BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G43130.2 Length=2747 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg948886 jgi|Araly1|948886|scaffold_800773.1 3819 0.0 > Ahg948886 jgi|Araly1|948886|scaffold_800773.1 Length=2515 Score = 3819 bits (2068), Expect = 0.0 Identities = 2257/2348 (96%), Gaps = 14/2348 (1%) Strand=Plus/Plus Query 32 AGCT-ATTTCAATGGATCCTTCAATTTTCAAGCTCCTTGAAGAAGATGAGGATGAATCGA 90 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 10 AGCTAATTTCAATGGATCCTTCAATTTTCAAGCTCCTCGAAGAAGACGAGGATGAATCGA 69 Query 91 TGCATTCAGGAGCTGACGTAGACGCGTTCCAAGCTGCTCTGAATCGTGATATTGAAGGTT 150 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 70 TGCATTCAGGAGCTGACGTAGATGCGTTCCAAGCTGCTCTGAATCGTGATATTGAAGGTT 129 Query 151 CTATGACAACTTCAATACCCCACGTGACAAACCCAGGAAACAACCATTCTTCCAGGCAGC 210 ||||||| ||| || |||| | |||| |||||||||||||||| || ||| ||| |||| Sbjct 130 CTATGACTACTACACTACCGCTCGTGGCAAACCCAGGAAACAATCACTCTCCCAACCAGC 189 Query 211 AGTTTTCGACATGGAAGAATGGTATTGGAGATTCTAATATCAATGTCCAGACTCAGCATA 270 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 190 AGTTTGCGACATGGAAGAATGGTATTGGAGATTCTAATATCAATGTCCAGACGCAGCACA 249 Query 271 GCCTTGAAAGTACTCAGATGAAGGAGCAAGAAGGATC-G----A-CTTTAGAAAATCAAC 324 ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| | | || |||||||||||| Sbjct 250 GCCTTGAAAATACTCAAATGAAGGAGCAACAAGGATCAGCTACAGCTATAGAAAATCAAC 309 Query 325 ATCAACATGATTTGAAACGCGCAAATGAACCTCATTTACAACACAACCAGCCTCAAGACC 384 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 310 ATCAACATGATTTGAAACACGCAAATGAACCTCATTTACAACACAACCAGCCTCAAGACC 369 Query 385 TTCATCGAGCTGGTCAACTCTGGGAGAATCCCTCGCAGGTCCCCCAATCAACTGGGTTAC 444 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 370 TTCATCGAGCTGGTCAATTCTGGGAGAATCCCTCGCAGGTCCCCCAAACAACTGGGTTAC 429 Query 445 CGA-TTAGTGAAAAGAATCCTACTGGTAATGAATCAGATAGATCCCATAATCAAGAGAGT 503 ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 430 CGAGTT-CTGAAAAGAATCCTACTGGTAATGAATCAGATAGATCACATAATCAAGAGAGT 488 Query 504 GAATCTCAGTATATGAAACTGCAAAAGATGAGTAGTCAACAGGCTCGGGGAGTGGAACCG 563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 489 GAATCTCAGTATATGAAACTGCAAAAGATGAGTAGTCAACAGGCTCGGGGAGTGGAACCG 548 Query 564 CCTGTTAACCCTATGAATGTTAACCCTATAAACCGCAACCCTAAGCAAGTACCATTTGCT 623 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 549 CCTGTTAACCCTATAAATGTTAACCCTATGAACCGCAACCCTAAGCAAGTACCATTTGCT 608 Query 624 GCTTTGCTTCCTACTTTAATGAACCAACTCGATAAAGATAGAGCACTGCAGCTCCGTACC 683 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 609 GCTTTGCTTCCTACTTTAATGAACCAACTCGATAAAGATAGAGCACTGCAGCTCCGTACC 668 Query 684 CTATATGCTAGACTTAAGAAAAATGAAATCCCCAAAGAGGGGTTCACACGACATATGAAA 743 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 669 CTATATGCTAGACTTAAGAAAAATGAAATTCCCAAAGAGGGGTTCACACGACATATGAAG 728 Query 744 GATATTGTGGGCGATCAGATGCTCAGGATGGCAGTTAGTAAACTCCAGCAGGTGAACTAT 803 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 729 GATATTGTAGGCGATCAGATGCTCAGGATGGCAGTTAGTAAACTCCAACAGGTGAACTAT 788 Query 804 AACCAGGGAAAAATTGGAATTCAAGCTCCTTCTACTGAAATCAATAATCAAAAATCTCAG 