BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G57655.2 Length=1938 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg950456 jgi|Araly1|950456|scaffold_802343.1 2420 0.0 > Ahg950456 jgi|Araly1|950456|scaffold_802343.1 Length=1475 Score = 2420 bits (1310), Expect = 0.0 Identities = 1421/1476 (96%), Gaps = 2/1476 (0%) Strand=Plus/Plus Query 250 GTTCAAG-GTTCGTTGAAAACTATGAAGAAAGTTGAGTTTTTTATGCTCCTTCTCTGCTT 308 |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1 GTTC-AGAGTTCGTTGAAAACAATGAAGAAAGTTGATTTTTTTATGCTCCTGCTCTGCTT 59 Query 309 CATCGCAGCGTCATCTCTAGTGTCTGCTGATCCACCAACATGTCCTGCTGATTTGGGAGG 368 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 60 AATCGCAGCGTCATTTCTAGTGTCTGCTGATCCACCAACGTGTCCTGCTGATTTGGGAGG 119 Query 369 CAAGTGTAGTGATTCTGATGACTGGCAAGGTGATTTCTTCCCTGAAATCCCCAAGATTAA 428 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 GAAGTGTAGTGATTCTGATGATTGGCAAGGTGATTTCTTCCCTGAAATCCCCAAGATTAA 179 Query 429 GTATGAGGGACCTTCGAGTAAGAACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCTGAAGAAGA 488 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 180 GTATGAGGGACCTTCGAGTAAGAACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCAGAAGAGGA 239 Query 489 GATTCTTGGGAAGAAAATGAAGGATTGGTTTAGATTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACTTT 548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GATTCTTGGGAAGAAAATGAAGGATTGGTTTAGATTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACTTT 299 Query 549 CCGTGGGACTGGAGGTGATCCATTTGGTGCTGCTACTAAGTATTGGCCTTGGGAAGATGG 608 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 CCGTGGGACTGGAGGTGATCCATTTGGTGCTGCTACAAAGTATTGGCCTTGGGAAGATGG 359 Query 609 TACTAACTCTGTGTCTATGGCTAAGAGAAGAATGAGAGCTAACTTTGAGTTCTTGAAGAA 668 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 TACTAACTCTGTGTCTATGGCTAAGAGAAGAATGAGAGCTAACTTTGAGTTCTTGAAGAA 419 Query 669 ACTTGGAGTTGATTGGTGGTGTTTTCATGACAGAGACATAGCACCTGATGGCACTACACT 728 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 420 ACTTGGAGTTGATTGGTGGTGTTTCCATGACAGAGACATAGCACCTGATGGTACTACACT 479 Query 729 TGAGGAATCTAACAAAAACTTGGATGAAGTTATCGAACTCGCCAAAGAACTCCAAAAGGG 788 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 480 TGAGGAATCTAACAAAAACTTGGATGAAGTTATCGAACTGGCCAAAGAACTGCAAAAGGG 539 Query 789 GAGCAAAATCAAACCATTGTGGGGAACAGCTCAGCTTTTCTTGCATCCTCGTTATATGCA 848 ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 540 AAGCAAGATCAGACCATTGTGGGGAACAGCTCAGCTTTTCTTGCATCCTCGTTACATGCA 599 Query 849 CGGAGGAGCGACCAGCTCTGAAGTTGGAGTGTATGCTTACGCTGCTGCTCAGGTGAAGAA 908 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 600 CGGAGGAGCAACCAGCTCTGAGGTTGGAGTGTATGCTTACGCTGCTGCGCAGGTAAAGAA 659 Query 909 AGCCATGGAGGTAACACATTACTTAGGTGGTGAAAACTACGTTTTTTGGGGTGGTCGTGA 968 |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 660 AGCCATGGAGGTTACACATTACTTAGGCGGTGAAAACTACGTTTTCTGGGGTGGTCGTGA 719 Query 969 AGGTTATCAGACACTCTTGAACACTGATATGGGAAGAGAGCTTGATCATCTAGCCAGGTT 1028 |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 720 AGGTTATCAGACGCTTTTGAACACTGATATGGGAAGAGAGCTTGATCATCTGGCCAGGTT 779 Query 1029 CTTTGAAGCTGCTGTTGCTTACAAGAAGAAGATTGGATTCAAAGGCACGCTTTTAATCGA 1088 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 780 CTTTGAAGCTGCTGTTGCTTACAAGAAGAAGATTGGATTCAAAGGCACACTTTTAATCGA 839 Query 1089 GCCCAAGCCTCAAGAACCCACCAAGCACCAGTATGACTGGGATGCTGCAACAGCTGCCAA 1148 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 GCCCAAGCCTCAAGAACCCACCAAGCACCAGTATGACTGGGATGCTGCAACAGCTGCCAA 899 Query 1149 TTTCTTGAGGAAATATGGTCTTATTGATGAGTTTAAGCTCAACATTGAGTGTAACCATGC 1208 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 900 TTTCTTGAGGAAATATGGTCTTATTGATGAGTTTAAGCTCAACATTGAGTGTAACCACGC 959 Query 1209 CACGCTCTCTGGTCACACTTGTCATCACGAGCTTGAAACTGCAAGAATTAATGGTTTACT 1268 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 960 CACGCTTTCTGGTCACACGTGTCATCACGAGCTTGAAACTGCAAGACTTAATGGTTTACT 1019 Query 1269 TGGCAACATTGATGCAAACACTGGCGATGCTCAAACTGGATGGGATACAGATCAGTTTCT 1328 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1020 TGGCAACATCGATGCAAACACTGGCGATGCTCAAACTGGATGGGATACCGATCAGTTTCT 1079 Query 1329 TACAGATGTTGGAGAAGCAACCATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAATGGTGGGATTGC 1388 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TACAGATGTTGGAGAAGCAACCATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAATGGTGGGATTGC 1139 Query 1389 TCCAGGCGGCTTCAACTTTGACGCTAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGACGTGGAAGACTT 1448 |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 1140 TCCAGGAGGCTTCAACTTCGACGCCAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGATGTTGAAGACTT 1199 Query 1449 ATTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGATACAATGGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGTCAA 1508 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 GTTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGATACAATGGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGTCAA 1259 Query 1509 AATCTTGGAGGAGGGAAGTCTAAGTGAATTGGTACGCAAGCGATATGCAACTTGGGACTC 1568 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 AATCTTGGAGGAGGGAAGTCTAAACGAATTGGTACGCAAGCGATATGCAACTTGGGACTC 1319 Query 1569 TGAGCTTGGGAAGCAAATAGAAGAAGGAAAAGCTGATTTTGAGTATCTTGAGAAGAAAGC 1628 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 1320 TGAGCTTGGGAAGCAAATAGAAGAAGGAAAAGCCGATTTCGAGTATCTTGAGAAGAAGGC 1379 Query 1629 TAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTTCTTCTGCTAAACAGGAACTCGCTGAGATGATTTT 1688 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1380 TAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTTCTTCTGCCAAACAGGAGCTCGCTGAGATGATCTT 1439 Query 1689 CCAATCTGCAATGTAAGAAGAAGAACAAGAAGGCTT 1724 |||||| ||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 1440 CCAATCAGCAATGTAAGAAGAATAAGAAGAAGGCTT 1475 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 72828548440 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5