BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G42390.1 Length=4308 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg494796 jgi|Araly1|494796|fgenesh2_kg.8__612__AT5G42390.1 6486 0.0 > Ahg494796 jgi|Araly1|494796|fgenesh2_kg.8__612__AT5G42390.1 Length=4249 Score = 6486 bits (3512), Expect = 0.0 Identities = 4010/4242 (95%), Gaps = 67/4242 (2%) Strand=Plus/Plus Query 32 CTCTCCTTTGTCCTCAATAGCCGACGATGGCTTCATCGTCCTCTTCCATTTTCACCGGTG 91 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 31 CTCTCCTTTGTCCTCAATAGCCGACGATGGCTTCATCGTCCTCCTCCATTTTCACCGGTG 90 Query 92 TTAAGTTCTCTCCGATCTTAGCTCCCTTTAACTCCGGAGATAGCCGCCGCTCTCGATATC 151 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 91 TTAAGTTCTCTCCGATCTTAGCTCCTTTTAACTCTGGAGATAGCCGCCGCTCTCGTTATC 150 Query 152 TAAAAGATAGCCGGAATAAAGTTAGGTTTAATCCATCGTCGCCGCGTCTCACTCCTC-AT 210 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || Sbjct 151 TAAAAGATAGCCGGAATAAAGTTAGGTTTAATCCAACGTCGCCGCGTCTCACTCC-CAAT 209 Query 211 CGTGTTCGCGTCGAAGCTCCGTCTTTAATTCCCTATAATGGTCTTTGGGCGGCGCAGCCA 270 ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| Sbjct 210 CGTGTTCTCGTCGAAGCTCAGTCTTTAATTCCTTATAATGGTCTTT--G-GTCGCAGCCA 266 Query 271 AATTCGCATAAGGGACGTTTAAAGAGGAACATTG-TTT------------CG-G------ 310 | |||| ||||||||||||| ||||||| | ||| ||| || | Sbjct 267 ACTTCGAATAAGGGACGTTTGAAGAGGAGCTTTGTTTTGGGACACCGAAGCGCGATTTTC 326 Query 311 -GAAAAGAAGCTACCGGGATATCACTTTCTCAAGGACGTAATTTCTGTCTTACTTGTAAA 369 |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 327 AGAAAAGAAGCTAGTGGGATATCACTTTCACAGGGACGTAATTTCTGTCTTACTTGTAAA 386 Query 370 AGGAA-TCAAGCTGGAATCAGAAGAGCATTACCTAGTGCCTTTGTGGATAGAACTGCATT 428 | ||| |||| | ||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 387 A-GAACTCAATCCGGAGTTAGAAGATCATTACCGAGTGCCTTTGTGGATAGAACTTCATT 445 Query 429 TAGTTTGTCGAGGTCGAGTTTGACATCTTCTCTGAGGAAACATTCTCAGATTGTGAATGC 488 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| Sbjct 446 TAGTTTGTCGAGGTCTCGTTTGACATCTTCTCTGAGAAAACATTCTCAGATTTTAAATGC 505 Query 489 AACTCTTGGACCAGATGAGCCACATGCTGCTGGTACAGCTTGGCCTGATGGTATTGTTGC 548 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || Sbjct 506 AACTGTTGGACCAGATGAGCCACATGCTGCTGGTACAGCTTGGCCAGATGGGATAGTCGC 565 Query 549 GGAGAGACAAGATCTCGACTTATTGCCTCCTGAGATTGATAGTGCAGAGCTAGAAGCGTT 608 |||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| Sbjct 566 AGAGAGACAAGATTTGGAGTTATTGCCTCCTGAGATAGATGGTGCTGAGCTAGAAGCGTT 625 Query 609 TCTTGGTTGTGAACTTCCTTCTCATCCAAAGTTGCACCGGGGTCAATTGAAAAATGGGCT 668 |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 626 TCTTGGTTGTGAACTTCCTTCTCACCCGAAGTTGCACCGGGGGCAATTGAAAAATGGGCT 685 Query 669 TCGATATCTTATTTTGCCAAACAAAGTTCCACCGAACAGATTTGAGGCACACATGGAAGT 728 ||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 686 TCGGTATCTTATTTTGCCGAATAAAGTTCCACCAAACAGATTTGAGGCACACATGGAAGT 745 Query 729 TCATGTAGGATCGATTGATGAGGAAGAAGATGAGCAAGGGATTGCTCATATGATAGAACA 788 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 746 TCATGTAGGATCGATTGATGAGGAAGATGATGAGCAAGGAATTGCTCATATGATAGAACA 