BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G57610.1 Length=3846 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495857 jgi|Araly1|495857|fgenesh2_kg.8__1673__AT5G57610.1 5291 0.0 > Ahg495857 jgi|Araly1|495857|fgenesh2_kg.8__1673__AT5G57610.1 Length=3368 Score = 5291 bits (2865), Expect = 0.0 Identities = 3244/3419 (95%), Gaps = 58/3419 (2%) Strand=Plus/Plus Query 434 ATGGATTCAGGTTCTGTGAACTCA---TCTGTCACTAGTCTAGTGTCGAGTTTGAACGAT 490 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGATTCAGGTTCTGTGAACTCATCTTCTGTCACTAGTCCAGTCTCGAGTTTGAACGAT 60 Query 491 GAGCCGCATCGTGTTAAATTCCTGTGTAGCTTCTTAGGGAGTATATTGCCTCGTCCTCAG 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GAGCCGCATCGTGTTAAATTCCTGTGTAGCTTCTTAGGCAGTATATTGCCTCGTCCTCAG 120 Query 551 GATGGGAAATTGAGGTATGTTGGTGGAGAGACGAGGATTGTGAGTGTGAATAGAGATATT 610 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GATGGGAAATTGAGGTATGTTGGTGGAGAGACGAGGATTGTGAGTGTGAATAGAGATATT 180 Query 611 AGGTATGAGGAGTTGATGAGTAAGATGAGAGAGCTTTATGATGGTGCAGCAGTGTTGAAG 670 |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 181 AGGTATGAGGAGTTGATGGGCAAGATGAGAGAGCTTTATGACGGTGCAGCGGTGTTGAAG 240 Query 671 TATCAGCAGCCTGATGAGGATCTTGATGCTTTGGTCTCGGTTGTGAATGATGATGATGTG 730 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TATCAGCAGCCTGATGAGGATCTTGATGCTTTGGTCTCGGTTGTGAATGATGATGATGTG 300 Query 731 ACGAATATGATGGAGGAGTATGATAAGTTAGGTTCAGGAGATGGGTTTACTAGGCTTAGG 790 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 301 ACGAATATGATGGAGGAATATGATAAGTTAGGTTCAGGGGATGGGTTTACTAGGCTTAGG 360 Query 791 ATCTTTCTGTTTTC-TACTCCTGAGCAGGATGGTTCTTTGCATTATGTGGAGCGTGATGA 849 |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 361 ATCTTTCTGTTTTCGT-CTCCTGAGCAGGATGGTTCTTTGCATTATGTGGAACGCGATGA 419 Query 850 TCAGAGGGAATCTGAGAGGAGATATGTTGATGCTCTTAATAATTTGATCGAAGGGACAGA 909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TCAGAGGGAATCTGAGAGGAGATATGTTGATGCTCTTAATAATTTGATCGAAGGGACAGA 479 Query 910 CTTTAGAAAG-TTGCAGCAGTATCCTGATTCACCTCGTTTCAATCTCGTTGATGATTTTT 968 |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 CTTTAGGAAGCTT-CAGCAGTATCCTGATTCACCTCGTTTCAATCTCGTTGATGATTTTT 538 Query 969 CGATGGTGGAACCGATGCTGAATCAGCTGAGCATTGAGACTGGTGGTGGTAGCCAGAGGG 1028 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 539 CGATGGTGGAACCGATGCTGAATCAGCTGAGCATTGAGACTGGTGGTGGCAGCCAGAGGG 598 Query 1029 GCAACGAGATACCTACTGCGCAGTATAGTAATCTTCACCAGCTCAGGATTCCTCGTGTGG 1088 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 GCACCGAGATACCTACTGCGCAGTATAGTAATCTTCACCAGCTCAGGATTCCTCGTGTGG 658 Query 1089 GTTCGGGGCAGATGCTTGCACAGAGGTATGGTGAAGTAGAAGGTACATGGAGTCCTTTCT 1148 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || Sbjct 659 GTTCGGGGCAGATGCTTGCACAGAGGTATGGTGAAGTAGAGGGTACATGGAGTCCTTACT 718 Query 1149 ATTCTCCTCGGCACCATGGACATCATGATCCCAGAACTTTTCAGGAATTTCCATCTTCGC 1208 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 ATTCTCCTCGGCACCATGGACATCATGATCCCAGAACTTTTCAGGAATTTCCATCTTCGC 778 Query 1209 CTTCTTCTGCTCGTTATCGAATGCCATATGGGGAAATTCCTGATAAGGGATTGGATAGAA 