BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G58290.1 Length=1544 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495939 jgi|Araly1|495939|fgenesh2_kg.8__1755__AT5G58290.1 2420 0.0 Ahg492017 jgi|Araly1|492017|fgenesh2_kg.7__1450__AT4G27680.1 93.5 4e-18 > Ahg495939 jgi|Araly1|495939|fgenesh2_kg.8__1755__AT5G58290.1 Length=1523 Score = 2420 bits (1310), Expect = 0.0 Identities = 1463/1535 (95%), Gaps = 18/1535 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TCTACTCCAAAGATATCTCGGTTCGCAAAAGTCTATTTAATTTCATAGCAATCTCACTTT 60 |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 1 TCTACTCCAAAGATCTATCGGTTCACAAAAGTCTATTTATTTTCCTAGCAATCTCAC--- 57 Query 61 TCTCTTCCCCCACCCTCAAAGATCTCTCA--AAGAATGGCTTCCGCGGCTGTTGCATCGA 118 | | || ||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 58 T-T-TT--------CTCAAAGATCTCTCACCGATAATGGCTTCTGCAGCTGTTGCATCGA 107 Query 119 TGGTTCTTGACCCTAAAGCATCACCGGCCTTGATGGATCTATCCACCGCAGACGAAGAAG 178 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 108 TGGTTCTTGACCCTAAAGCATCTCCGGCTTTGATGGATCTATCCACCGCAGACGAAGAAG 167 Query 179 ATCTCTATGGCCGCCTCAAATCGCTTGAACGACAACTAGAGTTCACCGATATCCAAGAAG 238 |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 168 ATCTCTATGGTCGCCTGAAATCGCTTGAACGGCAACTAGAGTTCACCGATATCCAAGAGG 227 Query 239 AATATGTGAAAGACGAGCAAAAGAATCTCAAACGAGAGCTGTTACGAGCACAAGAAGAGG 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| Sbjct 228 AATATGTGAAAGACGAGCAAAAGAATCTCAAACGAGAGCTGTTACGGGCTCAAGAGGAGG 287 Query 299 TCAAACGAATTCAATCCGTGCCTTTGGTGATAGGTCAGTTCATGGAGATGGTAGATCAGA 358 ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 288 TCAAACGAATTCAATCCGTGCCTCTCGTGATTGGTCAGTTCATGGAGATGGTAGATCAGA 347 Query 359 ACAACGGCATCGTCGGATCTACTACTGGCTCCAATTACTATGTCAGAATTCTCAGCACAA 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 348 ACAACGGCATCGTCGGATCTACTACTGGCTCCAATTACTATGTCAGAATTCTCAGCACCA 407 Query 419 TCAATAGAGAACTCTTAAAGCCTTCTGCTTCCGTCGCTCTTCACCGTCACTCCAACGCCC 478 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 408 TCAACAGAGAACTCTTAAAGCCTTCTGCTTCCGTCGCTCTTCACCGTCACTCCAACGCTC 467 Query 479 TTGTTGATGTTTTGCCTCCGGAGGCTGATTCTAGCATCTCCCTTCTCAGCCAATCTGAGA 538 |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 468 TTGTTGATGTTTTGCCCCCGGAGGCCGATTCTAGCATCTCCCTTCTCAGCCAATCTGAGA 527 Query 539 AGCCTGACGTCTCCTACAATGATATTGGAGGATGCGATATTCAGAAACAGGAAATTCGTG 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 528 AGCCTGACGTCTCCTACAATGATATTGGAGGATGCGATATTCAGAAACAGGAAATTCGTG 587 Query 599 AGGCTGTTGAATTGCCTCTTACCCACCACGAGCTTTACAAACAGATTGGTATTGACCCAC 658 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 588 AGGCTGTTGAATTGCCTCTGACCCACCACGAGCTTTACAAGCAGATTGGTATAGACCCAC 647 Query 659 CTCGTGGAGTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATGTTGGCTAAGGCTG 718 | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 648 CACGCGGTGTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATGTTGGCTAAGGCTG 707 Query 719 TTGCCAATCACACAACTGCTGCCTTCATTAGGGTTGTTGGATCCGAGTTTGTGCAAAAGT 778 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 708 TTGCTAATCACACAACTGCTGCCTTCATTAGGGTTGTTGGATCCGAGTTTGTTCAAAAGT 767 Query 