BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49740.1
Length=2553
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949485 jgi|Araly1|949485|scaffold_801372.1 3417 0.0
Ahg949484 jgi|Araly1|949484|scaffold_801371.1 3186 0.0
> Ahg949485 jgi|Araly1|949485|scaffold_801372.1
Length=2266
Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0
Identities = 2093/2213 (95%), Gaps = 6/2213 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 tcatcatcatcatcatcatcTGTGGTGGTTTCATCTTTGAAATGGATATTGAAAGTTGTA 216
||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 TCACCACCATCATCATCATCAGTGTTGGTTTCATCTTTGAAATGGATATTGAAAGTTGTA 116
Query 217 ATGTCTGTGATTTTTGTGACTTGGGTTGTGTTCCTTATGATGTATCCTGGATCACTCGGT 276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 117 ATGTCTGTGATTTTTGTGACTTGGGTTGTGTTCCTTATGATGTACCCTGGATCACTCGGT 176
Query 277 GATCAAATCCTCACAAACTGGAGAGCAATCTCCTCCAACACTCTCTTTGGCCTCACAGGA 336
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 177 GATCAAGTCCTCACAAACTGGAGAGAAATCTCCTCCAACACTCTCTTTGGCATCACAGGA 236
Query 337 AGCATGTTCTTAATTTTCAGTGGTCCGATTCTTGTCATCGCCATCTTGGCTTCTCTCTAT 396
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 237 AGCATTTTCTTGATTTTCAGTGGTCCGATTCTTGTCATCGCCGTCTTAGCTTCTCTCTAT 296
Query 397 CTGATAATCTCAGGGGAAGAGACGGTTTTCACTAAGAAGAAGATAACGAAATTCCCGAGG 456
||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 297 CTGATCATATCAGGGGAAGAGAAGGTTTTCACTAAGAAGAAGATATCGAAGTTCCCGAGG 356
Query 457 TTTAGGCTATGGACATTTCCTGTTCTTGTGGATGGACCATTTGGAGTTGTTTCTGCAGCT 516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 TTTAGGCTATGGACATTTCCTGTTCTTGTGGATGGACCATTTGGAGTTGTTTCTGCAGCT 416
Query 517 GAGTTTCTTGGAATTATGGTCTTCTCTGtttttttCCTTTGGGCTATCTATGCTTATACC 576
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 GAGTTTCTTGGGATTATGATCTTCTCTGTTTTTTTCCTTTGGGCTATCTATGCTTATACC 476
Query 577 TTGAGGAATCTCAACGTTCTTGACTACTTCCACGTGCTTCCCAATAACAGAAGTATTTTT 636
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 477 TTGAGGAATCTCAATGTTCTTGAATACTTCCACGTGCTTCCTAAGAACAGAAGTATTTTT 536
Query 637 CTGTTGGAGTTAACGGGTCTGCGTTTTGGGATGATTGGATTGTTGTGTATGGTGTTTTTG 696
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 CTGTTGGAGTTAACCGGTCTGCGTTTTGGGATGATTGGATTGTTGTGTATGGTGTTTTTG 596
Query 697 TTTCTTCCAATCTCGAGAGGCTCTATTCTTCTCCGGCTTATTGATATCCCTTTCGAGCAT 756
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 597 TTTCTTCCAATCTCGAGAGGCTCCATTCTTCTCCGGCTTATCGATATCCCTTTCGAACAT 656
Query 757 GCTACAAGATACCATGTTTGGCTTGGTCATATCACCATGACTTTCTTCTCTTTACATGGC 816
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 657 GCTACAAGATATCATGTTTGGCTTGGTCATATCACCATGGCTTTCTTCTCCTTACATGGC 716
