BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49810.1
Length=3625
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495040 jgi|Araly1|495040|fgenesh2_kg.8__856__AT5G49810.1 5557 0.0
> Ahg495040 jgi|Araly1|495040|fgenesh2_kg.8__856__AT5G49810.1
Length=3368
Score = 5557 bits (3009), Expect = 0.0
Identities = 3254/3374 (96%), Gaps = 10/3374 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 39 TTTTCTTCTCTATTACTGCAATCACTTGTTCACGAT-AATGGCGGACCTCTCCTCTGTCG 97
|||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||
Sbjct 1 TTTTCTTCTCTACTACTACAATCACTTGTTGACGATAAATGGCGGA-C-CT-CTCTGTCG 57
Query 98 ATGAGTTCCTGAATCAGTGCAAACAATCCGGCGACGCAGCTTATGGCGCCTTGCGATCGG 157
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 ACGACTTCCTGAACCAGTGCAAACAATCCGGCGACGCAGCTTATGGCGCCTTGCGATCGG 117
Query 158 TCTTGGAGCGGCTCGAGGATCCGAATACTCGATCTAAGGCTCGGATCTTCTTGTCTGACA 217
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TCTTGGAACGGCTTGAGGATCCGAATACTCGATCTAAGGCTCGGATCTTCTTGTCTGACA 177
Query 218 TCTACAAACGCGTCGGATCTTCTGAGACGTCTCTCCAAACCTACCATTTTCATATCCAGG 277
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 178 TCTACAAACGCGTCGGATCCTCCGAGACGTCTCTCCAAACCTACCATTTCCATATCCAGG 237
Query 278 ACATCTATCTCGATCAATACGAAGGCTTTCAGTCCAGGAAAAAGTTAACCATGATGGTCA 337
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 238 ACATTTATCTCGATCAATACGAAGGCTTTCAGTCAAGGAAAAAATTAACCATGATGGTCA 297
Query 338 TTCCTAGTATTTTTATTCCAGAAGACTGGTCATTTACATTTTATGAAGGACTTAACAGAC 397
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 298 TTCCTAGTATTTTTATTCCAGAAGACTGGTCATTCACATTTTATGAAGGACTTAATAGAC 357
Query 398 ATCCTGACACCATCTTTAAGGATAAGACTGTTTCTGAACTTGGCTGTGGGAATGGATGGA 457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 358 ATCCTGACACCATCTTTAAGGATAAGACTGTTTCTGAACTTGGATGTGGGAATGGATGGA 417
Query 458 TATCAATAGCCATTGCTGCTAAGTGGTTGCCTTCAAAGGTATATGGGCTTGATATTAATC 517
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TATCTATAGCCATAGCTGCTAAGTGGTTGCCTTCAAAGGTATATGGGCTTGATATTAATC 477
Query 518 CTAGAGCTGTGAAAATTTCTTGGATAAATTTGTACCTAAACGCTCTTGATGATAATGGCG 577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 478 CTAGAGCTGTGAAAATTTCTTGGATAAATTTGTACCTAAACGCGCTTGATGATAATGGGG 537
Query 578 AACCAGTCTATGACGAAGAGAAGAAAACTTTATTGGACAGAGTGGAATTCTATGAATCTG 637
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AACCAGTCTATGACGACGAGAAGAAAACTTTATTGGACAGAGTGGAATTCTATGAATCTG 597
Query 638 ATTTGCTTGGTTATTGTAGAGATAATAAAATTCAGTTAGAAAGAATTGTAGGATGCATAC 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 598 ATTTGCTTGGTTATTGTAGAGATAATAAAATTCAGCTAGAGAGAATTGTAGGATGCATAC 657
Query 698 CTCAGATTCTTAATCCAAACCCAGAAGCTATGTCTAAGCTGATCACAGAAAATGCAAGTG 757
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 658 CTCAGATTCTTAATCCAAACCCAGAAGCAATGTCTAAGCTGATAACAGAAAATGCAAGTG 717
Query 758 AGGAATTTCTCCATTCGCTGAGTAACTATTGTGCCCTTCAGGGTTTTGTTGAAGATCAGT 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AGGAATTTCTCCATTCGCTGAGTAACTATTGTGCCCTTCAGGGTTTTGTTGAAGATCAGT 777