805 Query 789 TGTTGCTTTCCTTGGGAGCAAGAAACGTGAGAAACTTCTTGGTACAGGTGCCCGCTCTAA 848 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 806 TGTTGCTTTCCTTGGGAGCAAGAAACGTGAGAAACTTCTTGGTACAGGTGCCCGCTCTAA 865 Query 849 TGCCTACACCGATTTCCACCATACAGTATTTCATATTCATTCTCCAACCCACACGAAGGA 908 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 866 TGCCTACACCGATTTCCACCATACAGTATTTCATATCCATTCTCCAACCCACACAAAGGA 925 Query 909 CTCTGAGGATGACCTCTTCCCATCTGTGCTCGATGCCTTAAATGAGATAGCCTTTCACCC 968 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 926 CTCTGAGGATGACCTCTTCCCATCTGTGCTTGATGCCTTGAATGAGATAGCCTTTCACCC 985 Query 969 AAAATTTCTCTCTTCTCGAGTTGAGAAAGAAAGGCGGGCCATACTTTCAGAACTTCAGAT 1028 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 986 AAAATTCCTCTCTTCTCGAGTTGAGAAAGAAAGGCGGGCTATACTTTCAGAACTTCAGAT 1045 Query 1029 GATGAATACAATTGAGTATCGTGTTGACTGCCAGTTGTTGCAACATCTACATTCTGAGAA 1088 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1046 GATGAATACAATTGAGTATCGTGTTGATTGCCAGTTGTTGCAACATCTACATTCTGAGAA 1105 Query 1089 CAAGCTGGGTAGGAGGTTCCCTATTGGATTGGAAGAGCAGATTAAGAAGTGGGATGTTGA 1148 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1106 CAAGCTGGGTAGAAGGTTCCCTATTGGATTGGAAGAGCAGATTAAGAAGTGGGATGTTGA 1165 Query 1149 CAAAATTAGAAAATTTCATGAGCGATGGTACTTCCCAGCCAATGCCACTCTATATATTGT 1208 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1166 CAAAATTAGAAAATTTCATGAGCGATGGTACTTCCCAGCCAATGCCACTCTATATATTGT 1225 Query 1209 GGGAGATATTGACAACATACCTCGGATAGTCCACAATATTGAAGCTGTGTTTGGAAAAAA 1268 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1226 GGGAGACATTGACAACATACCTCGGATAGTCCACAATATTGAAGCTGTGTTTGGAAAAAC 1285 Query 1269 TGGTTTGGATAATGAATCAACACCCAGTTCTCCTAGTCCTGGTGCCTTCGGTGCCATGGC 1328 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1286 TGGTTTGGATAATGAATCAACACCCACTTCTCCTACTCCTGGTGCCTTTGGTGCCATGGC 1345 Query 1329 TAATTTTCTCGTTCCAAAGCTGCCAGCTGGTCTTGGTGGTACCTTTTCAAATGAGAAAAC 1388 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| Sbjct 1346 TAATTTTCTCGTTCCGAAGCTGCCAGCTGGTCTTGGTGGAACCTTTTCAAATGAGAGAAC 1405 Query 1389 AAATACTGCTGATCAGTCTAAGATGATTAAAAGAGAAAGACATGCAATTCGTCCCCCGGT 1448 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1406 AAACACTGCTGATCAATCTAAGATGATTAAAAGAGAAAGACATGCAATTCGTCCCCCGGT 1465 Query 1449 TGAGCATAATTGGTCGCTTCCTGGAACAAGTGTTGATCTAAAGCCTCCACAGATATTTAA 1508 ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1466 TGAGCATAACTGGTCTCTTCCTGGAACCAGTGTTGATCTAAAGCCTCCGCAGATATTTAA 1525 Query 1509 GCACGAGCTTCTTCAGAATTTTGCAATCAACATGTTTTGCAAGATACCTGTTAGCAAGGT 1568 ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1526 GCATGAGCTTCTTCAAAATTTTGCAATCAACATGTTTTGCAAGATACCTGTTAGCAAGGT 1585 Query 1569 TCAGACATTTGGAGACCTGCGAAATGTTCTGATGAAAAGAATATTTCTCTCTGCTCTACA 1628 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1586 TCAGACATTTGGAGATCTGCGAAATGTTCTGATGAAAAGAATATTTCTCTCTGCTCTACA 1645 Query 1629 TTTTCGAATTAATACGAGATACAAGAGTTCAAACCCACCATTTACGTCTGTTGAACTGGA 1688 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1646 