Query 817 CTCTGTTATGTTGTTGGATGGACCATTCAAGGTCAACTTTTAGAGCTTTTATTTGAATGG 876
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 717 CTCTGTTATGTTGTTGGATGGGCTATTCAAGGTCAACTTTTAGAGCTCTTATTTGAATGG 776
Query 877 AAAGCTACTGGAATCGCTGTTTTACCCGGAGTTATCAGTCTAGTGGCTGGTTTACTCATG 936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AAAGCTACTGGAATCGCTGTTTTACCCGGAGTTATCAGTCTAGTGGCTGGTTTACTCATG 836
Query 937 TGGGTCACATCGCTTCACACCGTGAGAAAGAATTACTTTGAGCTCTTCTTCTACACACAT 996
|||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TGGGTCACGTCCCTTCACACCGTGAGAAAGTTTTACTTTGAGCTCTTCTTCTACACACAT 896
Query 997 CAACTATACATTGTCTTTGTCGTCTTCTTGGCACTTCATGTTGGTGACTACTTATTCAGT 1056
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 897 CAACTATACATCGTCTTTGTTGTGTTCTTGGCACTTCATGTTGGTGACTACTTGTTCAGT 956
Query 1057 ATAGTTGCTGGAGGAATCTTTCTCTTCATTCTAGACCGCTTCTTGAGGTTCTACCAATCA 1116
||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 957 ATAGTTGCTGGAGGAATATTCCTTTTCATTCTCGACCGCTTCTTGAGGTTCTGCCAATCC 1016
Query 1117 AGAAGGACTGTTGATGTTATCTCTGCAAAGAGTTTACCTTGTGGAACTCTTGAACTTGTC 1176
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1017 AGAAGGACTGTTGATGTAATCTCTGCAAAGAGTTTACCCTGTGGAACTCTGGAACTAGTC 1076
Query 1177 CTTTCAAAACCACCAAATATGCGATACAACGCGCTTAGCTTTATCTTTCTTCAAGTGAAG 1236
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1077 CTTTCAAAACCACCAAATATGCGATACAATGCTCTTAGCTTTATCTTTCTTCAAGTGAGG 1136
Query 1237 GAACTGTCTTGGTTACAGTGGCATCCTTTCAGTGTTTCATCAAGTCCTCTAGATGGGAAC 1296
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GAACTATCTTGGTTACAATGGCATCCTTTCAGTGTTTCATCAAGTCCTCTAGATGGGAAC 1196
Query 1297 CATCATGTTGCGGTTCTTATAAAAGTTCTTGGTGGATGGACTGCAAAGCTTAGGGATCAA 1356
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1197 CATCATGTTGCGGTTCTCATAAAAGTTCTTGGTGGATGGACCGCAAAGCTTAGAGACCAG 1256
Query 1357 TTGTCAACTCTATATGAGGCAGAAAATCAAGACCAGCTTATTTCTCCTGAGTCATATCCC 1416
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1257 TTGTCAAATCTATATGAGGCAGAGAATCAAGACCAGCTTATTTCTCCTGATTCATATCCC 1316
Query 1417 AAAATCACAACTTGTGTGGA-GGGACCTTATGGCCATGAATCTCCATACCACTTAGCGTA 1475
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAAATCACAACTTGTGTGGAAGGG-CCTTATGGCCATGAATCTCCATACCACTTAGCGTA 1375
Query 1476 TGAGAACCTGGTATTAGTAGCAGGAGGAATCGGGATTACGCCtttttttGCCATCTTAAG 1535
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1376 CGAGAACCTGGTTTTAGTAGCAGGAGGAATCGGTATTACACCTTTTTTCGCCATCTTAAG 1435
Query 1536 CGATATCCTACACCGTAAAAGAGATGGGAAAGATTGTTTACCTGGTAAGGTTTTAGTTGT 1595
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGATATCCTACACCGTAAAAGAGATGGGAAAGCTTGTTTACCTAGTAAGGTTTTAGTTGT 1495
Query 1596 ATGGGCCATTAAAAACTCAGACGAGCTCTCTCTGCTCTCAGCAATTGACATACCTTCCAT 1655
