BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42950.1
Length=5456
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494724 jgi|Araly1|494724|fgenesh2_kg.8__540__AT5G42950.1 8691 0.0
> Ahg494724 jgi|Araly1|494724|fgenesh2_kg.8__540__AT5G42950.1
Length=5457
Score = 8691 bits (4706), Expect = 0.0
Identities = 5212/5462 (95%), Gaps = 11/5462 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTAACTCTTCCGCTGGCTCCGCCGCAGACCACCGCAACAAACACCTCTCCGTCAAT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTAACTCTTCCGCTGGCTCCGCCGCAGACCACCGCAACAAGCACCTCTCCGTCAAT 60
Query 61 CCACCGCACCAGATCTTCAAAGATATCCAAGGTTCTGACAATGCGATTCCTCTTTCACCA 120
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 CCACCGCACCAGATCTTCAAAGATATCCAGGGTTCTGACAATGCGATTCCGCTTTCACCG 120
Query 121 CAGTGGCTTCTCTCCAAACCAGGGGAGAACAAGACTGGGATGGGAACTGGGGATCCTAAT 180
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAGTGGCTTCTCTCCAAACCTGGGGAGAACAAGACTGGAATGGGAACTGGGGATCCTAAT 180
Query 181 CAGTATGGAAACCATTCGGATGTTGTGAGAACAACAGGGAATGGGGAGGAGACACTGGAT 240
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 CAGTATGGAAACCATTCGGATGTTGTGAGACCAACAGGAAATGGGGAGGAGACACCGGAT 240
Query 241 AATCTGAAGAAAAAAGATGTTTTCCGGCCATCCTTGCTTGATGCAGAAAGTGGTCGTCGT 300
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATCTGAAGAAAAAAGATGTTTTTCGGCCATCCTTGCTTGATGCAGAAAGTGGTCGTCGT 300
Query 301 GATCGTTGGCGTGATGAGGAAAGGGACACCTTGTCCTCAGTCCGAAATGACCGCTGGCGG 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 GATCGTTGGCGTGATGAGGAAAGGGATACCTTGTCTTCAGTCCGAAAAGACCGCTGGCGG 360
Query 361 AATGGCGACAAAGACTCTGGTGATAATAAGAAGGTTGACCGGTGGGATAATGTGGCTCCT 420
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 AATGGTGACAAAGACTCTGGTGATAATAAGAAGGTGGACCGGTGGGATAATGTGGCACCT 420
Query 421 AAATTTGGGGAACAACGACGTGGTCCGAATGACCGGTGGACTGATTCAGGAAACAAGGAT 480
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAATTTGGGGAACCACGACGTGGTCCGAATGACCGGTGGACTGATTCAGGAAACAAGGAT 480
Query 481 GCTGCGCCAGAGCAGAGGCGTGAGAGCAAGTGGAACTCTCGCTGGGGTCCTGATGACAAG 540
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 481 GCTGCACCAGAGCAGCGGCGTGAGAGCAAGTGGAACTCTCGCTGGGGACCTGATGATAAG 540
Query 541 GAAGCTGAGATTCCGCGTAATAAGTGGGATGAACCTGGTAAGGACGGTGAAATCATTCGT 600
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GAAACTGAGATTCCGCGTAATAGGTGGGATGAACCTGGTAAGGACGGTGAAATCATTCGT 600
Query 601 GAGAAGGGTCCATCTCTTCCTACTAGCGATGGAGACCATTACCGGCCCTGGAGACCCTCT 660
|||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAGAAGGGTCCATCTCTTCCTAGTGGTGATGGAGACCATTACCGGCCCTGGAGACCCTCT 660
Query 661 CAAGGTCGAGGAAGAGGAGAAGCTCTTCACAACCAATCAACACCAAACAAACAGGTTACT 720
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 661 CAAGGTCGAGGAAGAGGAGAAGCTCTTCACAGCCAATCAACACCAAACAAGCAGGTTACA 720
