BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G42310.1 Length=2538 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg494802 jgi|Araly1|494802|fgenesh2_kg.8__618__AT5G42310.1 3579 0.0 > Ahg494802 jgi|Araly1|494802|fgenesh2_kg.8__618__AT5G42310.1 Length=2398 Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0 Identities = 2257/2409 (94%), Gaps = 30/2409 (1%) Strand=Plus/Plus Query 63 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCACCACTGGTTTCAACTAGATTTCAC 122 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| Sbjct 1 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCTCCACTGGTTTCATCTCGATTTCAC 60 Query 123 TCTCTCTACTTCCTCACT------caccaccaccaccaccaccaccGCTTCTTCCAACCA 176 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TCTCTCTACTTCCTCACTCACCACCACCACCACCACCACCACCACCGCTTCTTCCAACCA 120 Query 177 CCAATCTCAGctttctctgcaacaacctctgcttctttaccttcaccatctccatcttct 236 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| | Sbjct 121 CCAATCTCTGCTTTCTCTGCAACCACCTCTGCTTCATTACCTTCACCA--T-CATCTCCG 177 Query 237 tcttcttcttacttctCCTCATGGAATGGTTTAGATACAAATGAAGAAGAAGACAATGAA 296 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| Sbjct 178 TCTTCTTCTTACTTCTCCTCATGGAATGGTTTAGATAC-AA--ACGAAGAAGACGATGAA 234 Query 297 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTCCTAAAATTCCTCTCAAGA 356 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 235 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTTCTAAAATTCCTCTCAAGA 294 Query 357 TTCGGACCAGTCGAGTTAGCTCTAGA-T-----TCGGAATCGGAATCAGAAGCTTCACCG 410 ||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 295 TTCGGACCAGTCGAGTTAGTTTTAGATTCAGAATCGGAATCGGAATCGGAAGCTTCACCG 354 Query 411 GAATCGCTTAATCCGGTAGAGTTCGATCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 470 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 GAATCGCTTAATCCGGTGGAGTTCGAGCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 414 Query 471 TACTGGCACTC-TCTGATAAAATCGTTAACCTCATCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 529 || |||||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 TATTGGCACTCAT-TGATAAAATCTTTATGTTCGTCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 473 Query 530 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTACGAGCTTCTTTACTC 589 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || Sbjct 474 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTATGAGCTTCTCTATTC 533 Query 590 GATTCTCATCCACGCGCTTGGCCGTTCCGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTCTCTCA 649 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 534 GATTCTCATTCACGCGCTTGGCCGTTCGGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTTTCTCA 593 Query 650 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 709 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 594 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 653 Query 710 CGATATCGAAAAAGCTCTTAATTTGATCGCTAAGATGCGTCAAGACGGTTATCAATCCGA 769 |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 654 TGATATCGAAAAAGCGCTTAATTTGATCTCTAGGATGCGTCAAGACGGTTACCAATCCGA 713 Query 770 TTTTGTTAACTATAGTTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTAGCAATAAGATTGATTCTGT 829 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || Sbjct 714 TTTCGTTAACTATAGCTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTTGCAATAAGATTGATTCAGT 773 Query 830 TATGTTGTTGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 889 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 774 TATGTTGCAGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 833 Query 890 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAGTCTGGTGATCCTTCTAAGGCTTTGCAGCT 949 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| Sbjct 834 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAATCTGGTGACCCTTCTCGGGCTTTGCAGCT 893 Query 950 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACCGCTACTCTTGTATCGATTAT 1009 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 894 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACTGCTACTCTTGTTTCGATTAT 953 Query 1010 CTCTGCGTTGGCGGATTCAGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1069 || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 954 TTCGGCGTTGGCGAATTCGGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1013 Query 1070 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAGAGCTTACAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1129 |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1014 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAAAGCTTATAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1073 Query 1130 GACGGGTCCTTTGAAAGACGCAGAGTCAATGGTTTCTGAGATGGAGAAGCGAGGTGTTTC 1189 |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1074 GACGGGTCCTTTGAAAGATGCGGAGTCGATGGTTTCGGAGATGGAGAAGAGAGGTGTTTC 1133 Query 1190 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATCGATGCGTATGTTAATGCAGGTAGATGGGA 1249 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 1134 