BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G57110.1
Length=3637
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg917411 jgi|Araly1|917411|Al_scaffold_0008_2162 5177 0.0
> Ahg917411 jgi|Araly1|917411|Al_scaffold_0008_2162
Length=3240
Score = 5177 bits (2803), Expect = 0.0
Identities = 3080/3217 (96%), Gaps = 6/3217 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 122 ATGACGAGTCTCTTGAAGTCATCGCCTGGACGACGCCGTGGAGGCGATGTGGAGTCTGGG 181
||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGACAAGTCTCTTGAAGCCATCGCCGGGACGACGACGGGGAACCGATTTGGAGTCTGGT 60
Query 182 AAGAGTGA-ACACGCAGACTCTGATAGCGACACTTTCTACATCCCATCGAAGAATGCTTC 240
|||| ||| | |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 AAGACTGATA-ACGCTGACTCCGATAGCGATACTTTCTACATCCCCTCGAAGAATGCTTC 119
Query 241 TATTGAGCGGCTTCAACAGTGGAGAAAAGCTGCACTGGTTCTCAATGCGTCCCGGAGATT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 AATTGAGCGGCTTCAACAGTGGAGAAAAGCTGCTCTGGTTCTCAATGCCTCCCGGAGATT 179
Query 301 CCGGTACACCTTGGACTTGAAGAAGGAGCAAGAAACGAGGGAAATGAGACAGAAGATCAG 360
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 180 CCGTTACACCTTGGACTTGAAGAAGGAGCAAGAAACGAGGGAAATGCGACAGAAGATCAG 239
Query 361 AAGTCATGCTCATGCTCTTTTGGCGGCGAATCGTTTTATGGATATGGGACGTGAGTC-AG 419
||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 240 AAGCCATGCTCATGCTCTCTTGGCTGCGAATCGTTTTATGGATATGGGACGTGAG-CAAG 298
Query 420 GAGTTGAAAAAACAACTGGGCCTGCAACTCCGGCTGGTGATTTTGGAATTACTCCTGAAC 479
||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 299 GAGGTGAGAAAACAACAGCGCCTGCAACTCCGGCTGGTGATTTTGGAATTACACCTGAAC 358
Query 480 AGCTTGTGATAATGTCAAAGGATCACAACAGTGGTGCCCTGGAGCAATATGGAGGGACTC 539
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 359 AGCTTGTGATAATGTCAAAGGATCACAACACTGGTTCCCTGGAGCAATATGGAGGGGCTC 418
Query 540 AAGGATTGGCCAATTTGCTCAAGACAAATCCAGAGAAAGGTATCAGTGGCGATGATGATG 599
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 419 AAGGATTGTCAAATTTGCTCAAGACAAATCCAGAGAAAGGTATCAGTGGAGATGATGATG 478
Query 600 ACTTGCTAAAGCGCAAGACCATTTATGGATCAAACACATATCCTCGCAAGAAAGGGAAAG 659
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 479 ACTTGCTAAAGCGCAAGACCGTTTATGGATCAAACACCTATCCTCGCAAGAAAGGCAAAG 538
Query 660 GGTTTCTGAGGTTTCTTTGGGATGCTTGCCATGATCTCACCTTGATCATTTTAATGGTTG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GGTTTCTGAGGTTTCTTTGGGATGCTTGCCATGATCTCACCTTGATCATTTTAATGGTTG 598
Query 720 CTGCTGTAGCGTCTTTAGCACTTGGGATAAAAACAGAGGGTATCAAAGAAGGATGGTATG 779
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CTGCAGTAGCGTCTTTAGCACTTGGGATAAAAACAGAGGGTATCAAAGAAGGATGGTATG 658
Query 780 ATGGAGGAAGCATTGCATTTGCTGTGATTCTTGTGATTGTTGTGACGGCTGTCAGTGACT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 659 ATGGAGGAAGCATTGCATTTGCTGTGATTCTTGTGGTTGTTGTGACAGCTGTCAGTGACT 718