Query 721 TCCTTCTCCCACAGCAGGGGGCGTGGAGAGAACACTGCTATCTTTTCAGCTGGACGTGGA 780
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CCCTTCTCTCACAGCAGGGGGCGTGGAGAGAACACTGCTATCTTTTCAGCTGGACGTGGA 780
Query 781 AGGATGAGTCCTGGTGGAAGCATTTTTACTAGCGCACCAAACCAGTCTCATCCCCCTGGA 840
||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGTTGAGTCCTGGTGGAAGCCTTTTTACTAGTGCATCAAACCAGTCTCATCCCCCTGGA 840
Query 841 TCTGCCTCTGACAAGGGGGAAAGTGGTCCTGGAGAACCTCCCCATCTGAGATATAGCAGA 900
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCTGCCTCTGACAAGGGGGAAAGTGGTCCCGGAGAAACTCCCCATCTGAGATATAGCAGA 900
Query 901 ATGAAACTGTTGGATGTGTACAGGATGGCTGACACAGAGTGTTATGAAAAGTTTCCGGAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATGAAACTGTTGGATGTGTACAGGATGGCTGACACAGAGTGTTATGAAAAGTTTCCGGAT 960
Query 961 GGGTTTATTGAGGTGCCTTCCCTAACGTCTGAGGAGCCAACGGATCCTCTGGCTCTTTGT 1020
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 961 GGGTTTATTGAGGTGCCTTCCCTTACGTCTGAGCAGCCAACAGACCCTCTGGCTCTTTGC 1020
Query 1021 GCTCCAAGTTCCGATGAAGTGAATGTTCTGGATGCGATTGAGAAAGGAAAAATAGTGAGC 1080
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1021 GCTCCAAGTTCTGATGAAGTGAATGTTCTGGATGCGATTGAGAAAGGAAAAATAGTAAGC 1080
Query 1081 AGTGGTGCCCCTCAGACGTCCAAGGATGGCCCTACTGGACGAAATCCGGTCGAGTTTTCA 1140
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 AGTGGTGCCCCTCAGACGACCAAGGATGGCCCTAGTGGCCGAAATCCAGTCGAGTTTTCA 1140
Query 1141 CAACCTAGACGGATCAGGCCTGCTGGAAGCAGAGAAGATATGACATTCGGTGCTGAGGAG 1200
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1141 CAACCTAGACGAATCAGGCCTGCTGGAAGCAGAGAAGATATGACATCCGGTGCTGAGGAG 1200
Query 1201 TCTAAAGATGAAAGTGGAGAAACAAGGAACTATCCAGATGATAAGTTTAGGCCTGAAGCT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCTAAAGATGAAAGTGGAGAAACAAGGAACTATCCAGATGATAAGTTTAGGCCTGAAGCT 1260
Query 1261 TCTCATGAAGGTTATGCACCTTTTAGGAGAGGCAATGAGGCACCTGTCAGAGAACTGAAA 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1261 TCTCATGAAGGTTATGCACCTTTTAGGAGAGGCAATGAGGTACCTGTCAGAGAATTGAAA 1320
Query 1321 GAACCCAGTATGCAGGGAAATGCTCATGTTCAATCTGCCTCTCCATGGCGTCAGTCTTCT 1380
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1321 GAACCCAGTATGCAGGGAAATACTCATGTTCAATCTGCCTCTCCATGGCGTCAGCCTTCT 1380
Query 1381 G-GGGGAGAAAGGTCGAATAGGAACTCACATGATTGGAATGACCCTTCAGCTGATAGCAG 1439
| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GCGGGG-GAAAGATCGAATAGGAACTCACATGATTGGAACGACCCTTCAGCTGATAGCAG 1439
Query 1440 GCTGAAATCTTCTGACAGTGTTTGGTCGCATCCTAAAGATTCAATAAATCATTTAGGTGG 1499
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1440 GCTGAAATCTTCTGACAGCGTCTGGTCGCATCCTAAAGATCCAATAAATCATTTAGGCGG 1499
Query 1500 CAATAATATGATGTTGCCGCAGTCGAAAGGTGAATCAAGATGGCAAATCAGTGAAGATCC 1559
