BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G46580.1
Length=2201
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494320 jgi|Araly1|494320|fgenesh2_kg.8__136__AT5G46580.1 3474 0.0
> Ahg494320 jgi|Araly1|494320|fgenesh2_kg.8__136__AT5G46580.1
Length=2136
Score = 3474 bits (1881), Expect = 0.0
Identities = 2054/2139 (96%), Gaps = 6/2139 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGACTGTTCTTACCACAGCCATTGATGTCTGCTTCAATCCCCAAAATTCAGACACA 60
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGACTGTTCTTACTACAGCCATTGATGTCTGCTTCAATCCCCAAAATTCAGACACA 60
Query 61 AAGAAACACAGTCTATTCTTAAAGCCTTCTCTTTTCAGACAATCTCGTTCCAGAAAGCTT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 61 AAGAAACACAGTCTATTCTTAAAGCCTTCTCTTTTAAGACAATCTCGTACCAGAAAACTC 120
Query 121 AACATTTCTTGCAGTTCCTTGAAACAACCTAAAACCCTAGAAGAAGAACCAATCACCACA 180
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AACATTTCTTGCAGTTCTTTGAAACAACCTAAAACCCTAGAAGAAGAACCAATCACCACA 180
Query 181 AAAACCCCATCTCTCTCTGAGCAACTCAAGCCTCTCTCTGCAACAACACTCAGACAAGAG 240
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAACTCCATCTCTCTCTGAGCAACTCAAGCCTCTCTCTGCAACAACACTCAGACAAGAA 240
Query 241 CAAACTCAAATCTTGTCTAAACCGAAATCTGTCTGGGTCAATCCAACAAGACCCAAAAGG 300
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAAACCCAAATCTTGTCTAAACCGAAATCTGTCTGGGTCAATCCAACAAGACCCAAAAGG 300
Query 301 TCAGTTCTTTCACTTCAGAGACAAAAGCGTTCTGCTTACTCTTACAATCCTCAAATCAAG 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCAGTTCTTTCACTTCAGAGACAAAAACGTTCTGCTTACTCTTACAATCCTCAAATCAAG 360
Query 361 GATCTTAGGGCTTTTGCTCTGAAGCTCAATAGTTCTATTTTCACTGAAAAGTCTGAGTTT 420
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATCTTAGGGCTTTTGCTCAGAAGCTCAACAGTTCTAATTTCACTGAAAAGTCTGAGTTT 420
Query 421 TTATCTCTTCTCGATGAGATTCCTCATCCACCCA-ATAGAGATAACGCATTGCTTGTGCT 479
||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTATCTCTTCTCGATGAAATTCCTCATCCA-CCAGATCGAGATAACGCATTGCTTGTGCT 479
Query 480 AAACAGCTTAAGAGAATGGCAAAAGACTCATACTTTCTTTAATTGGGTTAAATCCAAGAG 539
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAACAGTTTGAGAGAATGGCAAAAGACTCATACTTTCTTTAATTGGGTTAAATCCAAGAA 539
Query 540 TCTGTTTCCTATGGAAACTATATTTTACAATGTTACAATGAAGTCTCTGAGATTTGGGAG 599
| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTTGTTTCCCATGGAAACGATATTTTATAATGTTACAATGAAGTCTCTGAGATTTGGGAG 599
Query 600 GCAATTTCAGCTTATTGAGGAGATGGCACTTGAAATGGTGAAGGATGGTGTTGAGCTTGA 659
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCAGTTTCAGCTTATAGAGGAGATGGCACTTGAAATGGTGAAGGATGGTGTTGAGCTTGA 659
Query 660 TAACATTACTTATTCGACAATCATCACTTGTGCTAAAAGGTGCAATCTTTACAACAAAGC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 660 TAACATTACTTATTCGACAATCATCACTTGTGCGAAAAGGTGCAATCTTTACGACAAAGC 719
Query 720 TATTGAGTGGTTTGAGAGAATGTATAAAAC-AGGTCTGATGCCTGATGAGGTCACTTACT 778
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TATTGAATGGTTTGAGAGAATGTATAAAACGGGGT-TGATGCCTGATGAGGTCACTTACT 778
Query 779 CAGCAATTCTTGATGTTTATTCCAAGTCAGGAAAAGTTGAGGAGGTTCTTAGTTTGTACG 838
| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 779 CTGCAATTCTTGATGTTTATTCCAAGTTAAGAAAAGTTGAGGAGGTTCTTAGTTTGTATG 838
Query 839 AAAGAGCGGTGGCTACGGGTTGGAAACCTGATGCTATAGCGTTCTCTGTGTTGGGGAAAA 898
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 839 AAAGAGCGGTGGCTACGGGTTGGAAACCCGATGCTATAGCGTTTTCTGTGTTGGGGAAAA 898
Query 899 TGTTTGGTGAAGCTGGAGATTATGATGGGATTAGGTATGTTTTGCAAGAGATGAAATCTA 958
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 899 TGTTTGGTGAAGCAGGGGATTATGATGGGATTAGGTATGTTTTGCAAGAGATGAAGTCTA 958
Query 959 TGGATGTGAAGCCTAATGTTGTTGTGTATAATACTTTGTTGGAAGCTATGGGGAGAGCAG 1018
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 959 TGGATGTGAAGCCTAATGTGGTTGTTTATAATACTTTGTTGGAAGCTATGGGGAGAGCTG 1018
Query 1019 GGAAACCGGGTTTGGCGAGGAGTTTGTTTAATGAGATGCTTGAGGCAGGTTTAACTCCAA 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1019 GGAAACCGGGTTTGGCGAGGAGTTTGTTTAATGAGATGCTTGAGGCGGGTTTAACTCCGA 1078