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1496 ATGGGCCATTAAAAACTCAGACGAGCTCTCTCTACTCTCAGCAATCGACATACCTTCCAT 1555
Query 1656 TTGCCATTTCTTCTCTAAGAAACTAAACCTTGAGATTCACATATATGTCACTCGACAATC 1715
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TTGCCCTTTCTTCTCTAAGAAACTAAGCCTTGAGATTCACGTATATGTCACTCGACAATC 1615
Query 1716 CGAGCCTTGCTTGGAAGATGGGATGGTTCACAAGGTGGTGCATCCTTCTGTCAAAACACC 1775
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1616 CGAGCCTCGCTTGGAAGATGGGATGGTTCACAAGGTTGTGCATCCTTCTGTCAAACCACC 1675
Query 1776 ATGGACCAACGGATGTTCCATGTCGGTTTTAGTTGGTACAGGGGATAACATATGGTCTGG 1835
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ACGGACCAACGGATGTTCCATGTCGGTACTAGTTGGTACAGGGGATAACATATGGTCTGG 1735
Query 1836 ACTCTATCTAATTATCTCCACCATTGGGTTTATTGCAATGATCACATTGGTGGACATCTT 1895
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1736 ACTCTATCTAATTGTCTCCACCATTGGGTTTATTGCAATGATCACATTTTTGGACGTCTT 1795
Query 1896 TTACATAAACAAGTACAACATAACAACATGGTGGTACAAGGGACTTCTGTTTGTTGTTTG 1955
|||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| |||||||
Sbjct 1796 TTACATAAACAAATACAACATAACGACGTGGTGGTACAAAGGACTTCTATTTATTGTTTG 1855
Query 1956 TATGGTTGCAAGTGTGTTGATTTTTGGAGGTCTTGTGGTTGTTTTCTGGCATCGCTGGGA 2015
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1856 TATGGTTGCAAGTGTGTTGATTTTTGGAGGCCTTGTGGTTGTTTTCTGGCATCGTTGGGG 1915
Query 2016 ACACAAAACCGGTGAAGTGGAAGCAAATGGCAACGACAAGGTAGATTTGAATGGAGAAGA 2075
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1916 TCACAAAACCGGTAAAGTGGAAGCAAATGGCAATGACAAGGTATATTTGAATGGAGAAGA 1975
Query 2076 AACCCATAATCCATCTGCAGCAGAGCTTAAGGGCTTGG-CAATAGAAGAAGATGTCCAGA 2134
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||| |
Sbjct 1976 AACCCATAATCCATCTGCAGCAGTGCTCAAGGGCTTGGACA-TAGAAGAAGATGTCCA-A 2033
Query 2135 A-TTACACCACTATTCGTTATGGCACCAGACCGGCCTTTAGAGAGATATTTGAGTCATTG 2193
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 AGTTACACCACTATTCGTTATGGAACCAGACCGGCCTTTAGAGAGATATTTGAGTCATTG 2093
Query 2194 AATGGGAAATGGGGGAGTGTGGATGTTGGAGTGATAGTATGCGGTCCAGCGACTCTTCAG 2253
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2094 AATGGGAAATGGGGAAGTGTGGATGTTGGAGTAATAGTGTGTGGTCCAGCGACTCTTCAA 2153
Query 2254 ACGACCGTAGCCAAAGAAATACGGTCACATAGCATCTGGCGATCGGCGAATCATCCTCTT 2313
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2154 ACGACCGTAGCCAAAGAGATACGATCACATAGCATCTGGCGATCAGCGAATCATCCTCTT 2213
Query 2314 TTCCACTTCAACAGCCACAGTTTCGATCTCTAACGATGCTCTCAAGGCCAAAG 2366
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2214 TTCCACTTCAACAGCCACAGTTTCGATCTATAACTATGCTTTCAAGGCCAAAG 2266
> Ahg949484 jgi|Araly1|949484|scaffold_801371.1
Length=2270
Score = 3186 bits (1725), Expect = 0.0
