BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G51750.1
Length=2575
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495241 jgi|Araly1|495241|fgenesh2_kg.8__1057__AT5G51750.1 4017 0.0
Ahg473714 jgi|Araly1|473714|fgenesh2_kg.1__3668__AT1G36180.1 139 9e-32
> Ahg495241 jgi|Araly1|495241|fgenesh2_kg.8__1057__AT5G51750.1
Length=2575
Score = 4017 bits (2175), Expect = 0.0
Identities = 2444/2576 (95%), Gaps = 10/2576 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTCTTCTTCTCCATAGAGATAGAGAGAAGAATCATCTCCTATA--CTCT---AG-CTC 54
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||
Sbjct 1 ATCTCTTCTTCTCCATAGAGATAGAGAGAAGAATCATCTCCTATACTCTCTCCAAGACTC 60
Query 55 CAACAATGGCTAACAAAAACCCACTTCAAAAACCCTTTCTTTTCATAATCTTATCAATCA 114
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAACAATGGCTAACAAAAACCCACTTCGAAAATCCTTTCTTTTCATAATCTTATCAATCA 120
Query 115 ATCTCATCTTTCTTCAAGCAGAAACAACTACTCAAATCTCTACCAAGAAGACTTATGTTA 174
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 ATCTCATCTTTCTTCAAGGAGAAACAGCTACTCAAATCTCTAACAAGAAGACTTATGTTG 180
Query 175 TCCACATGGATAAATCTGCCATGCCTTTACCTTACACTAATCACCTACAATGGTACTCTT 234
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCCATATGGATAAATCTGCTATGCCTTTACCTTACACTAATCACCTACAATGGTACTCTT 240
Query 235 CAAAGATAAACTCTGTAACGCAACATAAATCTCAAGAAGAAGAAGGTAATAACAACAGGA 294
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 CAAAGATAAACTCTGTAACACAAGGCAAATCTCAAGAAGAAGAAGGTAACAACAACAGGA 300
Query 295 TACTCTACACTTACCAGACTGC-TTTCCACGGTTTAGCAGCTCAGCTTACTCAAGAAGAA 353
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||
Sbjct 301 TACTCTACACTTACCAGACTGCGTTT-CACGGTTTAGCTGCTCAGCTTACTGATGAAGAA 359
Query 354 GCAGAGAGGCTTGAGGAAGAAGATGGTGTTGTAGCTGTGATACCTGAGACAAGATACGAG 413
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 360 GCAGAGAGGCTTGAAGAAGAAGATGGTGTTGTAGCTGTGATTCCTGAGACAAGATATGAG 419
Query 414 CTTCACACTACAAGAAGTCCAACGTTTCTTGGGTTAGAAAGACAAGAAAGTGAGAGAGTT 473
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 420 CTTCACACGACAAGAAGTCCAACGTTTCTTGGGTTAGAAAGACAAGAGAGTGAGAGAGTT 479
Query 474 TGGGCTGAGAGAGTCACCGACCATGATGTGGTAGTTGGTGTTTTAGACACTGGTATCTGG 533
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 480 TGGGCTGAGAGAGTCACCGATCATGATGTGGTAGTTGGTGTTTTAGACACTGGGATTTGG 539
Query 534 CCTGAGAGTGAGAGCTTCAACGATACAGGTATGTCCCCTGTTCCTGCTACTTGGAGAGGA 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 540 CCTGAGAGTGAGAGCTTCAACGATACAGGTATGTCCCCTGTTCCTTCTCCTTGGAGAGGA 599
Query 594 GCTTGTGAAACTGGAAAAAGATTCTTGAAACGTAACTGCAATAGAAAGATCGTTGGTGCT 653
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 600 GCTTGTGAAACCGGAAAAAGATTCTTGAAACGTAACTGCAATAGAAAGATTGTTGGTGCT 659
Query 654 AGAGTTTTCTATAGAGGCTATGAAGCTGCAACGGGAAAGATCGATGAAGAGCTTGAATAT 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 AGAGTTTTCTATAGAGGCTATGAAGCTGCAACGGGAAAGATCGATGAAGAGCTCGAATAT 719
Query 714 AAGTCACCGAGAGACAGAGATGGTCACGGGACACACACTGCAGCTACTGTAGCTGGCTCA 773
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 720 AAATCACCGAGAGACCGAGATGGTCACGGGACACACACTGCAGCTACTGTTGCTGGTTCA 779
Query 774 CCTGTTAAAGGAGCTAATCTTTTTGGATTTGCTTATGGGACAGCTCGAGGGATGGCTCAA 833
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 780 CCTGTTAAAGGAGCAAATCTTTTTGGATTTGCTTATGGGACAGCTCGAGGGATGGCTCCA 839
Query 834 AAGGCTAGAGTTGCTGCTTATAAAGTCTGTTGGGTCGGAGGGTGTTTCAGTTCAGACATT 893
