BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G61380.1 Length=2707 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg496297 jgi|Araly1|496297|fgenesh2_kg.8__2113__AT5G61380.1 3751 0.0 > Ahg496297 jgi|Araly1|496297|fgenesh2_kg.8__2113__AT5G61380.1 Length=2645 Score = 3751 bits (2031), Expect = 0.0 Identities = 2338/2480 (94%), Gaps = 46/2480 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATTGATTGACAAAACAAAACAATGAGtcttctttctcttctcac-tcttcttgtcggaaa 59 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 1 ATTGATTGACAAAACAAAACTATGAGTCTTCTTTCTCTTCTCACTTC-TCTTGTCGGAAA 59 Query 60 ttcaccttctctctctctcctcctcatctcaCCGCCGGCGTTACGCCGGATCTCCGGTGA 119 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 60 TTCACCTTCTCTCTCTCTCCTCTTCATCTCACCGCCGGCGTTACGCTGGATCTCCGGTGA 119 Query 120 CTTTTGTTGAGCTTTTTTGTTGATTCATGATTCGATATAGAGAA-AAAAGAATTTCCTAT 178 ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| || ||||| | || Sbjct 120 CTTTTGTTGAGCTGTTTTGTCGATTCTTGATTCGATTTAG-CAACAAAAG-A------AT 171 Query 179 TTCAGCTCTTTGTTCTTAGATTTATCTT-T-TTGTTTGTTCTTATGGATAAAGG-ATTAG 235 |||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||| |||||| |||| ||||| Sbjct 172 TTCAGCTCTTTGTTCTTAGATTTAGCTTATCTTTTTTGTTCTCATGGAT-AAGGAATTAG 230 Query 236 GTTGGGGGATTAAAAGAGTAGTTTTTGTTTGGTTGTGAGATTACTTGAC-TTTGTTAAGG 294 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || Sbjct 231 GTTGGGGGATTAAAAGAGTAGTTTTTGTTTGGTTGTGAGATTACTTGACTTTTG-T-AGA 288 Query 295 GGATAAATTAGGCGACTTTGTAGGGACACTGTACCGAAAAACCCTAGTTCTGATTTGGCC 354 |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 289 GGATAAATTAGGTGACTTTGTAGGGACAGTGTACCGAAAAACCCTTGTTCTGATTTGGCC 348 Query 355 ATGGAAGTATCATAGCACTTACTATTGTCGGCTTTACTTCTTCTACTTTTGTATAATCCt 414 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | Sbjct 349 ATGGAAGTATCATAGCACTTACTATTGTCGGTTTTATTTGTTCTACTTTTGTATAATCTT 408 Query 415 tttttttC---------TTAGGTTCTGTGATTAGATAttttttttGTGTGGGTTTAGTTG 465 |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || Sbjct 409 TTTTTTTCTTTTTTGTGTTAGGTTCTGTGATTAGATA-TTTTTTTG-GTGGGTTTAGCTG 466 Query 466 TTAATCTGATCATGGATTTGAACGGTGAGTGTAAAGGAGGAGATGGGTTTATTGATAGAA 525 ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 467 TTAATCTTATCATGGATCTGAACGGTGAGTGTAAGGGAGGAGATGGGTTTATTGATAGAA 526 Query 526 GCAGAGTCAGGATTTTGCTTTGTGACAATGATTCCACGAGTTTGGGAGAGGTTTTTACTC 585 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||| Sbjct 527 GCAGAGTTAGGATTTTGCTTTGTGACAATGATTCCAAGAGCTTGGGAGAAGTTTTCACTC 586 Query 586 TCCTTTCAGAGTGTTCTTATCAAGTGACTGCAGTGAAATCAGCAAGGCAGGTGATTGATG 645 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 587 TCCTTTCAGAGTGTTCTTATCAAGTGACTTCAGTGAAATCAGCAAGGCAAGTGATTGATG 646 Query 646 CACTTAATGCAGAGGGACCTGATATCGATATAATACTGGCGGAAATTGATCTCCCAATGG 705 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 647 CACTTAATGCAGAGGGACCTGATATCGATATCATACTGGCAGAAATCGATCTCCCAATGG 706 Query 706 CTAAGGGTATGAAGATGCTGAGGTACATCACACGAGACAAAGATCTTCGCAGAATCCCTG 765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 707 CCAAGGGTATGAAGATGCTGAGGTACATCACACGAGACAAAGATCTTCGGAGAATCCCTG 766 Query 766 TGATAATGATGTCGAGGCAAGACGAAGTCCCTGTCGTTGTAAAGTGCTTGAAGCTAGGTG 825 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 767 TGATAATGATGTCGAGGCAAGACGAAGTCCCTGTCGTTGTAAAGTGCTTGAAGCTAGGTG 826 Query 826 CAGCTGACTACCTTGTGAAGCCTCTTCGCACCAACGAGCTTCTGAACTTGTGGACACACA 885 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 827 CAGCTGACTACCTTGTGAAGCCTCTTCGGACCAACGAGCTTCTAAACTTGTGGACACACA 886 Query 886 TGTGGAGAAGAAGACGCATGCTAGGACTTGCTGAGAAGAATATGTTGAGCTATGATTTTG 945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 