BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G55670.1
Length=2582
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495654 jgi|Araly1|495654|fgenesh2_kg.8__1470__AT5G55670.1 3969 0.0
> Ahg495654 jgi|Araly1|495654|fgenesh2_kg.8__1470__AT5G55670.1
Length=2555
Score = 3969 bits (2149), Expect = 0.0
Identities = 2438/2571 (95%), Gaps = 45/2571 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 AGATGGGAGAGATCAGATGGATCAATTTCATCAAAACGAGGCGATATCTGCCGTTGCTGA 71
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 15 AGATGGGAGAGATCAGATGGATCAATTTCATCAAAACGAGGCGATATCTGCCGTAGCTGA 74
Query 72 CGACGGGTTTATGGCGGAGGAAGAGGATGATGATTATGAGGATCTTTATAACGACGTTAA 131
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CGACGGGTTTTTGGCGGAGGAAGAGGATGATGATTATGAGGATCTTTATAACGACGTTAA 134
Query 132 TGTTGGAGAAGGGTTTCTTCAGTCTATGAAAAAGAACGACGAAGCGGGATCTAGAAACGA 191
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 135 TGTTGGAGAAGGGTTTCTTCAGTCTATGAAGAAGAACGACGAACCGGGATCTAGAAACGA 194
Query 192 GGAAAAGGAGAAGGTTAATATGGAGGAGGAAGATAGGGTTGAACCAGTTTTAGGTGAAG- 250
||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 195 GGAAAAGGAGAAGGTTAGCATCGAGGAGGAGGATAGGGTTGAACCAGTTTTAGGTG-CGT 253
Query 251 CTGAGGTTTCGATTTCGATACCTGGTTTGGTTGGTGAGAGCGTTGAGAAAGAAGCAGAAG 310
| || | | | |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 254 CGGAAGCTGAGGTTTCTATACCTGGTTTGGTTGGTGAGAGCGTT---------GC-TAA- 302
Query 311 CAGAGTCAGGAGGAGGAGGAAGTGGAAGTGGTACTGATGTGGTGGTCGCTTCTAGTGGAT 370
||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 -AGA---AGAAGGAGGAGG-A--GGAAGTGGTACTGATGTGGTGGTCGCTTCTAGTGGAT 355
Query 371 ATGGAGCTCAGGAGGTTAAGGTAAGCGATGTTAGCCAGGAGATTCCTGGTGGAATTGGTA 430
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 356 ATGGAGCTCAAGAGGTTAAGGTAAGCGATGTTAGCCAGGAGATTTCTGGTGGAATTGGTT 415
Query 431 CTGGTACTGGAGGTGGGCTGAGAGTTGAGCTAGGGCAAGCTTCTAATCGGGCTAATGATC 490
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 416 CTGGTACTGGAGGTGGTCTTAGAGTTGAGCTAGGGCAAGCTGCTAATCGGGCAAATGATC 475
Query 491 TCGAGGCACCTAGAGGGAATAATATTTCGCAGGGTCTCTTGCCACCACCGCCTGTGTTGG 550
|||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 476 TCGAGGCATCTAGAGGAAATAATATGTCGCAGGGTCTCTTGCCCCCACCGCATGTGTTGG 535
Query 551 GGAATAACGAGAATTTGATGAGACCTGTGATGGGTAATGTTAATGGCGGGATTCCTCCTG 610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 536 GGAATAACGAGAATTTGATGAGACCTGTGATGGGTAATGCTAATGGCGGGACTCCTCCTG 595
Query 611 GACCTGGTAGTAACATGGTTGGGAACGGAGCTAATATCGCTATGCCTGGTGTTGTTGGCG 670
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GACCTGGTAGTATTATGGTTGGGAACGGAGCTAATATCGCTATGCCTGGTGTTGTTGGCG 655
Query 671 GGGGAA-C--T---GGTGGTGGAGGAGGCGGTGGAGCTTTTCTTTTCGTAGGGGATCTGC 724
|||||| | | || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||
Sbjct 656 GGGGAACCGGTGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGTGGAGCTATTCTTTTCGTTGGGGAACTGC 715
Query 725 ATTGGTGGACAACTGATGCGGAGCTTGAGGCAGAGTTGTGCAAGTATGGTGCAGTGAAGG 784
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 ATTGGTGGACAACTGATGCTGAGCTTGAGGCAGAGTTGTGCAAGTATGGTGCAGTGAAGG 775