Identities = 2095/2271 (92%), Gaps = 35/2271 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 AGAAATTCAAAAAACAACATGGATGATCATGAAACCCCTCTTTTGTCCAAGGACTTatca 144
|||||||| ||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 6 AGAAATTC-AAATA-AAGATGGATGATCATAAAACCCCTCTTTTGTCCAAGG----A-C- 57
Query 145 tcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcTGTGGTGGTTTCATCTTTGAAATGGATA 204
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 58 TCATCATCATCATCATCATC-T-A-CATCATCTGTGGTGACTTCATCTTTGAAATGGGTA 114
Query 205 TTGAAAGTTGTAATGTCTGTGATTTTTGTGACTTGGGTTGTGTTCCTTATG--A-TGTAT 261
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||
Sbjct 115 TTGAAAGTTGTAATGTCTATGATTTTTGTGACTTGGGTTGTTTTTCTTATGATATTGTAC 174
Query 262 CCTGGATC-ACTCGGTGATCAAATCCTCACAAACTGGAGAGCAATCTCCTCCAACACTCT 320
||| || | |||||| ||| | ||||||| | | || || ||||||| ||| |
Sbjct 175 CCT-GAACAACTCGGCGATGATTTCCTCAC--A-T---TAG---TCGCCTCCAAGACTTT 224
Query 321 CTTTGGC-CTCACAGGAAGCATGTTCTTAATTTTCAGTGGTCCGATTCTTGTCATCGCCA 379
| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 CCTCGGCAC-CACAGGAAGCATGTTCTTAATTTTCAGTGGTCCGATTCTTGTCATCGCTG 283
Query 380 TCTTGGCTTCTCTCTATCTGATAATCTCAGGGGAAGAGACGGTTTTCACTAAGAAGAAGA 439
|||| |||||||||||||| || || || || ||||| | ||| |||||||| || ||||
Sbjct 284 TCTTAGCTTCTCTCTATCTCATTATATCCGGAGAAGACAAGGTCTTCACTAAAAACAAGA 343
Query 440 TAACGAAATTCCCGAGGTTTAGGCTATGGACATTTCCTGTTCTTGTGGATGGACCATTTG 499
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 TATCAAAATTCCCGAGGTTTAGGCTATGGACATTTCCTGTTCTTGTGGATGGACCATTTG 403
Query 500 GAGTTGTTTCTGCAGCTGAGTTTCTTGGAATTATGGTCTTCTCTGtttttttCCTTTGGG 559
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 404 GGGTTGTTTCTGCAGCTGAGTTTCTTGGAATTATGGTCTTCTCTGTTTTCTTCCTTTGGG 463
Query 560 CTATCTATGCTTATACCTTGAGGAATC-TCAACGTTCTTG-ACTACTTCCACGTGCTTCC 617
|||| ||||||||||| |||||||||| | | | |||||| || ||||||||| |||||
Sbjct 464 CTATATATGCTTATACTTTGAGGAATCTTGATC-TTCTTGAAC-GCTTCCACGTCCTTCC 521
Query 618 CAATAA-CAGAAGTATTTTTCTGTTGGAGTTAACGGGTCTGCGTTTTGGGA-TGATTGGA 675
||| || | |||||||| | ||||||||| |||| |||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 522 CAAGAATC-GAAGTATTCTGCTGTTGGAGGTAACTGGTCTGCG-TTTAGGAGTGATTGGA 579
Query 676 TTGTTGTGTATGGTGTTTTTGTTTCTTCCAATCTCGAGAGGCTCTATTCTTCTCCGGCTT 735
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 580 TTGTTGTGTATGGTATTTTTGTTTCTTCCAATCTCGAGAGGCTCCATTCTTCTCCGCCTT 639
Query 736 ATTGATATCCCTTTCGAGCATGCTACAAGATACCATGTTTGGCTTGGTCATATCACCATG 795
|| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 640 ATCGATATCCCTTTCGAACATGCTACACGATACCATGTTTGGCTTGGTCATATCACTATG 699
Query 796 ACTTTCTTCTCTTTACATGGCCTCTGTTATGTTGTTGGATGGACCATTCAAGGTCAACTT 855