1268 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 779 CTTCTTCTGCTCGTTATCGAATGCCATATGGGGAAATTCCTGATAAGGGGTTTGATAGAA 838 Query 1269 TGCCTGAGGAGTATGTTAGGCCGCAAGCAAGTCACCATCCTTTTTACGAGCACCAGGCAC 1328 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| Sbjct 839 TGCCTGAGGAGTATGTGAGGCCGCAAGCAAGTCATCATCCTTTATATGAGCACCAGGCAC 898 Query 1329 ACATTCCTGACAGTGTGGTGTGGGTCCCAGCTGGAGCAATGCCACCTGAGAGTAAAGGAG 1388 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 899 ACATTCCTGACAGTGTTGTGTGGGTCCCAGCTGGAGCAATGCCACCTGAGAGTAAAGGTG 958 Query 1389 GGTTTCCTGGGAATGTTCTTCACGGTGGTCCAGGTGGCTATGAAGGTGGTAATGGATGCG 1448 | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 959 GTTTTCCTGGGAATGTTCTTCACAGTGGTCCAGGTGGCTATGAAGGTGGTAATGTATGCG 1018 Query 1449 AGAACTGTCGTGTACCGTATCATAGGAACCATCAGCTTTTAGAGCAATCTAATATAGGCA 1508 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 1019 AGAACTGTCGTGTACCGTATCATAGGAACCATCAGCTTTTGGAGCAGCCTAATATAGGCA 1078 Query 1509 ACAATGGATTTCCACCGGTTCATTGTGCACATTGTCCACCAAACAGGGAAAGTTTCCTGC 1568 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 ACAATGGATTTCCACCGGTTCATTGTGCACATTGTCCACCAAACAGGGAAAGTTTCCTGC 1138 Query 1569 TTAACACAGACCC-AAAGCCTACTCATCATGGAGCTTATCCAAATGAGACTTTTGGACCT 1627 ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 1139 TTAACACAGACCCGAAA-CCTACTCATCACGGAGCTTATCCAAATGAGACTTTCGGACAT 1197 Query 1628 GATAGAGGATGGATGGTTCAACAACAGGTGAATCCTAACCCTCCAAGGATTGAGGAAGGA 1687 || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 GAAAGAGGACGGATGGTTCAACAACAGGTGAATTCTAATCCTCCAAGGATTGAGGAAGGA 1257 Query 1688 AGGTCACATATTTCTAATGTTGGAAGACCGAACGATCATTACACTCCCGATTATCCTGTG 1747 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1258 AGGTCACATATTTCTAATGTTGGAAGACCAAACGATCATTACACTCCCGATTATCCGGTG 1317 Query 1748 TCGAACTATCCTCTTGGTCAACGAGCTGGACATGAAATTTCCAATGAAGGGTTTCATGAT 1807 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1318 TCGAACTATCCTCTTGCTCAACGAGCTGGACATGAAATTTCGAATGAAGGGTTCCATGAT 1377 Query 1808 AAACCACTTGGTGGCATTCCCCTGAATTCGGCCAACCGTTCTGCTGAGGAACGTGGGTTT 1867 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1378 AAACCACTTGGTGGCATTCCCCTGAATTCGGCCAACCGTTCTGCTGAGGAACGTGTGTTT 1437 Query 1868 CATTATGGGAATAATCTCTATCCTCCAGGACCTGATAGTATCCACTCAGCAGGTCATAGC 1927 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1438 CATTACGGGAATAATCTCTATCCTCCAGGACCTGAAAGTATCCAATCAGCAGGTCATAGC 1497 Query 1928 CATATGCACCACCCTCAACCAAATATTTGGCAGAACGTTTCAAATCCTATAGCTGGCCCT 1987 |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 1498 CATATGCACC-C--TCAACAAAATATTTGGCAGAACGTTTCAAATCCTGTAGCTGGTCCT 1554 Query 1988 CCAGGCTTGCCCATGCAAATTAATGGCACAGTCAATCAGACCGTTATCAGGAATCCGATA 2047 ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 1555 CCAGGCTTGTCCATGCAAATCAATGGCACAGTCAATCAGACCATAATCAGGAATCCGATA 1614 Query 2048 GAAACTGCTCCTAGGTATTCTACTGGAATGGAGAATCAAGGTGTTTTGGTTGGTTCTCCG 2107 |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 GAAACTGCTCCTAGGTATTCTATTGGAGTAGAGAATCAAGGTGTTTTGGTTGGTTCTCCG 1674 Query 2108 