TTTTCGAATTAATACGAGATACAAGAGTTCAAACCCACCATTTACGTCAGTTGAACTGGA 1705 Query 1689 CCATAGTGATTCGGGAAGGGAAGGATGCACTGTTACGACTCTTACTGTCACCGCAGAGCC 1748 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1706 CCATAGTGATTCAGGAAGGGAAGGATGCACTGTTACGACTCTTACTGTCACCGCAGAACC 1765 Query 1749 CCAAAATTGGCAAAATGCAGTCAAAGTTGCTGTCCAAGAGGTTCGAAGACTTAAAGAATT 1808 | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1766 CAAAAATTGGCAAAATGCAGTGAAAGTTGCTGTCCAAGAGGTTCGAAGACTTAAAGAATT 1825 Query 1809 TGGTGTCACCAGGGGTGAACTTACACGTTACATGGATGCTCTTCTAAAAGATAGTGAACA 1868 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1826 TGGTGTCACCAGGGGTGAACTTACACGTTACATGGATGCTCTTCTAAAAGATAGTGAACA 1885 Query 1869 TCTTGCAGCTATGATAGATAATGTGTCTTCTGTTGATAACCTGGATTTTATCATGGAAAG 1928 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1886 TCTTGCAGCTATGATAGATAATGTGTCGTCTGTTGATAATCTGGATTTTATCATGGAAAG 1945 Query 1929 TGATGCACTAAGCCACACGGTTATGGATCAGACGCAAGGACATGAGACCTTGGTTGCTGT 1988 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1946 TGATGCACTAGGCCACACGGTTATGGATCAGACGCAAGGACATGAGACCTTGGTTGCTGT 2005 Query 1989 AGCTGGAACTGTTACTCTTGAAGAGGTAAACACTGTTGGCGCCAAGGTGCTAGAATTTAT 2048 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2006 AGCTGGAACTGTTACGCTTGAAGAGGTAAACACTGTTGGCGCCAAGGTGCTAGAATTTAT 2065 Query 2049 TTCTGATTTCGGAAGACCCACTGCCCCTCTTCCCGCAGCAATAGTTGCTTGTGTTCCCAC 2108 ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2066 TTCTGATTTTGGAAGACCCACTGCACCTCTTCCCGCAGCAATAGTTGCTTGTGTTCCCAC 2125 Query 2109 TAAGGTGCATGTTGATGGGGTTGGTGAGAGTGATTTCAATA-TATCTCCTGATGAAATAA 2167 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 2126 AAAGGTGCATGTTGATGGGGTTGGTGAGAGTGATTTCAA-ACTATCTCCTGATGAAATAA 2184 Query 2168 TAGAGTCTGTCAAATCAGGATTATTAGCACCCATTGAAGCTGAGCCTGAGCTCGAGGTGC 2227 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2185 TAGAGTCTGTCAAATCAGGATTATTAGCACCCATTGAAGCTGAGCCTGAGCTCGAGGTGC 2244 Query 2228 CAAAAGAATTGATCTCTCAATCACAATTGAAAGAGTTAACCTTGCAGAGAAATCCATGTT 2287 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2245 CAAAAGAATTGATCTCTCAATCACAATTGAAAGAGTTAACCTTGCAGAGAAATCCATGTT 2304 Query 2288 TTGTCCCTATTCCTGGGTCAGGTTTAACCAAATTGCATGACAAAGAGACTGGGATCACTC 2347 || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2305 TTCTCCCTATTCCTGGGTCAGGTGTAACCAAATTGCATGACAAAGAGACTGGGATCACTC 2364 Query 2348 AGCTTCGGTTATCCAATGGGATAGCTGTAAATTACAAGAAATCTACGACCGAATCCCGGG 2407 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2365 AGCTTCGGTTATCCAATGGGATATCTGTAAATTACAAGAAATCCACGACCGAATCCCGGG 2424 Query 2408 CAGGTGTCATGCGGCTCATTGTTGGTGGTGGACGAGCTGCTGAAACATCTGATTCCAAAG 2467 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2425 CAGGTGTCATGCGGCTTATTGTTGGTGGTGGACGAGCTGCTGAAACATCTGATTCCAAAG 2484 Query 2468 GAGCTGTGGTTGTTGGTGTTCGTACACTCAGCGAGGGTGGTCGAGTTGGAGACTTTTCAA 2527 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2485 GAGCTGTGGTTGTTGGTGTTCGTACACTCAGCGAGGGTGGTCGAGTTGGAGACTTTTCAA 2544 Query 2528 GGGAGCAGG----TG-----G---AGCTGTTCTGTGTAAATCATTTGATAAACTGTTCGT 2575 ||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2545 GGGAGCAGGCAAGTGAATCTGTGGAGCTGTTCTGTGTGAATCATTTGATAAACTGTTCGC 2604 Query 2576 TGGAGTCAACTGAGGAGTTCATTGCCATGGAATTCCGGTTTACTCTGAGAGACAATGGAA 2635 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2605 TGGAGTCAACTGAGGAGTTCATTGCCATGGAATTCCGGTTTACTCTGAGAGACAATGGAA 2664 Query 2636 TGCAAGCGGCTTTTCAGCTGCTTCACATGGTGCTTGAGCGTAGTGTCTGGTTGGAAGATG 2695 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2665 TGCAAGCAGCTTTTCAGCTGCTTCACATGGTGCTTGAGCGTAGTGTCTGGTTGGAAGATG 2724 Query 2696 CATTTGATCGAGCAAGGCAGCTATATCTTTCGTATTTTCGATCAATTCCTAAAAGCTTGG 2755 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2725 CATTTGATCGAGCACGGCAGCTATATCTTTCGTATTTTCGATCAATTCCTAAAAGCTTGG 2784 Query 2756 AGCGTGCGACTGCTCATAAACTTATGATCGCTATGCTGAACGGTGATGAGCGTTTTGTTG 2815 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2785 AGCGTGCGACTGCTCATAAACTTATGATCGCGATGCTGAACGGTGATGAACGTTTTGTTG 2844 Query 2816 AGCCGACACCTAAGTCACTACAGAGCTTGAATCTAGAATCTGTGAAAGATGCGGTCATGA 2875 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2845 AGCCGACACCTAAGTCACTGCAGAGCTTGAATCTAGAATCTGTGAAAGATGCGGTCATGA 2904 Query 2876 GTCATTTTGTTGGGGACAATATGGAGGTAAGCATTGTGGGGGACTTTTCAGAGGAGGAAA 2935 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2905 GTCATTTTGTTGGGGCCAATATGGAGGTAAGCATTGTGGGTGACTTTTCAGAGGAGGAAA 2964 Query 2936 TCGAGCGTTGCATCCTTGATTACCTTGGTACAGTTAAAGCTAGCCATGATTCTGCAAAAC 2995 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2965 TTGAGCGTTGCATCCTTGATTACCTTGGTACAGTTAAAGCTAGCCATGATTCTGCAAAAC 3024 Query 2996 CACCAGGATCTGAGCCTATCTTGTTTCGCCAACCTACAGCTGGCTTGCAATTTCAACAGG 3055 |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3025 TACCAGGATCTGAACCTATCGTGTTTCGTCAACCTACAGCTGGCTTGCAGTTTCAACAGG 3084 Query 3056 TATTCTTGAAGGATACTGATGAGAGAGCATGTGCATACATTGCGGGACCAGCGCCAAATC 3115 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 3085 TATTCTTGAAGGATACTGATGAGAGAGCATGTGCATATATTGCTGGACCAGCGCCAAATC 3144 Query 3116 GATGGGGCTTTACAGTTGACGGGGATGACCTTTTTCAGTCTGTTAGCAAACTTCCTGTTG 3175 ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 3145 GATGGGGCTTTACTGTTGACGGGGTTGACCTTTTTCAGTCTGTTAGCAAACTTCCTGCTG 3204 Query 3176 CTCATGATGGACTTTTGAAATCGGAGGAACAATTGCTAGAGGGAGGAGACAGGGAGTTGC 3235 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3205 CTCATGATGGGCTTTTGAAATCGGAGGAACAATTGCTAGAGGGAGGAGACAGGGAGTTGC 3264 Query 3236 AAAAGAAGCTTCGTGCCCACCCTCTTTTCTTTGGAGTTACAATGGGTCTTCTGGCCGAAA 3295 |||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| Sbjct 3265 AAAAGAAGCTCCGCGCCCACCCTCTTTTCTTTGGAATTACAATGGGCCTTCTGGCAGAAA 3324 Query 3296 TCATAAACTCAAGGCTTTTCACGACAGTAAGAGATTCTCTTGGACTGACATATGACGTAT 3355 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3325 TCATAAACTCAAGGCTTTTCACGACAGTAAGAGATTCTCTTGGACTGACATATGACGTAT 3384 Query 3356 CATTTGAGCTAAACCTATTTGATAGGCTGAATCTCGGGTGGTATGTGATATCTGTGACTT 3415 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3385 CATTTGAGCTAAACCTATTTGATAGGCTGAATCTCGGGTGGTATGTGATATCTGTGACTT 3444 Query 3416 