BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G48150.1 Length=1896 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg949213 jgi|Araly1|949213|scaffold_801100.1 2346 0.0 > Ahg949213 jgi|Araly1|949213|scaffold_801100.1 Length=1513 Score = 2346 bits (1270), Expect = 0.0 Identities = 1432/1513 (95%), Gaps = 0/1513 (0%) Strand=Plus/Plus Query 162 GATCATTGAAGTGACTAGAAATGTACAAGCAGCCTAGACAAGAGCTTGAGGCTTATTATT 221 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1 GATCATTGAAGTGACTAGAAATGTACAAGCAGCCTAGACAAGAGCTTGAGGCTTATTCTT 60 Query 222 TTGAGCCTAACTCTGTTGAGAAGCTTAGGTACTTACCGGTTAACAACTCTCGTAAACGGT 281 |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| Sbjct 61 TTGAGCATAACTCTGCTGGGAAGCTTATGTACTTACCGGTTCATAACTCGCGTAAACGGT 120 Query 282 TTTGTACGCTCGAGCCATTTCCTGACTCTCCTCCTTATAATGCTCTATCTACTGCTACAT 341 |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 121 TTTGTACGCTGGAGCCATCTCCTGACTCTCCTGCTTATAATGCTCTGTCTACTGCTACAT 180 Query 342 ATGATGATACATGTGGCTCTTGTGTAACGGATGAGTTGAATGACTTCAAACACAAGATTA 401 |||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ATGAGGATACATGTGGCTCTTGTGTGACTGATGATTTGAATGACTTCAAACACAAGATTA 240 Query 402 GGGAAATCGAAACGGTGATGATGGGGCCGGACTCGTTGGACTTACTTGTCGATTGCACGG 461 ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| | Sbjct 241 GGGAAATAGAGACTGTGATGATGGGGCCTGACTCGTTGGACTTAGTCGTCGATTGCACCG 300 Query 462 ACTCATTTGATTCCACGGCGAGTCAAGAGATTAATGGTTGGAGATCAACTCTAGAGGCTA 521 | || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 301 ATTCCTTTGATTCCACGGCGTGTCAAGAGATTAATAGTTGGAGATCAACTCTTGAGGCTA 360 Query 522 TCTCGAGGCGGGATTTAAGAGCTGATCTTGTTTCATGTGCCAAAGCTATGTCGGAAAATG 581 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 361 TCTCGAGGCGGGATTTAAGAGCTGATCTTGTTTCATGTGCGAAAGCTATGTCGGAAAATG 420 Query 582 ATCTTATGATGGCTCATTCAATGATGGAGAAGTTGCGGCAGATGGTTTCGGTTTCTGGTG 641 ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 421 ATCTTATGATGGCTCATTCGATGATGGAGAAGTTACGGCAGATGGTATCGGTTTCTGGTG 480 Query 642 AGCCTATTCAACGGTTGGGAGCTTACTTATTGGAAGGTCTAGTGGCGCAGCTAGCTTCGT 701 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 481 AGCCTATCCAACGGTTGGGAGCTTACTTATTGGAAGGTCTAGTGGCGCAGTTAGCTTCAT 540 Query 702 CGGGCAGTTCTATATACAAAGCACTTAATAGGTGTCCTGAACCGGCTAGCACAGAGCTTC 761 |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 541 CGGGTAGTTCCATATACAAAGCACTTAATAAGTGCCCTGAACCGGCTAGCACCGAGCTTC 600 Query 762 TCTCTTACATGCACATTCTCTATGAGGTTTGTCCTTACTTCAAGTTTGGATACATGTCAG 821 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 601 TCTCTTACATGCACATTCTCTATGAGGTCTGTCCTTACTTCAAGTTCGGATACATGTCAG 660 Query 822 CAAATGGTGCTATTGCTGAGGCAATGAAGGAAGAAAACAGAGTTCACATTATTGATTTCC 881 ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 661 CAAATGGTGCTATTGCTGAAGCCATGAAAGAAGAAAACAGAGTTCACATTATCGATTTCC 720 Query 882 