Query 840 ACAAACAGTCGCTCCAGTTTCAAAACTTGAATGATGAAAAGAGAAACATACATCTGGAGG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ACAAACAGTCGCTCCAGTTTCAAAACTTGAATGATGAAAAGAGAAACATACATCTGGAGG 778
Query 900 TGTTAAGAGGTGGAAGACGAGTGGAGATTTCGATCTATGACATAGTGGTGGGTGATGTCA 959
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGTTAAGAGGTGGAAGACGAGTGGAAATTTCGATCTATGACATAGTGGTGGGTGATGTCA 838
Query 960 TTCCTCTCAACATTGGCAATCAGGTTCCTGCTGATGGAGTACTGATATCTGGCCACTCTC 1019
| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||
Sbjct 839 TACCCCTCAACATTGGCAATCAGGTTCCTGCGGATGGAATCCTGATAGCTGGCCACTCTC 898
Query 1020 TCGCCCTTGATGAATCTAGCATGACTGGAGAGAGCAAAATTGTTAACAAAGACGCTAACA 1079
| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 899 TTGCCGTTGATGAGTCTAGCATGACTGGAGAGAGCAAAATAGTTAACAAAGACGCCAACA 958
Query 1080 AGGACCCATTCTTAATGTCTGGCTGTAAAGTGGCAGATGGAAATGGTTCTATGCTGGTTA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGGACCCATTCTTAATGTCTGGCTGTAAAGTGGCAGATGGAAATGGTTCTATGCTGGTTA 1018
Query 1140 CTGGTGTTGGAGTCAACACTGAATGGGGATTGCTGATGGCCAGTATTTCTGAAGACAATG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTGGTGTTGGAGTCAACACTGAATGGGGATTGCTGATGGCCAGTATTTCTGAAGACAATG 1078
Query 1200 GTGAAGAAACTCCCTTGCAGGTGCGCTTAAATGGGGTAGCTACTTTTATTGGTTCAATTG 1259
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GTGAAGAAACTCCATTGCAGGTGCGCTTAAATGGGGTAGCTACTTTTATTGGTTCAATTG 1138
Query 1260 GCTTAGCGGTGGCTGCTGCTGTGCTAGTGATTCTTCTGACTCGATATTTCACTGGTCACA 1319
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GCTTAGCGGTTGCTGCTGCTGTACTAGTGATTCTTCTGACTCGATATTTCACTGGTCACA 1198
Query 1320 CTAAAGACAATAATGGAGGTCCTCAATTCGTTAAAGGCAAGACAAAAGTCGGTCATGTTA 1379
|||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1199 CTAAAGCCGCTAATGGAGGTCCTCAATTTGTTAAAGGCAAGACAAAAATCGGTCATG-TA 1257
Query 1380 -TTGATGATGTGGTCAAAGTCCTTACCGTAGCGGTTACAATTGTCGTAGTGGCAGTGCCT 1438
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GTTGATGATGTGATCAAAGTCCTTACCGTAGCGGTTACAATTGTCGTAGTGGCAGTGCCT 1317
Query 1439 GAGGGTCTTCCTTTGGCTGTTACTTTAACCCTTGCCTATTCAATGAGGAAAATGATGGCA 1498
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GAGGGTCTTCCATTGGCTGTTACTTTAACCCTTGCCTATTCAATGAGGAAAATGATGGCA 1377
Query 1499 GATAAGGCTTTGGTGCGGAGGCTATCTGCTTGCGAGACAATGGGCTCTGCCACCACTATT 1558
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GATAAGGCTTTGGTGAGGAGGCTATCTGCTTGCGAGACAATGGGCTCTGCCACCACTATT 1437
Query 1559 TGCAGCGATAAAACTGGAACACTAACTCTGAATCAGATGACTGTGGTTGAGTCTTATGCT 1618
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1438 TGCAGTGATAAAACTGGAACACTAACTTTGAATCAGATGACAGTGGTTGAGTCGTATGCT 1497
Query 1619 GGGGGCAAGAAAACAGATACTGAACAATTGCCAGCAACTATCACTTCGCTAGTAGTTGAA 1678
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1498 GGGGGCAAAAAAACAGATACTGAACAATTGCCAGCAACTATCACTTCGTTAGTTGTTGAA 1557
