BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G51280.1
Length=2148
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg315588 jgi|Araly1|315588|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000621 2926 0.0
Ahg949673 jgi|Araly1|949673|scaffold_801560.1 2911 0.0
> Ahg315588 jgi|Araly1|315588|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000621
Length=1764
Score = 2926 bits (1584), Expect = 0.0
Identities = 1708/1768 (97%), Gaps = 8/1768 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 224 ATGGAAGAAG-CTGATAGTTACATTGAGTATGTATCAGTGGCGGAGCGGAGAGCGATTGC 282
|||||||| | | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 ATGGAAGACGAC-GATAGTTACGTTGAGTATGTTTCAGTGGCGGAGCGGAGAGCGATGGA 59
Query 283 AGCGCAGAAGATACTTCAGCGGAAGGGAAAAGCTTCGGAATTGGAAGAAGAAGCTGACAA 342
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 60 AGCGCAGAAGATACTTCAACGGAAGGGAAAAGCTTCGGAATTGGAGGAAGAAGCTGACAA 119
Query 343 GGAAAAGCTCGCTGAAGCTAAACCTAGTTTACTTGTTCAAGCAACTCAGCTCAAGCGAGA 402
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GGAAAAGCTCGCTGAAGCTAAACCTAGTTTACTCGTTCAAGCAACTCAGCTCAAGCGAGA 179
Query 403 TGTACC-CGAAGTTAGTGCTACTGAGCAAATCATCTTACAAGAGAAAGAGATGATGGAGC 461
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGTTCCTC-AAGTTAGTGCTACTGAGCAAATCATCTTACAAGAGAAAGAGATGATGGAGC 238
Query 462 ATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAACTT-GCCAAAGGTATCACTTAT 520
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 239 ATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAA-TTGGCCAAAGGTATCACTTAT 297
Query 521 ACAGAGCCTCTCTTAACTGGGTGGAAACCTCCTTTGCATATTAGGAAGATGTCTAGTAAG 580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 298 ACAGAGCCTCTCTTAACTGGGTGGAAACCTCCTTTGCATATTAGGAGGATGTCGAATAAG 357
Query 581 CAGAGAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTTAATGGTGATGATATTCCTCCT 640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 CAGAGAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTTAATGGTGATGATATTCCTCCT 417
Query 641 CCTATTAAGAACTTTAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCTGTTCTCGATACTCTCAAGGAG 700
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 418 CCTATCAAGAACTTTAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCTGTTCTTGATACTCTTAAGGAG 477
Query 701 AAAGGTATTGTGCAGCCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGTCTTCCTGTGATTTTGGCTGGG 760
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 AAAGGAATTGTGCAGCCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGTCTTCCTGTGATTTTGGCTGGG 537
Query 761 AGAGATATGATTGGGATTGC-TTTCACTGGTTCCGGAAAGACTTTGGTTTTCGTGCTTCC 819
|| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AGGGATATGATTGGGATTGCGTTT-ACTGGTTCTGGAAAGACTTTGGTTTTCGTGCTTCC 596
Query 820 CATGATCATGATTGCTCTCCAAGAAGAGATGATGATGCCTATTGCTGCTGGTGAAGGTCC 879
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 597 CATGATCATGATTGCTCTCCAAGAAGAGATGATGATGCCTATTGCTGCGGGAGAAGGTCC 656
Query 880 CATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGGCAGACTTATGAAGTGGTTGA 939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 CATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGGCAGACTTATGAAGTGGTTGA 716
Query 940 GCAGTTTGTGGCTCCTTTGGTTGAGGCTGGGTACCCGCCATTGAGGTCGTTGCTATGTAT 999
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GCAGTTTGTGGCTCCTTTGGTCGAGGCTGGATACCCGCCATTGAGGTCGTTGCTATGTAT 776
Query 1000 TGGAGGTATTGATATGAGATCCCAGTTGGAGGTTGTCAAGAGAGGTGTCCATATTGTTGT 1059
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 777 TGGTGGAATTGATATGAGATCCCAGTTGGAGGTTGTCAAGAGAGGTGTCCACATCGTTGT 836
Query 1060 TGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAAAAGATGAGCTTAGATGCTTG 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAAAAGATGAGCTTAGATGCTTG 896
Query 1120 CAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGATTTGGGTTTCGAAGATGACAT 1179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGATTTGGGTTTCGAAGATGACAT 956
Query 1180 AAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACACTATTGTTCTCTGCCACAAT 1239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 957 AAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACACTTTTGTTTTCAGCCACAAT 1016
Query 1240 GCCCACAAAGATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTGAAACCTGTGACAGTTAATGT 1299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1017 GCCCACAAAGATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTGAAACCTGTGACTGTTAATGT 1076
Query 1300 AGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTGGATGTGATCCAGGAGGTAGAATACGTCAAACAAGA 1359
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 AGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTCGATGTGATCCAGGAGGTAGAATACGTCAAACAAGA 1136