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 700 GCTTTCTTCTCTTTACATGGCCTCTGTTATGTTGTTGGATGGACCATTCAAGGTCGACTT 759
Query 856 TTAGAGCTTTTATTTGAATGGAAAGCTACTGGAATCGCTGTTTTACCCGGAGTTATCAGT 915
||||||||| ||||| |||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 760 TTAGAGCTTATATTTTCATGGAATGCTATTGGAATTGCTGTGTTACCGGGAGTTATCAGT 819
Query 916 CTAGTGGCTGGTTTACTCATGTGGGTCACATCGCTTCACACCGTGAGAAAGAATTACTTT 975
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 CTAGTGGCTGGTTTATTCATGTGGGTCACGTCGCTTCACACCGTGAGAAAGAATTACTTT 879
Query 976 GAGCTCTTCTTCTACACACATCAACTATACATTGTCTTTGTCGTCTTCTTGGCACTTCAT 1035
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 GAGCTCTTCTTCTACACACATCAACTATACATCGTCTTTGTCGTCTTCTTGGCACTTCAT 939
Query 1036 GTTGGTGACTACTTATTCAGTATAGTTGCTGGAGGAATCTTTCTCTTCATTCTAGACCGC 1095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||
Sbjct 940 GTTGGTGACTACTTATTCAGTATAGTTGCTGGAGGAATATATCTTTTCATTCTAGACCGC 999
Query 1096 TTCTTGAGGTTCTACCAATCAAGAAGGACTGTTGATGTTATCTCTGCAAAGAGTTTACCT 1155
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1000 TTCTTGAGGTTCTGCCAATCCAGAAGGACTGTTGATGTAATCTCTGCAAAGAGTTTGCCT 1059
Query 1156 TGTGGAACTCTTGAACTTGTCCTTTCAAAACCACCAAATATGCGATACAACGCGCTTAGC 1215
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1060 TGTGGAACTCTGGAACTAGTCCTTTCAAAACCACCAAATATGCGATACAATGCGCTTAGC 1119
Query 1216 TTTATCTTTCTTCAAGTGAAGGAACTGTCTTGGTTACAGTGGCATCCTTTCAGTGTTTCA 1275
||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 TTTATCTTTCTTCAAGTGAGGGAACTATCATGGCTACAATGGCATCCTTTCAGTGTTTCA 1179
Query 1276 TCAAGTCCTCTAGATGGGAACCATCATGTTGCGGTTCTTATAAAAGTTCTTGGTGGATGG 1335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1180 TCAAGTCCTCTAGATGGGAACCATCATGTTGCGGTTCTCATAAAGGTTCTTGGTGGATGG 1239
Query 1336 ACTGCAAAGCTTAGGGATCAATTGTCAACTCTATATGAGGCAGAAAATCAAGACCAGCTT 1395
|| ||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1240 ACCGCAAAGCTTAGAGACCAGTTGTCAAATCTATATGAGGCAGAGAATCAAGACCAGCTT 1299
Query 1396 ATTTCTCCTGAGTCATATCCCAAAATCACAACTTGTGTGGAGGGACCTTATGGCCATGAA 1455
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300 ATTTCTCCTGAATCATATCCTAAAATCACAACTTGTGTGGAGGGACCTTATGGCCATGAA 1359
Query 1456 TCTCCATACCACTTAGCGTATGAGAACCTGGTATTAGTAGCAGGAGGAATCGGGATTACG 1515
||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 TCTCCATACTACTTAGCGTACGAGAACCTGGTCTTAGTAGCAGGAGGAATCGGGATTACG 1419
Query 1516 CCtttttttGCCATCTTAAGCGATATCCTACACCGTAAAAGAGATGGGAAAGATTGTTTA 1575
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1420 CCTTTTTTCGCCATCTTAAGCGATATCCTACATCGTAAAAGAGATGGGAAAGCTTGTTTA 1479
Query 1576 CCTGGTAAGGTTTTAGTTGTATGGGCCATTAAAAACTCAGACGAGCTCTCTCTGCTCTCA 1635