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATTGATGCGTATGTGAATGCCGGTAGATGGGA 1193 Query 1250 AAGTGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1309 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1194 AAGCGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1253 Query 1310 TTTCAGTAGACTCTTAGCTGGTTTTCGCGATAGAGGTGAATGGCAGAAGACATTTCAAGT 1369 |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1254 TTTCAGCAGACTCTTAGCTGGTTATCGCGATAGAGGTGAGTGGCAAAAGACATTTCAAGT 1313 Query 1370 TCTTAAAGAGATGAAGAGTATCGGTGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTATAACGTGGTGAT 1429 ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1314 TCTCAAGGAGATGAAGAGTATCGGGGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTACAACGTGGTGAT 1373 Query 1430 CGATACCTTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCCATGACGACTTTCGATAGAATGTT 1489 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1374 CGATACATTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCGATGACGACTTTTGATAGAATGTT 1433 Query 1490 AAGCGAAGGTATTGAACCAGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATTGATTGTCATTGTAA 1549 |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1434 AAGCGAGGGGATTGAACCCGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATCGATTGCCATTGTAA 1493 Query 1550 GCATGGTCGGCATATCGTAGCGGAAGAGATGTTCGAGGCGATGGAGAGGCGAGGG-TGTT 1608 ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| || | Sbjct 1494 GCATGGTCGGCATATAGTAGCAGAAGAGATGTTTGAGGCAATGGAGAGGCG-GGGCTGCT 1552 Query 1609 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATTATGATCAATAGTTATGGTGATCAAGAAAGATGGG 1668 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1553 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATCATGATAAATAGTTATGGAGATCAAGAAAGATGGG 1612 Query 1669 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATCCTGCCTAATGTTGTGA 1728 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||| Sbjct 1613 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATACTTCCTAACGTCGTGA 1672 Query 1729 CACACACTACACTTGTCGACGTTTATGGCAAATCGGGTAGGTTTAATGATGCGATAGAGT 1788 ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1673 CACACACAACACTTGTTGACGTGTATGGCAAATCCGGTAGGTTCAATGATGCGATAGAGT 1732 Query 1789 GCTTGGAAGAGATGAAGTCGGTTGGGTTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1848 ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1733 GCTTGGAAGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1792 Query 1849 TCAATGCATATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTGATGA 1908 |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1793 TCAACGCCTATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTAATGA 1852 Query 1909 CATCGGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCGCTCATCAATGCCTTTGGTG 1968 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1853 CATCAGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCCCTCATCAATGCCTTTGGTG 1912 Query 1969 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCCTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAATGGCGTAA 2028 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1913 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCTTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAACGGCGTAA 1972 Query 2029 AACCAGACGTGGTCACTTACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTTC 2088 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1973 AACCAGACGTGGTCACATACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTCC 2032 Query 2089 AGAAGGTACCGGTTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2148 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2033 AGAAGGTACCGGGTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2092 Query 2149 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2208 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2093 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2152 Query 2209 AACATAGG-GAAACAATGCAAAGGTTTTATCTTGAGCTAAAGTGATCAAATATTTCTCGA 2267 |||||||| ||| |||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 2153 AACATAGGAGAA-CAATGCTACGGTTTTATCTCGAGCTCAAGTGATCAAATTTTTCTCGA 2211 Query 2268 GCTTCTGATATCGTCTCGCAAGCTCAGGACCGATATGTAA-ACGA-C-ACAA-ACCACAC 2323 |||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| || | | ||| ||||||| Sbjct 2212 GCTTATGATAGCATCTCACAAGCTCAGGACAGATATGTAACACAAACCACAGTACCACAC 2271 Query 2324 ATCACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCGCACATTCTCTGTCTATGTAAAGATTCAAC 2383 || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2272 ATTACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCTCACATTCT--GTCTATGTAAAGATTCAAC 2329 Query 2384 CTGTACAAATATATAAGTGTGTTGACCAAATTGGATACGGTTACTGTCTGTACTACAGAG 2443 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2330 CTGTACAAATATATAACTGTGTTGACCAAATTGGATCCGGCTACTGTCTGTACTACAGAG 2389 Query 2444 ATCATGTAG 2452 ||||||||| Sbjct 2390 ATCATGTAG 2398 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 95682695440 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5