CAACTCCCGGCAAGGTATACAAAGCGGTTGATGCCTGTAAGAGTGTTCTTAGAGGTTTGC 3475 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 3445 CAACTCCCGGCAAGGTATACAAAGCGGTTGATGCCTGTAAGAGCGTTCTTAGAGGTTTGC 3504 Query 3476 ATAGCAACCAAATTGCCCCTAGGGAGTTGGATAGGGCAAAGCGAACTCTTCTAATGAGAC 3535 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| Sbjct 3505 ATAGCAACCAAATTGCCCCTAGGGAGTTGGATAGGGCAAAGAGAACTCTTCTTATGAGAC 3564 Query 3536 ATGAAGCTGAACTCAAGTCCAATGCCTATTGGCTTAATCTATTAGCTCACTTGCAGGCCT 3595 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3565 ATGAAGCTGAACTCAAGTCCAATGCCTATTGGCTTAATCTATTAGCTCACTTGCAGGCCT 3624 Query 3596 CCTCTGTTCCGAGGAAGGAACTGTCATGCATTAAAGAACTTGTTTCATTGTATGAAGCTG 3655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| Sbjct 3625 CATCTGTTCCGAGGAAGGAACTGTCATGCATTAAAGAACTTACTTCATTATATGAAGCTG 3684 Query 3656 CTTCGATCGAGGACATATACCTAGCTTATAATCAATTAAGAGTGGACGAGGACTCTCTGT 3715 ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3685 CTTCGATTGAGGACATATACGTCGCTTATAATCAATTAAGAGTGGACGAAGACTCTCTGT 3744 Query 3716 ACTCCTGTATTGGTATTGCTGGGGCACAGGCGGGTGAAGAGATTACTGTTCTCTCAGAAG 3775 |||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 3745 ACTCATGCATCGGGATTGCTGGGGCTCAGGCTGGTGAAGAGATTACTGTTTTATCAGAAG 3804 Query 3776 AGGAAGAACCAGAAGATGTTTTCTCAGGAGTTGTTCCTGTGGGACGAGGCTCATCGATGA 3835 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3805 AGGAAGAACCAGAAGATACTTTCTCAGGAGTTGTTCCTGTGGGACGAGGCTCATCGATGA 3864 Query 3836 CCACAAGACCAACAACCTGATCGACATATATGGTTTGTAAGATAATGTAGGTGAAGA-AT 3894 |||||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 3865 CCACAAGACCAACAACATGATCCACAT-T-TGGCTTGTAAGATAATGTAGGTGAAGACAT 3922 Query 3895 GTGTCATAGATACAACAGAGAATAAACCAGATAAACTACATCAGATTCTTTGTCACGGAA 3954 ||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||| ||| Sbjct 3923 GTGCCATAGATACGACAGAGAATAAGCGAGATAAACTTCATCAGATTCGTTGTCACAGAA 3982 Query 3955 AGAAGCTTCATCAGAGGTGTTCCCGAGAGCTTTGGCATAAGAGCTTTGTATACTTCCTTG 4014 ||||| |||||||||||| |||| ||||| | | || ||||||||| ||| Sbjct 3983 AGAAGATTCATCAGAGGTTTTCCTGAGAG----G---T------TT-GTATACTTCGTTG 4028 Query 4015 TGATCATCATCAAGGCTAATAAATGACCCCATTATCTATACT-C--ATCTCTCGTCTCCT 4071 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 4029 TGATCACCATCAAGGCTAATAAATGACCCCATTATCTATACTACTCATCTCTCGTCTCCT 4088 Query 4072 TCATATTTATagaagaaaacaagaaaaagaaaaaTAGTGACGAA-TGCGTACCttttttt 4130 ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || || ||||||| ||| Sbjct 4089 TCATATTTATAGAAGAAAAAAAGAAAA-GAAAAATAGTGACAAAATGTGTACCTTATTTC 4147 Query 4131 tttttttGG-ACGGTGCAATATTTATGCAGCTGTATATGTAATTTGACTGTGATTTAAAC 4189 ||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 4148 TTTTT--GGTACGGTGCAAAATTTATGCAGCTGTAAATGTAATTTGACTGTGATTTAAAC 4205 Query 4190 GAGTCATTTTGCTCTCATTTTCATTTTTCTGTAAAATCATTG 4231 ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| Sbjct 4206 GAGTCTTTTTGCTCTCATGTTCATTTATCTGTAAAATCATTG 4247 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 162924470013 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5