BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G53580.1 Length=1340 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495434 jgi|Araly1|495434|fgenesh2_kg.8__1250__AT5G53580.1 1877 0.0 > Ahg495434 jgi|Araly1|495434|fgenesh2_kg.8__1250__AT5G53580.1 Length=1259 Score = 1877 bits (1016), Expect = 0.0 Identities = 1199/1283 (93%), Gaps = 30/1283 (2%) Strand=Plus/Plus Query 7 TTTATCTTCAAAAACATCCACACACTGAGAAACAGCAGAAGAAAGGCTTGAGAGCCTTCT 66 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1 TTTATCTCCAAAAACATCCACACACTGAGAAACAGCAGAAGAAAGGCTAGAGAGCCTTC- 59 Query 67 TCTCCACTATTTTCAATGGCTTTAACATTGTCAACCACAAAGACCTTCACTAACATAAAC 126 | | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 60 T-T---C-----TCAATGGCTTTAACATTGTCAACCACAAAGACTTTCACTAATATAAAC 110 Query 127 TGCTCAAACAATACTTCCAACATAACCACCTTTAAGCCTCTCAAGCTTCCTCTTTTCTGG 186 |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 111 TGCT----C---A-----AACATAACCACCTTTAAGCCTCTCAAGCTTCCTCTTTTCTGG 158 Query 187 CCATGGCAAAAGGTCAAAATGGGTCCTTTAAGTGTTTCTCCTATGGGTTTTGGGACATGG 246 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 159 CCATGGCAAAAGGTCAAAATGGGTCCTTTGAGTGTTTCTCCAATGGGTTTTGGGACATGG 218 Query 247 GCTTGGGGTAATCAGCTTCTTTGGGGTTATCAGACTTCCATGGATGATCAGCTTCAACAA 306 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 219 GCTTGGGGCAATCAGCTTCTTTGGGGTTATCAGACTTCCATGGATGATCAGCTTCAAGAA 278 Query 307 GCTTTTGAATTGGCTTTGGAAAATGGAATCAATTTGTTTGATACTGCTGATTCTTATGGC 366 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 279 GCTTTTAAATTGGCTTTGGAAAATGGAATCAATTTGTTTGATACTGCTGATTCTTATGGC 338 Query 367 ACTGGTAGGCTTAATGGCCAAAGTGAGAGACTTTTGGGGAAATTCATTAAAGAATCTCAA 426 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 339 ACTGGTAGGCTTAATGGTCAAAGTGAGAGACTTTTGGGGAAATTCATTAAAGAATCTCAA 398 Query 427 G-GACTTAAAGGGAAACAAAATGAAGTAGTGGTAGCTACAAAGTTTGCAGCTTATCCATG 485 | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 399 GTG-CTAAAAGGGAAACAAAATGAAGTAGTGGTAGCTACAAAGTTTGCAGCTTATCCATG 457 Query 486 GAGGTTAACTTCAGGACAGTTTGTGAATGCCTGCAGAGCTTCTTTAGACCGGCTTCAGAT 545 ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 458 GAGGTTAACCTCTGGACAGTTTGTGAATGCCTGCAGAGCTTCTTTAGACCGACTTCAGAT 517 Query 546 AGACCAGCTCGGGATTGGACAGCTTCACTGGTCAACTGCAAGCTACGCGCCTCTACAAGA 605 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 518 AGACCAGCTCGGGATCGGACAGCTTCACTGGTCGACTGCAAACTACGCGCCTCTACAAGA 577 Query 606 GCTTGTTCTTTGGGATGGTCTAGTGCAAATGTACGAAAAGGGTTTAGTTAGAGCCGTTGG 665 ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| Sbjct 578 GCTTGTTCTTTGGGATGGTCTAGCGCAAATGTATGAAAAGGGCCTAGTTCGAGCGGTTGG 637 Query 666 AGTTAGTAACTATGGACCTCAACAGCTTGTGAAGATTCATGATTACCTTAAAACTCGAGG 725 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 638 AGTCAGTAACTATGGACCTCAACAGCTTGTGAAGATTCATGATTACCTTAAAACTCGAGG 697 Query 726 GGTTCCTTTATGTTCTGCCCAAGTGCAATTCTCATTGCTAAGCATGGGAAAAGAGCAACT 785 |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 698 GGTTCCTTTATGCTCTGCTCAAGTGCAGTTCTCATTGCTAAGCATGGGGAAAGAGCAACT 757 Query 786 AGAGATCAAGAGTATATGCGACGAGCTCGGGATTCGTTTAATCTCTTATAGTCCTCTTGG 845 |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 758 AGAGATCAAGAGTATATGTGACGAGCTCGGGATTTGTTTAATCTCTTATAGTCCTCTTGG 817 Query 846 GCTAGGAATGCTAACTGGGAAATACTCCTCTTCAAAACTTCCCACTGGTCCACGATCATT 905 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 818 TCTAGGAATGCTAACTGGGAAATACTCCTCTTCAAAACTTCCCACTGGTCCTCGATCATT 877 Query 906 GCTGTTCCGACAAATTCTTCCTGGATTAGAACCTCTTCTTTTAGCACTGAGCGAGATTGC 965 |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||| Sbjct 878 GCTGTTTCGACAAATTCTACCTGGATTAGAGCCTCTGCTTCTAGCACTGAGTAAGATTGC 937 Query 966 AAAGAAACGAGGAAAGACTATGCCTCAGGTTGCAATAAACTGGTGCATATGCAAAGGGAC 1025 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 938 AAAGAAACGAGGAAAGACTATGCCTCAGGTCGCAATAAACTGGTGTATATGCAAAGGGAC 997 Query 1026 AGTACCGATACCGGGAATCAAGTCGGTAAGACATGTTGAAGATAATTTGGGTGCTCTGGG 1085 |||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| Sbjct 998 AGTACCGATACCCGGTATCAAGTCGGTAAAACATGTAGAGGATAATTTAGGTGCTCTGGG 1057 Query 1086 ATGGAAACTTACAAATGATGAACAGCTTCAGTTAGAATATGCAGCTAAAGAATCACCAAA 1145 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1058 ATGGAAACTTACAAATGATGAACAGCTGCAGTTAGAATATGCAGCAAAAGAATCACCGAA 1117 Query 1146 GTCAATGATTCAGAATATTTTTCAGACAAGATGATAGGATAAGAGAAGATGCTTATACAC 1205 ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1118 GTCGATGATTCAGAACATTTTTCAAACAAGATGATATGATAAGAGAAGATGCTTATACA- 1176 Query 1206 ATCTAGACCACAAA-TGAGAACAATGTGTATAAGTAGAAGT-TTTAATCTACTTCT-T-T 1261 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | Sbjct 1177 -TCTAGACCACAAAATGAGAACAATGTGTATAAGTAGAAGTGTTTAATCTACTTCTATAT 1235 Query 1262 ATATATGCACATATTGTGAAGAA 1284 ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1236 ATATATGCACATATTGTGAAGAA 1258 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 50131635855 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5