BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G56290.1
Length=2525
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495719 jgi|Araly1|495719|fgenesh2_kg.8__1535__AT5G56290.1 3879 0.0
> Ahg495719 jgi|Araly1|495719|fgenesh2_kg.8__1535__AT5G56290.1
Length=2395
Score = 3879 bits (2100), Expect = 0.0
Identities = 2306/2405 (96%), Gaps = 16/2405 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 CaaaaaaaaCACCGCCACGAGACGAGCCAAACTAAAGATTAGGATTTGGGA-G-G-TTGA 64
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | | ||||
Sbjct 1 CAACAAAAACACCGCCACGAGACGAGCCAAACTATAGATTGGGATTTGGGAGGTGATTGA 60
Query 65 TGATCAATTCCGGACAACGGAGGAAACCATACTGATAGATTCAACGACGGTGATTGCGGC 124
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| | || ||||
Sbjct 61 TGATCAATTCCGGACAACGGAAGAAACCATACTAATAGACTCGACGACGGCGGTTACGGC 120
Query 125 GGAGGAGTAGAAACCCGTTGGAAACATGGCGATGAGAGACCTTGTTAACGGCGGAGCCGC 184
|||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGTAG-AG-AA-CCGTTGGAAACATGGCGATGAGAGACCTTGTTAACGGCGGAGCCGC 177
Query 185 TTGTGCCGTTCCTGGTTCGTCTTCTTCTTCTAATCCTCTCGGAGCTCTCACCAACGCTTT 244
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 178 TTGTGCCGTTCCCGGTTCTTCTTCTTCTTCTAATCCTCTCGGAGCTCTCACCAACGCTCT 237
Query 245 ACTTGGTTCGTCTTCCAAAACCCAGGAAAGGCTCAAGGAGATACCTAATGCAAACCGGTC 304
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 238 ACTTGGTTCGTCTTCCAAAACCCAGGAAAGGCTTAAGGAGATACCTAATGCTAACCGTTC 297
Query 305 AGGTCCTCGG-CCACAATTTTACTCTGAAGACCAACAGATAAGGTCACTTCCTGGTTCTG 363
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 AGGTCCT-GGCCCACAATTTTACTCTGAAGACCAACAGATAAGGTCACTTCCTGGTTCTG 356
Query 364 AGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTC 423
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 357 AGTTGGATCAGCCAGGTCTGCAACCGGGTGCTCAGGGTTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTCC 416
Query 424 GCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTGCAGCTTGGGATGAGGTACAGCAAGGTGGACCTA 483
||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 417 GCTCTGTAGATCAGAATGGTCTGGGTGCGGCTTGGGATGAGGTACATCAAGGTGGACCTA 476
Query 484 TGCCTCCAATGGGACCTATGTTTGAGCCAGTTCAGCCTACATTTGAAGGACCCCCACAGA 543
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TGCCTCCAATGGGACCTATGTATGAGCCAGTTCAGCCTACATTTGAAGGACCCCCACAGA 536
Query 544 GAGTTTTATCAAACTTTCTGCATTCATTTGTTGAGAGTAGCCGTGGTGGTATTCCATTTC 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GAGTTTTATCAAACTTTCTGCATTCATTTGTTGAGAGTAGCCGTGGTGGTATTCCATTTC 596
Query 604 GTCCAGCACCTGTTCCAGTTCTAGGATTGTCACAAAGTGACAAACAATGTATACGTGATC 663
||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 GTCCAGCACCTATTCCAGTTCTGGGATTGTCGCAAAGTGACAAACAATGTATACGTGATC 656
Query 664 GTAGTAGCATAATGGCCCGGCAtttttttGCCGATAGGGGAGAGGAATTTATTAATTCTC 723
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 657 GTAGTAGCATAATGGCCCGGCATTTTTTTGCTGATAGGGGAGAGGAATTTATCAATTCTC 716