863 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 789 AACCAGGGAAAAATTGGAATTCAAGCTCCTTCTACTGAAATCAATAATCAAAAATCTCAG 848 Query 864 TCTGATCCTCGTGCAGTCCATCTTAACCAACTACCGTCCTCAGCTTCAGGCACCTTAGGC 923 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 849 TCTGATCCTCGTGCAGTCCACCTTAACCAACTACCGTCCTCAGCTTCAGGCACCTTAGGC 908 Query 924 AGTTCAGTTCCGGTACAGGGACTTACCAAACATCCGCAGCACCAGATGCAGCATCCACCA 983 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 909 AGTTCAGTTCCGGTACAGGGACTTACCAAACATCCGCAGCACCAGATGCAGCATCCACCA 968 Query 984 AGTTCTTTTCCTATGTATACCACTTCTGGTAGTTTTCATTCATTCCCGGGTCCAAACACC 1043 ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 969 AGTTCTTTTTCTATGTATACCACCTCTGGTAGTTTTCACACATACCCGGGTCCAAACACC 1028 Query 1044 AATGCTTCTGGTTCCACGTTGAGACCTCACCTTCATGATTCCCATATGAGACATGTGGCA 1103 ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1029 AATGCTTCTGGTTCCTCGTTGAGGCCTCACCTTCATGATTCCCATATGAGACATGTGACA 1088 Query 1104 CATAACCAGCCTATGGGATCAACTGGTCTTGGAGGACCGCCCCAGTCTACCACAAACATG 1163 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1089 CATAACCAGCCTATGGGATCAACTGGTCTTGGAGGACCGCCCCAGTCGACCACAAACATG 1148 Query 1164 ATGACTATGCCCAAGTTTGAGAGGCCAAGTTCTGTAAATGATCCGAGTAGGGTTCAGGGT 1223 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 1149 ATGACTATGCCCAAGTTTGAGAGGCCAAGTTCTGTAAATGATCCGAATAGGGTTCAAGGT 1208 Query 1224 GGCGCTACATCGCACTTCCAGAACAGCTCATCATTGCCTCTAAATTCTGCACCTGGTCAA 1283 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1209 GGCGCTACATCGCACTTCCAGAACAGCTCATC---GCCTCTAAATTCTGCACCTGGTCAA 1265 Query 1284 GGATCATCAGTGTCCCACGTAAAGCAGGAATCAGTTGATCAAAGTTTTGAAAAGAATAAT 1343 ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1266 GGATCATCAGTGTCCAATGTAAAGCAGGAATTAGTTGATCAAAGTTTTGAAAAGAATAAT 1325 Query 1344 GCAGCCTCAATGACTTCGAATGAGGACTTAGAGAAGGAGTCCTCTAGAATGGTTTTATCC 1403 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1326 GCAGCCTCAGTGACTTCGAATGAGGACTTAGAGAAGGAGTCCTCTAGAATGGTTTTATCC 1385 Query 1404 ACGCCTAACAACATGGCGCCTGCAAGCTCTGTTTCTCCTTCCATGACAACTCAACTAGAC 1463 || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1386 ACACCTAACAACATGGGGCCTGCAAGCTCTGTTTCTCCATCCATGACAACTCAACTAGAC 1445 Query 1464 GCCAGCACAACTATGAATTCTCGTGGCCCATTGGGAACCTCTCAAGGAGGAGCT-AATGC 1522 || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| Sbjct 1446 GCTAGCACAACGATGAATTCTCGTGGCCCATTGGGAAGCTCTCAAGGAGGAG-TAAATGC 1504 Query 1523 TAGGATGCCACCCAAAAAGCCTTCTGTTGGTCAGAAAAAACCTCTTGAGACATTAGGTTC 1582 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1505 TAGGATGCCACCTAAAAAGCCTTCTGTTGGTCAGAAAAAACCTCTTGAGTCATTAGGTTC 1564 Query 1583 TTCACCTCCACCACCAAGCAAGAAGCAAAAAGTAGCAGGGAATTCTATGGATCAAAGTAT 1642 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1565 TTCACCTCCACCACCAAGCAAGAAGCAAAAAGTAGCAGGGAATTCTATGGATCAAAGTAT 1624 Query 1643 TGAACAGCTCAATGATGTCACTGCAGTCAGTGGTGTTAATCTCAGGGAAGAGGAAGAACA 1702 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1625 TGAACAGCTCAATGATGTCACTGCAGTCAGTGGTGTTAATCTCAGGGAAGAGGAAGAACA 1684 Query 1703 ATTATTTTCTGGGGCCAAGGAAGATGGTCGTGTTTCCGAAGCATCTCGGAGAGTTGTGCA 