BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G53170.1
Length=2787
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495389 jgi|Araly1|495389|fgenesh2_kg.8__1205__AT5G53170.1 4470 0.0
> Ahg495389 jgi|Araly1|495389|fgenesh2_kg.8__1205__AT5G53170.1
Length=2769
Score = 4470 bits (2420), Expect = 0.0
Identities = 2671/2788 (96%), Gaps = 34/2788 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGTAAAGTCTTCTCTTTTGCTCTgaaataaaaagagtaagagaagaaggaa-gaagaag 59
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 AAGTAAAGTCTTCTCTTTTGCTCTG-AATAAAAAGAGTAAGAGAAGAAGGAAGGAAGAAG 59
Query 60 ataaaggattcaaaaaaCCCTAAACACTCCAATGtcttcttctactcttcaagcttctct 119
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ATAAAGGATTC-AAAAACCCTAAACACTCCAATGTCTTCTTCTACTCTTCAAGCTTCTCT 118
Query 120 ttttcttcgtcctcctctccatacttcttcGTTTAAGCTTTACCCTTGTCTATTCTCTTC 179
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||
Sbjct 119 TTTTCTTCGTCTTCCTCTCCATACTTCTTCCTTTAAGCCTTATCCTTGTCTCTTCTCTTC 178
Query 180 TTCTTCATTGAGTTTTTGTCCACAATCTCTCTCAAGTTTCTACCGTCTTTCTTCAGTTCT 239
||| | ||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 179 TTC-T--TTGAGTTTTCATCCTCAATCTCTTTCCAGTTTCTACCGTTTTTCTTCAGTTCT 235
Query 240 TCACAACTCTCGATTTCGTCCCCTTCCTTGCTCATTGCGTCAAGACAATGTCGCTTCCGA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TCACAACTCTCGATTTCGTCCCCTTCCTTGCTCATTGCGCCAAGACAATGTCGCTTCCGA 295
Query 300 TTCTGATTTCATTCCCAAAGACTCCGC--TT-TT---GA----G-G-TTACGGATTCAGC 347
||| |||||| |||||||||||||||| || || || | | |||||||||||||
Sbjct 296 TTCCGATTTCCTTCCCAAAGACTCCGCTTTTGTTACCGACGGTGAGATTACGGATTCAGC 355
Query 348 TGAGAGTAATAGATTGGTTTCCGATACGGAGGTTTCGGAATTAGAGACGAATGATAGATT 407
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TGAGAGTAATAGATTGGTTACGGATACGGAGGTTTCGGAATTAGAGACGAATGATAGATT 415
Query 408 TGTGGGTGGTGAGGAGACGAAAAGTGGAGGAGAAGAAGCGGAGGTTAGTAATGGAGTAAC 467
|||||||||| | ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 416 TGTGGGTGGT--------G--AAG-GGACGAG-TGAAGCGGAGGTTAGTAATGGAGTGAC 463
Query 468 GGAAGGTAAGGAGGAAGATCAGAAGAAGAGCAAGTTTAGGATTGTGGTGTTGATGATGGC 527
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 464 GGAGGGTAAGGAGGAAGATCAGAAGAAGAGCAAGTTTCGGATTGTTGTGTTGATGATGGC 523
Query 528 ACTATGGGCGGCTATAAAGAGAGCTATAGAGAAGGTAATGGAGTGGGAATGGTTAAGCTG 587
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 ACTATGGGCGGCTATAAAGAGAGCTATCGAGAAGGTCATGGAGTGGGAATGGTTAAGCTG 583
Query 588 GTGGCCTTTCTCTCGCCAGGAGAAGCGGCTCGAGAAACTTATTGCTGAGGCTGATGCTAA 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 GTGGCCTTTCTCTCGCCAGGAGAAGCGGCTCGAGAAACTTATTGCTGAGGCTGATGCTAA 643
Query 648 TCCAAAGGACGCAGCTTTGCAGGGTGCTTTATTGGCTGAGCTCAATAAGCATATTCCTGA 707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 644 TCCAAAGGACGCAGCTTTGCAGGGTGCTTTATTGGCTGAGCTCAACAAACACATTCCTGA 703
Query 708 GGCTGTAGTTCAACGGTTTGAACAAAGGGAACACACAGTGGATAGTAGAGGAGTTGCTGA 767
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GGCTGTTGTTCAACGGTTTGAACAAAGGGAACACGCAGTGGATAGTAGAGGAGTTGCTGA 763
Query 768 ATATATTCGAGCTCTTGTCATTACAAATGCTATCTCGGAGTATCTTCCTGATGAACAAAC 827
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 ATATATTCGAGCTCTTGTCATTACTAATGCTATTTCGGAGTATCTTCCTGATGAACAAAC 823