Query 1679 GGAATATCTCAAAACACAACTGGTAGTATTTTTGTCCCAGAGGGTGGAGGTGATTTAGAG 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1558 GGAATATCTCAAAACACAACTGGTAGTATTTTTGTCCCAGAGGGCGGCGGTGATTTAGAG 1617
Query 1739 TACTCTGGTTCACCAACAGAAAAGGCCATTCTTGGCTGGGGAGTTAAGCTGGGAATGAAT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TACTCTGGTTCACCAACAGAAAAGGCCATTCTTGGCTGGGGAGTTAAGCTGGGAATGAAT 1677
Query 1799 TTCGAGACAGCCCGATCGCAGTCTTCTATTCTTCATGCTTTTCCATTTAACTCAGAGAAG 1858
|| ||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TTTGAGACAGCCAGGTCGCAGTCTTCAATCCTTCATGCTTTTCCATTTAACTCAGAGAAG 1737
Query 1859 AAACGTGGTGGTGTTGCTGTAAAAACGGCTGATGGTGAAGTTCATGTTCACTGGAAAGGA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AAACGTGGTGGTGTTGCTGTAAAAACGGCTGATGGTGAAGTTCATGTTCACTGGAAAGGA 1797
Query 1919 GCTTCTGAAATTGTCCTGGCATCATGCCGAAGCTACATCGATGAGGATGGTAATGTGGCA 1978
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GCTTCTGAAATTGTCCTGGCATCATGCAGAAGCTACATCGATGAGGATGGTAATGTGGCA 1857
Query 1979 CCAATGACTGACGACAAGGCATCGTTTTTCAAGAATGGCATTAATGATATGGCTGGAAGA 2038
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1858 CCAATGACTGATGACAAGGCATTGTTTTTCAAGAATGGCATTAACGATATGGCTGGAAGA 1917
Query 2039 ACCTTACGATGTGTTGCACTCGCCTTTAGAACCTATGAGGCTGAAAAGGTCCCAACAGGC 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ACCTTACGATGTGTTGCACTCGCCTTTAGAACCTATGAGGCTGAAAAGGTCCCAACAGGC 1977
Query 2099 GAAGAGCTCTCAAAGTGGGTACTCCCAGAGGATGATCTTATATTATTAGCTATAGTGGGC 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1978 GAAGAGCTCTCAAAGTGGGTACTCCCAGAGGATGACCTTATTTTATTAGCTATAGTAGGC 2037
Query 2159 ATAAAGGATCCATGTAGACCAGGAGTCAAAGATTCAGTTGTGTTGTGTCAAAATGCTGGT 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ATAAAGGATCCATGTAGACCAGGAGTCAAAGATTCAGTTCAGTTGTGTCAAAATGCTGGT 2097
Query 2219 GTCAAGGTCCGTATGGTTACTGGTGACAACGTCCAAACTGCCAGGGCTATTGCCTTGGAA 2278
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GTCAAGGTTCGTATGGTTACTGGTGACAACGTCCAAACTGCCAGGGCTATTGCCTTGGAA 2157
Query 2279 TGTGGAATACTAAGTTCAGATGCAGATCTCTCCGAGCCTACTCTCATTGAAGGAAAATCA 2338
||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TGTGGAATATTAACTTCAGATTCAGATCTCTCTGAGCCTACTCTCATTGAAGGAAAATCA 2217
Query 2339 TTCCGTGAGATGACTGATGCAGAAAGGGACAAGATTAGTGACAAAATATCGGTTATGGGC 2398
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2218 TTCCGTGCGATGACTGATGCAGGAAGGGACAAGATTAGTGACAAAATATCAGTTATGGGC 2277
Query 2399 CGATCATCTCCCAATGACAAACTTCTGCTGGTACAATCTCTGAGACGACAAGGGCATGTT 2458
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2278 CGATCATCGCCCAATGACAAACTTCTGCTGGTACAATCTCTGAGACGACAAGGGCATATT 2337
Query 2459 GTTGCTGTCACCGGGGATGGGACAAATGATGCTCCTGCATTGCACGAGGCAGATATTGGT 2518
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GTTGCAGTCACCGGGGATGGGACAAATGATGCTCCTGCGTTGCACGAGGCAGATATTGGT 2397
