BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G55530.1
Length=1740
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495637 jgi|Araly1|495637|fgenesh2_kg.8__1453__AT5G55530.2 2577 0.0
> Ahg495637 jgi|Araly1|495637|fgenesh2_kg.8__1453__AT5G55530.2
Length=1648
Score = 2577 bits (1395), Expect = 0.0
Identities = 1492/1540 (97%), Gaps = 2/1540 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 202 GATTGTTTGTTAGGTTTTACAATGGACTCCCCACAATCTGTTGTTTCACCATTCAAGATT 261
|||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 110 GATTGTTTCTTAGGTTTTGCTATGGACTCCCCACAATCTGTTGTTTCACCATTCAAGATT 169
Query 262 GGTGAGTCAGAGAATGAGAACTCAAATTCTGTGCAGAGTTCTGGAAACCAATCGAATGGC 321
|||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 170 GGTGAGCCAGAAAATGAGAACTCAATTTCTGTGCAGAGCTCTGGAAACCGATCGAATGGC 229
Query 322 ATAAATTCCAATGGGAAAGATTCTAAAAGTTGTGGCCGGCAAGACCTTGTTGGTGCTCTT 381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 230 ATAAATTCCAATGGGAAAGATTCTAAAAGTTGTGGCCGGCAAGACCTTGTTGGTACTCTT 289
Query 382 GAGGTTTATGTCCATCAGGCAAGGGATATCCATAACATTTGTATATATCACAAGCAAGAC 441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 GAGGTTTATGTCCATCAGGCAAGGGATATCCATAACATTTGTATATATCACAAGCAAGAC 349
Query 442 GTTTATGCCAAGCTTTGCCTTACAAGTGATCCTGATAAGTCTGTCTCGACCAAAATCATC 501
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 350 GTTTATGCCAAGCTTTGCCTTACAAGTGATCCTGAAAAGTCTGTCTCAACCAAAATCATC 409
Query 502 AATGGCGGTGGGAGGAATCCGGTTTTTGATGACAATGTTAAGCTTGATGTCAGGGTTCTG 561
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 AATGGTGGTGGGAGGAATCCGGTTTTTGATGACAATGTTAAGCTTGATGTCAGGGTTCTG 469
Query 562 GACACTTCCCTCAAATGTGAGATTTACATGATGAGCAGGGTGAAGAATTATCTTGAGGAC 621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 470 GACACTTCCCTCAAATGTGAGATTTACATGATGAGCAGGGTGAAGAATTATCTTGAAGAC 529
Query 622 CAGCTGCTTGGTTTTACTCTGGTTCCTATGTCGGAACTGCTCTTCAAGAATGGGAAACTC 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 530 CAGCTGCTTGGTTTTACTCTGGTTCCTATGTCGGAACTGCTCTTCCAGAATGGGAAACTC 589
Query 682 GAGAAAGAGTTCTCTCTTTCTTCCACTGATCTCTACCATTCGCCAGCTGGTTTTGTTCAA 741
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 GAGAAAGAGTTCTCTCTTTCTTCCACTGATCTGTACCATTCGCCAGCTGGTTTTGTTCAA 649
Query 742 TTGTCACTCTCCTATTATGGATCCTACCCTGACGTGATGGCTATTCCCTCTATGCCTTCG 801
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 650 TTGTCACTCTCCTATAATGGATCCTACCCTGAAGTGATGGTTCTTCCCTCTATGCCTTCG 709
Query 802 TCTGTTTCTATTGATGAAACTACCAAGGATCCAGAAGGGTCTGAATCAGTTCCGGGTGAG 861
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 TCTGTTTCTGTTGATGAAACTACCAAGGATCCAGAAGGGTCTGAATCAGTTCCGGGTGAG 769
Query 862 TTGGATAAGATAGAGTTTCCAGATCCTAATGTTGCTAATGAAAATGAGAAGATGGTTTCC 921
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 TTGGAGAAGATAGAGTTTCCAGATCCTAATGTCGCTAATGAAAATGAGAAGATGGTTTCC 829
Query 922 GAGTATTTTGGGATCTCTTGTTCCACTATTGACTCAGAAACTTCTGACAGCTTGGTTACT 981