Query 818 TTGGCTTAGGTTTGATTGCCAGAGCAGTTGAAGAAGGAATATCTGTCATCAAACCTGCAG 877
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TTGGCTTAGGTTTGATTGCCAGAGCGGTCGAAGAAGGAATATCTGTCATCAAACCTGCAG 837
Query 878 GGATTATGATATTTAACATGGGTGGTCGTCCTGGGCAAGGTGTCTGTAGACGCTTGTTTG 937
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGATTATGATATTCAACATGGGTGGTCGTCCTGGACAAGGTGTCTGTAGACGCTTGTTTG 897
Query 938 AGCGGCGAGGAGTCCGTGTTACACAGATGTGGCAGACTAAAATACTTCAGGCTGCAGATA 997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AGCGGCGAGGAGTCCGTGTTACACAGATGTGGCAGACTAAAATACTTCAGGCTGCAGATA 957
Query 998 CTGATATCTCAGCATTAGTTGAAATTGAGAGGAGCAGCCCTCATCGTTTTGAGTTCTTTA 1057
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 958 CCGATATCTCGGCATTAGTTGAAATTGAGAGGAGCAGCCCTCATCGTTTTGAGTTTTTTA 1017
Query 1058 TGGGACTTTCTGGAGACCAACCAATTTGTGCTCGAACAGCATGGGCCTATGGGAAGGCTG 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TGGGACTTTCTGGAGACCAACCAATTTGTGCTCGAACAGCATGGGCCTATGGGAAGGCTG 1077
Query 1118 GTGGCCGAATCTCCCATGCTTTATCGGTTTATAGTTGTCAGATTCGCCAACCAAATCTGG 1177
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1078 GTGGACGAATCTCCCATGCTTTATCGGTTTATAGTTGTCAGATTCGCCAACCAAATCAGG 1137
Query 1178 TTAAGATAATCTTTGACTTCTTGAAAAATGGATTCCAAGAAATCAGTAATTCACTGGATT 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTAAGATAATCTTTGACTTCTTGAAAAATGGATTCCAAGAAATCAGTAATTCACTGGATT 1197
Query 1238 TATCTTTTGAAGATGAAACTGTTGCTGATGAGAAGATTCCATTCCTAGCCTATCTTGCTA 1297
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TATCTTTCGAAGATGAAACTGTTGCTGATGAGAAAATTCCATTCCTAGCCTATCTTGCTA 1257
Query 1298 GTGTCTTGAAAAATAGCTCCTATTTCCCGTTTGAACCTCCAGCTGGCAGCAAAAGATTCT 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GTGTCTTGAAAAATAGCTCCTATTTCCCGTTTGAACCTCCAGCTGGCAGCAAAAGATTCT 1317
Query 1358 GCAGTCTAATTGCAGGCTTTATGAGGACATACCACCGTATACCAATTAATCAGGATAACA 1417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GCAGTCTAATTGCAGGCTTTATGAGGACATACCACCGTATTCCAATTAATCAGGATAACA 1377
Query 1418 TTGTCGTGTTTCCATCAAGGGCTGTGGCAATCGAGAGTGCATTTCGTTTATTCTCTCCTC 1477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1378 TTGTCGTGTTTCCATCAAGGGCTGTGGCAATCGAGAGTGCATTTCGGTTATTCTCACCTC 1437
Query 1478 GACTTGCAATTGTTGATGAGCATTTAACTCGACAACTTCCGAGGAGCTGGCTAACCTCTT 1537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GACTTGCAATTGTTGATGAGCATTTAACTCGACAACTTCCGAGGAGCTGGCTAACCTCTT 1497
Query 1538 TAGCCATTGAGGACACTAGCATGGATAAATCAGATGATCAAATCACAGTCATCGAATCCC 1597
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1498 TAGCCATTGAGAACACTAGCATGGAGAAATCAGATGATCAAATCACAGTCATTGAATCCC 1557
Query 1598 CGCACCAATCTGATCTGATGATAGAACTCATTAAGAAACTAAAGCCACAGGTGGTGGTTA 1657
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1558 CACACCAATCTGATCTGATGATAGAACTCATTAAGAAACTAAAGCCACAGGTGGTGATTA 1617
Query 1658 CTGGAATGGCTCCATTTGAGGTCATTACCAGTTCATCGTTTTTGCACCTTTTGGAAGTGA 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1618 CTGGAATGGCTCCATTTGAGGTCATTACCAGTTCATCGTTTTTGCACCTGTTGGAAGTGA 1677
