BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G57800.1 Length=2499 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495876 jgi|Araly1|495876|fgenesh2_kg.8__1692__AT5G57800.1 3821 0.0 > Ahg495876 jgi|Araly1|495876|fgenesh2_kg.8__1692__AT5G57800.1 Length=2457 Score = 3821 bits (2069), Expect = 0.0 Identities = 2347/2472 (95%), Gaps = 56/2472 (2%) Strand=Plus/Plus Query 41 TTTCTGGGGTTTTTAATTCTCTCAACGAACaaaaaaaaaaaCTCAACTAATATTCTCCAT 100 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| Sbjct 29 TTTCTGGGG-TTTTAATTCTCTCAACGAAC----TAAAAATCTCAACTAAAATTCTCCAT 83 Query 101 CCTCTTTCTTC-AGATTT-A-AGAGAAACCTTATCGTTATATTCTCTCTTCTCTTTTCTT 157 | ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| Sbjct 84 CATCTTTCTTCAAGATTTAAGAGAGAAACCTTATCGTTAAATTCTCTC-TCTCTCTTCTT 142 Query 158 TTTGACTCCCAC-A-AGAAGAAAGCAAATTTCTTTTTCTCAGGATTGCTTGAAAACTGTA 215 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 143 TTTGACTCCCACAAGAGAAGAAAGCAAATTTCTTTTTCTCAGGATTGCTTGAAAACTGGA 202 Query 216 GAAATCTTTAAGGtttttttACACCAATAAGAGTCagagagagagagagagagagaaaga 275 ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| Sbjct 203 GAAATCTTTAAGG-TTTTTTAGACCAATAAGAG-C-------GAGAGAGAGAGAG--AGA 251 Query 276 gagaTCTATTCATAAAAAAGACAGGTAATCTCAACTCCGAGGAGATAACTGATATAACAA 335 ||||||||||||||||||||||| | | | || | | | | | ||||||| Sbjct 252 GAGATCTATTCATAAAAAAGACA-G--A--T-AA-T-C-------T--C--AAATAACAA 292 Query 336 TTTGagagaataagaagaagaagaagaagaagaCCAAGCTA-AAGAATGGTTGCTTTTTT 394 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| Sbjct 293 TTTGAGAGAAT---AAGAAGAAGAAGAAGAAGACCAAGC-AGAAGAATGGTTGCTCTTTT 348 Query 395 ATCAGCTTGGCCTTGGGAAAACTTTGGCAATCTCAAGTATCTTCTCTACGCTCCATTAGC 454 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 349 ATCAGCTTGGCCTTGGGAAAACTTTGGCAACCTCAAGTATCTTCTCTACGCTCCATTAGC 408 Query 455 TGCACAAGTAGTGTACTCGTGGGTCTATGAAGAAGATATCTCAAAGGTTCTTTGGTGTAT 514 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 409 TGCACAAGTAGTGTACTCGTGGGTATATGAAGAAGATATCTCAAAGGTTCTTTGGTGTAT 468 Query 515 TCATATTCTCATAATCTGCGGTCTCAAAGCACTTGTTCATGAACTATGGAGCGTTTTCAA 574 |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 469 TCATATTCTCATAATCTGTGGACTCAAAGCACTCGTTCATGAACTATGGAGCGTTTTCAA 528 Query 575 CAACATGCTTTTCGTGACTCGTACTCTAAGGATTAACCCTAAAGGGATCGACTTTAAACA 634 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 529 CAACATGCTTTTCGTGACTCGTACTCTAAGGATTAACCCTAAAGGCATCGACTTTAAGCA 588 Query 635 GATTGATCACGAATGGCACTGGGACAATTACATAATCCTACAAGCAATAATAGTGAGCCT 694 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 589 GATTGATCACGAATGGCACTGGGACAATTACATAATCCTACAAGCAATAATAGTGAGCCT 648 Query 695 GATCTGTTACATGTCACCACCATTGATGATGATGATAAACAGTCTTCCTCTGTGGAACAC 754 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 649 GATCTGTTACATGTCACCACCATTGATGATGATGATAAACAGTCTTCCTCTGTGGAACAC 708 Query 755 GAAAGGACTCATCGCATTAATTGTGCTACATGTGACTTTCTCAGAGCCTTTATACTACTT 814 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 709 GAAAGGACTCATCGCATTAATTGTGCTACATGTGACTTTCTCAGAGCCTTTATACTACTT 