BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G47820.1
Length=3288
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494823 jgi|Araly1|494823|fgenesh2_kg.8__639__AT5G47820.2 5131 0.0
> Ahg494823 jgi|Araly1|494823|fgenesh2_kg.8__639__AT5G47820.2
Length=3590
Score = 5131 bits (2778), Expect = 0.0
Identities = 3076/3222 (95%), Gaps = 12/3222 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TCTTCCAATGGAATCTACGCCGCCACCGGATGATTGTTCCGTTAAGGTTGCTGTTCACAT 75
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCCAATGGAATCTACTCCGCCGCCGGATGATTGTTCCGTTAAGGTTGCTGTTCACAT 60
Query 76 CAGACCACTCATCGGCGACGAAAGGATTCAAGGTTGTCAAGATTGTGTCACTGTCGTTAC 135
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 CAGACCACTCATCGGCGACGAAAGGATCCAAGGTTGTCAAGATTGTGTCACTGTCATTAC 120
Query 136 CGGTAAACCACAGGTACAAATTGGATCACATTCTTTTACATTTGATCATGTATATGGGAG 195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 CGGTAAACCACAGGTACAAATTGGATCACATTCTTTTACATTTGATCATGTATATGGTAG 180
Query 196 CTCTGGTTCTCCATCTACTGAAATGTATGAAGAATGTGCTGCCCCTCTTGTTGATGGTTT 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 181 CTCTGGTTCTCCATCTACTGAAATGTATGAAGAATGTGCTGCCCCGCTCGTTGACGGTTT 240
Query 256 ATTTCAAGGCTACAATGCTACCGTTCTTGCTTATGGACAAACGGGTTCCGGTAAAACATA 315
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 241 ATTTCAAGGCTACAATGCTACGGTTCTTGCTTATGGACAGACGGGCTCGGGTAAAACATA 300
Query 316 TACAATGGGTACTGGCTGCGGAGACAGCAGCCAGACTGGTATCATCCCTCAAGTTATGAA 375
||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TACAATGGGTACTGGCTGCGGAGACAGCAGCCAAACCGGAATCATCCCTCAAGTTATGAA 360
Query 376 CGCTCTTTTCACCAAGATAGAGACTTTGAAGCAGCAGATTGAGTTTCAGATTCATGTTTC 435
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGCTCTTTTCAGCAAGATAGAGACTTTGAAGCAGCAGATTGAGTTTCAGATTCATGTTTC 420
Query 436 TTTTATTGAGATTCATAAAGAAGAGGTTCAAGATTTGCTGGATCCTTGTACTGTTAATAA 495
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 421 TTTTATCGAGATTCATAAAGAAGAGGTTCAAGATTTGCTGGATCCTTGCACTGTTAATAA 480
Query 496 ATCAGACACTAATAACACTGGACATGTTGGTAAGGTAGCACATGTCCCTGGGAAGCCACC 555
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATCAGACACTACTAACACTGGACATGTTGGCAAGGTAGCACATGTCCCTGGGAAGCCACC 540
Query 556 GATACAGATTCGAGAAACATCCAACGGTGTTATCACACTAGCTGGATCCACAGAAGTAAG 615
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 541 AATACAGATCCGAGAAACATCCAACGGTGTTATCACACTAGCAGGATCCACAGAAGTAAG 600
Query 616 TGTTAGTACGTTGAAAGAGATGGCTGCTTGCCTTGACCAAGGTTCGGTTAGCAGGGCTAC 675
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 601 TGTCAGTACGTTGAAAGAGATGGCTGCTTGCCTTGATCAAGGGTCGGTCAGCAGGGCTAC 660
Query 676 TGGTAGTACTAACATGAACAATCAGTCCAGTCGTTCACATGCCATTTTCACTATCACCGT 735
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CGGTAGTACTAACATGAACAATCAGTCCAGTCGTTCACATGCCATTTTCACTATCACCGT 720