Query 828 GGGGAAGCCATCTAGTCTTCCCGCACTGCTGCAAGAGCTGAAGCATCGTGCATCAGGCAA 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 GGGGAAGCCATCTAGTCTTCCCGCACTGCTGCAAGAGCTGAAGCATCGTGCATCAGGCAA 883
Query 888 TATGGACGAATCATTTGTGAACCCTGGTATATCTGAGAAGCAACCACTGCATGTTACCAT 947
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 884 TATGGACGAATCATTTGTGAACCCTGGTATATCTGAGAAGCAACCATTGCATGTTACCAT 943
Query 948 GGTTAATCCTAAAGTTTCAAACAAATCAAGATTTGCGCAAGAGCTTGTCTCTACGATCTT 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 GGTTAATCCTAAAGTTTCAAACAAATCAAGATTTGCGCAAGAGCTTGTCTCTACGATCTT 1003
Query 1008 GTTCACTGTTGCGGTGGGATTAGTGTGGATTA-TGGGTGCAGCTGCTCTGCAAAAGTATA 1066
|||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 GTTCACAGTTGCGGTGGGATTAGTGTGG-TTAATGGGTGCAGCTGCTCTGCAAAAGTATA 1062
Query 1067 TTGGAAGTCTTGGAGGAATTGGAACTTCGGGTGTTGGTTCAAGCTCTTCATATTCCCCAA 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 TTGGAAGTCTTGGAGGAATTGGAACTTCGGGTGTTGGTTCAAGCTCTTCATATTCCCCAA 1122
Query 1127 AAGAGCTGAACAAAGAAATAACGCCAGAAAAGAATGTCAAAACATTTAAGGACGTAAAGG 1186
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1123 AAGAACTGAACAAAGAAATAACGCCAGAAAAGAATGTCAAGACATTCAAGGACGTTAAGG 1182
Query 1187 GTTGTGATGATGCAAAACAAGAGCTCGAAGAGGTAGTTGAATATCTCAAAAATCCATCAA 1246
|||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1183 GTTGTGATGATGCAAAGCAAGAGCTTGAGGAGGTAGTTGAATATCTTAAAAATCCATCAA 1242
Query 1247 AGTTTACCCGCCTTGGAGGAAAGTTGCCAAAGGGAATTCTTCTAACCGGGGCACCTGGTA 1306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1243 AGTTTACCCGCCTTGGAGGAAAGTTGCCAAAGGGAATTCTTCTTACCGGGGCACCTGGTA 1302
Query 1307 CTGGAAAGACATTGCTGGCCAAAGCAATTGCTGGAGAAGCTGGAGTACCCTTCTTCTATA 1366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 CTGGAAAGACATTGCTGGCCAAAGCAATTGCTGGAGAAGCTGGAGTACCCTTCTTCTATA 1362
Query 1367 GAGCTGGATCTGAATTTGAAGAGATGTTTGTTGGGGTAGGAGCTCGCCGTGTGAGATCCT 1426
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1363 GAGCTGGATCTGAATTTGAAGAGATGTTTGTTGGAGTAGGTGCTCGCCGTGTGAGATCCT 1422
Query 1427 TGTTTCAGGCAGCCAAGAAGAAGGCACCTTGTATTATTTTCATTGACGAAATTGATGCTG 1486
||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 TGTTTCAGGCAGCGAAGAAAAAGGCACCTTGTATCATTTTCATTGACGAAATTGATGCTG 1482
Query 1487 TTGGATCCACAAGAAAACAATGGGAAGGGCATACAAAGAAGACATTGCATCAACTACTTG 1546
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1483 TTGGATCCACAAGAAAACAATGGGAAGGGCATACAAAGAAGACACTGCATCAACTACTTG 1542
Query 1547 TTGAAATGGATGGTTTTGAGCAGAATGAGGGAATAATAGTTATGGCTGCAACAAACTTGC 1606
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 TTGAAATGGATGGTTTTGAGGAGAATGAGGGAATAATAGTTATGGCTGCAACAAACTTGC 1602
Query 1607 CTGATATACTTGATCCAGCTCTGACAAGACCGGGTAGATTTGATAGACATATTGTCGTAC 1666
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 CTGATATACTTGATCCAGCCCTGACAAGACCGGGTAGATTTGATAGACATATTGTCGTAC 1662
Query 1667 CCAGTCCGGATGTCCGTGGACGCGAAGAGATTTTGGAACTCTACCTCCAAGGCAAACCTA 1726
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 CCAGTCCGGATGTCCGTGGACGCCAAGAGATTTTGGAACTCTACCTCCAAGGCAAACCTA 1722
Query 1727 TGTCAGAAGATGTTGATGTTAAAGCAATTGCTCGTGGAACTCCTGGATTCAATGGTGCTG 1786
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 TGTCAGAAGATGTGGATGTTAAAGCAATTGCTCGTGGAACTCCTGGATTCAATGGTGCTG 1782
Query 1787 ATCTTGCAAACCTGGTAAATATTGCTGCCATAAAAGCAGCTGTTGAAGGTGCTGAGAAGT 1846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1783 ATCTTGCAAACCTGGTAAATATTGCTGCCATAAAAGCAGCTGTTGAAGGGGCTGAGAAAT 1842