CAAAGGATTTCAGGCTTTGATGGAATGTCCTCCCTTGGCCAGCCTTCCTACCCTAATCCC 2167 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1675 CAAAGGATTTCAGGCTTTGATGGAATGTCCTCCCCTGGCCAGCCTTACTACCCTAATCCC 1734 Query 2168 CATTTGCAAGATAGAGCCTTCCCTTTAGACCCAAATTGGGTGCCATCTGAAAACCCAACT 2227 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1735 CATTTGCAAGATAGAGCCTTCCCTTTAGACCCAAATTGGGTCCCATCTGAAAACCCGACA 1794 Query 2228 GTACATAATGAACATCTACAGGTGCGTGAGCCTCTGCCTGGGCCATTATTACAGACAAAC 2287 ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1795 GTACATAATGAACATCTACAGGTGCGTGAGCTTTTGTCTGGGCCATTATTACAGACAAAC 1854 Query 2288 CTCACTGCTGCACCAATCATGCAGACACCAGTTATGCAGACATCTGTGGAAAGCAAGCTT 2347 |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | | | ||||| || Sbjct 1855 CTCAATGCTGCACCAATTATGCAGACACCAGTTATCCAGACACCAGAG-A--GCAAG-TT 1910 Query 2348 -GCTCAGGGAGGTGAACAATTTAACTATGTTAATACTGGTATTTCAAACGGTGTTCCTTA 2406 ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1911 AGCTCAGGGAGGTGAAAAATTTAACTATGTTGATACTGGTGTTTCAAACGGTGTTCCTTA 1970 Query 2407 CCAAGATAAGCCTCAACCCTTAGCTGGAGGAAAGAAAGATATGGGGAACCTGGTAGAAGT 2466 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1971 CCTAGATAAGCCTCAACCCTTAGCTGAAGGAAAGAAAGATATGG------T---AGAAGT 2021 Query 2467 TAATCCTTCTGCTGCTACTCTTGAAGGGGCAGAGCTATCAGTTGAGCGTTTGAGTTTCTT 2526 || | | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2022 TA--------G-T-C--CT---GAAGGGGCAGAGCTATCAGTTGAGCGTTTGAGTTTCTT 2066 Query 2527 GCCTGAGTTAATGGAATCTGTGAAGAGGGCGGCACTTGAAGGAGCTGCTGAGGTTAAAGC 2586 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2067 GCCGGAGTTAATGGAATCTGTGAAGAGGGCGGCACTTGAAGGAGCTGCTGAAGTTAAAGC 2126 Query 2587 TCATCCAGAAGAGGCCAAAGATCAAGTGAGGCCGGAGTTGGTGGAAAATGAATCAGAGCA 2646 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2127 TCATCCAGAAGAATCCAAAGATCAAGTGAGGCCGGAGTTGGTGGAAAATGAATCAGAGCA 2186 Query 2647 TATGAATGCTCAAGACGAACCTGAGATAGATTCTGATAGTGATAACCCAAACAATTTCAA 2706 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2187 TATGAATGCTCAAGACGAATCTGAGATAGATTCTGATAGCGATAACCCAAACAATTTCAA 2246 Query 2707 GATTGAACAAACAAAGGCTGAGGCTGAAGCTAAATCCAGGGGACTACAGTCTATAAGAAA 2766 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2247 GATTGAACAAACAAAGGCTGAGGCTGAAGCTCGATCCAGGGGACTACAGAGTATAAGAAA 2306 Query 2767 CGATGATTTGGAGGAAATCCGAGAGTTAGGCCATGGAACATATGGATCTGTTTACCATGG 2826 ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2307 CGATGATCTGGAGGAGATCCGAGAGTTAGGCCATGGAACCTATGGATCTGTTTACCATGG 2366 Query 2827 AAAATGGAAAGGCTCAGATGTTGCAATAAAGAGAATAAAAGCCAGCTGCTTTGCAGGCAA 2886 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2367 AAAATGGAAAGGCTCAGATGTTGCAATAAAGAGAATAAAAGCCAGCTGCTTTGCAGGCAA 2426 Query 2887 ACCTTCGGAAAGGGAACGTTTGATAGAAGATTTTTGGAAAGAAGCCCTGTTATTGAGCTC 2946 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2427 ACCTTCTGAAAGGGAACGTTTGATAGAAGATTTTTGGAAAGAAGCCCTGTTATTGAGCTC 2486 Query 2947 ATTGCATCATCCAAATGTTGTGTCGTTCTATGGGATAGTTCGTGATGGTCCTGATGGTTC 3006 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2487 ATTGCATCACCCAAACGTTGTGTCGTTCTATGGGATAGTTCGTGATGGTCCTGATGGTTC 