1762 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1685 ATTATTTTCTGGGGCCAAGGAAGATGGTCGTGTTTCCGAAGCATCTCGGAGAGTTGTGCA 1744 Query 1763 CGAAGAAGAAGAAAGATTAATCTTGCAGAAGAATCCTCTGCAAAGAAAGCTGGCGGAAAT 1822 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1745 CGAAGAAGAAGAAAGATTAATCTTGCAGAAAAATCCTCTGCAGAGAAAGCTGGCGGAAAT 1804 Query 1823 TATGGCTAAAGCCGGGTTAAAGCAGATAAGCAATGATGTCGAACGGTGCTTATCTTTGTG 1882 |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1805 TATGGCGAAAGCTGGTTTAAAGCAGATAAGCAATGATGTCGAACGGTGCTTGTCTTTGTG 1864 Query 1883 TGTGGAGGAAAGGATGCGAGGACTATTATCCCATATAATTCGGTTGTCAAAGCAGCGGGT 1942 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 1865 TGTGGAGGAAAGGATGCGAGGACTATTATCCCATATAATACGGCTGTCAAAGCAGCGGGT 1924 Query 1943 TGATGCTGAGAAATCTAGGCACCGGACTTTTATCACATCAGATATTCGGCTACAAATCAA 2002 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1925 TGATGCTGAGAAATCTAGACACCGGACTTTTATCACATCAGATATTCGGCTACAAATCAA 1984 Query 2003 CGAAATGAATCAGAAGGTGAAGGAAGAATGGGAGAAGAAACAGGCTGAAGCAGAAAAGCT 2062 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1985 CGAAATGAATCAGAAGGTGAAGGAGGAATGGGAGAAGAAACAGGCAGAAGCAGAAAAGCT 2044 Query 2063 TAAGAAACCGAGTGAGAGTGAAGAAGGTGATGGTGGAGTTGACAGTGAGAAGGATAAAGA 2122 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2045 GAAGAAACCGAGTGAGAGTGAAGAAGGTGATGGTGGAGTTGACAGTGAGAAGGAGAAAGA 2104 Query 2123 AGATAATCGTTCAAAGGGTGTGAAGGGAAATAAAGAGGATGACGACAAAATGAGAACGAC 2182 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2105 AGATAATCGTTCAAAGGGTGTGAAGGTAAATAAAGAAGATGACGACAAAATGAGAACGAC 2164 Query 2183 AGCTGCAAATGTTGCTGCTCGTGCTGCTGTCGGAGGAGATGATGCGTTCTTAAAATGGCA 2242 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2165 GGCTGCAAATGTTGCTGCTCGTGCTGCTGTCGGAGGAGATGATGCGTTCTTGAAATGGCA 2224 Query 2243 ATTAATGGCTGAAGCTCGTCAGAAATCTGTATCTGAAGCTGGTAAAGATGGGAATCAGAA 2302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2225 ATTAATGGCTGAAGCTCGTCAGAAATCTGTATCTGAAGCTGGTAAAGATGGGAATCAGAA 2284 Query 2303 AACTACTTCAGGTGGAGGAAAGAACTCCAAAGATAGACAAGATGGTGGACGACGGTTTTC 2362 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2285 AACTACTTCAGGTGGAGGAAAGAACTCCAAAGACAGGCAAGATGGTGGACGAAGGTTTTC 2344 Query 2363 TGGTACTG 2370 ||| |||| Sbjct 2345 TGGAACTG 2352 Score = 276 bits (149), Expect = 7e-73 Identities = 160/165 (97%), Gaps = 2/165 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2457 GGTGGTCGAAGAGTAGGGAAAAACCAAGGTTCGTCGCTTCAACCGAAAGTGGTGAGGACA 2516 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2352 GGTGGTCGAAGAGTAGGGAAAAACCAAGGTTCGTCGCTTCAACCGAAAGTGGTGAGGACA 2411 Query 2517 ATCTCTGTGAAGGATGTGGTTGCGGTCCTCGAAAGAGAGCCACAGATGTCCAAATCCACT 2576 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2412 ATCTCTGTGAAGGATGTGGTTGCGGTCCTTGAAAGAGAGCCGCAGATGTCCAAATCCACT 2471 Query 2577 CTGATGTATCGATTAATTCAATAGAAAGA-AGAATCATTATATTT 2620 || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 2472 CTAATGTATCGATTAATTCAATAGAAA-ACAGAATCATTATATTT 2515 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 103643556645 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5