Query 785 AGGTTAAGTTCTTTGATGAGAAAGCTAGTGGGAAGTCGAAAGGGTATTGTCAAGTAGAGT 844
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 776 AGGTTAAGTTCTTTGATGAGAAAGCTAGCGGGAAGTCTAAAGGGTTTTGTCAAGTAGAGT 835
Query 845 TCTATGATCCTGTGGCAGCTTCGGCTTGCAAAGATGCG-CTGAATGGGTATCCATTCAAC 903
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 836 TCTATGATCCTATGGCAGCTTCGGCTTGCAAAGATG-GAATGAATGGGTATGCATTCAAT 894
Query 904 GGTAGGCCTTGTGTTGTTGAGTATGCGTCCCCATATTCGGTTAAGAGAATGGGAGAGGCA 963
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GGTAGGCCTTGTGTTGTTGACTATGCGTCTCCATATTCGGTTAAGAGAATGGGAGAGGCA 954
Query 964 CAGGTGAATAGGACCCAACAGGCTCAATCTGTAATTGCACAAGCTAAGAGAGGAGGGCCT 1023
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CAGGTGAATAGGACCCAACAGGCGCAATCTGTAATTGCACAAGCTAAGAGAGGAGGGCCT 1014
Query 1024 GCTGATCCTCCAAGTAAACCACTCGTGGCcaacaacaacaataacaacaacaacaacGCC 1083
||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1015 GCTGATCCTCCAAGTAAACCAGTCGT-G--ACCAACAACAAT---AACAACAACAACGCC 1068
Query 1084 ATTGGCGGGAATTTCCAAGGTGGGGAAAATAGAGGATTTGGTAGAGGTAATTGGGGTAGA 1143
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1069 ATTGGCGGGAATTTCCAAGGCGGGGAAAATAGAGGATTTGGTAGAGGTAATT--GG-AGA 1125
Query 1144 GGCAATGCTCAAGGAATGGGTGGTAGAGGACCAGGTGGTCCAATGAGGAATAGGCCTAAT 1203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1126 GGCAATGCTCAAGGAATGGGTGGTAGAGGACCAGGTGGTCCAATGAGGAATAGGCCTGGT 1185
Query 1204 GGGATGGGTGGAAGAGGTTTGATGGGTAA---T---GGTGGGTTTGGTCAAGGAATGGGT 1257
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1186 GGGATGGGTGGAAGAGGTTTGATGGGTAATGGTGGAGGTGGGTTTGGTCAGGGAATGGGT 1245
Query 1258 ACAGGGCCTCCTATGAATATGATGCATCAACCAATGATGGGGCAAGGGTTTGAACAAGCT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 ACAGGGCCTCCTATGAATATGATGCATCAACCAATGATGGGGCAAGGGTTTGAACAAGCT 1305
Query 1318 TTTGGTGGACCGATGGCGAGAATGGGAGGGTATGGAGGATTCCCTGGGGCTCCAGGTCCA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 TTTGGTGGACCGATGGCGAGAATGGGAGGGTATGGAGGATTCCCTGGGGCTCCAGGTCCA 1365
Query 1378 CAGTTTCCTGGGCTTTTGTCATCATTCCCTCCTGTAGGAGGAGTTGGTTTACCTGGAGTG 1437
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 CCGTTTCCTGGGCTTTTGTCCTCATTCCCTCCTGTAGGAGGAGTTGGTTTACCTGGAGTG 1425
Query 1438 GCACCTCATGTGAATCCAGCATTTTTTGGACGAGGGATGCCGATGAATGGAATGGGAATG 1497
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1426 GCACCTCATGTGAATCCAGCGTTTTTTGGACGAGGGATGCCAATGAATGGAATGGGAATG 1485
Query 1498 ATGCCTAATGCTGGTGTTGATGGAGGGCATAATATGGGAATGTGGGATCCTAACAGTGGA 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1486 ATGCCTAATGCTGGTGTTGATGGAGGGCATAATATGGGAATGTGGGATCCTAATAGTGGA 1545
Query 1558 GGGTGGGGTGCTGGTGAAGATCTGGGTAGTGGAAGAGCTGCGGAATCGAGTTATGGGGAG 1617
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GGATGGGGTGGTGGTGAAGATCTGGGTAGTGGAAGAGCTGCGGAATCGAGTTATGGGGAG 1605
Query 1618 GAAGCTGCATCTGATCATCAGTATGGAGAGGTTAATCACGAAAGAGGGGCTCGTCCAAAT 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1606 GAAGCTGCATCTGATCATCAGTATGGAGAGGTTAATCACGATAGAGGGGCTCGTCCGAAT 1665