Query 1718 CAAAAGAAATTGGATGTCGACTTTTCTTGGATATATCTGATCACTTTGAGTTGTCTAGCC 1777
| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 CGAGAGAAATCGGATGTCGACTTTTCTTGGATATATCTGATCACTTTGAGTTGTCTAGCC 1737
Query 1778 TTCCTGCATCCAATGGGGTACTAAAATATCTCGCTGAAAATCAACTACCTTCTCATGCAG 1837
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1738 TCCCTGCATCCAATGGGGTACTAAAATATCTCGCTGAAAATCAACTACCTGCTCATGTAG 1797
Query 1838 CAATTATCTGCGGTCTGGTAAAGAATAAGGTCTATTCGGATTTAGAAGTAGCCTTTGTCA 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 CAATTATCTGCGGTCTGGTAAAGAATAAGGTCTATTCAGATTTAGAAGTAGCCTTTGTCA 1857
Query 1898 TTACAGAAGTGGATGCCATTGCTAAAGCCCTGTCCAAAACTGTGGAAGTCTTAGAAGGTC 1957
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TTACAGAAGTGGATGCCATTGCTAAGGCCCTGTCCAAAACTGTGGAAGTCTTAGAAGGTC 1917
Query 1958 ATACTGCTATTATCAGTCAATACTACTATGGTTGCCTTTTCCATGAGCTTTTGGCTTTCC 2017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ATACTGCTATTATCAGTCAATACTACTATGGTTGCCTTTTCCATGAGCTTTTGGCTTTCC 1977
Query 2018 AGCTTGCTGATCGCCATGCCCCGGCTGAGAGGGAAAGTGAGAAAGCAAAGTCTGAAGAGA 2077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1978 AGCTTGCTGATCGCCATGCCCCGGCTGAGAGGGAAAGTGAGAAGGCAAAGTCTGAAGAGA 2037
Query 2078 TCATTGGATTTTCAAGCTCAGCAGTCTCTATTCTAAAAGATGCTGAGCTTTCAGTCACTG 2137
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TCATTGGATTTTCAAGCTCAGCCGTCTCTATTCTAAAAGATGCTGAGCTTTCAGTCACTG 2097
Query 2138 AGATTGACGAAACTTCTCTAATCCACATGGATGTTGATCAAAGTTTCTTGCAAATTCCAC 2197
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2098 AGATTGACGAAACTTCTCTAATACACATGGATGTGGATCAAAGTTTCTTGCCAATTCCAC 2157
Query 2198 AATCTGTTAAGGCTGCAATCTTTGAAAGTTTTGTGAGGCAGAACATATCTGAAGCGGAAG 2257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 AATCTGTTAAGGCTGCAATCTTTGAAAGTTTTGTGAGGCAGAACATATCTGAAGCGGAAG 2217
Query 2258 TTGATATCAACCCAAGTATTAAGCAGTTTGTGTGGAGTAATTATGGGTTTCCAACCAAAA 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TTGATATCAACCCAAGTATTAAGCAGTTTGTGTGGAGTAATTATGGGTTTCCAACCAAAA 2277
Query 2318 GCAGCACAGGCTTTGTATATGCTGATGGCTCACTAGCACTATTCAATAAACTGGTAATTT 2377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2278 GCAGCACAGGCTTTGTATATGCTGATGGCTCACTAGCACTATTCAATAAGCTGGTCATTT 2337
Query 2378 GTTGTGCTCAAGAAGGTGGAACGCTTTGTTTACCTGCTGGTACAAATGGAAATTATGTTG 2437
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2338 GCTGTGCTCAAGAAGGTGGAACACTCTGTTTACCTGCTGGCACAAATGGGAATTATGTTG 2397
Query 2438 CTGCTGCCAAATTTTTAAAAGCTAATGTCGTGAATATCCCTACCGAGTCTAGTGATGGCT 2497
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2398 CTGCTGCCAAATTTTTAAAAGCTAATGTTGTGAATATCCCTACTGAGTCTAGTGATGGCT 2457
Query 2498 TTAAGCTGACAGAAAAGACTCTAACGAAAGCACTCGAGTCTGTGAAGAAGCCGTGGGTTT 2557
|||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2458 TTAAGCTGACGGAAAAGACTTTAACGAATGCACTCGAGACTGTGAAGAAGCCATGGGTTT 2517
Query 2558 GTATATCTGGACCAACGGTTAGCCCTACAGGCTTGGTGTACAGCAATGAGGAGATGGATA 2617