Query 736 GGAGCAAATGCGCAAAATTAATACGGATTCTCCTGAAAACGGTGCTTACAATGGGAGCTT 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGAGCAAATGCGCAAAATTAATACGGATTCTCCTGAAAACGGTGCTTACAATGGGAGCTT 780
Query 796 GAAAGAAGAATATTTGTGTGCCAAGTTGCACTTAGTAGATCTTGCTGGTTCAGAACGAGC 855
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAAAGAAGAATATTTGTGTGCCAAGTTGCACCTAGTAGACCTTGCTGGTTCAGAACGAGC 840
Query 856 CAAAA-GAACTGGTTCAGACGGTTTGAGATTTAAGGAAGGAGTTCACATCAACAAAGGCC 914
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 841 -AAAACGAACTGGTTCTGACGGTTTGAGATTTAAGGAAGGTGTTCACATCAACAAAGGCC 899
Query 915 TCCTTGCGCTTGGTAATGTTATCAGTGCGCTCGGTGATGAGAAAAAGCGTAAAGATGGTG 974
||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCCTTGCACTTGGTAATGTCATCAGCGCGCTCGGAGATGAGAAAAAGCGTAAAGATGGTG 959
Query 975 CCCATGTTCCCTACAGAGACAGTAAACTTACACGGCTTTTGCAGGATTCCCTTGGTGGTA 1034
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 960 CCCATGTTCCTTACAGAGACAGTAAACTTACACGGCTTTTGCAGGATTCCCTTGGGGGTA 1019
Query 1035 ACAGCAGAACTGTGATGATAGCTTGCATTAGTCCTGCAGATATTAACGCGGAGGAGACAC 1094
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1020 ACAGCAGAACTGTGATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCAGATATTAATGCGGAGGAAACAC 1079
Query 1095 TTAACACTTTGAAATATGCAAACCGTGCTCGAAACATCCGAAATAAACCTGTTGTTAATA 1154
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTAATACTTTGAAATATGCAAACCGTGCTCGAAACATCCGGAATAAACCTGTTGTTAATA 1139
Query 1155 GAGATCCTGTGTCTAGTGAGATGCTAAAAATGCGTCAACAGGTAGAATACTTGCAGGCAG 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GAGATCCTGTGTCTAGTGAGATGCTAAAAATGCGTCAACAGGTAGAATACTTGCAGGCAG 1199
Query 1215 AACTCTCCTTACGGACCGGAGGATCCTCATGTGCAGAAGTACAGGCTCTTAAAGAAAGGA 1274
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 AGCTCTCCTTACGGACCGGAGGATCCTCATGTGCAGAAGTCCAGGTTCTTAAAGAAAGGA 1259
Query 1275 TTGTTTGGCTTGAAACTGCTAATGAAGAACTTTGCCGCGAACTTCATGAGTACCGTAGCA 1334
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTGCTTGGCTTGAAACTGCTAATGAAGATCTTTGCCGGGAACTTCATGAGTACCGTAGCA 1319
Query 1335 GATGTCCTGGTGTAGAGCATTCTGAAAAAGACTTTAAAGACATAAGAGCTG-A--TGATA 1391
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||
Sbjct 1320 GATGTCCTGGTGTAGAGCATTTTGAGAAAGACTTTAAAGACATACGAGCTGTAGATGATA 1379
Query 1392 TTGTTGGTTCTGTCAGACCCGATGGGCTGAAAAGGAGCTTGCACAGTATAGAGTCCTCTA 1451
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TTGTTGGTTCTATCAGACCCGATGGGCTGAAAAGAAGCTTGCACAGTATAGAGTCCTCTA 1439
Query 1452 ATTACCCCATGGTTGAAGCCACAACAGGTGATTCAAGGGAAATTGATGAAGAAGCAAAGG 1511
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 1440 ATTACCCCATAGTTGAAGCCACAACAGGTGATTCAAGGGAAATAGACGAAGAGGCAAAGG 1499
Query 1512 AATGGGAGCATAAGCTCTTGCAAAATAGTATGGACAAAGAGTTGTATGAACTGAACCGCC 1571
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1500 AGTGGGAGCATAAGCTCTTGCAAAATAGTATGGACAAAGAGTTGCATGAGCTGAACCGCC 1559
