BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58140.2
Length=6033
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495918 jgi|Araly1|495918|fgenesh2_kg.8__1734__AT5G58140.2 5956 0.0
> Ahg495918 jgi|Araly1|495918|fgenesh2_kg.8__1734__AT5G58140.2
Length=5992
Score = 5956 bits (3225), Expect = 0.0
Identities = 3625/3818 (95%), Gaps = 28/3818 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1860 ATCCAAGCGAGTGGAGAAACAGTGGGACTACATCATTTCAAACCAATAAAACCGTTGGGC 1919
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1867 ATCCAAGCGGGTGGAGAAACAGTGGGACTACATCATTTCAAACCAATAAAACCCCTGGGC 1926
Query 1920 TCTGGTGATACTGGCAGTGTCCATTTGGTTGAGCTGAAGGGCACGGGTGAACTATATGCC 1979
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1927 TCTGGTGATACTGGCAGTGTCCATCTGGTTGAGCTGAAGGGTACGGGTGAATTATATGCC 1986
Query 1980 ATGAAAGCAATGGAGAAAACAATGATGTTGAATCGTAACAAGGCTCACCGAGCGTGCATC 2039
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1987 ATGAAAGCAATGGAGAAAGCAATGATGTTGAATCGTAACAAGGCTCACCGAGCATGCATC 2046
Query 2040 GAAAGGGAAATCATTTCCCTTCTGGATCATCCATTCCTTCCTACTCTCTACGCTTCTTTT 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2047 GAAAGGGAAATCATTTCCCTTCTGGATCATCCTTTCCTTCCCACTCTCTACACTTCTTTT 2106
Query 2100 CAGACCTCTACGCACGTCTGTTTGATTACAGACTTCTGCCCAGGTGGAGAGTTGTTTGCA 2159
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2107 CAGACATCTACACACGTTTGTTTGATTACAGACTTCTGCCCAGGTGGAGAGTTGTTTGCA 2166
Query 2160 CTACTTGACAGACAACCTATGAAAATATTGACAGAAGACTCTGCAAGGTTCTATGCAGCA 2219
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2167 CTGCTTGACAGACAACCTATGAAAATATTGACAGAGGACTCTGCAAGGTTTTATGCAGCA 2226
Query 2220 GAGGTTGTTATCGGCTTAGAATATCTTCACTGCTTAGGAATTGTATATCGAGACCTGAAG 2279
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2227 GAGGTCGTTATCGGCTTAGAATATCTTCACTGCTTAGGAATTGTATATCGAGACCTGAAG 2286
Query 2280 CCTGAGAATATACTGCTCAAGAAGGATGGACACATAGTATTGGCTGACTTTGATTTATCA 2339
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2287 CCTGAAAATATACTGCTCAAGAAGGATGGACACATTGTATTAGCTGACTTTGATTTATCA 2346
Query 2340 TTCATGACGACCTGCACACCCCAGCTTATTATTCCAGCTGCACCTAGCAAACGAAGGAGA 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2347 TTCATGACGACCTGCACACCCCAGCTTATTATTCCAGCTGCACCTAGCAAACGAAGGAGA 2406
Query 2400 TCCAAAAGTCAACCACTACCCACATTTGTTGCAGAACCAAGTACCCAGTCAAACTCGTTC 2459
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2407 TCTAAGAGTCAACCACTACCCACATTTGTTGCAGAACCAAGTACCCAGTCAAACTCGTTC 2466
Query 2460 GTAGGAACTGAAGAATACATTGCGCCTGAGATAATCACGGGTGCTGGTCATACAAGTGCT 2519
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467 GTCGGAACTGAAGAATACATTGCGCCTGAGATAATCACGGGTGCTGGTCATACAAGTGCT 2526