887 TGTGGAGAAGAAGACGCATGCTAGGACTTGCTGAGAAGAATATGTTGAGCTATGATTTTG 946 Query 946 ATCTTGTGGGATCTGATCAAAGTGATCCAAACACAAATAGTACCAACCTGTTCTCTGACG 1005 |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 947 ATCTCGTGGGATCTGATCCAAGTGATCCAAACACAAATAGTACCAACCTGTTCTCTGACG 1006 Query 1006 ACACAGATGATAGAAGTCTTAGGTCCACCAACCCACAGAGAGGAAATTTAAGTCACCAGG 1065 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1007 ACACAGATGATAGAAGTCTTAGGTCCACCAACCCGCAGAGAGGAAATTTAAGTCACCAGG 1066 Query 1066 AAAATGAGTGGTCTGTTGCTACTGCTCCTGTTCATGCTCGTGATGGTGGTCTTGGTGCTG 1125 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1067 AAAATGAGTGGTCTGTTGCTACTGCTCCTGTTCATGCTGGTGATGGTGGTCTTGGTGCTG 1126 Query 1126 ATGGAACAGCCACTTCTTCTCTTGCTGTTACTGCTATAGAGCCTCCATTGGATCATCTTG 1185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1127 ATGGAACAGCCACTTCTTCTCTTGCTGTTACTGCTATAGAGCCTCCATTGGATCATCTTG 1186 Query 1186 CTGGGTCTCACCATGAGCCAATGAAAAGAAATAGTAATCCAGCGCAATTTTCTTCAGCAC 1245 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1187 CTGGGTCTCACCATGAGCCAATGAAAAGAAATAGTAATCCAGCGCAATTTTCTTCAGCAC 1246 Query 1246 CGAAGAAAAGTAGATTGAAGATCGGAGAGTCCTCTGCTTTCTTTACATATGTCAAATCTA 1305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1247 CAAAGAAAAGTAGATTGAAGATCGGAGAGTCCTCTGCTTTCTTTACATATGTCAAATCTA 1306 Query 1306 CTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCGATGGAAATGGCTCACTTCATC 1365 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1307 CTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCAATGGAAATGGCTCACTTCATC 1366 Query 1366 TTCATCGGGGTTTGGCGGAGAAGTTTCAAGTGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACCA 1425 ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1367 TTCATCGAGGTTTGGCGGAGAAGTTTCAAGCGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACCA 1426 Query 1426 AACAAGCACGCAGAGCAACACCAAAATCTACTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTC 1485 ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1427 AACAAGCACGCGGAACAACACCAAAATCTACAGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATGCTC 1486 Query 1486 CTCTTGTCAATGGAAATGGCTCACATCATCTTCATCGGGGTGCGGCGGAAAAGTTTCAAG 1545 |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 1487 CTCTTGTCAATGGATATGGCTCACTTCATCTTCATCGAGGTTTGGCGGAAAAGTTTCAAG 1546 Query 1546 TGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACCAAACAAGCACACAGAAGTAGAGGGACCGAGC 1605 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||| ||| Sbjct 1547 CGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACTAAACAAGCACGCGGAAGTAGAGAGACTGAGA 1606 Query 1606 AATACCATTCTCAAGGAGAGACCTTGCAGAATGGCGCCAGCTATCCACATTCCCTTGAGC 1665 ||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1607 AATACCATTCTCAAGGAGAGAACTTACAGAAGGGTGCCAGCTATCCATATTCCCTTGAGC 1666 Query 1666 GGTCACGCACGCTTCCCACATCAATGGAATCTCATGGTAGGAACTACCAAGAGGGCAATA 1725 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 1667 GGTCACGCACGCTTCCCACATCAATGGAATCTCATGGTAGGAACTACCAAGAAGGAAATA 1726 Query 1726 TGAATATTCCCCAAGTTGCTATGAACAGAAGTAAAGATTCGTCTCAAGTTGATGGATCGG 1785 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1727 TGAATACTCCCCAAGTTGCTATGAACAGAAGTAAAGATTCGTCTCAAGTTGATGGATCGG 1786 Query 1786 GTTTCTCTGCACCAAATGCCTATCCTTACTATATGCATGGGGTCATGAACCAAGTTATGA 1845 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1787 GTTTCTCTGCACCAAATGCCTATCCTTACTATATGCATGGGGTCATGAACCAAGTTATGA 1846 Query 1846 TGCAATCAGCAGCCATGATGCCT-C-AA-T-AT------GG--TCATCAAATTCCTCATT 1893 |||||||||||||||||||||| | || | || || ||||||| ||||||||| Sbjct 1847 TGCAATCAGCAGCCATGATGCCAACCAAATCATCCCCATGGGGTCATCAACTTCCTCATT 1906 Query 1894 