BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G55600.1
Length=3224
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495647 jgi|Araly1|495647|fgenesh2_kg.8__1463__AT5G55600.2 3273 0.0
> Ahg495647 jgi|Araly1|495647|fgenesh2_kg.8__1463__AT5G55600.2
Length=2287
Score = 3273 bits (1772), Expect = 0.0
Identities = 1950/2037 (96%), Gaps = 7/2037 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 850 ATGTGTGAGAATGATCATCATTTTGTCGAGTGGAAGGAGCATTTTGTCTCCCAAGAGCGA 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGTGTGAGAATGATCATCATTTTGTCGAGTGGAAAGAGCATTTTGTCTCACAAGAGCGA 60
Query 910 GGGAACCGTGTTGTTCATTACTTCCTCAAGGATTCTGCCGGTGAATCTATCCTAGCTGTC 969
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 61 GGGAACCGTGTTGTTCATTACTTCCTGAAGGATTCTGCGGGTGAATCCATCCTAGCTGTG 120
Query 970 ATTGGTACTGAGAGAAGTGTTAGGCACATGTTCTATGTTGTCTCTGAGGAGTTTGTGCGC 1029
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GTTGGTACTGAGAGAAGTGTTAGACACATGTTCTATGTTGTCTCTGAGGAGTTTGTGCGT 180
Query 1030 ATTCATGG-TCCTGAGAATTCAATTCATTCTGGCTTCAAATGGAGGTCGAGAAGGGAAGT 1088
|||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 ATTCATGGTTCC-GAGAATTCAATTCATGCGGGCTTTAAATGGAGGTCGAGAAGAGAAGT 239
Query 1089 TGTGGATTGGCTCACTTCAATGCTGTCTAAGCAGAGTACACAAGGAAACTGGTCGAAGTC 1148
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGTGGATTGGCTGACTTCAATGCTGTCTAAGCAAAGTACACAAGGAAACTGGTCGAAGTC 299
Query 1149 ACCAAAATGTGAGTCAGGGGAATCTAATGGATCTCCCGAATTTCCAAGCAATGGATTTAC 1208
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 300 ACCAAAATGTGAGTCAGGGGAATCTAATGGATCTCCTGAATTTCCAAGCAATGGATTTGC 359
Query 1209 TGCTCAGCGAGCTCAAGCAAGTGAAGAGGTCCGTCTTCCCATAAACTTGA-TTATTCACA 1267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 360 TGCTCAGCGAGCTCAAGCAAGTGAAGAGGTCCGTCTTCCCATAAACTTAAGTT-TTCACA 418
Query 1268 GTTGGGAGATTATGTGGTCAGGAGCTCCTTGGATGTGTGGTAAACAGCTCAAACATTACC 1327
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GTTGGGAGATTATGTGGTTAGGAACTCCTTGGATGTGTGGTAAACAGCTCAAACATTACC 478
Query 1328 CATCATTTTGCAGAAATGGGACAACAATAGGGGTTCAATCTTTTGTCTTTGTCTTGAGCA 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 479 CATCATTTTGCAGAAATGGGACAACAATAGGGGTTCAATCTTTTGTCTTTGTCATGAGCA 538
Query 1388 AAGGGGAGGATCGGTACGTTGCATATCTGGAAGATATGTATGAGGATAAGCGTGGCCTAA 1447
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 539 AAGGGGAGGATCGGTACGTTGCATATCTGGAAGATATGTACGAGGACAAGCGTGGCCTAA 598
Query 1448 AAAAGGTCAAAGTGAGGTGGTTTCACTACACAAAAGAAGTGAAGGGTGCAGTTGCTCTCA 1507
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAAAGGTCAAGGTGAGGTGGTTTCACTACACAAAAGAAGTGAAGGGTGCAGTTGCTCTCA 658
Query 1508 AGAACCCAAACCCAAAAGAGGTTTTTATCACCCCTCATTCACAGGTCATCAGTGCAGAAT 1567
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AAAACCCAAACCCAAAAGAGGTTTTCATCACCCCTCATTCACAGGTCATCAGTGCAGAAT 718