Query 2520 ATTGATTGGTGGGCACTGGGTATCTTGTTGTATGAGATGCTTTATGGTCGCACACCTTTC 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2527 ATTGATTGGTGGGCACTGGGTATCTTGTTGTATGAGATGCTTTATGGTCGCACACCTTTC 2586
Query 2580 AGGGGTAAGAATAGGCAAAAGACATTTGCCAACATCTTGCACAAAGATCTCACTTTCCCC 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2587 AGGGGTAAGAATAGGCAAAAGACATTTGCCAACATCTTGCACAAAGATCTCACCTTCCCC 2646
Query 2640 AGCAGTATCCCTGTGAGTCTTGTAGGTAGACAGTTGATCAACACGTTGTTAAATAGAGAT 2699
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2647 AGCAGTATCCCTGTAAGTCTTGTAGGTAGACAGTTGATCAACACGTTGTTAAATAGAGAT 2706
Query 2700 CCGAGCAGTCGGTTAGGATCCAAAGGTGGGGCAAATGAGATAAAGCAGCATGCTTTCTTT 2759
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2707 CCGAGCAGTCGATTAGGATCCAAAGGTGGGGCAAATGAGATAAAGCAGCACGCTTTCTTC 2766
Query 2760 CGCGGGATCAATTGGCCTCTCATACGAGGCATGAGTCCTCCACCACTGGATGCACCGTTG 2819
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2767 CGCGGGATCAATTGGCCTCTCATACGAGGCATGAGTCCTCCACCACTGGATGCACCATTG 2826
Query 2820 AGCATAATCGAAAAAGATCCGAATGCCAAAGATATAAAGTGGGAAGATGATGGAGTGCTT 2879
| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2827 AACATTATCGAGAAAGATCCGAATGCCAAAGATATAAAGTGGGAAGATGATGGAGTTCTT 2886
Query 2880 GTGAATTCTACGGACTTGGACATTGACCTCTTCTAATCCTATTCTTCCTCTCTCTGCCTT 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||| ||
Sbjct 2887 GTGAATTCTACGGACTTGGACATTGACCTCTTCTAATCCCACTCTT--TGTCTCTGCTTT 2944
Query 2940 TGATTCTCAAATTATGCAAAACTCTTCTTCTCAATAAAAGCCAAGGTGTTGTTGTACTTG 2999
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2945 TGATTCTCATATTATGCAAAACTCTTCTTCACAATAAAAGCCAAGGTGTTGTTGTACTTG 3004
Query 3000 TAG-T-TGCTTAAATATAAACGGCTCTTTTCATGTTTTTCCATTTCTTCTAATCAACAAC 3057
||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3005 TAGATGTTTTTACATATAAACGGCTCGTTTCATGTTTTTCCATTTCTTCTAATCAACAAC 3064
Query 3058 AATAAACATACAAACTTAA-GAGC--CATGTTAATATTCATGTTAAGTGTGATAAGCCCA 3114
|||||||||| ||| || | | |||||||| | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 3065 GATAAACATAC-AAC--AACAAACTTGTTGTTAATAATGATGTTAAGTGTCATAAGCCCA 3121
Query 3115 TTATGAGGCCCA-TAACTAGCCCACTAGTAGTTGGGAGAAATGTCTTTGAGAAGTCCAAC 3173
|||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3122 TTATAAGGCCCACTAACTGGCCCATTAGTAGTTGGGAGAAATGTCTTTGAGAAGTCCAAC 3181
Query 3174 CACCTGCTGCATCGTAGGTCGCTTCCATGGCAGATCGGCGGTACACAAGTACCCTATCTT 3233
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3182 CACCTGCTGCATCGTAGGTCGCTTCCATGGCAGATCGGCGGTGCACAAGTACCCTATCTT 3241
Query 3234 CACCGCCTCCGCGATTTCATCCTCCGGAACTGTCTCTTGCATCGTCGGATCAATGGCTCT 3293
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3242 CACCGCCTCCGCGATTTCATCCTCTGGAACTGTCTCTCGCATCGTCGGATCAATGGCTCT 3301