Query 1678 CCTGTGAAGGAAAAAGAAAGAGCTTCAGAAAGGGAATGGTCTGGTTCATCTGATAGAAGG 1737
|| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1666 CCAGTGAAGGAAAAAGAAAGAGTTTCAGAAAGAGAATGGTCTGGTTCTTCTGATAGAAGG 1725
Query 1738 AATCGTGAGGATAAAGATGCTGGTTATGAAAGGGACATACCGAGGGAGAAAGATGTTGGT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 AATCGTGAGGATAAAGATGCTGGTTATGAAAGGGACATTCCGAGGGAGAAAGATGTTGGT 1785
Query 1798 CACGGTTATGATATGCCAGAGAGAAGGCATCGTGATGATAGAGACACCGGTCGTGAGCGT 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 CACGGTTATGATATGCCAGAGAGAAGGCATCGTGATGATAGAGACACCGGTCGTGAGCGT 1845
Query 1858 GAGAGGGAACATCATCATAAGGATCGTGAACGCTCCAGAGAACATGTTCGTGACAGAGAA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 GAGAGGGAACATCATCATAAGGATCGTGAACGCTCCAGAGAACATGTTCGTGACAGAGAA 1905
Query 1918 AGGGAAAGGGAGAGGGATCGTCATAGAGAAGAACGAGAACGATATGGTGGTGATCATCGT 1977
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 AGGGACAGGGAGAGGGATCGTCATAGAGAAGAACGAGAACGATATGGTGGTGATCATCGT 1965
Query 1978 ACTAGACACAGGGACGAACCTGAACATGATGAGGAATGGAACAGAGGCCGATCATCCAGA 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1966 ACTAGACACAGGGACGAACCTGAACATGATGAGGAATGGAACAGAGGTAGATCATCCAGA 2025
Query 2038 GGACACAACAAATCGCGGTTGTCTCGCGAGGATAACCATCGCTCAAAATCAAGGGATACT 2097
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2026 GGACACAGCAAATCGCGGTTGTCTCGGGAGGATAACCATCGCTCAAGATCAAGGGATACT 2085
Query 2098 GATTATGGGAAAAGAAGGCGGCTTACTACTGAATGAGTATCAGATAAAAATTGACTTTGA 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2086 GATTATGGGAAAAGAAGGCGGCTTACTACTGAATGAATATCTGATAAAAATTGACTTTGA 2145
Query 2158 GAGTTACTGCAAAACTATAAACCCCCTTATGGAAGAAGAGCAAGATGAGGAAGAAGATAG 2217
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2146 GAGCTCCTGCAAAACTATAAACCCCCTTATGGAAGAAAAGCAAGATGAGGAAGAAGAAAG 2205
Query 2218 AAAGGCAGACTCTTGTCAAAGATTGAAGACTCTTACTGGTGAAATCTCTTCTTCAACTCA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 AAAGGCAGACTCTTGTCAAAGATTGAAGACTCTCACTGGTGAAATCTCTTCTTCAACTCA 2265
Query 2278 GCTTAGTTACCTAGAAGTGGAAAGAAACTTGGCAAACGTTTACCTTCTTTAAGTTATTAG 2337
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GCTTAGATACCTAGAAGTGGAAAGAAACTTGGCAAACGTTTGCCTTCTTTAAGTTATTAG 2325
Query 2338 ACACCTTTCCTTTT-GCCATTTTTTATGTGAAACTTCTAAAGACCAGTGTGTTGTGGTGA 2396
||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 ACACCTTACCTTTTTGCCATTTTT-ATGTGAAACTTCTAAAGACCAGTGTGTTGTGGTGA 2384
Query 2397 TGTTTTGGCCTTTTGGGTTTCCATCCATTTGTGTTTAGATGTTCTTGTTTTAACTGTTTC 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 TGTTTTGGCCTTTTGGGTTTCCATCCATTTGTGTTTAGATGTTCTTGTTTTAACTGTTTC 2444
Query 2457 TGAATTTGTTGTTGTGTAGTTGTATTAGTTGCAGCCAAATAGTTAGCCTGGCCAGTGTTA 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2445 TGAATTTGTTGTTGTGTAGTTGTATTAGTTGCAGCCAAATAGCTAGCCTGGCCAGTGTTA 2504
Query 2517 CTGATCTTGTTTCTCCAAGTTTTAGCCATTTGGGCTGTATTGTATGTATCT 2567
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 CTGATCTTGTTTCTCCATGTTTTAGCCATTTGGGCTGTATTGTATGTATCT 2555
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97358666220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5