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CAATAATATGATGTTGCCACAGTCCAAAGGTGAGTCCAGATGGCAAATCAGTGAAGATCC 1559
Query 1560 TTCACTTAGAAGGCAGCCATCTCTGGTGTTCGACAGGGAGCAGGAAGTTAGAAAGCTTCT 1619
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGCACTTAGAAGGCAGCCGTCTCTGGTGTTCGACAGGGAGCAGGAAGTTAGAAAGCTTCT 1619
Query 1620 CCCATCTTCGCCTGAAGAACTTTCACTCTATTATAAAGATCCTCAGGGTCTAATTCAAGG 1679
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1620 GCCATCTTCGCCTGAAGAACTTACACTCTATTATAAAGATCCTCAGGGTTTAATTCAAGG 1679
Query 1680 CCCTTTTTCTGGATCTGATATCATTGGATGGTTTGAGGCTGGGTATTTTGGCATAGATTT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CCCTTTTTCTGGATCTGATATCATTGGATGGTTTGAGGCTGGGTATTTTGGCATAGATTT 1739
Query 1740 GCTAGTTCGTCTTGCAAGTGCACCAAATGATTCTCCTTTTTCATTACTTGGTGATGTAAT 1799
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GCTAGTTCGTCTTGCAAGTGCACCAAATGAATCTCCTTTTTCATTACTTGGTGATGTAAT 1799
Query 1800 GCCACATTTACGGGCTAAGTCGGGTCCACCACCTGGTTTTACTGGTGCCAAGCAAAACGA 1859
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCCACATTTGCGGGCTAAGTCGGGTCCACCACCTGGTTTTACTGGTGCCAAGCAAAACGA 1859
Query 1860 ATTTGTTGATGCAGCTGGTACATCAGCCTTCCCTGGTGTGGGGAAAGTTCATTCTGGGAT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ATTTGTTGATGCAGCTGGTACATCAGCCTTCCCTGTTGTGGGGAAAGTTCATTCTGGGAT 1919
Query 1920 GGGTGAGACTGATATGTTGCAAAATGATATGAGGTATAAGCATGTTGCAGGAACTGTAGC 1979
||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GGGTGAGGCTGATCTGTCACAAAATGATATGAGGTATAAGCATGTTGCAGGAACTGTAGC 1979
Query 1980 GGAGAACCGGTTTATTGAATCATTGATGTCTGGGGGTCTGACCAATTCAGCTCAAGGTGT 2039
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||
Sbjct 1980 GGAGAATCGGTTTATTGAATCATTGATGTCTGGGGGTTTGAACAATCCAGCTCAAGGCGT 2039
Query 2040 TCAAGGATATGGAGTAAATAGTTCTGGTGGGTTGTCTTTACCAGTTACTGATGGTGGGGC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TCAAGGATATGGAGTAAATAGTTCTGGTGGGTTGTCTTTACCAGTTACTGATGGTGGGGC 2099
Query 2100 TGATATGTATCTCCTGGCCAAGAAATTGGAACTTGAGCGGCAGAGATCAATACCTAGTCC 2159
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AGACATGTATCTCTTGGCCAAGAAATTGGAACTTGAGCGGCAGAGATCAATACCTAGTCC 2159
Query 2160 GTATTCATATTGGCCTGGTCGGGAATCTGCAAACCTGATGCCAGGATCAGAGAATGTGTC 2219
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 GTATTCATATTGGCCTGGTAGGGAATCTGCAAACCTGATGCCAGGATCAGAGAATGTGTC 2219
Query 2220 AGAAAATGCTCAACAACCTA-CCCGTTCTCCAAGTTCTGATTTGTTGTCCATCCTCCAAG 2278
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AGAAAATGCTCAACAACC-AGCCCGTTCTCCAAGTTCTGATTTGTTGTCCATCCTCCAAG 2278
Query 2279 GTGTAACGGATAGGTCTTCTCCTGCTGTTAGTGGTCCTCTTCCTGCTTGGTCTCAACCCA 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |
Sbjct 2279 GTGTAACGGATAGGTCTTCTCCTGCTGTTAGTGGTCCTCCTCCTGCTTGGTCACAATCGA 2338