Query 3294 CAATCCTTGTCCCTGCCTCACCAACCCTCTCACCCAATTCACCAAGTCAC-CCTCCGGCT 3352
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 3302 CAATCCTTGTCCCTGCCTCACTAACCCTCTCACCCAATTCACCAAGTC-CTCCTCCGGCT 3360
Query 3353 TCTTCCCACTCACGAGCTCAAGCAAAACAACTCCAAAGCTATACACATCGGATTCTAATG 3412
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3361 TCTTCCCACTCACAAGCTCAAGCAAAACAACTCCAAAGCTATACACATCGGATTCTAATG 3420
Query 3413 TCGGAGAAGCATTTCGCTCCTGTTCCGGTGGTGTGTACCCGTCTAAACTTTCGGAACCGG 3472
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3421 TCGGAGAAGCATTTCGCTCCTGTTCCGGTGATGTGTACCCGTCTAAACTTTCGGAACCGG 3480
Query 3473 GAAATTGCTCGTCCAAGAGTTTAACTAAACCAAAGTCTGCTAAGCGTGGCTCCTGGCTAG 3532
|||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3481 GAAATTCCTCGTCCAAGAGTTTGACTAATCCAAAGTCTGCTAAACGTGGCTCCTGGCTAG 3540
Query 3533 AGTCTAACAAGATTGTTGCAGCCTTCACTTCTCCGTGGACCATTGGAGGAATGCAGCCAT 3592
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3541 AGTCTAACCAGATTGTTGCAGCCTTCACTTCTCCGTGGACCATTGGAGGAATGCAGCCAT 3600
Query 3593 GGTGAAGGAAAGCTAATGCCCTCGCTGTCCCCAAAGCTATCTTATGCCGAAGTCTCCAAG 3652
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3601 GGTGAAGGAAAGCTAATGCCCTCGCTGTCCCCAAAGCTATCTTATGCCGAAGTCTCCACG 3660
Query 3653 GTGCAGAATCATCTCCGTTGTTATGGAGTA-GACTTTGCAAATTAACCATGTCTAAGTCC 3711
|||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 3661 GTGCAGAATCGTCTGCGTTGTTATGGAGTAAG-CTTTGCAGATTAACCATGTCTAGGTCC 3719
Query 3712 TCGTAGATTGCAATTCTTTGCTCTGTCGCTATACAGTATCCACAGAGCGGGAAAAGATTT 3771
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3720 TCGTAGATCGCAATTCTTTGCTCTGTGGCTATACAGTATCCACAGAGCGGGACAAGATTT 3779
Query 3772 GGGTGATTGATCCTAGCGAGACGTTCAAATGCAATCGAGACTTCAGTATCAGTCAATGTG 3831
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3780 GGGTGATTGATCCTGGCGAGACGTTCAAAAGCAATCGAGACTTCCGTATCAGTCAATGTG 3839
Query 3832 GTTCCACTTGGGATAACTTTTAGAGCTGCTCTGAATCCACCGGGTAAGACTGCTCCGTAA 3891
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||
Sbjct 3840 CTTCCACTTGGGACAACTTTTATAGCTGCTCTGAATCCATTGGGTAGGACTGCTCCATAA 3899
Query 3892 GTAGGACCAGACTTGCCTTCCCACAACATTGTGCCTCTGTCGAAGTTGAAAGTCGCAGCC 3951
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3900 GTAGGACCAGACTTGCCTTCCGACAACAATGTGCCTCTGTCGAAGTTGAAAGTCGCAGCC 3959
Query 3952 TTTAGGTCTGCAAGCGTCATTTTCATTAATGGCTTGTCGATCATTACCACAGGGATTTGC 4011
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3960 TTTAGGTCTGCAAGCGTCATCTTCATCAATGGCTTGTCGATCATTACCACAGGGATTTGC 4019
Query 4012 GTTGCTTGCTTGATATCAGTGGTTGAGTCGTGTTGGTCTGGGGAGTTGGGTTCTGTGTTG 4071
||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4020 GTTGCGTGCTTGACATCGGTGGTTGAGTCATTTTGGTCTGGGGAGTTGGGTTCTGTGTTG 4079