AAATCGGTCAAGGGAGTCAATGGGTCACTCTTATCCAGGCTTTTGCAGCTAGGCCTGGTG 941 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 AAATCGGTCAAGGGAGTCAATGGGTCACTCTTATCCAGGCTTTTGCAGCTAGGCCTGGTG 780 Query 942 GGCCTCCGCGGATTCGGATAACGGGTATCGATGATATGACTTCAGCGTATGCTCGTGGAG 1001 |||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 GGCCGCCTCGGATTCGAATAACGGGTATTGACGATATGACTTCAGCGTATGCTCGTGGAG 840 Query 1002 GTGGCCTAAGCATTGTTGGAAATAGACTCGCTAAGCTTGCTAAGCAGTTCAACGTTCCAT 1061 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 841 GTGGCCTAAGCATTGTTGGAAACAGACTCGCTAAGCTTGCTAAGCAGTTTAACGTTCCAT 900 Query 1062 TCGAGTTTAACTCGGTATCGGTGTCAGTTTCCGAGGTTAAACCTAAAAACCTCGGGGTTC 1121 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 901 TCGAGTTTAACTCGGTATCAGTGTCAGTGTCCGAGGTTAAACCTAAGAACCTCGGGGTTC 960 Query 1122 GACCTGGGGAAGCTCTAGCCGTAAACTTTGCCTTTGTGCTTCATCATATGCCAGACGAAA 1181 |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GACCAGGGGAAGCTCTAGCCGTCAACTTTGCCTTTGTGCTTCATCATATGCCAGACGAAA 1020 Query 1182 GCGTGAGCACCGAGAATCACCGCGACCGGTTATTGAGAATGGTGAAGAGCTTATCTCCCA 1241 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 GCGTGAGCACCGAGAATCACCGCGACCGGTTACTGAGAATGGTGAAGAGCTTATCTCCCA 1080 Query 1242 AGGTGGTGACTCTTGTGGAACAAGAGTCAAACACAAACACAGCCGCTTTCTTCCCGAGGT 1301 ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 1081 AGGTGGTGACTCTGGTTGAGCAAGAATCAAACACAAACACGGCGGCTTTCTTCCCGAGGT 1140 Query 1302 TCATGGAGACAATGAACTACTATGCCGCGATGTTTGAGTCAATTGATGTGACTCTACCAA 1361 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1141 TCATGGAAACAATGAACTACTATGCCGCGATGTTTGAGTCAATTGATGTGACTCTCCCAA 1200 Query 1362 GAGATCACAAACAGAGGATTAATGTGGAGCAACATTGTCTAGCAAGAGATGTCGTGAACA 1421 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1201 GAGATCACAAACAGAGGATTAATGTAGAGCAGCATTGTCTAGCCAGAGACGTCGTGAACA 1260 Query 1422 TCATCGCATGTGAAGGAGCTGATCGGGTGGAGCGACACGAGCTCCTAGGAAAATGGAGGT 1481 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1261 TCATCGCATGTGAAGGAGCTGATCGTGTGGAGCGACACGAGCTTCTAGGGAAATGGAGGT 1320 Query 1482 CACGGTTTGGGATGGCGGGTTTCACTCCTTACCCGTTGAGTCCCTTGGTGAATTCAACCA 1541 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1321 CACGGTTTGGGATGGCTGGTTTCACTCCTTACCCGTTGAGCCCCTTGGTGAATTCAACCA 1380 Query 1542 TTAAAAGTCTGCTTAGGAACTACTCAGACAAGTACAGGCTAGAAGAAAGAGATGGAGCTT 1601 |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 TTAAAAGTCTACTGAGGAACTACTCGGACAAGTACAGGCTAGAAGAAAGAGATGGAGCTT 1440 Query 1602 TGTATCTTGGTTGGATGCATCGAGATTTGGTTGCCTCGTGTGCTTGGAAATGAGACAGTG 1661 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1441 TGTATCTTGGTTGGATGCATCGAGATTTGGTCGCCTCGTGTGCGTGGAAATGAGACAGTG 1500 Query 1662 ACATTTCTCTAGT 1674 ||||||||||||| Sbjct 1501 ACATTTCTCTAGT 1513 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 71228758150 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5