Query 2339 TTCAAAAGGAAAGTGATTTGCACCATGCTAAAACTTTCCAAACGCAAATTCCCTTTGGGG 2398
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2339 TTCAAAAGGAAAGTGATTTGCACCATGCCAAAAGTTTCCAAACGCAAACTCCCTTTGGGG 2398
Query 2399 TCCAACAGCAGAGACTGCCAGAGCAGAATTTACCTTTGTCAGGTTTACTTGGTCAACCTA 2458
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TCCAACAGCAGAGACTGCCAGAGCAGAACTTACCTTTGGCAGGTTTACTTGGTCAACCTA 2458
Query 2459 TGGAAAATAATCCAGGTGGCATGTTATCTCCTGATATGATGCTCGCTGCTGGACTCTCTC 2518
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2459 TTGAAAATAATCCAGGTGGCATGTTATCTCCTGATATGATGCTCGCCGCTGGACTCTCTC 2518
Query 2519 AAGAGCATCAATCGCTCAATCTGTTGCAGCAGCAACAGCTCTTGTTGCAGTTGAATGCTC 2578
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2519 AAGAACATCAATCGCTCAATCTGTTGCAGCAACAACAGCTCTTGTTGCAGTTGAATTCTC 2578
Query 2579 AGACACCACTTTCTGCCCAACATCAGCGTCTATTGGTGGAAAAGATGCTCTTGCTTAAAC 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AGACACCACTTTCTGCCCAACATCAGCGTCTATTGGTGGAAAAGATGCTCTTGCTTAAAC 2638
Query 2639 ACCAACATAAACAAGAAGAGCAGCAGCAATTGTTACGACAGCAACAGCAGCTGTATTCTC 2698
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2639 ACCAACATAAACAAGAAGAGCAGCAGCAGTTGTTAAGACAGCAACAGCAGCTGTTTTCCC 2698
Query 2699 AGGTTTTTGCTGATCAACAGCGTTCTCAGCAACGGTTTGGAGACCCATCTTATGGTCAGT 2758
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2699 AGGTTCTTGCTGATCAACAGCGTTCTCAGCAACGGTTTGGAGAGCCATCTTATGGTCATT 2758
Query 2759 TGCAGGCGTCTCTTGATGCGCTTAGGCTGCAACCATCAAAAGATATGTCACAAGTCAATC 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TGCAGGCGTCTCTTGATGCGCTTAGGCTGCAACCATCAAAAGATATGTCACAAGTCAATC 2818
Query 2819 AGCAGGTGCAGGTTCCTGTTTCCCATGAGGAGCGAGGCATCAACTTAGCTGATTTGCTCC 2878
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2819 AGCAGATGCAGGTTCCTGTTTCCCGTGAGGAGCGAGGTGTCAACTTAGCTGATCTGCTCC 2878
Query 2879 CAGTAACCCATGCCACTAATCAGACTGTTGCTTCTTTCGAAACCCCCTCTCTGCACCTGC 2938
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2879 CAGTAACACATGCCACTAATCAGACTGTTGCTTCTTTCGAAACCCCCTCTCTGCATCTGC 2938
Query 2939 AAAACCAGCTATTTGGTAATGTTGACCCTAGGATGGTTCTGCCTGATCAAATTGATGATA 2998
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||
Sbjct 2939 AAAACCAGCTGTTTGGTAATGTTGACCCTAGGATGGTTCTGGCTGATCAAACTGATCATA 2998
Query 2999 CCCATAAAAAAGAGTCGAAATCAGAATATGAAAGAACAGTTTCTGCAGACTATGTGAACA 3058
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2999 CCCATAAAAAAGATTCAAAATCAGAATATGAAAGAACAATTTCTGCAGACTACATGAACA 3058
Query 3059 GCTTGTACTCAGAAAAGCCTGTCCTTTCCCCTGGCTATCATGCTACACATAATGTGGAAG 3118
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 GCTTGTACTCAGAAAAGCCTGTCCTCTCTCCTGGCTATCATGCTACACATAATGTGGAAG 3118
Query 3119 AACCTGTGAGCTATCCAAACAATGAAAGCTCCACTGCTACTATGACAGCTCCCGAAATAG 3178