Query 4072 TTTATGGCTAGCTTTGTTGCCCAAGTTCTTGATTTTCTTCTAACTCTCAAGGCTACAAGT 4131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 4080 TTTATGGCTAGCTTTGTTGCCCAAGTTCTTGATTTTCTTCTACCTCTCAAGACTACAAGT 4139
Query 4132 ATGAGCAGTAGTCCTATAAGTAAGAACGCCATGGAGATTGCTAACCCCAAACCAATCTTA 4191
||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4140 ATGAGCAATAGTCCTACAAGTAAGAACGCCATTGAGATTGCTAACCCCAAACCAATCTTA 4199
Query 4192 AGCCCTGTATTCTTCTTGTTGACTTTCTTTCCTTTTGTAATAATTGGCTTTGCAGCGAAG 4251
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4200 AGCCCTGTCTTCTTCTTGTTGACTTTCTTTCCTTTTGTAACAATTGGCTTTGCAGCGAAG 4259
Query 4252 GGGCAGTTGTTTCTA-ATATTAATGAAGGATCTCTGGATTGTTTCTTGGGAGAAGTTGGG 4310
|||||||||||| || | |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4260 GGGCAGTTGTTTGTAGAG-TTAATGAATGATCTCTGTATTGTTTCTTGTGAGAAGTTGGG 4318
Query 4311 GTTGCAAAAGGTTAGATTGTTGAAAGAGAAGTTAAACCTTTGCATCATGGCGAGTTTCTC 4370
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4319 GATGCAAAAGGTTAGATTGTTGTAAGAGAAGTTAAACCTTTGCATCATGGGGAGTTTCTC 4378
Query 4371 CAAAAGCGGCCTTGGGATATCTCCGTCTAGCTTATTCAACGAGAGATCAAGTACTTCAAT 4430
|| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4379 CAGAATCGGCCTTGGGATGTCTCCGTCTAGCTTATTCAGCGAGAGATCAAGTACTTCAAT 4438
Query 4431 GTTCTTGACGCTCAGCATAGGCACGTGGCCAGTGAGATTATTGGAGGAGAGATCAAGAAC 4490
|||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4439 GTTCTTGAGGCTCAACATAGGCACATGGCCAGTGAGATTATTGGAGGAGAGATCAAGAAC 4498
Query 4491 CTTCAGATGACTCAGCCGCGAGATTTCACGCGGAATGATATTAGTGAGATTGGTCCTTGA 4550
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4499 CTTCAGATGACTCAGCCGCGAGATTTCACTCGGAATGATATTAGTGAGATTGGTCCTTGA 4558
Query 4551 TAGATTCAGATAATGTAGCGCAGAAAGCTTGCCGATTT-CTGGGAACT-CTTGTGCCCTG 4608
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||
Sbjct 4559 TAGGTTCAGATAATGTAGCGCTGAAAGCTTGCCGATTTGC-GGGAACTTCT-GTGCCCTG 4616
Query 4609 AATCGATTGCACGCGAGGTTAAGGTGTCCCAGCTTGTGAGCTGAACTCAAACCATTGAAT 4668
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4617 AATCGATTGCACGCGAGGTTAAGGTATCCCAGCTTATGAGCTGAACTCAAACCATTAAAT 4676
Query 4669 ATATGGCCGACAAAGCTATTATCGGACAAGTCAAGATGAATCAGACTAGACCAGTTGTGT 4728
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4677 ATATGACCGACAAAGCTATTATCAGACAAGTCAAGATGAATCAGACTAGACCAGTTGTGT 4736
Query 4729 TTGTGGCCGGGTATTAACTGCAAGATATGCCCATCAAATCGGTTTTCACTGAGATCAACT 4788
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4737 TTGTGGCCGGGTATTAACTGCAAGATATGCTCATCAAATCGGTTTTCACTGAGATCAACT 4796
Query 4789 GTTTCCACGTTTTCATGCAAGACTCCTATCAATGAACCCTGAAACAGATTTCGTGAAAGG 4848
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 4797 GTTTCCACGTTTTCATGCAAGACTCCTATCAATGAACCCTGAAACAGATTCCTTGAAAGG 4856
Query 4849 TTCAAGCTTTTTAGTAGTGGGAAAGCTGAACCAAAACCGACAGGCAGAGACTCGTTGAGG 4908
