BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G58330.1 Length=1728 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495948 jgi|Araly1|495948|fgenesh2_kg.8__1764__AT5G58330.1 2846 0.0 > Ahg495948 jgi|Araly1|495948|fgenesh2_kg.8__1764__AT5G58330.1 Length=1706 Score = 2846 bits (1541), Expect = 0.0 Identities = 1655/1710 (97%), Gaps = 8/1710 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATCCATAGATTCCCCAATCCTCTTTCTTAC-TACTCTGTCGCTTGGCGCGCTCTCTCTCC 59 |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATCCATAGATTCCCCAATCCTC--TCTTTCTTACTCTGTCGCTTGGCGCGCTCTCTCTCC 58 Query 60 ATAGTTCCAGTTCTGAAATCTCACTTTCACAGTTTGTGTCTGTGCGATAATGGCCATGGC 119 || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 59 ATTGTTCCAGTTCTGATATCTCACTTTCACAGTCTGTCTCCGTGCGATAATGGCCATGGC 118 Query 120 AGAGCTCTCAACCCCCAAAACGACGTCGCCTTTTCTCAACTCTTCGTCTCGGCTTCGTCT 179 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 AGAGCTCTCAACCCCCAAAACGACGTCGCCTTTTCTCAACTCTTCGTCTCGGCTTCGTCT 178 Query 180 CTCTTCAAAATTGCACCTTTCAAACCACTTTCGCCATCTTCTTCTTCCACCTCTCCACAC 239 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 CTCTTCAAAATTGCATCTTTCAAACCATTTTCGCCAGCTTCTTCTTCCACCTCTCCACAC 238 Query 240 AACAACTCCCAACTCCAAAATCTCTTGCTCCGTTTCTCAAAATAGCCAAGCTCCTGTTGC 299 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 239 AACAACTCCCAACTCCAAAATCTCTTGCTCCGTTTCTCAGAATAGCCAAGCTCCTGTTGC 298 Query 300 TGTGCAAGAAAATGGATTGGTGAAGACGAAGAAAGAGTGTTATGGAGTGTTCTGCCTCAC 359 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 GGTTCAAGAAAATGGATTGGTGAAGACGAAGAAAGAGTGTTATGGAGTGTTCTGCCTCAC 358 Query 360 CTATGATCTTAAAGCTGAAGAAGAGACAAGATCATGGAAGAAGTTAATTAATATTGCAGT 419 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 359 CTATGATCTTAAAGCTGAAGAAGAGACTAGATCATGGAAGAAGTTAATCAATATTGCAGT 418 Query 420 TTCAGGTGCTGCAGGAATGATTTCTAACCATCTTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGGGAAGT 479 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TTCAGGTGCTGCAGGAATGATTTCTAACCACCTTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGGGAAGT 478 Query 480 ATTTGGTCCAGATCAACCCATTGCATTGAAACTGCTAGGATCAGAGAGATCAATTCAAGC 539 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 479 ATTTGGTCCAGATCAACCCATTGCATTGAAACTTCTAGGATCAGAGAGGTCAATCCAAGC 538 Query 540 TCTTGAAGGTGTTGCAATGGAACTGGAGGATTCATTGTTCCCATTGTTGAGAGAAGTTGA 599 |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 TCTTGAAGGTGTTGCAATGGAACTAGAAGATTCATTGTTCCCATTGTTGAGAGAAGTTGA 598 Query 600 TATAGGAACAGATCCAAATGAAGTGTTCCAAGATGTGGAGTGGGCTATTCTGATTGGAGC 659 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 TATAGGAACAGATCCAAATGAAGTGTTCCAAGATGTGGAGTGGGCTATTCTGATTGGAGC 658 Query 660 AAAACCTCGAGGCCCTGGAATGGAACGTGCTGACTTGTTGGACATCAATGGCCAAATCTT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 AAAACCTCGAGGCCCTGGAATGGAACGTGCTGACTTGTTGGACATCAATGGCCAAATCTT 718 Query 720 TGCTGAGCAGGGCAAAGCTCTGAACAAAGCTGCCTCTCCTAACGTCAAGGTTCTTGTAGT 779 ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || Sbjct 719 TGCTGAGCAAGGCAAAGCTCTTAACAAAGTTGCCTCTCCTAACGTCAAAGTCCTTGTTGT 778 Query 780 GGGAAACCCTTGCAACACCAATGCCTTGATTTGTCTTAAAAATGCTCCCAACATTCCTGC 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 