Query 1568 GTGTTGATGGTCCTGCCACTGTCTTGACCCGTGAGCATTATGAGGAGTGTGTGGCTTCCT 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GTGTTGATGGTCCTGCCACTGTCTTGACCCGTGAGCATTATGAGGAGTGTGTGGCTTCCT 778
Query 1628 TTCCGAATTCTTTATTGGCAAGGGTACACATGTGCTATCGGCAACTCAGGAACAGCAAAG 1687
|||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 779 TTCCTAATTCTTTATTGGCAAAGGTATACATGTGCTATCGGCAACTGAGGAACAGCAAAG 838
Query 1688 TTAAACCTTTTGATTTGAGTAAATTGCGTGGATATTTGGACCAACCGATTATGTCTTGCT 1747
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTAAACCTTTTGACTTGAGTAAATTGCGTGGATATTTGGACCAACCGATTATGTCTTGCT 898
Query 1748 TAAGTTCTATGGAGGCTGGTCCTGTAGACTGTGCGATGAATATAGAGGAAGATGAAGAAT 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 899 TAAGTTCTATGGAGGCTGGTCCTGTAGACTGTGCGATGAATATAGAGAAAGATGAAGAAT 958
Query 1808 GGAGTGAGGGTGAGAATGTAATGGTTGGTGCTGAGAGAAGCATGAAAAAACGAGCAAGAA 1867
| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||
Sbjct 959 GTAGTGAGGGTGAGAATGTAATGGTTGGTGCTGACAGGAGCATGAAAAAACGAGCAGGAA 1018
Query 1868 TTATGTCTGATCATCTGTTAACAACTTACGAATCTTCATGTAAGAGACTAAAACTTAATG 1927
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1019 TTATGTCTGACCATCTGTTAACAACTTATGAATCTTCATGTAAGAGACTCAAACTTAATG 1078
Query 1928 CCTCGGGCAAAAGATTTCCTTCACCAACCAATGTTCAGAAACATCCTTGTTACAACGGAG 1987
||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 CCTCGGGAAAAAGATTTCCTTCCCCAACTGATGTTCAGAAACATCCTTGTTACAATGGAG 1138
Query 1988 TGGTTAAGACTGATGCAAAAATAGAGTTTCTGTGTCAAGATAGCGGTATTAGAGGCTGTT 2047
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1139 TGGTTAAGGCTGATGCAAAAATAGAGTTTCTGTGTCAAGATAGTGGTATTAGAGGCTGCT 1198
Query 2048 GGTTTAGATGCACTGTCCTGGACGTATCAAGGAAACAGGTAAAACTCCAGTATGATGATA 2107
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGTTTAGATGCACTGTCCTGGAAGTATCAAGGAAACAGGTAAAACTCCAGTATGATGATA 1258
Query 2108 TAGAGGACGAGGATGGATATGGAAACCTTGAGGAATGGGTGCCGGCTTTTAAATCTGCTA 2167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TAGAGGACGAGGATGGATATGGAAACCTTGAGGAATGGGTGCCGGCTTTTAAATCTGCTA 1318
Query 2168 TGCCTGACAAGCTTGGTATAAGGTTGTCCAACCGCCCAACAATCCGACCTGCTCCTCGAG 2227
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1319 TGCCTGATAAGCTTGGTATAAGGTTGTCCAACCGCCCAACAATCCGGCCTGCTCCTCCAG 1378
Query 2228 ATGTTAAAACAGCATACTTTGATCTTACAATTGGTGAAGCTGTTGATGCATGGTGGAATG 2287
||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1379 ATGCTAAAACATCATACTTTGATTTTACAATTGGTGAAGCTGTTGACGCCTGGTGGAATG 1438
Query 2288 ATGGTTGGTGGGAAGGTGTTGTAATTGCCACTGGCAAACCGGATACTGAGGACTTGAAAA 2347
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||| |||||||
Sbjct 1439 ATGGTTGGTGGGAAGGTGTTGTAGTTGCCACTGGCAAACAGGGTGCTGAGGAATTGAAAA 1498
Query 2348 TATATATCCCTGGGGAGAACTTATGCTTAACAGTGCTCAGAAAGGATATTCGGATTTCCA 2407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TATATATCCCTGGGGAGAACTTATGCTTAACAGTGCTCAGAAAGGATATTCGGATTTCCA 1558