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 4857 TTCAAGCTTTTTAGTTGTGGGAAAGCTGAACCAAAACCGACAGGCAGAGGCCCGCTGAGC 4916
Query 4909 CGGTTGGATGAGAGGTCGATGGAGAGTAGAGATCGGCAATGGACAAGTTCTGGAGGGACG 4968
| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 4917 CTGTTGGATGAGAGGTCGATGGAGACTAGAGATTGGCAATGGAGGAGTCCTGGAGGGACG 4976
Query 4969 CCAAACTGAAAGTCATTGTTGTGGAGCTTGAGAGTTGTTAGATTGACAAGGTTGCTTATT 5028
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4977 CCAGACTGAAAGTCATTGTTGTGGAGCTTGAGAGTTGTTAGATTGACAAGGGAGCTTATA 5036
Query 5029 GCGGCAGGGATTTTGCCAGAGATGCTGTTGAAAGAAAGATCAAGGGTGTGAAGCGACATG 5088
|| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5037 GCAGCAGGGATTTCACCAGAGAAGCTGTTGAAAGAAAGATCAAGGGTGTGAAGCGACATG 5096
Query 5089 AAATTGCCGATGTTGCTGGGAAGAGGCTCAGAAATCCGGTTGGAGGAGAGATTGAGACTC 5148
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5097 AAATTGCCGATGTTGCTGGGAAGACGCTCAGAAATCCGGTTGGAGGAGAGATTGAGACTC 5156
Query 5149 TCAAGCAAGCTGAGACTCCACAAATCCGAGGGGAGAGACGTAATCTTGTTTCCACTGAGA 5208
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5157 TCAAGCAAGCTGAGACTCCACAAATCCGAGGGTAGAGACGTAATCTTGTTTCCACTGACA 5216
Query 5209 TCTAAAGTTTGGAGCTTACTCATTTTGCCAATAGTGTTGTCGGGGATCGAACCAGACAGG 5268
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5217 TCTAAAGTTTGGAGCTTACTCATTTTGCCAATGGTGTTGTCGGGGATCGAACCAGACAGG 5276
Query 5269 TCCAACCCAGAAGCCGAAATATGCAACACATTCTCACTAGAGTCACAGACGACCACTCCT 5328
||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5277 TCCAACCCAGAAGCCGAAATATGGAGCACATTCTCTCTAGAGTCACAGACGACCACTCCT 5336
Query 5329 GGCCATGAACAC-AAGGAAGAAAACGTATGAGCTTGGGGAGAATTGGGTAATCTCATTGC 5387
||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5337 GGCCATGAACATGAAG-AAGAAAATGTGTGAGCTTGGGGAGAATTGGGTAATCTCAATGC 5395
Query 5388 GGAGAAGAAGCTAGAGAGATGATAAGCGTCGGTGTTGGGATCTAGGCTCGTCAGATGCTT 5447
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5396 GGAGAAGAAGCTGGAGAGATAATAAGCGTCGGTGTTAGGATCTAGGCTCGTCAGATGCTT 5455
Query 5448 GACGAAGAAGGAGAAGAACAGGAGAGATCCCCATAGAGACAACCTCATAACTTGGTGGTG 5507
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 5456 GACGAAGAAGGAGAAGAACAGAAGAGATCCCCATAGAGACAACCTCATAATTTGGTGTTG 5515
Query 5508 TCTGG-GACTGGAGAAA-GTTGGATGGGAAAGCTCAGAAAGAAGACAGACTGTGTGAAAA 5565
||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5516 TCTGGAGG-TGGAGAAAAGT-GGATGGGAAAGCTCAGAAAGAAGACAGACTGTGTGAAAA 5573
Query 5566 GAAGAAAAGACATAATGGAATCACGGGGCATAGAGGTGATGATAGTTTAGAATACATTGA 5625
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5574 GAAGAAAAGACATAATGGAATCACGGGGCAGAGAGGTGATGATAGTTTAGAATACATTGA 5633
Query 5626 AATCCCTTTCACGTGCACAGCTTCaaaaaaaaTCAGAA 5663