Query 1079 ATGAGAAAACTTTGACAGCTCTTGTAAAGATTTATGGAAAAGCGAGGTGGGCGAGAGATG 1138
||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1079 ATGAGAAAACTTTGACAGCTCTTGTGAAGATTTACGGGAAAGCGAGGTGGGCGAAAGATG 1138
Query 1139 CTCTTCAGTTGTGGGAGGAAATGAAGGCAAAGAAGTGGCCGATGGATTTCATTTTGTACA 1198
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTCTTCAGTTGTGGGAGGAGATGAAGGCGAAGAAGTGGCCGATGGATTTCATTTTGTACA 1198
Query 1199 ATACGTTGTTGAATATGTGTGCTGATATTGGATTGGAGGAAGAAGCAGAGAGGCTGTTTA 1258
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1199 ACACGTTGTTGAATATGTGTGCTGATATTGGATTGGAGGAAGAAGCGGAGAGGCTGTTTA 1258
Query 1259 ATGATATGAAGGAGTCTGTGCAATGTAGACCTGATAATTTTAGTTACACAGCAATGCTGA 1318
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1259 ATGATATGAAGGAGTCTGTGCAATGTAAACCTGATAATTTTAGTTACACAGCGATGCTGA 1318
Query 1319 ATATATATGGGAGTGGTGGAAAAGCCGAAAAGGCGATGGAGTTGTTTGAAGAGATGTTGA 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |
Sbjct 1319 ATATATATGGGAGTGGTGGAAAAGCCGAAAAGGCGATGAAATTGTTTGAAGAGATGTT-A 1377
Query 1379 -AAGCTGGGGTTCAGGTTAATGTAATGGGATGCACTTGTTTAGTACAATGCTTAGGGAAA 1437
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1378 GAAGCTGGGGTTCAGGTTAATGTGATGGGGTGCACTTGTTTGGTTCAATGCTTAGGGAAA 1437
Query 1438 GCTAAAAGGATTGATGATGTGGTTTATGTGTTTGATCTCTCGATTAAAAGGGGAGTTAAG 1497
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1438 GCTAAAAGGATCGATGATTTGGTTTATGTGTTTGATCTCTCGATTCAAAGGGGAGTTAAG 1497
Query 1498 CCTGACGATAGGCTCTGTGGGTGTCTGCTTTCAGTTATGGCCTTGTGTGAGAGTAGTGAA 1557
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CCCGACGATAGGCTCTGTGGGTGTCTGCTTTCGGTTATGGCCTTGTGTGAGAGTAGTGAA 1557
Query 1558 GATGCTGAAAAGGTTATGGCTTGTTTGGAGCGAGCTAATAAGAAGTTGGTGACATTTGTG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1558 GATGCTGAAAAGGTTATGGCTTGTTTGGAGCGAGCTAATCGGAAGCTGGTGACATTTGTG 1617
Query 1618 AATCTGATTGTAGATGAGAAAACCGAATATGAGACTGTAAAAGAAGAGTTCAAGTTAGTG 1677
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AATCTGATTGTAGATGAGAAAACCGAATTTGAGACCGTAAAAGAAGAGTTCAAGTTAGTG 1677
Query 1678 ATCAATGCAACCCAAGTAGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACTGTTTGATAGATATATGC 1737
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1678 ATCAACGCAACCCAAGTAGAGGCAAGAAGGCCCTTCTGCAACTGCTTGATAGATATATGC 1737
Query 1738 AGAGGCAACAACCGGCATGAGAGAGCTCATGAGCTTCTCTACTTAGGAACACTTTTTGGT 1797
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AGAGGCAAGAAGCGGCATGAGAGAGCTCATGAGCTTCTCTATTTAGGAACACTTTTTGGT 1797
Query 1798 CTATACCCGGGACTACACAACAAGACCATAAAAGAATGGAGCCTAGATGTGAGGTCATTA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1798 CTATACCCGGGACTACACAACAAGACCATAAAAGAATGGAGCCTAGACGTGAGGTCATTA 1857
Query 1858 TCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTCGAAGAGTGGATGAGAACACTTGCCAACATCATT 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TCAGTTGGTGCAGCTGAGACCGCTCTCGAAGAGTGGATGAGAACACTTGCCAACATCATT 1917
Query 1918 AAACGCCAAGAGGAACTTCCTGAGCTGTTTTTGGCGCAAACTGGGACAGGAACTCACAGA 1977
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 AAACGCCAAGAGGATCTTCCCGAGCTGTTTTTGGCGCAAACTGGGACAGGAACTCACAGA 1977
Query 1978 TTCTCACAGGGATTAGCAAACTCTTTCGCCTTGCATTTGCAACAACTCTCTGCACCATTT 2037
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TTCTCTCAGGGATTAGCAAACTCTTTCGCCTTGCATTTGCAACAACTCTCTGCACCATTC 2037
Query 2038 AGACAGAGCGATAGGCCAGGTATCTTTGTGGCTACAAAGGAGGATTTGGTGTCATGGTTG 2097
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AGACAGAGCGATAGGGCAGGTATCTTTGTGGCTACAAAGGAGGATTTGGTGTCATGGTTG 2097
Query 2098 GAATCAAAGTTTCCACCTTTAGTTACTTCTCAAGCATGA 2136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GAATCAAAGTTTCCACCTTTAGTTACTTCTCAAGCATGA 2136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82846282875
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5