Query 724 AGGTAAACGCATTATTGTCATCTTTAGATATTGATGATGGGATACAAGCTCGAGGTCATG 783
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 AGGTAAACGCATTATTATCATCTTTAGATATCGACGATGGGATACAAGCTCGAGGTCATG 776
Query 784 TTCCCGGGAGATTTCGGGAGCTAGATGATTACTGGAATGAGTCTCAAGCTGTTGTGAAAC 843
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 777 TTCCCGGGAGATTTCGGGATCTAGATGATTACTGGAATGAGTCTCAAGCTATTGTGAAAC 836
Query 844 CTAATTTACATCCTGCTGACAATTGGGCGGCTGAATTTAACCAACATGGGATGGATCATG 903
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 837 CTAATTTACATCCTGCTGACAATTGGGCGGCTGAATTTAACCAACATGGGATGGATCACG 896
Query 904 GTGGTCCTGATTCATGGGTCCAGTCTTTTGAGCAACAACATGGTGTGAATGGGTGGGCTA 963
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 897 GTGGTCCTGAATCATGGGTCCAGTCTTTTGAGCAACAACATGGTGTGAATGGGTGGGCCA 956
Query 964 CTGAGTTCGAGCAGGGTCAATCTCAATTGATGTCAAGCCAAATGAGAAGTATGGATATGC 1023
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CTGAGTTTGAGCAGGGTCAATCTCAATTGATGTCAAACCAAATGAGAAGTATGGATATGC 1016
Query 1024 AAAATATAGCTGCAATGGAGCAGACTCGTAAGCTTGCCCATACACTATCTCAAGATGGGA 1083
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1017 AAAATATAGCTGCAATGGAGCAGACTCGTAAGCTTGCCCATACACTATCTCAGGATGGGA 1076
Query 1084 ATCCGAAATTTCAGAATTCAAGATTCCTTCAGTTTGTTTCCAAGATGAGCCGTGGTGAAC 1143
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ATCCGAAATTTCAGAATTCAAGATTCCTCCAATTTGTTTCAAAGATGAGCCGTGGTGAAC 1136
Query 1144 TTATTATTGATGAGAATCAGGTCAAGCAAGCTTCAGCCCCCGGGGAATGGGCTACTGAAT 1203
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TTATTATTGATGAGAATCAGGTCAAACAAGCATCAGTCCCCGGGGAATGGGCTACTGAAT 1196
Query 1204 ATGAACAGCAGTATCTGGGGCCACCAAGTTGGGCTGATCAATTTGCAAATGAGAAACTTT 1263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ATGAACAGCAGTATCTGGGGCCACCAAGTTGGGCTGATCAATTTGCAAATGAGAAACTTT 1256
Query 1264 CACATGGACCAGAACAGTGGGCTGATGAGTTTGCTTCCGGGAGAGGACAGCAAGAAACAG 1323
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1257 CACATGGACCAGAACAGTGGGCTGATGAGTTTGCTTCCGGGAGAGGACAGCAAGAATCAG 1316
Query 1324 CCGAGGACCAATGGGTTAATGAGTTTTCAAAGTTGAATGTTGATGACTGGATAGATGAAT 1383
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CTGAGGACCAATGGGTTAATGAGTTTTCAAAGTTGAATGTTGATGACTGGATAGATGAAT 1376
Query 1384 TTGCTGAAGGTCCCGTGGGTGATAGTTCAGCTGATGCATGGGCAAATGCTTACGATGAGT 1443
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1377 TTGCT------CCCGTGGGTGAGAGTTCAGCTGATGCATGGGCAAATGCTTATGATGAGT 1430
Query 1444 TTCTGAATGAGAAAAATGCTGGAAAACAAACCAGTGGTGTCTACGTCTTCTCTGACATGA 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TTCTGAATGAGAAAAATGCTGGAAAACAAACCAGTGGTGTCTACGTCTTCTCTGACATGA 1490
Query 1504 ATCCTTATGTGGGTCACCCTGAACCTATGAAAGAAGGGCAAGAATTGTTTCGAAAAGGAC 1563
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1491 ATCCTTATGTGGGTCACCCTGAACCTATGAAAGAAGGGCAGGAATTGTTTCGGAAAGGAC 1550
Query 1564 TTCTGAGTGAAGCAGCGCTTGCTCTAGAAGCTGAGGTTATGAAAAACCCTGAGAATGCTG 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 TTCTGAGTGAAGCAGCGCTTGCTCTAGAAGCTGAGGTTATGAAAAACCCTGAGAATGCTG 1610