Query 1572 GTCTAGAGGAAAAAGAGTCTGAAATGAAGCTGTTTGACGGCTATGATCCGGCTGCGTTAA 1631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1560 GTCTAGAGGAAAAAGAGTCTGAAATGAAGCTGTTTGACGGCTATGATCCGGCTGCCTTAA 1619
Query 1632 AGCAGCATTTTGGAAAGAAAATTGCAGAGGTGGAGGATGAAAAGAGATCAGTTCAGGAAG 1691
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1620 AGCAACATTTTGGAAGGAAAATTGCAGAGGTGGAGGATGAAAAGAGATCCGTTCAGGAAG 1679
Query 1692 AAAGAAACCGTTTGTTGGCTGAAATTGAGAACCTTGCTTCTGATGGTCAAGCACAGAAGT 1751
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 AGAGAAACCGTTTGTTGGCTGAAATTGAGAACCTTGCTTCTGATGGTCAAGCACAGAAGT 1739
Query 1752 TGCAAGATGTTCATGCTCAGAACTTAAAAGCGCTTGAAGCACAGATTCTAGACCTTAAGA 1811
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TGCAAGATGTGCATGCTCAGAATTTAAAAGCGCTTGAAGCACAGATTCTAGACCTTAAGA 1799
Query 1812 AAAAGCAAGAGAGCCAAGTTCAGCTACTGAAACAGAAACAAAAGAGTGATGACGCGGCTC 1871
|||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1800 AAAAGCAAGAGAGCCAGGTTCAACTACTGAAGCAGAAACAAAAGAGTGATGATGCGGCTC 1859
Query 1872 GGAGGTTACAAGATGAAATCCAATCCATCAAGGCACAAAAGGTTCAACTGCAGCACAGAA 1931
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1860 GGAGGTTACAGGATGAAATCCAATCTATCAAGGCACAAAAGGTTCAGCTACAGCACAGAA 1919
Query 1932 TGAAACAAGAAGCAGAACAGTTTCGACAGTGGAAAGCCTCCCGAGAGAAGGAACTTTTGC 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGAAACAAGAAGCAGAACAGTTTCGACAGTGGAAAGCCTCCCGGGAGAAGGAACTTTTGC 1979
Query 1992 AGTTACGGAAAGAAGGGAGAAAGAGCGAGTATGAAAGGCATAAGCTGCAAGCTTTAAATC 2051
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AGTTACGGAAAGAAGGGAGAAAGAGTGAGTATGAAAGGCATAAGCTGCAAGCTTTAAATC 2039
Query 2052 AGCGCCAGAAAATGGTTCTTCAGAGGAAGACAGAAGAGGCTGCAATGGCTACCAAAAGGT 2111
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2040 AGCGCCAGAAAATGGTTCTTCAGAGGAAGACAGAAGAGGCTGCAATGGCTACTAAAAGGT 2099
Query 2112 TGAAAGAGTTGTTAGAAGCTCGAAAATCATCTCCTCGTGAACACTCAGCTGGTACAAATG 2171
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2100 TGAAAGAGTTGTTAGAAGCTCGGAAATCTTCTCCTCGTGAACAGTCAGCTGGTACAAATG 2159
Query 2172 GCTTTGGAACAAATGGTCAGACAAATGAGAAGTCATTGCAGCGTTGGCTTGATCATGAGT 2231
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2160 GCTTTGGAACAAATGGTCAGACCAATGAGAAGTCGCTGCAGCGTTGGCTTGATCATGAAT 2219
Query 2232 TGGAAGTCATGGTAAATGTGCATGAAGTACGTCATGAGTATGAGAAACAAAGCCACGTAC 2291
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TGGAAGTCATGGTGAATGTGCATGAAGTACGTCATGAGTACGAGAAACAAAGCCACGTAC 2279
Query 2292 GAGCTGCACTGGCGGAAGAGTTGGCTGTTTTAAGACAAGTAGATGAGTTTGCAGTGAAAG 2351
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2280 GAGCTGCGTTGGCAGAAGAGTTGGCTGTTTTAAGACAAGTAGATGAGTTTGTAGTGAAAG 2339
Query 2352 GATTAAGTCCTCCAAGAGGAAAGAATGGCTTTGCTAGGGCTTCATCGTTGTCACCTAATG 2411
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2340 GATTAAGTCCTCCAAGAGGAAAGAATGGCTTTGCTAGGGCTTCATCATTGTCACCTAATG 2399
Query 2412 CAAGGATGGCCCGTATATCTTCACTTGAGAACATGCTCGTTATATCTTCTAATTCTTTAG 2471
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||
