BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G54160.1 Length=1367 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495497 jgi|Araly1|495497|fgenesh2_kg.8__1313__AT5G54160.1 1999 0.0 Ahg950041 jgi|Araly1|950041|scaffold_801928.1 1823 0.0 > Ahg495497 jgi|Araly1|495497|fgenesh2_kg.8__1313__AT5G54160.1 Length=1302 Score = 1999 bits (1082), Expect = 0.0 Identities = 1252/1329 (94%), Gaps = 31/1329 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 CACCCATCACACAATCCTCAAAACAGAGTAACCCAAAAAACAGAGCAATCTCT-AAAAAA 59 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1 CACCCATCACACAATCCTCAAAACAGAGTAACCCAAAAAACAGAGCAATCTCTAAAAAAA 60 Query 60 -TCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCAGAGACACAATTAACTCCGGTGCAA 118 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 GTCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCGGAGACACAATTAACCCCGGTGCAA 120 Query 119 GTCACCGACGACGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCTTCCGTTCTTCCG 178 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 121 GTCACCGACGAAGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCCTCCGTTCTTCCG 180 Query 179 ATGGCTTTAAAATCCGCCTTAGAGCTTGACCTTCTTGAGATTATGGCCAAGAATGGTTCT 238 |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 181 ATGGCTTTAAAATCGGCTTTAGAGCTCGACCTTCTTGAGATCATGGCCAAGAACGGTTCT 240 Query 239 CCCATGTCTCCTACCGAGATCGCTTCTAAACTTCCGACCAAAAATCCTGAAGCTCCGGTC 298 ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 241 CCCATGTCTCCGACCGAGATCGCTTCTCATCTTCCGACCAAAAACCCTGAAGCTCCGGTC 300 Query 299 ATGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTTACTCCG-TCTTAACCTGCTCCAACCG 357 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| Sbjct 301 ATGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTTACTCCGTTC-TCACCTGCTCCAACCG 359 Query 358 TAAACTTTCCGGTGATGGCGTTGAACGGATTTACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTT 417 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 TAAACTTTCCGGTGACGGCGTTGAACGGATTTACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTT 419 Query 418 GACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGT 477 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 GACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGT 479 Query 478 TCTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAA 537 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 TCTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAA 539 Query 538 CAAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTCGAGTACCACGGGACTGACCCTAGATTCAACAAGGT 597 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CAAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTTGAGTACCACGGAACTGACCCTAGATTCAACAAGGT 599 Query 598 CTTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTA 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 CTTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTA 659 Query 658 TAAGGGTTTTGAAGGATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACACT 717 |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 660 CAAGGGTTTCGAGGGCTTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACTCT 719 Query 718 CAAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAATCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCACATGT 777 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TAAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAACCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCACATGT 779 Query 778 CATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCTGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAG 837 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 780 CATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCCGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTCGTAAG 839 Query 838 TGTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGTGACGAACA 897 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 840 TGTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGCGACGAACA 899 Query 898 TTGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGTCACTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATATT 957 ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TTGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGGCGCTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATATT 959 Query 958 AGCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCA 1017 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 AGCAGAATGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCA 1019 Query 1018 TGTCGATTGCATTATGTTGGCTCACAATCCCGGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAGTT 1077 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1020 TGTCGATTGCATTATGTTGGCTCACAATCCCGGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAATT 1079 Query 1078 TGAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGG 1137 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 CGAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGG 1139 Query 1138 TGTTAACCTTATTGAGTTACTCAAGAAGCTCTAAAAACAAACAATGTTCCTATGAAGATG 1197 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || || | || Sbjct 