Query 1624 AAGGTTGGAGATTACTTGGGGTCACACACGCAGAGAACGATGATGATCAACAGGCAATAG 1683
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 AAGGTTGGAGATTACTTGGGGTTACACACGCAGAGAACGATGATGATCAACAGGCAATAG 1670
Query 1684 CTGCAATGATGCGTGCACAGGAGGCTGATCCCACAAATCTAGAGGTGCTTCTTGCGCTTG 1743
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 CTGCAATGATGCGTGCACAAGAAGCTGATCCCACAAATCTAGAGGTGCTTCTTGCGCTTG 1730
Query 1744 GTGTGAGTCATACCAACGAGTTAGAGCAAGCAACTGCTTTGAAATATCTATATGGATGGC 1803
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1731 GTGTGAGTCATACCAACGAGTTGGAGCAAGCAACTGCTTTGAAATATTTATATGGATGGC 1790
Query 1804 TGCGAAATCACCCAAAGTATGGAGCAATTGCGCCTCCGGAGCTAGCGGATTCTTTGTACC 1863
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 1791 TGCGAAATCATCCAAAGTATGGAGCAATTGCACCTCCGGAGCTAGCTGATTCTCTATACC 1850
Query 1864 ATGCTGATATTGCTAGATTATTCAATGAAGCTTCTCAGTTGAATCCTGAGGACGCCGATG 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 ATGCTGATATTGCTAGATTATTCAATGAAGCTTCTCAGTTGAATCCTGAGGACGCCGATG 1910
Query 1924 TGCATATAGTGTTGGGCGTGCTCTACAATCTGTCGAGAGAGTTCGATAGAGCAATCACAT 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |
Sbjct 1911 TGCATATAGTGTTGGGCGTGCTCTACAATCTGTCGAGGGAGTTTGATAGAGCAATTACTT 1970
Query 1984 CCTTCCAAACAGCATTACAACTAAAACCAAACGATTATTCTCTGTGGAATAAGCTAGGTG 2043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1971 CCTTCCAAACAGCATTACAACTAAAACCAAACGATTATTCTCTATGGAATAAGCTAGGTG 2030
Query 2044 CAACGCAAGCCAACAGTGTCCAGAGTGCTGATGCCATATCTGCTTATCAACAGGCTCTAG 2103
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 CAACACAAGCCAACAGTGTCCAGAGTGCTGATGCCATATCTGCTTATCAACAGGCTCTAG 2090
Query 2104 ATTTAAAACCAAATTATGTTCGTGCTTGGGCAAACATGGGAATCAGTTACGCAAACCAGG 2163
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 ATTTAAAACCTAATTATGTTCGTGCTTGGGCAAACATGGGAATCAGTTACGCAAACCAGG 2150
Query 2164 GGATGTACAAAGAATCAATCCCGTATTATGTCCGTGCCCTTGCGATGAATCCTAAAGCTG 2223
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 GGATGTACAAAGAATCAATTCCGTATTATGTTCGTGCCCTTGCGATGAATCCTAAAGCTG 2210
Query 2224 ATAACGCATGGCAATACTTGAGACTCTCGTTAAGTTGTGCATCAAGGCAAGACATGATAG 2283
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
Sbjct 2211 ATAACGCATGGCAATACTTGAGGCTCTCGTTAAGTTGTGCCTCAAGGCAAGACCTGATTG 2270
Query 2284 AAGCTTGTGAGTCAAGGAATCTCGATCTCTTGCAGAAAGAATTCCCGCTGTGAGTAGACA 2343
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 AAGCTTGCGAGTCAAGGAATCTCGATCTTTTGCAGAAAGAATTCCCGCTGTGAGTAGACA 2330
Query 2344 AA--GCAGACGATTAAAACCCTAAATCCACATGAAAATCTTACAAAGACGTTACGTCTTT 2401
|| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2331 AAAAGCAGACGATTTAAGCCCTAAATCCACATGAAAATCTTACAAGGACGTTACGTCTTT 2390
Query 2402 TTGTT 2406
|||||
Sbjct 2391 TTGTT 2395
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95187522255
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5