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 840 AAGGCTAGAGTAGCTGCTTATAAAGTCTGTTGGGTCGGTGGATGTTTCAGCTCAGACATT 899
Query 894 TTGTCGGCTGTTGATCAAGCTGTTGCTGATGGAGTTCAAGTACTCTCTATATCATTAGGT 953
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTGTCGGCGGTTGATCAAGCTGTTGCTGATGGAGTTCAAGTACTCTCTATATCATTAGGT 959
Query 954 GGTGGGGTCTCTACTTATTCTAGAGACAGTTTGTCTATAGCAACATTTGGAGCAATGGAG 1013
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GGTGGGATCTCTACTTATTCTCGAGACAGTTTGTCCATAGCAACATTTGGAGCAATGGAG 1019
Query 1014 ATGGGAGTTTTCGTTTCGTGTTCTGCCGGTAATGGAGGTCCTGATCCGATTAGTCTCACT 1073
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATGGGTGTTTTCGTTTCGTGTTCTGCCGGTAATGGAGGTCCTGATCCGATTAGTCTCACT 1079
Query 1074 AATGTTTCTCCATGGATCACAACAGTTGGTGCAAGTACTATGGATAGAGATTTTCCAGCA 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AATGTTTCTCCATGGATCACAACAGTTGGTGCAAGTACTATGGATAGAGATTTTCCAGCA 1139
Query 1134 ACAGTGAAGATAGGAACTATGAGAACATTCAAAGGAGTGTCACTTTACAAAGGCAGAACA 1193
|||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ACAGTGAAGATAGGAACTATGAAAACATTTAGAGGAGTTTCACTTTACAAAGGCAGAACA 1199
Query 1194 GTTTTGCCTAAGAATAAACAGTATCCTCTGGTTTACTTAGGAAGGAATGCAAGTAGTCCT 1253
|||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTTTTGTCTAAAAACAAACAGTATCCTCTGGTTTACTTAGGAAGGAATGCAAGTAGTCCT 1259
Query 1254 GATCCAACCTCGTTCTGTCTAGATGGAGCTTTGGATCGGCGCCATGTAGCGGGAAAGATC 1313
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1260 GATCCAACCTCGTTCTGTCTAGATGGGGCTTTGGATCGTCGCCATGTAGCGGGCAAGATC 1319
Query 1314 GTGATATGCGACCGCGGTGTTACTCCACGTGTGCAAAAGGGTCAGGTTGTGAAAAGAGCT 1373
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTGATATGCGACCGTGGTGTTACTCCACGTGTGCAAAAGGGTCAGGTTGTGAAAAGAGCA 1379
Query 1374 GGTGGAATTGGGATGGTTTTAACTAACACTGCAACAAATGGTGAAGAGCTTGTTGCAGAT 1433
|| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGAGGAATTGGGATGATTTTAACTAATACTGCAACAAATGGTGAAGAGCTTGTTGCAGAC 1439
Query 1434 TCTCATATGCTTCCAGCTGTTGCAGTTGGAGAGAAAGAAGGTAAACTAATCAAACAGTAC 1493
|||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1440 TCTCATTTGCTTCCAGCAGTTGCAGTGGGAGAGAAAGAAGGTAAACTGATCAAACAGTAC 1499
Query 1494 GCGATGACGAGTAAAAAAGCGACAGCGAGTTTAGAGATTCTTGGAACAAGAATTGGTATC 1553
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GCGATGACGAGTAAAAAAGCTACAGCGAGTTTAGAGATTCTTGGAACAAGAATTGGTATC 1559
Query 1554 AAACCTTCACCAGTTGTAGCAGCGTTCTCTTCAAGAGGACCAAATTTTCTGTCTTTGGAG 1613
||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AAACCATCTCCTGTTGTAGCAGCATTCTCTTCAAGAGGACCAAATTTTCTGTCTTTGGAG 1619
Query 1614 ATCTTGAAACCAGACTTGTTGGCTCCAGGAGTGAATATTCTTGCAGCTTGGACTGGAGAC 1673
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATCTTGAAACCTGACTTGTTGGCTCCAGGAGTGAACATTCTTGCAGCTTGGACTGGAGAC 1679
Query 1674 ATGGCACCATCGAGTTTATCATCTGATCCAAGGAGGGTTAAGTTCAATATACTGTCTGGA 1733
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 ATGGCGCCATCGAGTTTATCATCTGATCCAAGGAGGGTTAAGTTCAATATACTGTCTGGA 1739
Query 1734 ACTTCAATGTCATGTCCTCATGTAAGTGGTGTAGCTGCTTTGATCAAATCAAGGCATCCA 1793
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1740 ACTTCAATGTCATGTCCTCATGTGAGTGGTGTGGCTGCTTTGATCAGATCAAGGCATCCA 1799
Query 1794 GATTGGAGTCCTGCAGCAATCAAATCAGCTCTCATGACAACTGCTTATGTTCATGACAAC 1853
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1800 GATTGGAGCCCTGCGGCAATCAAATCAGCTCTCATGACAACAGCTTATGTTCACGACAAC 1859
Query 1854 ATGTTTAAGCCTCTTACGGATGCATCAGGAGCAGCTCCTTCATCGCCTTATGATCACGGT 1913
