BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G57630.1
Length=1611
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950455 jgi|Araly1|950455|scaffold_802342.1 2115 0.0
> Ahg950455 jgi|Araly1|950455|scaffold_802342.1
Length=1292
Score = 2115 bits (1145), Expect = 0.0
Identities = 1243/1291 (96%), Gaps = 4/1291 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 100 tctctctgtttctGAGATGGGTTTGTTTGGAACGAAGAAGATCGGGAAGTATGAGATAGG 159
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Sbjct 6 TCTCTCTGTTTCTGAGATGGGTTTGTTTGGAACGAAGAAGATTGGCAAGTATGAGATAGG 65
Query 160 AAGAACAATCGGAGAAGGGAATTTCGCAAAAGTGAAACTTGGTTACGACACGACCAATGG 219
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Sbjct 66 AAGAACAATCGGAGAAGGGAATTTCGCAAAAGTGAAACTTGGTTACGACACAACCAATGG 125
Query 220 TACTTACGTAGCTGTCAAAATCATAGACAAGGCTTTGGTTATTCAAAAGGGTCTTGAGTC 279
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Sbjct 126 TACTTACGTAGCTGTCAAAATCATAGATAAGGGTTTGGTTATTCAAAAGGGTCTAGAGTC 185
Query 280 TCAAGTCAAGAGAGAGATACGAACGATGAAGCTTCTTAACCATCCCAACATCGTCCAAAT 339
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Sbjct 186 TCAAGTCAAGAGAGAGATACGAACCATGAAGCTTCTTAACCATCCCAACATCGTACAAAT 245
Query 340 ACACGAGGTGATTGGAACCAAGACAAAGATCTGTATAGTTATGGAATACGTTTCAGGTGG 399
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Sbjct 246 ACACGAGGTGATTGGAACCAAGACAAAGATCTGTATTGTTATGGAATACGTTGCAGGTGG 305
Query 400 TCAGCTTTCAGACAGACTTGGAAGACAGAAAATGAAAGAATCAGATGCTAGAAAACTTTT 459
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Sbjct 306 TCAGCTTTCAGACAGACTTGGAAGACAGAAAATGAAAGAATCAGATGCTAGAAAACTTTT 365
Query 460 CCAACAATTGATTGATGCTGTTGATTATTGTCATAACAGAGGAGTTTATCATAGAGATCT 519
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Sbjct 366 CCAACAATTGATTGATGCTGTTGATTATTGTCATAACAGAGGAGTTTATCATAGAGATCT 425
Query 520 TAAGCCACAAAACTTGTTACTAGATTCAAAGGGTAATCTCAAAGTTTCTGACTTTGGATT 579
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Sbjct 426 TAAGCCACAAAATTTGTTACTAGATTCAAAGGGTAATCTCAAAGTTTCTGACTTTGGATT 485
Query 580 AAGTGCAGTTCCTAAATCGGGGGATATGCTCTCTACAGCTTGTGGCTCTCCATGTTATAT 639
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Sbjct 486 AAGTGCAGTTCCTAAATCAGGGGATATGCTCTCTACAGCTTGTGGCTCTCCATGTTATAT 545
Query 640 AGCACCAGAGTTGATTATGAACAAAGGCTACTCAGGAGCAGCAGTAGATGTATGGTCTTG 699
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Sbjct 546 AGCACCAGAGCTGATTATGAACAAAGGCTACTCAGGAGCAGCAGTAGATGTATGGTCTTG 605
Query 700 TGGAGTGATTCTATTTGAATTGCTTGCTGGTTATCCACCTTTCGATGATCATACACTTCC 759
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Sbjct 606 TGGAGTGATTCTATTTGAATTGCTTGCTGGTTATCCACCTTTCGATGATCATACGCTTCC 665
Query 760 GGTTTTGTATAAGAAGATACTCAGAGCAGATTACACGTTCCCACCTGGATTCACTGGAGA 819
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Sbjct 666 GGTTTTGTATAAGAAGATACTCAGAGCAGATTACAAGTTCCCACCTGGATTCACCAAAGA 725
Query 820 GCAGAAGAGGCTAATCTTTAACATTCTTGACCCAAATCCTCTAAGTCGTATAACACTAGC 879
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Sbjct 726 GCAGAAGAGGCTAATCTTTAACATTCTTGACCCAAATCCTCTGAGGCGTATGACAATAGC 785
Query 880 TGAGATAATCATCAAAGATTCTTGGTTCAAGATAGGTTATACACCAGTTTATCATCAACT 939
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Sbjct 786 TGAGATAATCATCCAAGATTCTTGGTTCAAGATAGATTATGCACCAGCTTATCACCAAGT 845
Query 940 TTCAGACTCAATCAAGGACAATGTCGCGGAGATAAATGCAGCAACCGCGTCATCAAATTT 999
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Sbjct 846 TTCAGACTCAATCAAGGAAAATGTCGCGGAGATAAATGCAGCAACCGCGTCTTCAAACTT 905
Query 1000 CATAAATGCTTTTCAGATAATAGCAATGTCTAGTGATCTAGATTTGTCAGGTCTCTTCGA 1059
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Sbjct 906 CATAAATGCTTTTCAGATAATAGCAATGTCTAGTGATCTAGATTTGTCAGGTCTCTTCGA 965
Query 1060 AGAAAATGATGATAAGAGATATAAAACAAGAATTGGGTCCAAGAACACAGCACAAGAAAC 1119
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Sbjct 966 AGAAAATGATGATAAAAGATATAAAACAAGAATTGGGTCCAAGAACACAGCACAAGAAAC 1025
Query 1120 AATCAAGAAGATTGAAGCTGCAGCAACTTATGTTAGTTTATCAGTTGAGAGAATAAAGCA 1179
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Sbjct 1026 AATCAAGAAGATTGAAGCTGCAGCAACTGATGTTAGCTTATCAGTTGAAAGAATAAAGCA 1085
Query 1180 CTTCAAGGTTAAGATTCAGCCAAAGGAGATAAGATCAAGATCTTCTTATGACTTATTATC 1239
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Sbjct 1086 CTTCAAGGTTAAGATTCAGCCAAAAGAGATAAGATCAAGATCATCTTATGACTTGTTATC 1145
Query 1240 AGCAGAGGTGATAGAGGTGACTCCAACAAATTGTGTTATAGAAATATCGAAATCCGCAGG 1299
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Sbjct 1146 AGCAGAGGTGATAGAGGTGACTCCAACCAATTGTGTTATAGAAATATCGAAATCTGCAGG 1205
Query 1300 CGAGTTAAGACTATACATGGAGTTTTGCCAGAGCTTATCAAGCTTACTTACCGCGGAAGT 1359
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Sbjct 1206 CGAGTTAAGACTATACATGGAGTTTTGCCAGAGTTTATCGAGCTTACTTACAGCGGAAGT 1265
Query 1360 AAGCTAAGATAGAGAGCCATAGATTCTCAAG 1390
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Sbjct 1266 AAGCTAAGA--GAG--CCATAGATTATCAAG 1292
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60373038325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5