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||
Sbjct 3119 AACCTGTGAGCTGTCCAAATAATGAAAGCTCCACTTCTACTACAATAGCTCCCGAAATAT 3178
Query 3179 TTGAAAGTAAGTTGCTGGAGGAGCAGTCTAAGGACATGTATGCTGGAAAGGGAGAGGTCA 3238
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 3179 TTGAAAGTAAGTTGCTGGAGGAGCAGGCTAAGGACATGTATGCTGGACAGGGAGATATCA 3238
Query 3239 GTATTGAGTTATCTGGGGAGACTCCTGCAACTGAAGTTAAAAACAATGACGTTTCTGTAG 3298
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3239 GTAATGAGTTATCTGGGGAGATTCCTGCAACTGAAGTTAAAAACAATGAAGTTTCTGTAG 3298
Query 3299 CACGGAAGACTTCTGAGAAGAAGTCCAGGAAGCAGCGGGCTAAGCAGGCTGCTGACCTGG 3358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 3299 GACGGAAGACTTCTGAGAAGAAGTCCAGGAAGCAGCGGGCTAAGCAGTCTGCTGAACTAG 3358
Query 3359 CTAAGTCAACTTCTAGAGCTCCTCTGCAGGAGACAAAGAAACCTCAACCAGGAAGTGCTG 3418
||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||
Sbjct 3359 CTAAGACAACTTCTAAAGCTTCTCTGCAGGAGACAAAGCAACTTGAACCAGGAAGTGCTG 3418
Query 3419 ATGATTCTGAGATAAAGGGTAAAACTAAAAAGTCGGCTGACACTTTGATAGACAATGATA 3478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3419 ATGATTCTGAGATAAAGGGTAAAACTAAAAAGTCGGCTGACACTTTGATAGACAATGATA 3478
Query 3479 CTCACCTCATTAAAAGCTCCACAGCCACAGCTTCAAACACTTCCCAAATGAGTTCTGAAG 3538
||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3479 CTCGCCCCATTAAGAGCTCCACAGCCACAGCTTCAGTCACCTCCCAAATGAGTTCTGAAG 3538
Query 3539 TAGATTCAGTCAGGGGAGAAGAGTCTTCACTGCAAAACACACGAACACAACCAGGACGAG 3598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3539 CCGATTCAGTCAGGGGAGAAGAGTCTTCACTGCAAAACACACGAACACAACCAGGAAGAG 3598
Query 3599 CTTGGAAGCCTGCTCCTGGCTTTAAGCCGAAGTCATTACTGGAAATTCAAATGGAAGAAC 3658
||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3599 CTTGGAAGCCTGCTCCTGGCTTTAAACCAAAGTCATTGCTAGAAATTCAAATGGAAGAAC 3658
Query 3659 AGAGGGTAGCGCAAGCAGAAGCTTTAGCTCCAAAGATTTCTTCTACCGTGAATTCAGTGG 3718
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||||
Sbjct 3659 AGAGGGTAGCTCAAGCAGAAGCTTTAGCTCCAAAGATTTCTACAACTGTGAGTTCAGTGG 3718
Query 3719 GTTCGGCGGCTCCTTGGGCTGGAATTGTTACCAATTCAGATTCTAACATACTAAGGGAGA 3778
||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3719 GTTCGGCAGCTCCTTGGGCTGGGATTGTTGCCAATTCAGATCCTAACATACTAAGGGAGA 3778
Query 3779 CTCATGGAGAGTCAGCTATTACTCAAACCGGTGTTGTAAAGCCTGAAAGTGTTCCTACTC 3838
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3779 CTCATGGAGAGTTGGCTATTACTCAAACCGGTGTTGTAAAGCCTGAAAGTGTTCCTGCTC 3838
Query 3839 TTAAGGCTAAGAAAAGCCACTTGCATGACTTGCTGGCTGATGATGTTTTTGCCAAATCCA 3898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3839 TTAAGGCTAAGAAAAGCCACTTGCATGACTTGCTGGCTGATGATGTTTTTGCCAAATCCA 3898
Query 3899 GTGACAAAGAGAGGGAAGTAATGGAAATCATCTCTAACAATGATGCATTTATGCAAGTCA 3958
||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||| |||| ||||||||||