2546 Query 3007 TCTAGCAACTGTCGCGGAGTTCATGGTTAACGGATCTTTGAAACAGTTCTTGCAGAAGAA 3066 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2547 TCTAGCAACTGTCGCTGAGTTCATGGTTAACGGATCTTTGAAACAGTTCTTGCAGAAGAA 2606 Query 3067 GGATAGAACTATTGATCGTCGCAAAAGACTCATCATAGCCATGGATACTGCATTTGGGAT 3126 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2607 GGATAGAACTATTGATCGGCGCAAAAGACTCATCATAGCCATGGATACTGCATTTGGGAT 2666 Query 3127 GGAGTATTTGCACGGAAAGAACATTGTTCATTTCGATTTGAAGTGTGAGAATCTTCTTGT 3186 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2667 GGAGTATTTGCACGGAAAGAACATAGTTCATTTCGATTTGAAGTGTGAGAATCTTCTTGT 2726 Query 3187 GAACATGAGAGATCCTCAGCGTCCTATATGCAAGATTGGTGATTTGGGGTTATCGAAGGT 3246 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2727 GAACATGAGAGATCCTCAGCGTCCTATATGCAAGATTGGTGATTTGGGGTTATCGAAGGT 2786 Query 3247 GAAACAGAAGACTCTAGTATCAGGAGGTGTTCGTGGGACTTTGCCATGGATGGCACCTGA 3306 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2787 GAAACAGAAGACTCTAGTATCAGGAGGTGTTCGTGGGACTTTGCCATGGATGGCACCTGA 2846 Query 3307 GCTCTTGAGTGGGAAAAGCAACATGGTCTCTGAAAAGATCGATGTTTACTCGTTTGGGAT 3366 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2847 GCTCTTGAGTGGGAAAAGCAACATGGTCTCTGAAAAGATCGATGTTTACTCGTTTGGGAT 2906 Query 3367 TGTAATGTGGGAACTACTCACTGGTGAAGAACCATACGCAGACATGCATTGTGCTTCCAT 3426 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2907 TGTAATGTGGGAACTACTCACTGGTGAAGAACCTTACGCAGACATGCACTGTGCTTCCAT 2966 Query 3427 AATTGGAGGTATAGTGAACAACGCATTGCGTCCAAAAATCCCACAGTGGTGTGATCCAGA 3486 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2967 AATTGGAGGTATAGTGAATAACGCATTGCGTCCGAAAATCCCACAGTGGTGTGATCCAGA 3026 Query 3487 GTGGAAGGGATTGATGGAAAGTTGCTGGACGTCTGAGCCAACAGAGAGACCATCCTTTAC 3546 |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3027 GTGGAAGGGATTGATGGAAAGTTGCTGGGCCTCTGAGCCAACAGAGAGACCATCCTTTAC 3086 Query 3547 TGAAATATCACAGAAGCTCAGGACAATGGCTGCTGCTATGAATTTGAAATAACTTAATAA 3606 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 3087 TGAAATATCACAGAAGCTCAGGACTATGGCTGCTGCTATGAATTTGAAATAAGTAAATAC 3146 Query 3607 ATAGACTCAAAAAAGGAAGAATAAAGATGATGATGAAGAAAAAGAAGATGGTGATGGTGT 3666 ||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | Sbjct 3147 ATAAACT-AAAAAATGAAGAATAAAGATGAAGATGATGATGAAGAAGATGGTGATGGT-T 3204 Query 3667 TTACTTGGAGATTAAAGGCTTCTATTTACTTTGttttttttATAAAAAAGTATTAGTTAG 3726 |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||| Sbjct 3205 ---CTTGAAGATTTAAGGCTTCTATTTACTTTGAGTTTTT-ATAAAAA-GTAT-AGTTAG 3258 Query 3727 CCTATTTTTGGTTACCACTTGGTTTGCGTTTGGAACGCGAAAACTAGCGTTATGTGGGAG 3786 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 3259 CCTATTTTTGGTTACCACTTGGTTTGCGGTTGGAACGCGAAAACTAGCGTTTTGTGGGAG 3318 Query 3787 AAAGAAAAATGGTGTTTTCCtttttttATTGGTATATAGTTTTATGTTTAATTTAGAGG 3845 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3319 AAAGAAAAACGGTGTTTT---------ATTGGTATATAGTTTTATGTTTAATTTAGAGG 3368 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 145341871287 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5