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ACGCTTAAGCCTCTTACGGATGCATCAGGAGCAGCTCCTTCATCGCCTTATGATCACGGT 1919
Query 1914 GCAGGACATATAGATCCTTTAAGAGCTACAGATCCTGGTTTGGTCTACGACATTGGACCT 1973
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GCAGGACATATAGATCCTTTAAAAGCTATAGATCCGGGTTTGGTCTACGACATTGGACCT 1979
Query 1974 CAAGAGTATTTTGAATTCCTCTGCACTCAAGATTTAAGTCCATCACAGCTTAAGGTATTC 2033
||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1980 CAAGATTACTTTGAATTCCTCTGCACTCAGGATTTAAGTCCTTCACAGCTCAAGGTATTC 2039
Query 2034 ACAAAACATTCAAACAGAACCTGCAAACACACTCTTGCCAAGAATCCGGGAAACTTGAAC 2093
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ACAAAACATTCAAACAGAACATGCAAACACACTCTTGCCAAGAATCCGGGAAACTTGAAC 2099
Query 2094 TACCCGGCGATATCAGCTTTGTTCCCAGAGAACACACATGTTAAAGCTATGACACTTAGA 2153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2100 TACCCGGCGATATCAGCTTTGTTCCCAGAGAACACACATGTTAAAGCCATGACTCTTAGA 2159
Query 2154 AGAACAGTGACCAATGTTGGTCCTCACATTTCAAGCTACAAGGTTTCTGTCTCGCCATTC 2213
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2160 AGAACTGTGACCAATGTTGGTCCTCACATTTCAAGCTACAAGGTTTCTGTCTCGCCGTTC 2219
Query 2214 AAAGGCGCATCCGTAACTGTCCAGCCCAAAACACTCAACTTCACTTCGAAGCACCAGAAG 2273
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2220 AAAGGCGCATCGGTCACTGTCCAGCCCAAAACACTCAACTTCACTTCAAAACACCAGAAG 2279
Query 2274 CTTTCCTACACGGTTACTTTCAGGACAAGGTTCCGGATGAAGAGGCCTGAGTTTGGTGGT 2333
||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CTTTCCTACACGGTTACTTTCCGGACAAGAATGCGGTTGAAGAGGCCTGAGTTTGGTGGT 2339
Query 2334 CTAGTGTGGAAGAGCACTACACATAAAGTTCGTAGCCCGGTTATCATCACATGGTTGCCT 2393
|| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2340 CTTGTGTGGAAGAGCTCAACACATAAAGTTCGTAGTCCGGTTATCATCACTTGGCTGCCT 2399
Query 2394 CCTCTGTAGAACAACAACCAATGTTTGAGCAATCCTAATGTTTTTAGTTCCACAAATAAA 2453
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 CCTCTGTAGAACAACAACCAATGTTTGGGCAATTTTAATGTTTTTAGTTCCACAAATAAA 2459
Query 2454 AA--TTCCTTATGTAATGGGAGCTATTCTCTAGATCAATGCTTTGGCATTTATAAAACAA 2511
|| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2460 AAAATTCCTCATGTAATGAGAGCTATTCTCTAGATCAATGCTTTGTCATTTATAAAACAA 2519
Query 2512 CCATATGTTCTTCTTTTGTCACAATGATAACGCTTAACAGAAGACAATTGAATTTG 2567
|||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | | ||| ||||||||||||
Sbjct 2520 CCATATGTTCTTCTTTCGTCACAATGAGAACACTTGAGACAAGTCAATTGAATTTG 2575
> Ahg473714 jgi|Araly1|473714|fgenesh2_kg.1__3668__AT1G36180.1
Length=7229
Score = 139 bits (75), Expect = 9e-32
Identities = 142/172 (83%), Gaps = 14/172 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1007 AATGGAGATGGGAGTTTTCG--T-TTCGTGTTCTGCCGGTAATGGAGGTCCTGATCCGAT 1063
|||||||||| ||| ||| | | ||||||| || |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 61 AATGGAGATGAGAGCTTTGGTTTCTTCGTGTGCTACCGGTAATGGAGGTTCTGATCCGTT 120
Query 1064 TAGTC-TCACTAATGTTTCTCCATGGATCACAACAGTTGGTGCAAGTACTATGGATAGAG 1122
||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||
Sbjct 121 TAG-CTTCACGAAAGTTTCTCCATGGATCACAACAGTTGGTG---GTA--A-GGACAGAG 173
Query 1123 ATTTTCCAGCAACAGTGAAGATAGGAACTA-T--GAGAACATTCAAAGGAGT 1171
|||||||| | ||||||||| || |||||| | |||||| || ||||||||
Sbjct 174 ATTTTCCAACGACAGTGAAGCTAAGAACTAGTATGAGAACCTTTAAAGGAGT 225
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97092034505
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5