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GTATATCTGGACCAACAGTTAGCCCTACGGGCTTGGTGTACAGCAATGAGGAGATGGATA 2577
Query 2618 TACTGTTGTCTACTTGTGCTAAGTTTGGAGCAAAGGTCATCATCGATACTTCATTCTCGG 2677
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TACTATTGTCTAGTTGTGCTAAGTTTGGAGCAAAGGTCATCATCGATACTTCATTCTCGG 2637
Query 2678 GATTAGAATACAGTGCAACTAGCTGGGATTTGAAGAACGCTTTGTCGAAAAT-GGATTCT 2736
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || |||
Sbjct 2638 GATTAGAATACAGTCCAACTAGCTGGGATTTGAAGAGCGCTTTGTC-AAGATTGGGTTCA 2696
Query 2737 TCCTTATCAGTTTCGCTGCTTGGATGTCTCTCTTTGAATTTGCTCAGTGGAGCTATTAAA 2796
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 TCCTTGTCAGTTTCGCTGCTTGGATGTCTCTCTTTGAATTTGCTCAGTGGAGCTATTAAA 2756
Query 2797 CTCGGGTTTCTAGTTTTGGATCAGTCTCTCATCGATGCCTTCCATACCCTCCCAGGCCTG 2856
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 CTTGGGTTTCTAGTTTTGGATCAGTCTCTCATCGATGCCTTCCATACCCTCCCAGGCCTG 2816
Query 2857 AGCAAACCGCACAGCACTGTGAAATATGCCGCTAAGAAAATGTTGGCTTTGAAGGAAGAG 2916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2817 AGCAAACCGCACAGCACTGTGAAATATGCCGCTAAGAAAATGTTGGCTCTGAAAGAAGAG 2876
Query 2917 AAAGCAAGTGACTTTCTGGATGCCGTTTCTGAAACCATTAAAACCTTGGAAGGCAGATCC 2976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2877 AAAGCAAGTGACTTTCTGGATGCCGTTTCTGAAACCATTAAAACGTTGGAGGGCAGATCT 2936
Query 2977 A-GACGCTTAAAAGAGGTACTACAGAACTCTGGTTGGGAGGTTATCCAACCCTCAGCTGG 3035
| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2937 AAG-CGCTTAAAAGAGGTACTAGAGAACTCTGGTTGGGAGGTTATCCAACCTTCAGCTGG 2995
Query 3036 AATCTCAATGGTGGCAAAGCCAAAAGCTTATCTCAACAAAAAAGTAAAGCTGAAAGCAGG 3095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2996 AATCTCAATGGTGGCAAAGCCAAAAGCTTATCTCAACAAAACAGTAAAGCTGAAAGCAGG 3055
Query 3096 AGATGGACAGGAAATCGTCGAGCTTACGGATTCAAATATGAGGGATGTGTTCCTCAGCCA 3155
| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3056 AAAAGGACAGGAAGTCGTTGAGCTTACGGATTCAAATATGAGGGACGTGTTCCTCAGCCA 3115
Query 3156 TACCGGTGTTTGCTTAAACAGCGGTTCCTGGACTGGAATCCCTGGTTACTGCCGGTTTTC 3215
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 3116 TACCGGTGTTTGCTTAAACAGCGGTTCCTGGACCGGAATTCCTGGTTACTGCCGCTTTTC 3175
Query 3216 ATTTGCATTGGAAGATAGTGAGTTTGACAAGGCTATTGAATCGATAGCTCAGTTTAAAAG 3275
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3176 ATTTGCATTGGAGGATAGTGAGTTCGACAAGGCTATTGAATCAATAGCACAGTTTAAAAG 3235
Query 3276 CGTCCTTGCTAACTGAAACGTGCCAGTTTCATTTACGATGTCATCAACTTGAACTAAAGG 3335
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3236 CGTCCTTGCTAATTGAAACGTGCCACTTTCATTTACGGTGTCATCAACTTGAACTAAAGT 3295
Query 3336 GCATTGTGCATTGCTGGTTCTGAGACTTAACACGTCGCTCTTCTTCTGCGTT-CCTTTGT 3394
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 3296 GCATTGTGCATTGCTGGTTCTGAGACTTAACACTTCGCTCTACTTCTGCGTTTCCTT-GT 3354
Query 3395 TCTGTTGTTTCTAA 3408
||||||||||||||
Sbjct 3355 TCTGTTGTTTCTAA 3368
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136931147654
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5