GGGAAACCCTTGCAACACCAATGCCTTGATTTGTCTTAAAAATGCTCCCAACATTCCTGC 838 Query 840 AAAGAACTTCCATGCCCTCACGAGGTTAGACGAAAATCGTGCCAAATGCCAGCTTGCTCT 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 AAAGAACTTCCATGCCCTCACGAGGTTAGACGAAAATCGTGCCAAATGCCAGCTTGCTCT 898 Query 900 TAAAGCCGGTGTTTTCTATGACAAAGTGTCTAATATGACCATATGGGGAAATCACTCCAC 959 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 TAAAGCCGGCGTCTTCTATGACAAAGTGTCTAATATGACCATATGGGGAAATCACTCCAC 958 Query 960 GACTCAGGTGCCAGACTTCTTAAATGCCAGAATTAATGGCCTGCCTGTGAAGGAGGTTAT 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 GACTCAGGTGCCAGACTTCTTAAATGCCAGAATTAATGGCCTGCCTGTGAAGGAGGTTAT 1018 Query 1020 TACAGATCACAAATGGTTAGAAGAGGGATTCACTGAGAGTGTGCAGAAGAGAGGTGGGTT 1079 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TACAGATCACAAGTGGTTAGAAGAAGGATTCACTGAGAGTGTGCAGAAGAGAGGTGGGTT 1078 Query 1080 ATTAATTCAGAAATGGGGTCGATCTTCTGCTGCTTCTACTGCTGTTTCCATTGTTGATGC 1139 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1079 ATTAATTCAGAAATGGGGTCGATCTTCTGCTGCTTCTACAGCTGTTTCCATTGTTGATGC 1138 Query 1140 TATAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGGTGTACAC 1199 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1139 TATAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCAACTGGGGTGTACAC 1198 Query 1200 GGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAA 1259 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1199 GGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTCGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCAAA 1258 Query 1260 GGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACG 1319 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1259 GGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCAAACG 1318 Query 1320 AATCGCCAAGTCGGAAGCGGAACTGTTGGCTGAGAAGAGATGTGTTGCACACCTCACTGG 1379 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 AATCGCCAAGTCGGAAGCGGAACTCTTGGCTGAGAAGAGATGTGTTGCACACCTCACTGG 1378 Query 1380 AGAGGGCATTGCCTACTGTGATCTTGGTCCGGTAGATACTATGCTTCCTGGGGAAGTTTG 1439 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 AGAGGGCATCGCCTACTGTGATCTTGGTCCGGTAGATACTATGCTTCCTGGGGAAGTTTG 1438 Query 1440 ATTTTTGCAGGACGTTGAACATCTCAAGTAAGCATTCTCTTCCGGGTTGTTAGCTGTACA 1499 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 ATTTTTGCAGGACGTTGAACATCTCATGTAAGCATTCTCTTCCGGGTTGTTAGCTGTACA 1498 Query 1500 GAGCACAGCCACATTACTTATGATTATTGTTCAGAATAAGAAAATGAAACTCTTAT-TTC 1558 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||| Sbjct 1499 GAGCACAGCCACATTACTTATGATTGTTGTTCAGAATAAGAAAATGAATCTCTT-TGTTC 1557 Query 1559 TTATTTACATGCATCTGTATGTGATTTTTCTTGAGCAATGCTCCAAAAGTCATATACAGT 1618 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 TTATTTACATGCATCTGTATGTGATTTTACTTGAGCAATGCTCCAAAAGTCATATACAGC 1617 Query 1619 AGTATTTGTAAACACTTGAAACGTTTC-TATGCTTTATTCCAGTTTCAGAACTCAAA-CT 1676 ||||||||||| | ||| |||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1618 AGTATTTGTAAGCGCTTTAAAC-TATCCTCTGCTTTATTCCAGTTTCAGAACTCAAAACT 1676 Query 1677 AGATAATGCATAGCTAATATCAAACACAAA 1706 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 AGATAATGCATAGCTAATATCAAACACAAA 1706 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 64829596990 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5