Sbjct 3899 GTGACAAAGAGAGGGAAGTAATGAAAACCGTCTCTAAGAATGACACATTCATGCAAGTCA 3958
Query 3959 CGACCACTAATGCAGAGTC-TTTCGACGATGATAACTTTATTGACGCTAGGGAAACAAAA 4017
|||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 3959 CGACCACTAATGCAGAATCGTTT-GACGATGATAACTTTATTGAGGCTAAGGAAACAAAA 4017
Query 4018 AAGAGCCGTAAGAAATCTGCGAGGGCAAA-AACTTCTGGTGCAAAAATTGCTGCACATGT 4076
|||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| || ||| |||||||||||||
Sbjct 4018 AAGAGCCGCAAGAAATCTGCGAGAGCAAAGAA-TTCTGGGGCGAAAGTTGCTGCACATGT 4076
Query 4077 TCCTGCTGTAGATACATCCCTCCAAACAAACTCTGTTGAGAAGGGAAAAAGTTCTCGTAT 4136
|||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4077 TCCTACTGTAGATACATCCTTCCAAACCAACTCTGTTGAGAAGGGAAAAAGTTCTCGTGT 4136
Query 4137 TCTGCAGCAGCAGGAGAAGGAAGTTTTGCCGGCTATTCCTTCTGGGCCTTCTCTGGGAGA 4196
| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4137 TATACAGCAGCAGGAGAAGGAAGTTTTGCCTGCTATTCCTTCTGGGCCTTCTCTGGGAGA 4196
Query 4197 TTTTGTTCTCTGGAAAGGAGAGTCTGTAAACAATCCTCCACCGGCTGCTGCATGGTCTTC 4256
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4197 TTTTGTTCTCTGGAAAGGAGAGACTTTAAACAATCCTCCACCGGCTGCTGCATGGTCTAC 4256
Query 4257 TGGTCCCAAAAAATCTACAAAACCTAGCTCGCTTAGGGACATCGTGAAGGAGCAGGAGAA 4316
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4257 TGGTCCGAAAAAATCCACAAAACCTAGCTCGCTTAGGGACATCGTGAGGGAGCAGGAGAA 4316
Query 4317 GATGACGACCTCATCTCATCCACCCCCTAGTCCAGTACCTACCACCCAGAAAGCTATTCC 4376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4317 GATGACGACCTCATCTCATCCACCCCCTAGTCCAGTACCTACCACCCAGAAAGCTACTCC 4376
Query 4377 ACCTCAGGCTCATCAGGGCGGTGCTTCCTGGTCGCGTTCTGCATCTTCACCATCGCAGGC 4436
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 4377 ACCTCAGGTTCATCAGGGCGGTGCTTCCTGGTCGCGTTCTGCATCTTCCCCTTCACAGGC 4436
Query 4437 TGTTTCTCAATCTTCCTCTCAGTCAAAATCCAAAGGAGATGATGACCTTTTCTGGGGTCC 4496
||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4437 TGTTTCTCAGTCTTCTTCCCAGTCAAAATCCAAAGGAGAAGATGACCTTTTCTGGGGTCC 4496
Query 4497 AGTTGAGCAATCAACCCAGGACACAAAACAGGGAGACTTTCCACATCTTACAAGTCAAAA 4556
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4497 AATTGAGCAATCAACCCAGGAAACAAAACAGGGAGACTTTCCTCATCTTACAAGTCAAAA 4556
Query 4557 CAGTTGGGGAACCAAAAACACTCCTGGAAAAGTTAATGCAGGAACTTCACTGAATCGACA 4616
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4557 CAGTTGGGGAACCAAAAACACTCCTGGGAAAGTTAATGCAGGAACTTCACTGAATCGACA 4616
Query 4617 GAAATCAGTTTCAATGGGATCTGCGGATCGGGTTTTGTCTTCACCTGTTGTCACTCAGGC 4676
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4617 GAAATCAGTTTCAACGGGATCTGCAGATCGGGTTTTGTCTTCACCTGTTGTCGCTCAGGC 4676
Query 4677 GTCACACAAAGGGAAAAAAGAGGCAGTAACAAAACTCACAGAGGCGAATGGCTTCAGAGA 4736