1140 TGTTAACCTTATTGAGTTGCTCAAGAAGCTCTAAAA--------T-TT---AT-A---TG 1183 Query 1198 ATTTATATGTAAACATTATCTCATATCTCCTTCCACGGTTCCAAAACTATGCTGTTTAAT 1257 | | | | ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 1184 -T--A-A---A--CATTATCTCATATCTACTTGGACGGTTTTAAAACTATCCTGTTTAAT 1234 Query 1258 AATGGTTTTTACAAGAATTT-GATTATGAGTTTGTATTTTTGTTTGTTTGGAACAAAATT 1316 ||||| | ||| |||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1235 AATGGATCTTATAAGAATTTCGTTTA-GAGTTTGTGTTTTTGTTTGTTTGTAACAAAATT 1293 Query 1317 ATGTGATTA 1325 |||| |||| Sbjct 1294 ATGTAATTA 1302 > Ahg950041 jgi|Araly1|950041|scaffold_801928.1 Length=1130 Score = 1823 bits (987), Expect = 0.0 Identities = 1086/1133 (96%), Gaps = 9/1133 (1%) Strand=Plus/Plus Query 60 TCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCAGAGACACAATTAACTCCGGTGCAAG 119 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2 TCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCGGAGACACAATTAACTCCGGTGCAAG 61 Query 120 TCACCGACGACGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCTTCCGTTCTTCCGA 179 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 62 TCACCGACGACGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCCTCCGTTCTTCCGA 121 Query 180 TGGCTTTAAAATCCGCCTTAGAGCTTGACCTTCTTGAGATTATGGCCAAGAATGGTTCTC 239 ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 122 TGGCTCTAAAATCTGCTTTAGAGCTCGACCTTCTTGAGATCATGGCCAAGAACGGTTCTC 181 Query 240 CCATGTCTCCTACCGAGATCGCTTCTAAACTTCCGACCAAAAATCCTGAAGCTCCGGTCA 299 |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 182 CCATGTCTCCGACCGAGATCGCTTCTCATCTTCCGACCAAAAACCCTGAAGCTCCGGTCA 241 Query 300 TGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTTACTCCG-TCTTAACCTGCTCCAACCGT 358 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| Sbjct 242 TGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTCACTCCGTTC-TCACCTGCTCCAACCGT 300 Query 359 AAACTTTCCGGTGATGGCGTTGAACGGATTTACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTTG 418 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AAACTTTCCGGTGACGGCGTTGAACGGATATACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTTG 360 Query 419 ACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGTT 478 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 361 ACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGGTCTTTGTCTTACGAGCCAAGACAAGGTT 420 Query 479 CTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAAC 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 CTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAAC 480 Query 539 AAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTCGAGTACCACGGGACTGACCCTAGATTCAACAAGGTC 598 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTTGAGTACCACGGAACTGACCCTAGATTCAACAAGGTC 540 Query 599 TTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTAT 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTAC 600 Query 659 AAGGGTTTTGAAGGATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACACTC 718 |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 601 AAGGGTTTCGAGGGCTTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACTCTT 660 Query 719 AAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAATCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCACATGTC 778 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 661 AAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAACCTTAAAGGCATCAATTTTGATCTCCCACATGTC 720 Query 779 ATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCTGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGT 838 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 ATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCCGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGT 780 Query 839 GTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGTGACGAACAT 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 781 GTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGCGACGAACAT 840 Query 899 TGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGTCACTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATATTA 958 |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGGCGCTTTCAGAGGATGGAAAAGTGATATTA 900 Query 959 GCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCAT 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCAT 960 Query 1019 GTCGATTGCATTATGTTGGCTCACAATCCCGGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAGTTT 1078 ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GTCGATTGCATTATGTTGGCTCATTAT---GGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAGTTT 1017 Query 1079 GAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGGT 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 GAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGGT 1077 Query 1139 GTTAACCTTATTGAGTTACTCAAGAAGCTCTAAAA-AC-A-AACAATGTTCCT 1188 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | || ||||| ||| Sbjct 1078 GTTAACCTTATTGAGTTGCTCAAGAAGCTCTAAAAGACCATAA-AATGTCCCT 1129 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 51160954614 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5