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5634 GATCCCTTTCACGTGCACAGCTTCAAAAAAAAT-AGAA 5670
Score = 2747 bits (1487), Expect = 0.0
Identities = 1688/1782 (95%), Gaps = 25/1782 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGGAAACAGTACAGTTGTGTTTTTTAATTGGTCTATC--TCTCT---A-TCTTTCTCATC 54
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||
Sbjct 1 TGGAAACAGTACAGTTGTGTTTTTTAATTGGTCTATCTATCTCTCAAAGT-TTTCTCATC 59
Query 55 GTCTTTGCTCCTTTTAAAGACTGTGTACTATATTTCCATGAGTTGCAGCTGATAAAGCTA 114
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GTCTTTGCTCCTTTTAAAGACTCTGTACTATATTTCCATGAGTTGCAGCTGATAAAGCTA 119
Query 115 CTCT-G-ACTATTCATTACTCTGTTTCGCCATAAGAAAGAGAATAAAGAAACGTTATGGA 172
|||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 120 CTCTGGTATTATTCATTACTCTGTTTCGCCAAAAGAAAGAGAATAAAGAAACATTATGGA 179
Query 173 GAGGCCAAGAGCCCCTCCATCTCCTTTGAATGATGCGGAGTCATTAAGTGAACGTAGATC 232
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 180 GAGGCCTAGAGCCCCTCCATCTCCCTTGAATGATACGGAGCCATTAACTGAACGTAGATC 239
Query 233 TCTTGAGATTTTCAACCCTTC-GAGTGGAAAAGAGACACATGGATCAACTTCTTCTTC-T 290
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 240 CCTTGAGATTTTCAACCC-TCAGAGTGGAAAAGAGACACATGGATCAACTTCTTCTTCGT 298
Query 291 TCAAAGCCTCCTCTTGATGGCAACAACAAAGGTAGTAGTAGTAAGTGGATGGAGTTTCAA 350
| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 T-AAAGCCTCCTCTTGATGGCAACAGCAAAGCCAGCAGTAGTAAGTGGATGGAGTTTCAA 357
Query 351 GATTCCGCTAAGATTACAGAAAGAACCGCTGAATGGGGATTGTCAGCTGTTAAGCCGGAT 410
|||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 358 GATTCCGCTAGGATAACTGAAAGAACTGCTGAATGGGGAATATCAGCTGTTAAGCCGGAC 417
Query 411 TCGGGAGACGATGGCATTAGTTTCAAGCTGTCCAGTGAAGTGGAACGAAGCAAGAACATG 470
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TCGGGAGAAGATGGCATTAGTTTCAAGTTGTCCAGTGAAGTGGAACGAAGCAAGAACATG 477
Query 471 TCTAGGAGGTCATCCGAAGAATCTACATCTTCTGAATCAGGGGCCTTCCCTAGAGTATCC 530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TCTAGGAGGTCATCCGAAGAATCTACATCTTCTGAATCAGGGGCCTTCCCTAGAGTATCC 537
Query 531 CAGGAGCTCAAAACTGCTCTATCCACGTTGCAGCAGACTTTTGTTGTCTCTGACGCTACA 590
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 538 CAGGAGCTCAAAACCGCTCTATCCACCTTGCAGCAGACCTTTGTTGTTTCTGACGCCACA 597
Query 591 CAGCCTCACTGTCCCATAGTCTATGCCAGCAGTGGATTCTTTACCATGACTGGTTATTCT 650
|| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 598 CAACCACACTGTCCCATAGTGTATGCCAGCAGTGGATTCTTCACCATGACTGGTTATTCT 657
Query 651 TCCAAGGAAATTGTTGGAAGAAACTGCCGGTTTCTGCAAGGGCCAGACACCGACAAGAAT 710
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TCCAAGGAAATTGTTGGAAGGAACTGCCGGTTTCTGCAAGGGCCAGACACCGACAAGAAT 717