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4677 GTCACAAAAAGGGAAAAAGGAGGCAGTGACAAAACTCACAGAGGCGAATGGCTTCAGAGA 4736
Query 4737 TTGGTGCAAAAGCGAATGTCTCAGACTTCTTGGTTCCGAAGATACAAGTGTCTTGGAATT 4796
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4737 TTGGTGCAAAAGCGAATGCCTCAGACTTCTTGGTTCTGAAGATACAAGTGTCTTGGAATT 4796
Query 4797 TTGTCTGAAGCTATCCCGATCAGAAGCTGAAACTCTTCTGATAGAAAATCTGGGGTCTCG 4856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4797 TTGTCTGAAGCTATCCCGATCAGAAGCTGAAACTCTTCTGATAGAAAATCTGGGGTCGCG 4856
Query 4857 TGACCCTGACCACAAGTTCATCGACAAATTTCTCAACTACAAAGACCTGTTACCATCAGA 4916
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4857 TGATCCTGACCACAAGTTCATCGACAAATTTCTCAACTACAAAGACCTGTTACCATCAGA 4916
Query 4917 AGTAGTTGAGATTGCATTTCAATCAAAGGGCTCGGGAGTCGGGACCCGAAACAACACAGG 4976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4917 AGTAGTTGAGATTGCATTTCAATCAAAGGGCTCGGGAGTCGGGACCCGAAACAACACTGG 4976
Query 4977 TGAAGACTATTACTATAACACTACAGCTGCAAATGACGGGTTCTCGAAAGTTGGAGGAAA 5036
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4977 CGATGACTATTACTATAACACTACAGCTGCAAATGACGGGTTCTCGAAAGTTGGAGGAAA 5036
Query 5037 GAAAAAGGCGAAGAAAGGGAAGAAGGTTAGCTTGAGCGCATCGGTTCTGGGATTTAATGT 5096
||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5037 GAAAAAGGCAAAGAAAGGGAAGAAGGTAAGCTTAAGCGCATCGGTTCTGGGATTTAATGT 5096
Query 5097 GGTTAGTAACCGGATCATGATGGGAGAGATTCAGACAATTGAGGACTGAGAGGAAGAAGT 5156
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5097 GGTTAGTAACAGGATCATGATGGGAGAGATTCAGACAATTGAGGACTGAGAGGAAGAAGT 5156
Query 5157 TGGATACGTTTATACACTTTTGGGCTTCAGTTTTCATTGTACATTTGGTTTTTAGGACAA 5216
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5157 TGGATATGTTTATACACTTTTGGGCTTCAGTTTTCATTGTACATTTGGTTTTTAGGACAA 5216
Query 5217 ATCTT-GGTCTTCTTAATTTTATGGGATGGAACTTGTTTTATCTCACTAGGAAGTTTTGT 5275
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5217 ATCTTTGGTCTCCTTAATTTTATGGGATGGAACTTGTTTTATCTCACTAGGAAGTTTTGT 5276
Query 5276 TAGACTACTTTCAAGCGAGATGAGGTTTTTTCATGTTCCTCTTCCCTTTTAGTCGAAACC 5335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5277 TAGACTACTTTCAAGCGAGATGAGGTTTTTTCATGTTCCTCTTCCCTTTTAGTCGCAACC 5336
Query 5336 CAAAAGAGATGTTGGATCATGTTTGTTGTTTTATGTATTAGACActtttttgttcaccca 5395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5337 CAAAAGAGATGTTGGATCATGTTTGTTGTTTTATGTATTAGACACTTTTTTGTTCACCCA 5396
Query 5396 aatattccattttggttttctttttccttctctttcttt-tAATGAAATTGGGATTCGGT 5454
| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||
Sbjct 5397 AGTATTCCATTTTGGTTTTTTTTTTC-TTCTCTTTTTTTATAATGAATTTGGGTTTCGGT 5455
Query 5455 TT 5456
||
Sbjct 5456 TT 5457
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 206614563817
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5