Query 2519 CTTGCTATGGGAATAGCAGGAACAGAAGTGGCTAAGGAGAGTTCGGACATCATCATCTTG 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 CTTGCTATGGGAATAGCAGGAACAGAAGTGGCTAAGGAGAGTTCGGACATCATCATCTTG 2457
Query 2579 GATGACAACTTTGCTTCAGTTGTCAAGGTTGTTCGATGGGGGCGATCAGTGTATGCCAAC 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2458 GATGACAACTTTGCTTCAGTTGTCAAGGTTGTTCGCTGGGGACGATCAGTGTACGCCAAC 2517
Query 2639 ATTCAGAAGTTCATCCAATTTCAGCTCACAGTCAATGTCGCCGCTCTCGTAATTAATGTT 2698
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2518 ATTCAGAAATTCATCCAATTTCAGCTCACAGTCAATGTCGCCGCTCTCATAATTAACGTT 2577
Query 2699 GTAGCTGCTATTTCGAGTGGTGACGTTCCACTTACCGCTGTGCAGCTTCTCTGGGTTAAT 2758
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 GTAGCTGCTATTTCGAGTGGTGATGTTCCACTTACCGCTGTGCAGCTTCTCTGGGTTAAT 2637
Query 2759 CTGATAATGGACACTCTTGGAGCATTGGCTTTGGCTACTGAACCACCCACTGATCACCTC 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 CTGATAATGGACACTCTTGGAGCATTGGCTTTGGCTACTGAACCACCCACTGATCACCTC 2697
Query 2819 ATGGGGAGGCCTCCAGTTGGCAGAAAAGAACCTCTTATTACCAACATCATGTGGAGAAAC 2878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 ATGGGGAGGCCTCCAGTTGGCAGAAAAGAACCTCTTATTACCAACATCATGTGGAGAAAC 2757
Query 2879 TTGCTGATCCAGGCTATTTATCAAGTGAGTGTATTGTTAACACTCAATTTCCGAGGCATA 2938
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2758 TTGTTGATCCAGGCTACCTATCAAGTGAGTGTATTGTTAACACTCAATTTCGGAGGCATA 2817
Query 2939 AGCATACTTGGCCTGGAGCATGAAGTGCATGAACACGCCACTAGAGTGAAGAACACAATA 2998
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2818 AGCATACTTGGCCTGGAGCATGAAGAGCATGCACACGCCACCAGAGTGAAGAACACAATA 2877
Query 2999 ATCTTCAACGCCTTTGTTCTCTGCCAAGCTTTCAATGAGTTCAATGCTCGTAAACCAGAT 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 ATCTTCAACGCCTTTGTTCTCTGCCAAGCTTTCAATGAGTTCAATGCTCGTAAACCAGAT 2937
Query 3059 GAGAAGAACATCTTCAAAGGTGTGATCAAGAATCGTCTCTTTATGGGAATAATAGTCATA 3118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2938 GAGAAGAACATCTTCAAAGGTGTGATCAAGAATCGTCTCTTTATGGGAATAGTTGTCATA 2997
Query 3119 ACTCTTGTGCTCCAGGTTATCATTGTTGAGTTCCTTGGTAAATTCGCTTCCACGACGAAA 3178
||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2998 ACTCTCGTCCTCCAGGTTATCATTGTTGAGTTCCTCGGTAAATTTGCTTCCACGACGAAA 3057
Query 3179 CTAAACTGGAAGCAATGGCTTATCTGTGTTGGCATCGGTGTTATCAGTTGGCCTCTTGCT 3238
|| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3058 CTTGACTGGAAACAATGGCTAATCTGTGTTGGCATCGGTGTTATCAGTTGGCCACTTGCT 3117
Query 3239 TTGGTCGGGAAATTCATTCCGGTGCCTGCAGCTCCTATAAGCAACAAATTGAAAGTACTA 3298
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||
Sbjct 3118 TTGGTCGGGAAATTCATTCCGGTGCCAGCAGCTCCTTTAAGCAACAAACTGTCAGCACTG 3177
Query 3299 AAATTCTGGGGCAAGAAGAAAAATTCTTCTGGAGAAG 3335
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3178 AAATGCTGGGGCAAGAAGAAAAAGTCTTCTGGAGAAG 3214
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137387838530
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5