Query 711 GAGGTTGCCAAAATCAGAGATTGTGTCAAGAATGGAAAAAGTTACTGTGGAAGGCTGTTA 770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GAGGTTGCCAAAATCAGAGATTGTGTCAAGAATGGAAAGAGTTACTGTGGAAGGCTGTTA 777
Query 771 AACTACAAAAAGGACGGAACTCCCTTCTGGAATCTTCTCACAGTCACTCCTATCAAGGAC 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AACTACAAAAAGGACGGAACTCCCTTCTGGAATCTTCTCACAGTCACTCCTATCAAGGAC 837
Query 831 GACCAGGGCAATACCATCAAGTTCATTGGGATGCAGGTTGAAGTTAGCAAATACACAGAA 890
||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GACCAAGGAAACACCATCAAGTTCATTGGGATGCAGGTTGAAGTTAGCAAATACACAGAA 897
Query 891 GGGGTAAATGATAAAGCATTGAGGCCTAATGGACTCTCCAAATCCTTGATTCGATATGAT 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GGGGTAAATGATAAAGCATTGAGGCCTAATGGACTCTCCAAATCCTTGATTCGATATGAT 957
Query 951 GCTCGCCAGAAGGAGAAAGCTTTGGATTCCATCACAGAGGTTGTGCAAACTATAAGACAT 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 958 GCTCGCCAGAAGGAGAAAGCTTTGGATTCCATCACAGAGGTTGTGCAGACAATAAGACAT 1017
Query 1011 CGTAAGTCTCAAGTTCAGGAATCCGTGAGCAAT-G-ACACTATGGTAAAGCCTGATAGTT 1068
|| |||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| | |||||||||||
Sbjct 1018 CGCAAGTCTCAAGTTCAGGAATCCGTGAGCAATAGTA-A-TATGGTGACGCCTGATAGTT 1075
Query 1069 CTACTACACCTACACCTGGTAGACAAACA-AGACAGTCAGATGAGGCTTCAAAGTCTTTC 1127
| || ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1076 -TG--AC---TACACCTGGTAGACAAA-ATAGACAATCAGATGAGGCTTCAAAGTCATTC 1128
Query 1128 AGGACACCTGGACGTGTTTCTACTCCAACGGGGTCAAAGCTCAAAAGCTCGAATAACAGG 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 1129 AGGACACCTGGACGTGTTTCTACTCCAACGGGGACGAAGCTCAAAAGCTCTAGTAACAAG 1188
Query 1188 CATGAAGATCTTTTACGTATGGAACCCGAAGAATTGATGTTGAGCACAGAAGTAATAGGG 1247
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 CATGAAGATCTCTTACGTATGGAACCTGAAGAATTGATGTTGAGCACAGAAGTAATAGGG 1248
Query 1248 CAGAGGGACAGTTGGGACCTATCGGATAGAGAAAGGGATATACGCCAAGGGATTGATCTA 1307
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CAGAGGGACAGTTGGGACCTATCAGATAGAGAAAGGGATATACGCCAAGGGATTGATCTA 1308
Query 1308 GCTACCACTCTTGAGCGCATAGAGAAGAATTTCGTCATCAGTGATCCTCGTCTCCCTGAT 1367
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 GCTACCACTCTTGAGCGCATAGAGAAAAATTTCGTCATCAGTGATCCTCGTCTCCCTGAT 1368
Query 1368 AATCCCATTATCTTTGCATCAGACAGCTTTCTTGAATTGACAGAGTATTCACGCGAGGAA 1427
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1369 AATCCCATTATTTTTGCATCAGACAGCTTTCTTGAACTGACAGAGTATACACGCGAGGAA 1428
Query 1428 ATATTGGGGAGAAATTGTCGGTTTCTTCAGGGGCCAGAGACAGATCAAGCGACTGTCCAG 1487
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 ATTTTGGGGAGAAATTGTCGGTTTCTTCAGGGGCCAGAGACAGATCAAGCGACTGTCCAG 1488
Query 1488 AAGATAAGAGACGCAATTAGAGATCAGAGGGAGATTACTGTGCAGTTGATAAACTACACT 1547