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1480 CCTAGTAAGGTTTTAGTTGTATGGGCCATTAAAAACTCAGACGAACTCTCTCTTCTCTCA 1539
Query 1636 GCAATTGACATACCTTCCATTTGCCATTTCTTCTCTAAGAAACTAAACCTTGAGATTCAC 1695
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 GCAATTGACATACCTTCCATTTGCCCTTTCTTCTCTAAGAAACTAAACCTTGAGATTCAC 1599
Query 1696 ATATATGTCACTCGACAATCCGAGCCTTGCTTGGAAGATGGGATGGTTCACAAGGTGGTG 1755
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1600 ATATATGTCACTCGACAATCCGAGCCCCGCTTGGAAGATGGGATGGTTCACAAGGTGGTG 1659
Query 1756 CATCCTTCTGTCAAAACACCATGGACCAACGGATGTTCCATGTCGGTTTTAGTTGGTACA 1815
||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1660 CATCCTTCTGTTAAACCACCACGGACCAACGGATGTTCCATGTCGGTTCTAGTTGGTACA 1719
Query 1816 GGGGATAACATATGGTCTGGACTCTATCTAATTATCTCCACCATTGGGTTTATTGCAATG 1875
||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1720 GGGGACAACTTATGGTCTGGACTCTATCTAATTGTCTCCACCATTGGGTTTATTGCAATG 1779
Query 1876 ATCACATTGGTGGACATCTTTTACATAAACAAGTACAACATAACAACATGGTGGTACAAG 1935
||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1780 ATCACATTGTTGGACATCTTTTACATAAAAAAATACAACATAACGACGTGGTGGTACAAG 1839
Query 1936 GGACTTCTGTTTGTTGTTTGTATGGTTGCAAGTGTGTTGATTTTTGGAGGTCTTGTGGTT 1995
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 GGACTTCTATTTGTTGTTTGTATGGTTGCAAGTGTGTTGATTTTTGGAGGTCTTGTGGTT 1899
Query 1996 GTTTTCTGGCATCGCTGGGAACACAAAACCGGTGAAGTGGAAGCAAATGGCAACGACAAG 2055
||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1900 GTTTTCTGGCATCTCTGGGGTCACAAAATCGGTGAAGTGGAAGGAAATGGCAATGACAAG 1959
Query 2056 GTAGATTTGAATGGAGAAGAAACCCATAATCCATCTGCAGCAGAGCTTAAGGGCTTGGCA 2115
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1960 GTGGATTTGAATGGAGAAGAAACCCATAATCCATCTGCAGCAGAGCTCAAGGGGTTGGCA 2019
Query 2116 ATAGAAGAAGATGTCCAGAATTACACCACTATTCGTTATGGCACCAGACCGGCCTTTAGA 2175
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2020 ACAGAAGAAGATGTCCAGAGTTACACCACTATTCGTTATGGCACCAGACCGAACTTTAGA 2079
Query 2176 GAGATATTTGAGTCATTGAATGGGAAATGGGGGAGTGTGGATGTTGGAGTGATAGTATGC 2235
|||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2080 GAGATATTTGCGTCGTTGAATGGGAAATGGGGAAGTGTGGATGTTGGAGTAATAGTATGC 2139
Query 2236 GGTCCAGCGACTCTTCAGACGACCGTAGCCAAAGAAATACGGTCACATAGCATCTGGCGA 2295
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2140 GGTCCAGGGACTCTTCAGACGACCGTAGCCAAAGAGATACGGTCACATAGCATCTGGCGG 2199
Query 2296 TCGGCGAATCATCCTCTTTTCCACTTCAACAGCCACAGTTTCGATCTCTAA 2346
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2200 TCTGCGAATCATCCTCTTTTCCACTTCAACAGCCACAGTTTCGATCTCTAA 2250
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96254049115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5