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 GAGTATTTTGGGATCTCCTGTTCCACTATTGACTCAGAAACTTCTGACAGCTTGGTTACT 889
Query 982 TCCGATGCTGAGAATCATGTGACTAATTCTGTCACTTCTATACTGAAGCAAGATTCACCT 1041
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 890 TCCGATGCTGAGAATCATGTGACCAATTCTGTCACTTCTATACTGAAACAAGATTCACCT 949
Query 1042 GAGAGCAGCAATGCAACAAATGGAGCTGCTTCTCCTCACGCTTCAGCTCACTCCGCCACA 1101
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 950 GAGAGCAGCAATGCAACAAATGGAGCTGCTTCTCCTCACGCTTCAGCTCACTCCGCTACA 1009
Query 1102 GAAACACCAAACCATGAACATCTCTCTGTCGTGAACTCCAAAGCGAGTTCCCAGGAGTCA 1161
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 GAAACACCAAACTATGAACATCTCTCTGTCGTGAACTCCAAAGCGAGTTCCCAGGAGTCA 1069
Query 1162 GAGAGCGAGGCTTCTGGTGAGACATCTGAGGAGAAGACTGTGAAATCCGTCCTCACTGTG 1221
| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 GGGAGCGAGGCTTCAGGTGAGACATCAGAGGAGAAGATTGTGAAATCCGTCCTCACTGTG 1129
Query 1222 AAGGTTGAGCCAGAGTCAAAGGTGGTGCAGCAGGATATAGTCGACATGTACATGAAAAGC 1281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 AAGGTTGAGCCAGAGTCAAAGGTGGTGCAGCAGGATATAGTCGACATGTACATGAAAAGC 1189
Query 1282 ATGCAACAGTTTACAGATTCACTGGCTAAGATGAAGCTTCCTCTGGACATTGACAGCCCA 1341
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1190 ATGCAACAGTTTACTGATTCACTGGCTAAGATGAAGCTTCCTCTGGACATTGATAGCCCA 1249
Query 1342 ACAAAATCAGAAAATTCAAGCTCTGATTCTCAGAAGCTGCCAACACCAAAGAGCAACAAC 1401
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1250 ACAAAATCAGAGAATTCAAGCTCTGATTCTCAGAAGCTGCCAACACCAAAGAACAACAAC 1309
Query 1402 GGATCCCGTGTGTTCTATGGGAGCAGGCCTTTCTTCTGAGCATCTCTTTTACCAAGTTCA 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1310 GGATCCCGTGTGTTCTATGGGAGCAGGCCTTTCTTCTGAGCATCTGTTTTACCAAGTTCA 1369
Query 1462 GAG-AAAGAACGCAGGTCACCCTTAGACTTTTCTAATGAAGAAAGACTAATCCTAATGAT 1520
||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 GAGGAAA-AACGCAGGTCACTCTTAGACTTTTCTAATGAAGAAAGACTAATCCTAATGAT 1428
Query 1521 GTAATTTTATAATGTACTATTTCATGTTGTATCTCCCATCTGGTCAGCTTGATGCTTTAG 1580
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GTAATTTTATAATGTACTATTTGATGTTGTATCTCCCATCTGGTCAGCTTGATGCTTTAG 1488
Query 1581 TTGATGTGAGTTATTATTACGTATCACTAGCCTTTACTCTATTAGAACTATGTACGCATT 1640
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1489 TTGATGTGAGTTATTATTATGTATCACTAGCCTTTACTCTATTAGAACTATGTCCGCATT 1548
Query 1641 ATATGAACTTCTGCTGCCTAATCATGTTTGTATTTTCTGAGTTACTGCGTTTTACATCCA 1700
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1549 ATATGAATTTCTGCTGCCTAATCATGTTTGTATTTTCTGAGTTACTGATTTTTACATCCA 1608
Query 1701 CAAGAATCTTTAAAGCATAGTGATAAATGCTTAGATTGCT 1740
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1609 CAAGAATCTTTAAAACATAGTGATAAATGCTAAGAGTGCT 1648
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65286679930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5