Sbjct 2400 CAAGGATGGCCCGAATATCTTCACTTGAGAACATGCTTGGTATATCTTCTAATTCTCTAG 2459
Query 2472 TAGCGATGGCATCACAACTTTCTGAGGCAGAAGAACGGGAGCGTGCTTTTACAAACCGTG 2531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2460 TAGCGATGGCATCACAACTTTCTGAGGCAGAAGAACGGGAGCGTGCCTTTACAAACCGTG 2519
Query 2532 GTCGCTGGAACCAGCTACGATCAATGGGAGAGGCAAAGAATTTGCTTCAGTATATGTTCA 2591
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 GCCGCTGGAACCAGCTACGATCAATGGGAGAGGCAAAGAATTTGCTTCAGTATATGTTCA 2579
Query 2592 ACTCTCTTGCAGAAACAAGGTGTCAATTATGGGAGAAGGATGTAGAGATAAAAGAAATGA 2651
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2580 ACTCTCTTGCAGAAACAAGGTGCCAATTATGGGAGAAAGATGTAGAAATAAAAGAAATGA 2639
Query 2652 AAGATCAGTTCAAAGAAATTGTTGGTCTTCTGAGGCAGAGTGAGTTGAGAAGGAAAGAAG 2711
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AAGATCAGTTCAAAGAGATTGTTGGCCTTCTGAGGCAGAGTGAGTTGAGAAGGAAAGAAG 2699
Query 2712 CAGAAAAGGAATTAAAATTGAGGGAGCAAGCAATTGCAACTTCATTAGGTACGCCGCCGA 2771
|||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||
Sbjct 2700 CAGAGAAGGAGTTAAAATTGAGGGAGCAAGCAGTTGCAACTTCACTAGGAACCCCACCGA 2759
Query 2772 GTTCAGTGAAACATGTAGCTGAAGACTTGAGCACACCTTCTCCAATGACCGTGCCAGCAC 2831
|||||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 GTTCAGTGAAACATTTAGCTGAAGACCCGA-CAC-C-TTCTCCAATGACCGTGCCAGCAC 2816
Query 2832 AGAAACAGCTCAAATTTACGCCAGGGATTGCTAACGGAAAAGTGAGAGGACCGGCTGCAT 2891
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2817 AGAAACAGCTCAAGTTTACCCCAGGGATTGCTAACGGAAAAGTGAGAGGATCGGCTGCAT 2876
Query 2892 TTCTTGATACAAACAAGAAGATGGTACCGATGGGACAAGTATCGATGAGAAAACTATCAG 2951
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TTCTTGATACCAACAAGAAGATGGTACCGATGGGACAAGTATCGATGAGAAAACTATCAG 2936
Query 2952 CCGTAGGAAAACAGGGTGGGAGACTTTGGAGGTGGAAGAGAAGTCATCACCAGTGGATTG 3011
| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2937 CTGTAGGCAAACAAGGTGGGAAACTTTGGAGGTGGAAGAGAAGTCATCACCAGTGGATCG 2996
Query 3012 TTCAATTCAAATGGAAATGGCAAAAGCCATGGAGACTCTCTGAGTGGATTAGG-ACAAGT 3070
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2997 TTCAATTCAAATGGAAGTGGCAAAAGCCATGGAGACTCTCTGAGTGGATTAGGCACA-GT 3055
Query 3071 GACGAAACACTCCTCAAGTCAAAACCCCGACTTAAGGCTCTACCTAATAAGATCATGTAA 3130
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 3056 GACGAAACACTCCTCAAGGCTAAACCCCGACTTAAGGCTCTGCCTAATAAGATCATGTGA 3115
Query 3131 TCAAG-TTGCTTGCCGTTTTCTGAGAGAATCTTTTAGTTTTCAAGCTCTCTCTGCCTGTG 3189
| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 3116 TTAAGGTT-CTTACCGTTTTCTGAGAGAATCTTTTAGTGTTCAAGCTCTCTCTGCCTCTG 3174
Query 3190 AGTATGAGACTTTTATGGAAAGGATCATACAAGTGGGTGCAG 3231
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3175 AGTATGAGACTTTTATGGAAAGGATCATACAAATGGGTACAG 3216
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124105745553
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5