Query 1360 AGCAAAGATTGTTTACCTCCTCGAGTGTCTACAGAAAACCTCTCCGCCGGTTTTGATATT 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1137 AGCAAAGATTGTTTACCTCCTCGAGTGTCTACAGAAAACATCTCCACCGGTTTTAATATT 1196
Query 1420 CTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTACTTGTTACTGAAAGGAGTGGA 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 CTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTACTTGTTACTGAAAGGAGTGGA 1256
Query 1480 AGCAGTGGCCATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGAGAGTACGCAATCTCTTCGTT 1539
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGCAGTGGCCATCCATGGAGGGAAAGATCAAGAAGACAGAGAGTACGCAATCTCTTCGTT 1316
Query 1540 TAAAGCTGGGAAAAAAGATGTGTTGGTTGCGACTGATGTTGCTTCAAAGGGTCTAGATTT 1599
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TAAAGCTGGGAAAAAAGATGTGTTGGTCGCGACTGATGTTGCTTCAAAGGGTCTAGATTT 1376
Query 1600 CCCTGATATACAACACGTAATCAACTACGACATGCCAGCAGAGATTGAGAACTATGTGCA 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CCCTGATATACAACACGTAATCAACTACGACATGCCAGCAGAGATTGAGAACTATGTGCA 1436
Query 1660 TAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGTAAAACTGGGATAGCAACGACGTTTATAAACAA 1719
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1437 TAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGGAAAACTGGGATAGCAACTACATTTATAAACAA 1496
Query 1720 GAATCAAAGCGAAACCACTCTGCTGGATTTGAAACACTTGTTGCAAGAAGCTAAACAGAG 1779
||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GAATCAAAGTGAAACCACGCTGCTCGATTTGAAACACTTGTTGCAAGAAGCTAAACAGAG 1556
Query 1780 GATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTGAATGATCCAATGGAAGAAGCAGAGACCATTGCTAA 1839
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1557 GATTCCACCTGTCCTTGCTGAACTGAATGATCCAATGGAAGAAGCAGAGACCATTGCGAA 1616
Query 1840 TGCAAGTGGTGTCAAGGGTTGTGCCTATTGTGGTGGTCTTGGACATCGTATCCGAGACTG 1899
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1617 TGCAAGTGGTGTCAAGGGTTGTGCGTATTGTGGTGGTCTTGGACATCGTATTCGAGACTG 1676
Query 1900 TCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTCGCCATTTCTAACTCAAGAAAAGATTATTTTGG 1959
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1677 TCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTGGCCATATCTAACTCTAGAAAAGACTATTTTGG 1736
Query 1960 CTCGGGTGGCTACAGAGGAGAAATATAA 1987
||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1737 CTCTGGTGGCTATAGAGGAGAAATATAA 1764
> Ahg949673 jgi|Araly1|949673|scaffold_801560.1
Length=1804
Score = 2911 bits (1576), Expect = 0.0
Identities = 1725/1798 (96%), Gaps = 5/1798 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 201 GAATTCTCGATATGGAATCCATCATGGAAGAAGCTGATAGTTACATTGAGTATGTATCAG 260
|||||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1 GAATTCTCGAAATTGAAT-CA--ATGGAAGAAGATGATAGTTACGTTGAGTATGTACCAG 57
Query 261 TGGCGGAGCGGAGAGCGATTGCAGCGCAGAAGATACTTCAGCGGAAGGGAAAAGCTTCGG 320
|||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 58 TGGCGGAGCGCAGAGCTATGGAAGCGCAGAAGATACTTCAGCGGAAGGGAAAAGCTTCAG 117
Query 321 AATTGGAAGAAGAAGCTGACAAGGAAAAGCTCGCTGAAGCTAAACCTAGTTTACTTGTTC 380
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 AATTGGAGGAAGAAGCTGAAAAGGAAAAGCTCGCTGAAGCTAAACCTAGTTTACTTGTTC 177
Query 381 AAGCAACTCAGCTCAAGCGAGATGTACCCGAAGTTAGTGCTACTGAGCAAATCATCTTAC 440
||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 AAGCAACTCAGCTCAAGCGTGATGTTCCCCAAGTTAGTGCTACTGAGCAAATCATCTTAC 237
Query 441 AAGAGAAAGAGATGATGGAGCATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAAC 500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 238 AAGAGAAAGAGATGATGGAGCATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAGC 297
Query 501 TTGCCAAAGGTATCACTTATACAGAGCCTCTCTTAACTGGGTGGAAACCTCCTTTGCATA 560
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TTGCCAAAGGTATCACTTATACAGAGCCTCTTTTAACTGGGTGGAAACCTCCTTTGCATA 357
Query 561 TTAGGAAG-ATGTCTAGTAAGCAGAGAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTT 619
||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTAGG-AGAATGTCGAATAAACAGAGAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTT 416
Query 620 AATGGTGATGATATTCCTCCTCCTATTAAGAACTTTAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCT 679
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AATGGTGATGATATTCCTCCTCCTATCAAGAACTTCAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCT 476
Query 680 GTTCTCGATACTCTCAAGGAGAAAGGTATTGTGCAGCCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGT 739
||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GTTCTTGATACGCTCAAGGAGAAGGGGATTGTGCAACCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGT 536
Query 740 CTTCCTGTGATTTTGGCTGGGAGAGATATGATTGGGATTGCTTTCACTGGTTCCGGAAAG 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 537 CTTCCTGTGATTTTGGCTGGGAGAGATATGATTGGGATTGCGTTCACCGGTTCAGGAAAG 596