Query 2408 GAGACTGGGTGGGAGATAGCTGGGTTGATATCGATCCTAAACCCGAAATACTCGCTATTG 2467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1559 GAGACTGGGTGGGAGATAGCTGGGTTGATATCGATCCTAAACCCGAAATACTTGCTATTG 1618
Query 2468 TATCTTCTGATAGTAGCTCGGAATCCAAGCTTTCCATGTTGTCCACTCTTTCAAAAGACA 2527
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||
Sbjct 1619 TATCTTCTGATATTAGCTCGGAAGCCAAGCTTTCCACGTCGTCCACTCTTGCAAAAGACA 1678
Query 2528 CAAAGGCAAAACCCAGTGCTATGCCAAATATTGTTGAGGAGGCAGAACCTGAAGGTGAGA 2587
| |||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1679 CCAAGGCAAAGCCAATTGCTATGCCAGATATTGTTGAGGAGGCAGAACCTGAAGGTGACA 1738
Query 2588 AAGCGTACAATTCCCTTTTAGGAGAACAGAACAAAGAGCATAAAGATG-T--GGTAGTTA 2644
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 1739 AAGCGGACAATTCCCTTTTAGGAGAACAGAACAAAGAGCATAAAGATGATGGGGTTGTTA 1798
Query 2645 AGGAAGATGACGAAAACAAACTTTCAAAAGAAGAGGATAAAGAGGTTGGAAGTAACGAAA 2704
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AGGAGGATGATGAAAACAAACTTTCAAAAGAAGAGGATAAAGAGGTTGGAAGTAACGAAA 1858
Query 2705 CTAAAACCTATGTCAACCATGAAAATACCGTGGAGGACCACAAAGAAGATGATGTTACCC 2764
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CTAATACCTATGTCAACTATGAAAATACCGTGGAGGACCACAAAGAAGATGATGTTACCC 1918
Query 2765 TTAATGATGAGAAGGCCCGCAAATCAGAATCAGTCTTCACCCTATCAAAAACTACTACCA 2824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TTAATGATGAGAAGGCCCGCAAATCAGAATCAGTCTTCACCCTATCAAAAACTACTACCA 1978
Query 2825 CGCTGGTGACAACGTAAAGATGCTTGCTTGAAGTCATACATAATGATGGTAATTCTG 2881
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CGCTGGTGACAACGTAAAGATGCTTGCTTGAAGTCATATATAATGATGGTAATTCTG 2035
Score = 348 bits (188), Expect = 2e-94
Identities = 245/269 (91%), Gaps = 17/269 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 2951 GAAAAAGTGATTCTGGGTTTGACTTGGTTGGTGCTGAGGAGAGAGGAGTAGGTAAAGGTT 3010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GAAAAAGTGATTCTGGGTTTGACTTGGTTGGTGCTGAGGAGAGAGGAGTAGGTAAAGGTT 2094
Query 3011 GTATAGAAAATTGAAGAGGCATGATTTTGGTGGTTGCATTTGTTTTAACCAATCATCTAA 3070
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2095 GTATAGAAAATTAAAGAGGCATGATTTTGGTGGTTGCATTTGTTTTAACCGATCATCTAA 2154
Query 3071 GCATAGGATTCATT-AGTACTGGTTGTTTTAGGTTTTATTTATGCAATGTTTATTAGGAG 3129
|||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| | | | | |
Sbjct 2155 GCATAGGATT-ATTTAGCACTGGTTGTTTTAGGTTTTATTTA-G----G---A---G-A- 2200
Query 3130 AAAAGGATATCCATTTGTATTTTGCCTTATTGTCACAAAACTCCATGTAAAACCACTTCG 3189
||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2201 AAATGAA-ATCCATTTGTATTTTGCCT-ATTGTCACAAAACTCTTTGTAAAACCACTTCG 2258
Query 3190 TATCAGCTTGTAAGAAATTTAGTTTATCT 3218
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259 TATCAGCTTGTAAGAAATTTAGTTTATCT 2287
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121670060881
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5