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 AAGATAAGAGACGCAATTAGAGATCAGACGGAGATAACTGTGCAGTTGATAAACTACACT 1548
Query 1548 AAAAGCGGAAAGAAATTCTGGAACTTATTCCACTTGCAACCTATGCGTGATCAGAAGGGA 1607
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1549 AAAAGCGGAAAGAAATTCTGGAATTTATTCCACTTGCAACCTATGCGTGATCAAAAGGGA 1608
Query 1608 GAGCTTCAATACTTCATCGGTGTGCAGCTTGATGGAAGTGATCATGTAGAGCCCCTCCAA 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GAGCTTCAATACTTCATCGGTGTGCAGCTTGATGGAAGTGATCATGTAGAGCCCCTCCAA 1668
Query 1668 AATCGTTTGTCTGAGAGAACAGAGATGCAGAGTTCGAAATTGGTGAAAGCTACGGCAACA 1727
|||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||| || |||
Sbjct 1669 AATCGTTTGTCTGAGAGAACAGAGATACAAAGTTCTAAATTGGTGAAAACTACAGCCACA 1728
Query 1728 AATGTAGATGAAGCTGTCAGAGAGCTTCCAGATGCTAATACG 1769
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1729 AATGTAGATGAAGCTGTCAGAGAACTTCCAGATGCTAATACG 1770
Score = 520 bits (281), Expect = 7e-146
Identities = 317/333 (95%), Gaps = 7/333 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 5691 AGAAGAAGAAGATAAGAGTTGAATAGTTTGGGGGAGTTCCGGAGTTGAGAGTTGAGTTTT 5750
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5667 AGAAGAAGAAGATAAGGGTTGAAAAGTTTGGGGGAGTTCCGGAGTTGAGAGTTGAGTTTT 5726
Query 5751 TGGTTGTATCGTATATGGACACTGGAGAAAGTGGGAAGAGAAGAGAGAGTCGTTGAAAGT 5810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5727 TGGTTGTATCGTATATGGACACTGGAGAAAGTGGGAAGAGAAGAGAG--TCGTTGAAAGT 5784
Query 5811 CaaaaaaaGGGATATGTGGAGATTATAATTAGGTAAAGTATTTCGCTAGTGAGTTATAAG 5870
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5785 CAAAAAAAGAGATATGTGGAGATTATAATTAGGTAAAGTATTT-GCTAGTGAGTTATAAG 5843
Query 5871 AAAAATATGATAAATGGAATCTGTCTCAGACCTTTTGTGAATTTTTCCAAATCCCAAAGT 5930
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5844 AAAA-TATGA-AAATGGAATCTGTCTCAGACCTTTTGTGAATTTTTC-AAATCCCAAAGT 5900
Query 5931 TGTCAATGGATTTGGTGAGTGGAGGAGTGGGTGGTTGTTGTGGTTTCTCATTTCAGTAGT 5990
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5901 TGTCAATGGATTTGGTGAGTGGAGGAGTGGGTGGCTGTTGTGGTTTCTCATTTCAGCAGT 5960
Query 5991 GTTTTGGTTATTAATGTAAAAATTCACTTTTTT 6023
||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5961 ATTTCC-TTATTAATGTAAAAATTCACTGTTTT 5992
Score = 110 bits (59), Expect = 2e-22
Identities = 66/69 (96%), Gaps = 1/69 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1765 ATACGCGGCCCGAAGACCTGTGGGCTGCACACTCGAAGCCTGTCTATCCTCTGCCTCACA 1824
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1799 ATA-GCGGCCCGAGGACCTGTGGGCTGCACACTCGAAGCCTGTCTATCCTCTACCTCACA 1857
Query 1825 ATAAGGAGA 1833
|||||||||
Sbjct 1858 ATAAGGAGA 1866
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 228573783438
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5