTATTACGGTTGTTAGTTATGGAGCATACTTA 1017 Query 1058 ACAATATATGGTTCCATGACCGTTGGAGCACTCACTTCCTTCATTCTTTATAGCCTCACA 1117 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 ACAATATATGGTTCCATGACCGTTGGAGCACTCACTTCCTTCATTCTTTATAGCCTCACA 1077 Query 1118 GTTGGTTCATCGGTATCTTCTTTATCGAGTTTGTACACAACTGCAATGAAAGCTGCAGGC 1177 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 GTTGGTTCATCGGTATCTTCTTTGTCGAGTTTGTACACAACTGCAATGAAAGCTGCAGGC 1137 Query 1178 GCTAGTAGACGAGTTTTTCAGATCTTGGACCGTGTTTCTAGCATGTCAAGTTCAGGGGAT 1237 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 GCTAGTAGACGGGTTTTTCAGATCTTGGACCGTGTTTCTAGCATGTCAAGTTCAGGGGAT 1197 Query 1238 AAGTGTCCAGTCGGTAATCCTGATGGAGATGTGGAATTAAATGATGTCTGGTTTGCTTAT 1297 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 AAGTGTCCAGTCGGTGTTCCTGATGGAGATGTGGAACTAAATGATGTCTGGTTTGCTTAT 1257 Query 1298 CCTTCTCGTCCTAGTCACATGATACTCAAGGGAATATCGTTGAGGTTGACACCAGGCTCA 1357 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 CCTTCTCGCCCTAGTCACATGATACTCAAGGGAATATCATTGAGGTTGACACCAGGCTCA 1317 Query 1358 AAAGTTGCACTAGTAGGACCAAGCGGTGGAGGAAAAACGACCATAGCTAATTTGATTGAG 1417 ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1318 AAAGTTGCACTTGTAGGACCAAGTGGTGGAGGAAAAACGACCATAGCCAATTTGATTGAG 1377 Query 1418 AGATTCTATGATCCTCTCAAGGGAAAGATTTTGCTTAATGGAGTTTCTTTGATGGAAATA 1477 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1378 AGATTCTATGATCCTCTCAAGGGAAAGATCTTGCTTAATGGAGTTTCTTTAATGGAAATA 1437 Query 1478 TCCCATCAATACCTTCACAAACAGATCAGCATTGTAAGTCAGGAACCAATTCTTTTCAAC 1537 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 TCCCATCAATATCTTCACAAACAGATCAGCATTGTAAGTCAGGAACCAATTCTTTTCAAC 1497 Query 1538 TGTTCAGTGGAAGAGAACATCGCATATGGATTTGACGGTGAAGCTAGTTTTACCGATATA 1597 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1498 TGTTCAGTGGAAGAGAACATCGCATATGGATTTGACGGTGAAGCTAGTTTTTCCGATATA 1557 Query 1598 GAAAATGCAGCGAAAATGGCGAATGCACACGAGTTCATTGAAGCGTTTCCGGATAAGTAC 1657 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 GAAAATGCAGCTAAAATGGCGAATGCACATGAGTTCATCGAAGCGTTTCCGGATAAGTAC 1617 Query 1658 AACACTGTTGTAGGAGAACGTGGATTACGGCTCTCAGGAGGACAGAAGCAAAGGATTGCA 1717 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 AACACTGTTGTTGGAGAACGTGGATTACGGCTCTCAGGAGGACAGAAGCAAAGGATTGCA 1677 Query 1718 ATCGCGAGGGCGCTTCTTACAAACCCGAGTGTTTTGCTCCTTGATGAAGCCACGAGTGCA 1777 || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1678 ATAGCGAGGGCTCTTCTTACAAACCCAAGTGTTTTGCTCCTTGATGAAGCCACAAGTGCA 1737 Query 1778 CTCGACGCTGAAAGCGAATATCTTGTTCAGGATGCGATGGACTCGTTAATGGCGGGAAGA 1837 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 1738 CTCGACGCTGAAAGCGAATATCTTGTTCAGGATGCGATGGACTCGTTGATGGCAGGAAGA 1797 Query 1838 ACGGTGTTGGTGATAGCTCATAGGTTATCGACGGTCAAGACTGCAGACTGTGTGGCGGTT 1897 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 ACAGTGTTGGTGATAGCTCATAGGTTATCGACGGTCAAGACTGCAGACTGTGTGGCGGTT 1857 Query 1898 ATATCAGATGGTGAGGTGGCTGAGAAAGGCACTCATGATGAGCTTCTCAGCCTTAATGGA 1957 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 ATATCAGATGGTGAAGTGGCTGAGAAAGGCACTCATAATGAGCTTCTCAGCCTTAATGGA 1917 Query 1958 ATCTACACAAATCTTGTCAAGAGGCAGCTTCAGAGTTCTTCCTCTGTTACCACCTTGTGA 2017 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1918 ATCTACACTAATCTTGTCAAGAGGCAGCTTCAGAGTTCTTCCTCTGTTACCAGCTTGTGA 1977 Query 2018 GATAATATCATTCTTCTGACTACAA 2042 || ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1978 GACAATATCATTCTTCTGACAACAA 2002 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 82732012140 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5