Query 800 ACTTTGGTTTTCGTGCTTCCCATGATCATGATTGCTCTCCAAGAAGAGATGATGATGCCT 859
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 597 ACTTTGGTTTTCGTGCTTCCTATGATCATGATTGCTCTTCAAGAAGAGATGATGATGCCT 656
Query 860 ATTGCTGCTGGTGAAGGTCCCATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGG 919
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 ATTGCTGCTGGAGAAGGTCCCATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGG 716
Query 920 CAGACTTATGAAGTGGTTGAGCAGTTTGTGGCTCCTTTGGTTGAGGCTGGGTACCCGCCA 979
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 717 CAGACTTATGAAGTGGTTGAGCAGTTTGTTGCTCCTTTGGTTGAGGCTGGATACCCGCCA 776
Query 980 TTGAGGTCGTTGCTATGTATTGGAGGTATTGATATGAGATCCCAGTTGGAGGTTGTCAAG 1039
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTGAGGTCGTTGCTATGTATTGGAGGAATTGATATGAGATCACAGTTGGAGGTTGTCAAG 836
Query 1040 AGAGGTGTCCATATTGTTGTTGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAA 1099
||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AGAGGGGTACACATCGTTGTTGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAA 896
Query 1100 AAGATGAGCTTAGATGCTTGCAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGAT 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AAGATGAGCTTAGATGCTTGCAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGAT 956
Query 1160 TTGGGTTTCGAAGATGACATAAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACA 1219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TTGGGTTTCGAAGATGACATAAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACA 1016
Query 1220 CTATTGTTCTCTGCCACAATGCCCACAAAGATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTG 1279
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CTTTTGTTTTCTGCCACAATGCCCACAAAAATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTG 1076
Query 1280 AAACCTGTGACAGTTAATGTAGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTGGATGTGATCCAGGAG 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1077 AAACCTGTGACAGTTAATGTAGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTTGATGTGATCCAGGAG 1136
Query 1340 GTAGAATACGTCAAACAAGAAGCAAAGATTGTTTACCTCCTCGAGTGTCTACAGAAAACC 1399
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GTAGAATATGTCAAACAAGAAGCAAAGATTGTTTACCTCCTTGAGTGTCTACAGAAAACC 1196
Query 1400 TCTCCGCCGGTTTTGATATTCTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTAC 1459
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TCTCCACCGGTTTTAATATTCTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTAC 1256
Query 1460 TTGTTACTGAAAGGAGTGGAAGCAGTGGCCATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGA 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TTGTTACTGAAAGGAGTGGAAGCAGTGGCCATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGA 1316
Query 1520 GAGTACGCAATCTCTTCGTTTAAAGCTGGGAAAAAAGATGTGTTGGTTGCGACTGATGTT 1579
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1317 GAGTATGCAATATCTTCGTTTAAAGCTGGGAAAAAAGATGTCTTGGTCGCGACTGATGTT 1376
Query 1580 GCTTCAAAGGGTCTAGATTTCCCTGATATACAACACGTAATCAACTACGACATGCCAGCA 1639
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GCTTCAAAGGGTCTAGATTTCCCAGATATACAACATGTAATCAACTACGACATGCCAGCA 1436
Query 1640 GAGATTGAGAACTATGTGCATAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGTAAAACTGGGATA 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GAGATTGAGAACTATGTGCATAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGTAAAACTGGGATA 1496
Query 1700 GCAACGACGTTTATAAACAAGAATCAAAGCGAAACCACTCTGCTGGATTTGAAACACTTG 1759
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1497 GCAACAACATTTATAAACAAGAATCAAAGCGAAACCACGCTGCTCGATTTGAAACACTTG 1556
Query 1760 TTGCAAGAAGCTAAACAGAGGATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTGAATGATCCAATGGAA 1819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTGCAAGAAGCTAAACAGAGGATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTGAATGATCCAATGGAA 1616
Query 1820 GAAGCAGAGACCATTGCTAATGCAAGTGGTGTCAAGGGTTGTGCCTATTGTGGTGGTCTT 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1617 GAAGCAGAGACCATTGCTAATGCAAGTGGTGTCAAAGGTTGTGCGTATTGTGGTGGTCTT 1676
Query 1880 GGACATCGTATCCGAGACTGTCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTCGCCATTTCTAAC 1939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1677 GGACATCGTATCCGAGACTGTCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTGGCTATATCTAAT 1736
Query 1940 TCAAGAAAAGATTATTTTGGCTCGGGTGGCTACAGAGGAGAAATATAATCTTGTTTTG 1997
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TCGAGAAAAGACTATTTTGGCTCTGGTGGCTACAGAGGAGAAATATAATCTTGTTTTG 1794
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80827499890
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5