779 ATCTCGGCGAGGGACCTCGTATGGTTCGTGATGTCTTCCGTCTTGCCAAGGAAAATGCTC 838 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 768 ATCTCGGCGAGGGACCTCGTATGGTTCGTGATGTCTTCCGTCTTGCCAAGGAAAACGCTC 827 Query 839 CAGCTATCATCTTCATTGATGAGGTAGATGCCATCGCTACTGCTAGGTTTGATGCTCAAA 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 828 CAGCTATCATCTTCATTGATGAGGTAGATGCCATCGCTACTGCTAGGTTTGATGCTCAAA 887 Query 899 CAGGAGCCGATAGGGAAGTTCAGCGTATTCTCATGGAGCTTCTTAATCAGATGGATGGAT 958 ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 888 CAGGAGCTGATAGGGAAGTTCAACGTATTCTCATGGAGCTTCTTAATCAGATGGATGGAT 947 Query 959 TTGACCAGACCGTGAATGTCAAGGTCATAATGGCAACAAACAGGGCAGACACTCTAGATC 1018 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 948 TTGACCAGACCGTGAATGTCAAGGTCATAATGGCAACCAACAGGGCAGACACTCTAGATC 1007 Query 1019 CTGCTCTCTTACGTCCTGGAAGACTTGATCGTAAGATTGAGTTCCCCCTTCCTGATAGAC 1078 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1008 CTGCACTCTTACGTCCTGGGAGACTTGATCGTAAGATTGAGTTCCCCCTTCCTGATAGAC 1067 Query 1079 GTCAAAAGAGGCTTGTTTTCCAGGTATGCACCTCCAAAATGAACCTTAGCGATGAGGTTG 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1068 GTCAAAAGAGGCTTGTTTTCCAGGTATGCACCTCCAAAATGAACCTCAGCGATGAGGTTG 1127 Query 1139 ACTTGGAAGACTATGTTTCACGGCCTGATAAAATTAGCGCTGCTGAGATAGCAGCAATTT 1198 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 1128 ACTTGGAAGACTATGTTTCACGGCCTGATAAAATTAGTGCTGCTGAGATAGCAGCAATCT 1187 Query 1199 GCCAGGAAGCTGGTATGCATGCGGTGCGAAAGAACAGATATGTGATACTACCTAAGGATT 1258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1188 GCCAGGAAGCTGGTATGCATGCGGTGCGAAAGAACAGATATGTGATACTACCTAAGGATT 1247 Query 1259 TCGAGAAGGGCTACCGCGCAAATGTTAAGAAGCCAGACACGGACTTTGAGTTTTACAAGT 1318 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1248 TCGAGAAGGGGTACCGCGCAAATGTTAAGAAGCCAGACACGGACTTTGAGTTTTACAAGT 1307 Query 1319 GAAGAGAAAGCAGAAGTGGAACCAGATTATGGCTGTTGTTAAAATTCCAGTGTGTTTTGA 1378 |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1308 GAAGAGAATGCAGAAATGGAATCAGATTATGGCTGTTGTTAAAATTCCAGTGTGTTTTGA 1367 Query 1379 GAATTATTAA-GGACATGGAATCAAATTTGCAGTTAAATTAAGAACTAAGTTGCATCTCC 1437 |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1368 GAATTATTTATGGACATGGAATCAAATTTGCAGTTAAATTATGAACTAAGTTGCATCTC- 1426 Query 1438 TAATTTCTGTAACTCGAGTTCACATTTGTTTTTAGTCTATCAGCTTTTTACAGTTTAATG 1497 |||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1427 TAATTTGTGGAACTCGAGTTCATATTTGTGTTTAGTCTATCAGCTTTTTACAGTTTAATG 1486 Query 1498 TATAAGAAAAACTGGGGATGGTGTCCTTAGAATTG 1532 |||||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 1487 TATAAGAAAA-CAGGGGATGGTGTCCTTAGAATTG 1520 > Ahg492017 jgi|Araly1|492017|fgenesh2_kg.7__1450__AT4G27680.1 Length=1415 Score = 93.5 bits (50), Expect = 4e-18 Identities = 57/60 (95%), Gaps = 2/60 (3%) Strand=Plus/Plus Query 667 GTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATG-TTGGCTAAGGCTGTTGCCAA 725 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| Sbjct 521 GTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATGCTTG-CTAAGGCTATTGCCAA 579 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 57820991910 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5