GCCAACCAAATCATCCGAATGGAATGACGGGATATCCTTACTACCACCACCCAATGAACA 1953 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1907 GCCAACCAAATCATCCGAATGGAATGACGGGATATCCTTATTACCACCACCCAATGAACA 1966 Query 1954 CATCTTTGCAGCATAGTCAGATGTCTTTACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTTCATCATT 2013 |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1967 CATCACTGCAGCATAGTCATATGTCTTTACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTTCATCATT 2026 Query 2014 CTTGGTCACCGGCAGGAAATCCGCCTTCTAATGAGGTGAGGGTAAATAAACTTGACAGAA 2073 |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2027 CTTGGTCACCGGTAGGAAATCCGTCTTCTAATGAGGTGAGGGTAAGTAAACTTGACAGAA 2086 Query 2074 GAGAGGAAGCTCTGCTGAAATTCAGACGTAAAAGGAACCAACGTTGTTTTGATAAGAAGA 2133 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2087 GAGAGGAAGCTCTGCTGAAATTTAGACGTAAAAGGAACCAACGGTGTTTTGATAAGAAGA 2146 Query 2134 TTAGGTATGTGAATAGGAAACGCCTTGCTGAGAGGAGACCCCGCGTTAAGGGTCAGTTTG 2193 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 2147 TTAGGTATGTGAATAGAAAACGCCTTGCTGAGAGGAGACCGCGTGTTAAGGGTCAGTTTG 2206 Query 2194 TTAGGAAGATGAACGGCGTGAATGTTGATTTAAATGGACAGCCTGACTCTGCTGACTATG 2253 |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2207 TTAGGAAGATAAACGGGGTGAATGTTGATCTAAATGGACAGCCTGACTCTGCTGACTATG 2266 Query 2254 ATGACgaggaagaggaggaagaagaagaaga--a-gaggagaaCCGGGATTCATCTCCTC 2310 ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| Sbjct 2267 ATGACGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAGAACCACAATTCATCTCCTC 2326 Query 2311 AGGATGATGCTTTGGGAACTTGAAGATACACCAAGAACTGAAAACCGT-T-GTGTTATAC 2368 ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 2327 AGGATGATGCTCTGGGAACTTGAAGAAACATCAAGAACTGAAAACCGTGTTGTGTTATAC 2386 Query 2369 GTATTTGCTTGCATCTTATCAAACAACAGAAGATGTTGATCGACTGACACGAAAAAGATG 2428 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2387 CTATTTGCTTGCATCTTATCAAACAACACAAGATGTTGATCGACTGACACGAAAAGGATG 2446 Query 2429 ATACTGCTACAGCCaaaaaa 2448 || ||||||||||||||||| Sbjct 2447 ATGCTGCTACAGCCAAAAAA 2466 Score = 243 bits (131), Expect = 7e-63 Identities = 167/183 (91%), Gaps = 7/183 (4%) Strand=Plus/Plus Query 2480 GTTGGCTCTTGC-GGCTCAACTTTTTGACAGAGCATTGAAAAGCTCTCATTGGGTTTAGC 2538 |||||||||| | |||||||| |||| | |||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 2467 GTTGGCTCTT-CTGGCTCAAC--TTTGGCGGAGCATTGAAAAGCTCTC-GTGAGTTTAGC 2522 Query 2539 TTAGTTCGTTGATAAACATATAATGT-ATTTTATCATGTTCACTCACATTCTCTCAGTAA 2597 |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2523 TTAGTTCGTTGATAAATATATAATGTGTTTTTATCATGTTCACTCACATTCTCTCAGTAA 2582 Query 2598 GTA-CTCAGATGTATTAACCTTTCTTCTCCTTCCAGTATCATTTACTTGAATCTTGTTTT 2656 | | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2583 GAAACTAAGATGTATTAACCTTTCTTCTCCTTCCAGCATCATTTACTTGAATCTTGTTTT 2642 Query 2657 TCC 2659 ||| Sbjct 2643 TCC 2645 Score = 219 bits (118), Expect = 1e-55 Identities = 130/136 (96%), Gaps = 0/136 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1449 AAATCTACTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCAATGGAAATGGCTCA 1508 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1300 AAATCTACTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCAATGGAAATGGCTCA 1359 Query 1509 CATCATCTTCATCGGGGTGCGGCGGAAAAGTTTCAAGTGGTGGCTAGTGAAGGGATCAAC 1568 | |||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1360 CTTCATCTTCATCGAGGTTTGGCGGAGAAGTTTCAAGCGGTGGCTAGTGAAGGGATCAAC 1419 Query 1569 AACACCAAACAAGCAC 1584 |||||||||||||||| Sbjct 1420 AACACCAAACAAGCAC 1435 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 102119946845 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5