768 Query 815 TCTGCACAGATCTTTCCATCGTAACAACTACTTCTTCACACATTACCACTCTTTCCACCA 874 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 769 TCTGCACAGATCTTTCCATCGTAACAACTACTTCTTCACCCATTACCACTCTTTCCACCA 828 Query 875 CTCATCTCCTGTTCCACATCCCATGACTGCTGGAAACGCAACGTTATTGGAAAACATTAT 934 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 829 CTCATCTCCTGTTCCACATCCCATGACTGCTGGAAACGCAACGTTATTAGAAAACCTTAT 888 Query 935 CCTCTGTGTCGTAGCTGGTGTTCCATTGATTGGATGTTGCTTGTTTGGTGTTGGATCATT 994 ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 889 CCTCTGTGTTGTAGCTGGTGTTCCTTTGATTGGATCTTGCTTGTTTGGTGTTGGATCATT 948 Query 995 AAGTG-CGATCTACGGTTACGCTGTTATGTTTGATTTCATGAGGTGTTTAGGACATTGTA 1053 ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 949 AAGTGTC-ATCTACGGTTACGCTGTTATGTTTGATTTCATGAGATGTTTAGGACATTGTA 1007 Query 1054 ACGTTGAGATATTCTCTCACAAGCTGTTCGAGATTCTTCCAGTCTTACGATATCTCATCT 1113 |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| Sbjct 1008 ACGTTGAGATCTTCTCTCACAAGCTGTTCGAGATGCTTCCAATCCTACGATATCTCATCT 1067 Query 1114 ATACTCCAACGTACCATAGTCTGCATCATCAAGAAATGGGGACCAACTTTTGTCTATTTA 1173 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1068 ACACTCCAACGTACCATAGTCTGCATCATCAAGAAATGGGGACCAACTTTTGTCTATTTA 1127 Query 1174 TGCCTCTCTTTGATGTTTTGGGCGATACACAAAACCCAAACTCATGGGAACTCCAAAAGA 1233 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1128 TGCCTATCTTTGATGTTTTGGGCGATACACAAAACCAAAACTCATGGGAACTCCAAAAGA 1187 Query 1234 AGATTCGTTTGAGTGCAGGGGAACGGAAGAGAGTGCCGGAGTTTGTGTTCTTAGCTCACG 1293 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1188 AGATTCGTTTGAGTGCAGGGGAACGGAAGAGAGTGCCGGAGTTCGTGTTCTTAGCTCACG 1247 Query 1294 GAGTTGATGTAATGTCGGCGATGCATGCACCGTTCGTGTTCAGATCTTTTGCTTCAATGC 1353 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1248 GAGTTGATGTGATGTCGGCGATGCATGCACCGTTCGTGTTCAGATCTTTTGCTTCAATGC 1307 Query 1354 CATATACCACAAGGATATTCTTGCTACCGATGTGGCCATTCACGTTCTGTGTTATGTTGG 1413 |||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1308 CATACACTACGAGGATTTTCTTGCTACCGATGTGGCCATTCACGTTCTGTGTTATGTTGG 1367 Query 1414 GCATGTGGGCTTGGTCAAAGACTTTTCTTTTCAGCTTCTATACCCTCAGGAACAATCTTT 1473 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 1368 GCATGTGGGCTTGGTCAAAGACTTTTCTTTTCAGCTTTTATACCCTTAGGAACAATCTTT 1427 Query 1474 GTCAGACTTGGGGCGTTCCTAGATTCGGATTCCAATACTTCTTACCGTTTGCTACAAAAG 1533 | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1428 GCCAGACTTGGGGAGTTCCAAGATTCGGATTCCAATACTTCTTACCGTTTGCTACACAAG 1487 Query 1534 GAATTAATGATCAAATTGAGGCTGCGATTCTTAGAGCTGATAAGATTGGTGTTAAAGTTA 1593 | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1488 GCATTAATGATCAGATCGAGGCTGCGATTCTTAGAGCTGATAAGATTGGTGTTAAAGTTA 1547 Query 1594 TAAGCTTGGCTGCTCTCAACAAGAACGAAGCTCTAAATGGTGGTGGAACACTGTTTGTCA 1653 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1548 TAAGCTTGGCTGCTCTCAACAAGAACGAAGCTCTAAATGGTGGTGGAACACTGTTTGTCA 1607 Query 1654 ACAAGCATCCTGACCTTAGAGTTCGTGTGGTTCATGGGAACACTTTAACTGCAGCAGTGA 1713 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1608 