Query 1847 TATCTTCTGAACAGTTGGAATTCGCAAAGGACCGAATTGTCATGGGCACAGAGAGGAAGA 1906
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 TATCTTCTAAACAGTTGGAATTCGCAAAGGACCGAATAGTCATGGGCACAGAGAGGAAGA 1902
Query 1907 CAATGTTCGTATCAGAGGACTCAAAAAAGCTCACTGCATACCATGAGAGTGGTCATGCTA 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 CAATGTTCGTATCAGAGGACTCAAAAAAGCTCACTGCATACCATGAGAGTGGTCATGCTA 1962
Query 1967 TTGTCGCTTTAAATACGAAAGGTGCGCACCCGATCCACAAAGCGACTATAATGCCACGTG 2026
|||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 TTGTCGCTTTGAACACGAGAGGTGCGCACCCAATCCACAAAGCGACTATAATGCCACGTG 2022
Query 2027 GATCTGCATTGGGAATGGTTACACAGTTACCTTCAAACGATGAAACATCAGTGAGCAAGA 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 GATCTGCATTGGGAATGGTTACACAGTTACCTTCAAACGATGAAACATCAGTGAGCAAGA 2082
Query 2087 GGCAGTTATTAGCTCGTCTCGATGTATGTATGGGAGGAAGAGTTGCAGAGGAGCTCATCT 2146
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 GGCAGTTATTAGCTCGTCTTGATGTATGTATGGGAGGAAGAGTTGCAGAGGAGCTCATCT 2142
Query 2147 TTGGCTTGGACCATATTACCACTGGAGCGAGTAGCGATCTGTCACAGGCCACTGAACTTG 2206
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 TTGGCTTGGACCATATCACCACTGGAGCAAGTAGCGATCTGTCACAGGCCACTGAACTTG 2202
Query 2207 CACAATACATGGTATCGAGTTGTGGGATGAGTGAGGCAATAGGACCAGTTCATATAAAAG 2266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 CACAATACATGGTATCGAGTTGTGGGATGAGTGAGGCAATAGGACCAGTTCATATAAAAG 2262
Query 2267 AAAGACCAAGCTCTGATATGCAATCACGCATTGATGCCGAGGTTGTGAAGCTTCTTAGAG 2326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2263 AAAGACCAAGCTCTGATATGCAATCACGCATTGATGCAGAGGTTGTGAAGCTTCTTCGAG 2322
Query 2327 AAGCATATGAGAGAGTGAAATCTCTCTTGAAACGGCATGAGAAGCAGCTACACACGTTAG 2386
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2323 AGGCATATGAGCGAGTGAAATCTCTCTTGAAACGGCATGAGAAGCAGCTACACACATTAG 2382
Query 2387 CAAACGCACTTCTAGAGTATGAAACGCTAACCGCAGAGGACATAAAGCGTATTCTCCTTC 2446
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 CAAACGCACTTCTAGAGTATGAAACTCTAACCGCAGAGGACATAAAGCGTATTCTCCTTC 2442
Query 2447 CAAAGCAGGAAGGCGAGAAATTTGAAGAGCAACAACAAGAAGAAGGAGACTTGGTATTGG 2506
| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CGAAGCAAGAAGGTGAGAAGTTTGAAGAGCAACAACAAGAAGAAGGAGACTTGGTATTGG 2502
Query 2507 CCTAATCACATCATTCATTACCATAAACACACTTCTTTGGGTGAAAAAGGGAGATTCAAA 2566
|||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2503 CCTAGTCACATCATTCATTACCATAAACACACCTGTTTGGGTGAAAAAGGGAGGTTCAAA 2562
Query 2567 GCTTTGTACAGAGTAAATCTCCCATAGCTTCTACAACAACAACCAAAAGAAAAA-CATAT 2625
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2563 GTTTTGTACAGAGTAAATCTCCCATAGCTTCTACAACAACAACCAAAAGAAAAAACATGT 2622
Query 2626 GAAATTATTGATCTCATGTTACAAAATTATTGTAGTTTTTATTTCATTAGCTCATTAGTT 2685
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2623 GAAATTATTGATCTCATGTTACAAA-TTATTGTAGTTTTTATTTCATTAGCTCATTAGTT 2681
Query 2686 TTCGCTTCGACCTTGAACCTTTTGCCCTTTTTGACATTCTGTTCAATTCTATGAAGAAAA 2745
||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 TTCACTTCGACCTGGAACCTTTTTCCCTTTTTGACATTCTGTTCAATTCTATGAAGAAAA 2741
Query 2746 ATGTAAAACAACATTGAAAAGAAAGTAA 2773
||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2742 ATGTAAAACAACATTGAAAAGAATGTAA 2769
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105167166445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5