ACAAGCATCCTGACCTTAGAGTTCGTGTGGTTCATGGGAACACTTTAACTGCAGCAGTGA 1667 Query 1714 TTCTCTATGAAATTCCAAAAGATGTGAATGAGGTTTTCTTGACTGGAGCCACTTCTAAGC 1773 ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1668 TTCTCAATGAAATTCCAAAAGATGTGAAAGAGGTTTTCTTGACTGGAGCCACTTCTAAGC 1727 Query 1774 TGGGAAGAGCTATTGCTCTTTACCTTTGTCGCCGTGGAGTGAGAGTTCTCATGTTGACAT 1833 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1728 TGGGAAGAGCTATTGCTCTTTACCTTTGTCGCCGTGGAGTGAGAGTTCTCATGTTGACAT 1787 Query 1834 TGTCTATGGAAAGGTTCCAAAAGATTCAGAAAGAGGCTCCTGTTGAGTTCCAGAACAACC 1893 | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1788 TATCTGTGGAAAGGTTCCAAAAGATTCAGAAAGAGGCTCCTGTTGAGTTCCAGAACTACC 1847 Query 1894 TTGTACAAGTGACCAAATACAATGCTGCTCAACACTGCAAGACTTGGATCGTTGGAAAAT 1953 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1848 TTGTACAAGTGACCAAATACAATGCTGCTCAACACTGCAAGACTTGGATCGTTGGAAAAT 1907 Query 1954 GGTTAACACCAAGAGAGCAGAGCTGGGCTCCTGCAGGGACGCATTTCCATCAGTTTGTGG 2013 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1908 GGTTAACACCAAGAGAGCAGAGCTGGGCTCCTGCAGGGACGCATTTCCATCAGTTTGTGG 1967 Query 2014 TGCCACCAATCCTTAAGTTTAGAAGGAACTGCACTTACGGTGATCTAGCAGCTATGAAGC 2073 ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1968 TGCCACCGATCCTCAAGTTTAGACGGAACTGCACTTACGGCGATCTAGCAGCTATGAAGC 2027 Query 2074 TCCCTAAAGATGTTGAAGGACTCGGAACTTGCGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTGGTAC 2133 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 2028 TCCCTAAAGATGTTGAAGGACTCGGAACTTGCGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTAGTGC 2087 Query 2134 ATGCGTGCCATGCAGGAGGAGTGGTTCATATGCTTGAGGGTTGGAAGCATCATGAGGTTG 2193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2088 ACGCGTGCCATGCAGGAGGAGTGGTTCATATGCTTGAGGGTTGGAAGCATCATGAGGTTG 2147 Query 2194 GAGCCATTGATGTTGACCGTATCGATTTGGTGTGGGAAGCAGCCATGAAGTATGGTCTTA 2253 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2148 GAGCCATTGACGTTGACCGTATCGATTTGGTGTGGGAAGCAGCCATGAAGTATGGTCTTA 2207 Query 2254 GTGCTGTTTCTTCACTCACAAATTGAGTGAAGAGAGAGACACGTTTCATTGTTGTCTTTT 2313 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2208 GCGCTGTTTCTTCACTCACAAATTGAGTGAAGAGAGAGACACTTTTCATTGTTGTCTTT- 2266 Query 2314 GACTCTCCCAAGATTGGTCATTCTTTGTACAGGTGAAAGGAGATGCAAGCAGGaaaa-aa 2372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| || Sbjct 2267 GACTCTCCCAAGATTGGTCATTCTTTGTACAGGTGAAAAG-GACGCAAGCAGGAAAAGAA 2325 Query 2373 aaGT-AGAATTTCACCTTATGT-ATTGTTTTATCTTTTATTAATGATGTATTACTTTCTT 2430 || | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 2326 AAATTAGAATTTCACCTTATGTTATTGTTTTACCTTTTATTAATGATGTATTCCTTTTTT 2385 Query 2431 TTT-AGATTTCCTTAATATTAATATAT--GCACCTAATTTCCAAGAAAATTCAACAAAGC 2487 ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2386 TTTTAGATTTCCTTAGTATTAATATATATGCACCTAATTTCCAAGAAAATTCAACAAAGC 2445 Query 2488 TTTTAATTATCC 2499 ||| |||||||| Sbjct 2446 TTTAAATTATCC 2457 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 94197175885 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5